72 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_4673 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009921  Franean1_4673  L-rhamnose isomerase  100 
 
 		 388 aa  791    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.239648  normal  0.828695 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3624  L-rhamnose isomerase  77.49 
 
 		 388 aa  602  1.0000000000000001e-171  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  decreased coverage  0.000224876  normal  0.0801622 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3703  L-rhamnose isomerase  71.91 
 
 		 387 aa  575  1.0000000000000001e-163  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.627849 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3306  L-rhamnose isomerase  74.21 
 
 		 388 aa  577  1.0000000000000001e-163  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.984678  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3107  L-rhamnose isomerase  72.75 
 
 		 388 aa  571  1.0000000000000001e-162  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4772  L-rhamnose isomerase  72.39 
 
 		 382 aa  569  1e-161  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4391  rhamnose isomerase related  71.85 
 
 		 382 aa  566  1e-160  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0558803  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4478  L-rhamnose isomerase  71.85 
 
 		 382 aa  566  1e-160  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05810  L-rhamnose isomerase  71.43 
 
 		 391 aa  563  1.0000000000000001e-159  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1387  L-rhamnose isomerase  71.35 
 
 		 398 aa  560  1e-158  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.568177  normal  0.0266628 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0886  L-rhamnose isomerase  69.85 
 
 		 388 aa  559  1e-158  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6712  L-rhamnose isomerase  69.84 
 
 		 388 aa  548  1e-155  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.583299  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2382  L-rhamnose isomerase  73.81 
 
 		 392 aa  548  1e-155  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.781234 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3045  L-rhamnose isomerase  68.05 
 
 		 396 aa  529  1e-149  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0111676  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29630  L-rhamnose isomerase  66.15 
 
 		 392 aa  528  1e-149  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0428  L-rhamnose isomerase  69.71 
 
 		 390 aa  530  1e-149  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1680  rhamnose isomerase related  54.74 
 
 		 405 aa  415  9.999999999999999e-116  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0758424  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2856  L-rhamnose isomerase  52.76 
 
 		 396 aa  404  1e-111  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2455  rhamnose isomerase-related protein  54.83 
 
 		 396 aa  401  9.999999999999999e-111  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2253  L-rhamnose isomerase  53.16 
 
 		 408 aa  397  1e-109  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00000884653  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0706  L-rhamnose isomerase  52.24 
 
 		 409 aa  397  1e-109  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.422023  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0427  L-rhamnose isomerase  49.33 
 
 		 397 aa  385  1e-106  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0217069  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1673  L-rhamnose isomerase  48.93 
 
 		 382 aa  378  1e-104  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0909219  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4811  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  50.66 
 
 		 403 aa  363  3e-99  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2987  L-rhamnose isomerase  52.23 
 
 		 394 aa  343  2.9999999999999997e-93  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.668681  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0692  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  45.81 
 
 		 428 aa  318  1e-85  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.822847  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0222  L-rhamnose catabolism isomerase  43.09 
 
 		 430 aa  302  5.000000000000001e-81  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.206591 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5806  L-rhamnose catabolism isomerase  41.28 
 
 		 430 aa  291  2e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.142354  normal  0.0518605 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2213  L-rhamnose catabolism isomerase  41.46 
 
 		 429 aa  290  3e-77  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.118721 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6263  L-rhamnose catabolism isomerase  40.95 
 
 		 430 aa  288  8e-77  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.290662  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6706  L-rhamnose catabolism isomerase  40.83 
 
 		 430 aa  286  5.999999999999999e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.161678 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2116  L-rhamnose catabolism isomerase  41.11 
 
 		 428 aa  286  5.999999999999999e-76  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.885684  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3573  L-rhamnose catabolism isomerase  42.89 
 
 		 430 aa  282  9e-75  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1804  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  38.9 
 
 		 424 aa  280  3e-74  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4214  xylose isomerase domain-containing protein  38.44 
 
 		 424 aa  273  3e-72  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0943011  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1726  xylose isomerase-like TIM barrel  40.38 
 
 		 429 aa  271  1e-71  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.302713  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3883  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  38.17 
 
 		 424 aa  266  4e-70  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4924  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  38.17 
 
 		 424 aa  264  2e-69  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000076523  normal  0.290794 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4611  xylose isomerase domain-containing protein  37.53 
 
 		 427 aa  258  1e-67  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.28145  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0405  xylose isomerase domain-containing protein  28.24 
 
 		 298 aa  64.3  0.000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.601416  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2108  xylose isomerase-like  25.79 
 
 		 323 aa  56.6  0.0000007  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.546252  normal  0.693114 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0401  xylose isomerase-like TIM barrel  24.35 
 
 		 354 aa  50.4  0.00005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.0010085  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19520  xylose isomerase  25.58 
 
 		 354 aa  49.7  0.00008  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3592  xylose isomerase  26.46 
 
 		 395 aa  49.3  0.0001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.239598  normal  0.862129 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1262  xylose isomerase  28.07 
 
 		 382 aa  49.3  0.0001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00467888 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5294  xylose isomerase  27.44 
 
 		 407 aa  49.3  0.0001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.196576 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3973  xylose isomerase  27.99 
 
 		 395 aa  49.3  0.0001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.025652 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2064  xylose isomerase  26.32 
 
 		 407 aa  49.3  0.0001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4665  xylose isomerase  27.48 
 
 		 405 aa  48.9  0.0002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.025606  normal  0.682712 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7362  xylose isomerase  26.34 
 
 		 326 aa  48.9  0.0002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.730487  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4068  L-rhamnose isomerase  27.01 
 
 		 419 aa  47  0.0006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22690  xylose isomerase  24.73 
 
 		 389 aa  46.2  0.0009  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2026  xylose isomerase-like TIM barrel  23.67 
 
 		 380 aa  45.8  0.001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3315  L-rhamnose isomerase  30.94 
 
 		 427 aa  45.4  0.002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000556349 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3486  L-rhamnose isomerase  26.33 
 
 		 418 aa  44.7  0.003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5355  L-rhamnose isomerase  25.62 
 
 		 419 aa  44.3  0.003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2985  xylose isomerase  26.87 
 
 		 396 aa  44.7  0.003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0777216  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0645  xylose isomerase  27.27 
 
 		 396 aa  44.7  0.003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.12173  normal  0.0105473 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4081  L-rhamnose isomerase  25.27 
 
 		 419 aa  43.9  0.005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0272  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  22.28 
 
 		 308 aa  43.9  0.005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4329  L-rhamnose isomerase  26.55 
 
 		 419 aa  43.9  0.005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.103979 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4114  L-rhamnose isomerase  25.27 
 
 		 419 aa  43.9  0.005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.937168  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4434  L-rhamnose isomerase  25.27 
 
 		 419 aa  43.9  0.005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2730  L-rhamnose isomerase  28.34 
 
 		 427 aa  43.9  0.005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.6873  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03738  hypothetical protein  25.27 
 
 		 416 aa  43.5  0.006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4441  L-rhamnose isomerase  26.55 
 
 		 419 aa  43.5  0.006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4289  L-rhamnose isomerase  26.55 
 
 		 419 aa  43.5  0.006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4260  L-rhamnose isomerase  26.55 
 
 		 419 aa  43.5  0.006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.435569  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4375  L-rhamnose isomerase  26.55 
 
 		 419 aa  43.5  0.006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4132  L-rhamnose isomerase  25.27 
 
 		 419 aa  43.5  0.007  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03789  L-rhamnose isomerase  25.27 
 
 		 421 aa  43.5  0.007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2175  xylose isomerase  25.59 
 
 		 395 aa  43.1  0.008  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000407625 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>