68 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_0692 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013501  Rmar_0692  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  100 
 
 		 428 aa  870    Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.822847  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6706  L-rhamnose catabolism isomerase  60 
 
 		 430 aa  535  1e-151  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.161678 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2116  L-rhamnose catabolism isomerase  59.86 
 
 		 428 aa  529  1e-149  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.885684  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2213  L-rhamnose catabolism isomerase  59.48 
 
 		 429 aa  527  1e-148  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.118721 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5806  L-rhamnose catabolism isomerase  58.35 
 
 		 430 aa  525  1e-148  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.142354  normal  0.0518605 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0222  L-rhamnose catabolism isomerase  59.48 
 
 		 430 aa  523  1e-147  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.206591 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6263  L-rhamnose catabolism isomerase  59.06 
 
 		 430 aa  520  1e-146  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.290662  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1726  xylose isomerase-like TIM barrel  58.55 
 
 		 429 aa  509  1e-143  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.302713  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3573  L-rhamnose catabolism isomerase  60.48 
 
 		 430 aa  510  1e-143  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1804  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  54.52 
 
 		 424 aa  458  9.999999999999999e-129  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3883  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  53.83 
 
 		 424 aa  452  1.0000000000000001e-126  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4924  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  53.19 
 
 		 424 aa  446  1.0000000000000001e-124  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000076523  normal  0.290794 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4611  xylose isomerase domain-containing protein  51.8 
 
 		 427 aa  443  1e-123  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.28145  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4214  xylose isomerase domain-containing protein  50.47 
 
 		 424 aa  442  1e-123  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0943011  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0427  L-rhamnose isomerase  50.63 
 
 		 397 aa  407  1.0000000000000001e-112  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0217069  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2253  L-rhamnose isomerase  50.63 
 
 		 408 aa  387  1e-106  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00000884653  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2856  L-rhamnose isomerase  51.58 
 
 		 396 aa  379  1e-104  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1680  rhamnose isomerase related  49.75 
 
 		 405 aa  379  1e-104  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0758424  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4811  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  48.77 
 
 		 403 aa  365  1e-100  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2455  rhamnose isomerase-related protein  49.61 
 
 		 396 aa  359  6e-98  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1673  L-rhamnose isomerase  46.11 
 
 		 382 aa  350  4e-95  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0909219  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0706  L-rhamnose isomerase  48.92 
 
 		 409 aa  345  8.999999999999999e-94  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.422023  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1387  L-rhamnose isomerase  48.66 
 
 		 398 aa  344  1e-93  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.568177  normal  0.0266628 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29630  L-rhamnose isomerase  46.93 
 
 		 392 aa  344  2e-93  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0886  L-rhamnose isomerase  48.16 
 
 		 388 aa  340  2e-92  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3624  L-rhamnose isomerase  48.68 
 
 		 388 aa  338  9.999999999999999e-92  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  decreased coverage  0.000224876  normal  0.0801622 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3107  L-rhamnose isomerase  46.56 
 
 		 388 aa  336  3.9999999999999995e-91  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05810  L-rhamnose isomerase  47.7 
 
 		 391 aa  333  3e-90  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3306  L-rhamnose isomerase  46.68 
 
 		 388 aa  333  5e-90  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.984678  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4772  L-rhamnose isomerase  46.75 
 
 		 382 aa  327  2.0000000000000001e-88  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4391  rhamnose isomerase related  46.49 
 
 		 382 aa  327  2.0000000000000001e-88  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0558803  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4478  L-rhamnose isomerase  46.49 
 
 		 382 aa  327  2.0000000000000001e-88  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3045  L-rhamnose isomerase  45.95 
 
 		 396 aa  326  5e-88  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0111676  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2987  L-rhamnose isomerase  48.61 
 
 		 394 aa  325  9e-88  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.668681  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6712  L-rhamnose isomerase  46.52 
 
 		 388 aa  324  2e-87  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.583299  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3703  L-rhamnose isomerase  44.99 
 
 		 387 aa  313  2.9999999999999996e-84  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.627849 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0428  L-rhamnose isomerase  45.84 
 
 		 390 aa  312  9e-84  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2382  L-rhamnose isomerase  47.23 
 
 		 392 aa  311  1e-83  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.781234 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4673  L-rhamnose isomerase  45.81 
 
 		 388 aa  310  2.9999999999999997e-83  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.239648  normal  0.828695 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0405  xylose isomerase domain-containing protein  31.05 
 
 		 298 aa  88.2  3e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.601416  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2644  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.91 
 
 		 332 aa  73.2  0.000000000009  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00164635  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2108  xylose isomerase-like  32.93 
 
 		 323 aa  71.2  0.00000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.546252  normal  0.693114 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0246  xylose isomerase domain-containing protein  26.22 
 
 		 296 aa  67.8  0.0000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.483047  normal  0.792489 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0272  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.07 
 
 		 308 aa  65.1  0.000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2026  xylose isomerase-like TIM barrel  27.27 
 
 		 380 aa  59.3  0.0000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7362  xylose isomerase  24 
 
 		 326 aa  58.9  0.0000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.730487  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0401  xylose isomerase-like TIM barrel  26.74 
 
 		 354 aa  58.2  0.0000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.0010085  n/a   
 
 
-
 
NC_011674  PHATRDRAFT_45308  ribokinase  26.4 
 
 		 709 aa  57.8  0.0000003  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.394155  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0708  xylose isomerase domain-containing protein  24.6 
 
 		 371 aa  55.8  0.000001  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  hitchhiker  0.00278763  hitchhiker  0.000000000165231 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4665  xylose isomerase  28.51 
 
 		 405 aa  52.4  0.00001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.025606  normal  0.682712 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1247  xylose isomerase  26.96 
 
 		 382 aa  52  0.00002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2430  xylose isomerase  28.43 
 
 		 395 aa  50.8  0.00004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.404245  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2692  xylose isomerase  27.75 
 
 		 403 aa  50.1  0.00007  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2175  xylose isomerase  27.43 
 
 		 395 aa  48.5  0.0002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000407625 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0704  xylose isomerase  26.53 
 
 		 386 aa  47.4  0.0005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06190  xylose isomerase  29.66 
 
 		 393 aa  46.6  0.0008  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1762  xylose isomerase  24.3 
 
 		 386 aa  45.8  0.001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2064  xylose isomerase  28.14 
 
 		 407 aa  45.4  0.002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3307  xylose isomerase  28.57 
 
 		 393 aa  45.4  0.002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0151761 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5294  xylose isomerase  28.57 
 
 		 407 aa  45.4  0.002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.196576 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2827  xylose isomerase  28.31 
 
 		 384 aa  44.7  0.003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3973  xylose isomerase  29.08 
 
 		 395 aa  45.1  0.003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.025652 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0466  xylose isomerase  30.51 
 
 		 392 aa  44.7  0.004  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3592  xylose isomerase  28.11 
 
 		 395 aa  44.3  0.004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.239598  normal  0.862129 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1696  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.38 
 
 		 368 aa  44.3  0.004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_01690  xylose isomerase  27.31 
 
 		 397 aa  43.5  0.008  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0903  xylose isomerase  25.85 
 
 		 385 aa  43.1  0.009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.122683 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3254  xylose isomerase  29.17 
 
 		 390 aa  43.1  0.009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.150364 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>