51 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_4924 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013730  Slin_1804  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  72.64 
 
 		 424 aa  654    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4924  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  100 
 
 		 424 aa  872    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000076523  normal  0.290794 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3883  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  75 
 
 		 424 aa  656    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4214  xylose isomerase domain-containing protein  71.33 
 
 		 424 aa  634  1e-180  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0943011  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4611  xylose isomerase domain-containing protein  67.99 
 
 		 427 aa  592  1e-168  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.28145  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0692  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  53.19 
 
 		 428 aa  446  1.0000000000000001e-124  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.822847  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5806  L-rhamnose catabolism isomerase  52.51 
 
 		 430 aa  444  1e-123  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.142354  normal  0.0518605 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6706  L-rhamnose catabolism isomerase  52.16 
 
 		 430 aa  438  9.999999999999999e-123  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.161678 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6263  L-rhamnose catabolism isomerase  52.73 
 
 		 430 aa  438  1e-121  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.290662  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0222  L-rhamnose catabolism isomerase  53.12 
 
 		 430 aa  433  1e-120  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.206591 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2116  L-rhamnose catabolism isomerase  52.01 
 
 		 428 aa  432  1e-120  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.885684  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2213  L-rhamnose catabolism isomerase  49.88 
 
 		 429 aa  423  1e-117  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.118721 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3573  L-rhamnose catabolism isomerase  55.96 
 
 		 430 aa  409  1e-113  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1726  xylose isomerase-like TIM barrel  49.05 
 
 		 429 aa  408  1e-113  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.302713  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0427  L-rhamnose isomerase  46.7 
 
 		 397 aa  359  5e-98  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0217069  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1680  rhamnose isomerase related  43.36 
 
 		 405 aa  330  4e-89  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0758424  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2856  L-rhamnose isomerase  43.7 
 
 		 396 aa  328  1.0000000000000001e-88  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2253  L-rhamnose isomerase  43.23 
 
 		 408 aa  321  9.999999999999999e-87  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00000884653  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1673  L-rhamnose isomerase  42.86 
 
 		 382 aa  318  1e-85  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0909219  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2455  rhamnose isomerase-related protein  41.31 
 
 		 396 aa  303  3.0000000000000004e-81  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4811  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  41.38 
 
 		 403 aa  303  3.0000000000000004e-81  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0706  L-rhamnose isomerase  41.38 
 
 		 409 aa  299  8e-80  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.422023  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3107  L-rhamnose isomerase  41.41 
 
 		 388 aa  298  9e-80  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6712  L-rhamnose isomerase  40.67 
 
 		 388 aa  298  2e-79  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.583299  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3306  L-rhamnose isomerase  41.15 
 
 		 388 aa  297  2e-79  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.984678  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29630  L-rhamnose isomerase  41.78 
 
 		 392 aa  296  3e-79  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05810  L-rhamnose isomerase  43.13 
 
 		 391 aa  296  3e-79  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3045  L-rhamnose isomerase  39.84 
 
 		 396 aa  295  1e-78  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0111676  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0886  L-rhamnose isomerase  40.16 
 
 		 388 aa  292  7e-78  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4478  L-rhamnose isomerase  40.69 
 
 		 382 aa  288  9e-77  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4772  L-rhamnose isomerase  40.69 
 
 		 382 aa  288  9e-77  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4391  rhamnose isomerase related  40.69 
 
 		 382 aa  288  9e-77  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0558803  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1387  L-rhamnose isomerase  41.45 
 
 		 398 aa  286  5e-76  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.568177  normal  0.0266628 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3624  L-rhamnose isomerase  40.53 
 
 		 388 aa  273  4.0000000000000004e-72  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  decreased coverage  0.000224876  normal  0.0801622 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0428  L-rhamnose isomerase  39.95 
 
 		 390 aa  270  4e-71  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2987  L-rhamnose isomerase  41.01 
 
 		 394 aa  268  2e-70  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.668681  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4673  L-rhamnose isomerase  38.17 
 
 		 388 aa  257  2e-67  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.239648  normal  0.828695 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2382  L-rhamnose isomerase  39.89 
 
 		 392 aa  256  7e-67  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.781234 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3703  L-rhamnose isomerase  37.8 
 
 		 387 aa  254  3e-66  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.627849 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0405  xylose isomerase domain-containing protein  30.04 
 
 		 298 aa  89  1e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.601416  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2644  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.23 
 
 		 332 aa  72  0.00000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00164635  n/a   
 
 
-
 
NC_011674  PHATRDRAFT_45308  ribokinase  23.6 
 
 		 709 aa  68.9  0.0000000001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.394155  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2108  xylose isomerase-like  27.2 
 
 		 323 aa  67  0.0000000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.546252  normal  0.693114 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7362  xylose isomerase  26.32 
 
 		 326 aa  62.4  0.00000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.730487  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0246  xylose isomerase domain-containing protein  27.01 
 
 		 296 aa  60.5  0.00000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.483047  normal  0.792489 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19520  xylose isomerase  24.44 
 
 		 354 aa  59.3  0.0000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0272  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.4 
 
 		 308 aa  58.9  0.0000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2026  xylose isomerase-like TIM barrel  26.46 
 
 		 380 aa  58.5  0.0000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0401  xylose isomerase-like TIM barrel  23.19 
 
 		 354 aa  55.8  0.000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.0010085  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1147  L-rhamnose isomerase  26.28 
 
 		 416 aa  50.4  0.00005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1696  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.79 
 
 		 368 aa  45.8  0.001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>