72 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_2213 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_2213  L-rhamnose catabolism isomerase  100 
 
 		 429 aa  882    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.118721 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2116  L-rhamnose catabolism isomerase  83.45 
 
 		 428 aa  743    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.885684  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6263  L-rhamnose catabolism isomerase  69.01 
 
 		 430 aa  623  1e-177  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.290662  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0222  L-rhamnose catabolism isomerase  69.79 
 
 		 430 aa  614  9.999999999999999e-175  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.206591 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6706  L-rhamnose catabolism isomerase  67.99 
 
 		 430 aa  610  1e-173  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.161678 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5806  L-rhamnose catabolism isomerase  67.14 
 
 		 430 aa  607  9.999999999999999e-173  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.142354  normal  0.0518605 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1726  xylose isomerase-like TIM barrel  64.42 
 
 		 429 aa  570  1e-161  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.302713  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3573  L-rhamnose catabolism isomerase  65.41 
 
 		 430 aa  559  1e-158  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0692  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  59.15 
 
 		 428 aa  528  1e-149  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.822847  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4611  xylose isomerase domain-containing protein  52.4 
 
 		 427 aa  447  1.0000000000000001e-124  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.28145  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1804  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  52.42 
 
 		 424 aa  435  1e-120  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3883  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  50.95 
 
 		 424 aa  430  1e-119  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4924  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  49.88 
 
 		 424 aa  423  1e-117  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000076523  normal  0.290794 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4214  xylose isomerase domain-containing protein  48.09 
 
 		 424 aa  423  1e-117  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0943011  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0427  L-rhamnose isomerase  45.52 
 
 		 397 aa  386  1e-106  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0217069  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2253  L-rhamnose isomerase  44.86 
 
 		 408 aa  355  1e-96  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00000884653  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1680  rhamnose isomerase related  44.36 
 
 		 405 aa  351  1e-95  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0758424  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4811  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  43.49 
 
 		 403 aa  340  2.9999999999999998e-92  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2856  L-rhamnose isomerase  45.08 
 
 		 396 aa  335  1e-90  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29630  L-rhamnose isomerase  45.6 
 
 		 392 aa  333  3e-90  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1387  L-rhamnose isomerase  44.92 
 
 		 398 aa  323  3e-87  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.568177  normal  0.0266628 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2455  rhamnose isomerase-related protein  42.64 
 
 		 396 aa  320  1.9999999999999998e-86  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0886  L-rhamnose isomerase  45.7 
 
 		 388 aa  318  2e-85  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1673  L-rhamnose isomerase  39.9 
 
 		 382 aa  315  8e-85  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0909219  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3107  L-rhamnose isomerase  43.7 
 
 		 388 aa  315  9.999999999999999e-85  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0706  L-rhamnose isomerase  40.99 
 
 		 409 aa  313  3.9999999999999997e-84  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.422023  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6712  L-rhamnose isomerase  43.78 
 
 		 388 aa  308  9e-83  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.583299  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3306  L-rhamnose isomerase  42.56 
 
 		 388 aa  306  6e-82  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.984678  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3045  L-rhamnose isomerase  41.62 
 
 		 396 aa  304  2.0000000000000002e-81  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0111676  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05810  L-rhamnose isomerase  42.06 
 
 		 391 aa  303  3.0000000000000004e-81  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3703  L-rhamnose isomerase  42.01 
 
 		 387 aa  294  2e-78  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.627849 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4772  L-rhamnose isomerase  41.87 
 
 		 382 aa  293  3e-78  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4391  rhamnose isomerase related  41.6 
 
 		 382 aa  293  4e-78  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0558803  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4478  L-rhamnose isomerase  41.6 
 
 		 382 aa  293  4e-78  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2987  L-rhamnose isomerase  44.22 
 
 		 394 aa  280  3e-74  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.668681  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3624  L-rhamnose isomerase  40.99 
 
 		 388 aa  280  3e-74  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  decreased coverage  0.000224876  normal  0.0801622 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0428  L-rhamnose isomerase  40.31 
 
 		 390 aa  279  5e-74  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4673  L-rhamnose isomerase  41.01 
 
 		 388 aa  279  8e-74  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.239648  normal  0.828695 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2382  L-rhamnose isomerase  41.15 
 
 		 392 aa  275  1.0000000000000001e-72  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.781234 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0405  xylose isomerase domain-containing protein  29.24 
 
 		 298 aa  90.5  5e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.601416  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2644  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.09 
 
 		 332 aa  67.8  0.0000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00164635  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2108  xylose isomerase-like  27.53 
 
 		 323 aa  64.3  0.000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.546252  normal  0.693114 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0246  xylose isomerase domain-containing protein  27.01 
 
 		 296 aa  62  0.00000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.483047  normal  0.792489 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2692  xylose isomerase  27.31 
 
 		 403 aa  57.4  0.0000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0272  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  21.43 
 
 		 308 aa  56.6  0.0000009  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0704  xylose isomerase  27.27 
 
 		 386 aa  54.3  0.000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7362  xylose isomerase  23.76 
 
 		 326 aa  54.3  0.000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.730487  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2430  xylose isomerase  25.59 
 
 		 395 aa  53.9  0.000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.404245  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0181  xylose isomerase  24.9 
 
 		 397 aa  53.1  0.00001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3973  xylose isomerase  25.81 
 
 		 395 aa  53.1  0.00001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.025652 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0695  xylose isomerase  27.3 
 
 		 387 aa  52.4  0.00002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00591309 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3307  xylose isomerase  25.27 
 
 		 393 aa  52.4  0.00002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0151761 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2175  xylose isomerase  26.26 
 
 		 395 aa  51.2  0.00004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000407625 
 
 
-
 
NC_011674  PHATRDRAFT_45308  ribokinase  22.69 
 
 		 709 aa  51.2  0.00004  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.394155  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3592  xylose isomerase  25 
 
 		 395 aa  50.1  0.00007  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.239598  normal  0.862129 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1262  xylose isomerase  25.17 
 
 		 382 aa  48.1  0.0003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00467888 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2026  xylose isomerase-like TIM barrel  24.55 
 
 		 380 aa  48.1  0.0003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0466  xylose isomerase  28.57 
 
 		 392 aa  47.8  0.0004  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0987  xylose isomerase  26.58 
 
 		 390 aa  47.4  0.0005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4665  xylose isomerase  25.42 
 
 		 405 aa  47  0.0006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.025606  normal  0.682712 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06190  xylose isomerase  27.73 
 
 		 393 aa  46.6  0.0009  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0903  xylose isomerase  25.4 
 
 		 385 aa  46.2  0.001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.122683 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2985  xylose isomerase  25.93 
 
 		 396 aa  46.2  0.001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0777216  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0708  xylose isomerase domain-containing protein  23.84 
 
 		 371 aa  46.2  0.001  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  hitchhiker  0.00278763  hitchhiker  0.000000000165231 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2618  xylose isomerase  25.95 
 
 		 389 aa  45.8  0.001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2064  xylose isomerase  25.18 
 
 		 407 aa  45.8  0.002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2827  xylose isomerase  26.27 
 
 		 384 aa  45.4  0.002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19520  xylose isomerase  22.75 
 
 		 354 aa  45.8  0.002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1247  xylose isomerase  25.97 
 
 		 382 aa  45.4  0.002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2884  xylose isomerase  25.71 
 
 		 389 aa  45.1  0.002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5294  xylose isomerase  23.91 
 
 		 407 aa  43.9  0.005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.196576 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1762  xylose isomerase  26.81 
 
 		 386 aa  43.9  0.005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>