116 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Snas_3703 on replicon NC_013947
Organism: Stackebrandtia nassauensis DSM 44728



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013947  Snas_3703  L-rhamnose isomerase  100 
 
 		 387 aa  792    Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.627849 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4391  rhamnose isomerase related  74.87 
 
 		 382 aa  603  1.0000000000000001e-171  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0558803  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4478  L-rhamnose isomerase  74.87 
 
 		 382 aa  603  1.0000000000000001e-171  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4772  L-rhamnose isomerase  75.13 
 
 		 382 aa  603  1.0000000000000001e-171  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0886  L-rhamnose isomerase  74.23 
 
 		 388 aa  593  1e-168  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3624  L-rhamnose isomerase  73.04 
 
 		 388 aa  582  1.0000000000000001e-165  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  decreased coverage  0.000224876  normal  0.0801622 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3306  L-rhamnose isomerase  73.81 
 
 		 388 aa  578  1e-164  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.984678  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3107  L-rhamnose isomerase  71.65 
 
 		 388 aa  577  1.0000000000000001e-163  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4673  L-rhamnose isomerase  71.91 
 
 		 388 aa  568  1e-161  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.239648  normal  0.828695 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1387  L-rhamnose isomerase  65.66 
 
 		 398 aa  538  9.999999999999999e-153  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.568177  normal  0.0266628 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29630  L-rhamnose isomerase  68.41 
 
 		 392 aa  541  9.999999999999999e-153  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2382  L-rhamnose isomerase  68.93 
 
 		 392 aa  531  1e-150  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.781234 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0428  L-rhamnose isomerase  65.9 
 
 		 390 aa  526  1e-148  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6712  L-rhamnose isomerase  66.06 
 
 		 388 aa  521  1e-147  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.583299  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05810  L-rhamnose isomerase  65.1 
 
 		 391 aa  520  1e-146  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3045  L-rhamnose isomerase  63.47 
 
 		 396 aa  508  1e-143  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0111676  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1680  rhamnose isomerase related  53.65 
 
 		 405 aa  419  1e-116  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0758424  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2455  rhamnose isomerase-related protein  52.73 
 
 		 396 aa  414  1e-114  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2253  L-rhamnose isomerase  53.54 
 
 		 408 aa  410  1e-113  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00000884653  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0706  L-rhamnose isomerase  52.65 
 
 		 409 aa  407  1.0000000000000001e-112  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.422023  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2856  L-rhamnose isomerase  51.32 
 
 		 396 aa  401  9.999999999999999e-111  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1673  L-rhamnose isomerase  48.68 
 
 		 382 aa  378  1e-103  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0909219  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0427  L-rhamnose isomerase  48.26 
 
 		 397 aa  377  1e-103  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0217069  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2987  L-rhamnose isomerase  53.39 
 
 		 394 aa  362  4e-99  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.668681  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4811  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  48.06 
 
 		 403 aa  342  8e-93  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0692  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  44.99 
 
 		 428 aa  313  2.9999999999999996e-84  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.822847  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2213  L-rhamnose catabolism isomerase  42.01 
 
 		 429 aa  294  2e-78  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.118721 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0222  L-rhamnose catabolism isomerase  42.01 
 
 		 430 aa  293  4e-78  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.206591 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6263  L-rhamnose catabolism isomerase  41.84 
 
 		 430 aa  293  4e-78  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.290662  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5806  L-rhamnose catabolism isomerase  42.06 
 
 		 430 aa  292  6e-78  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.142354  normal  0.0518605 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2116  L-rhamnose catabolism isomerase  40.48 
 
 		 428 aa  288  9e-77  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.885684  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6706  L-rhamnose catabolism isomerase  41.27 
 
 		 430 aa  288  1e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.161678 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1726  xylose isomerase-like TIM barrel  41.55 
 
 		 429 aa  285  1.0000000000000001e-75  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.302713  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3573  L-rhamnose catabolism isomerase  42.59 
 
 		 430 aa  285  1.0000000000000001e-75  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4214  xylose isomerase domain-containing protein  40.16 
 
 		 424 aa  279  5e-74  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0943011  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1804  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  41.24 
 
 		 424 aa  279  5e-74  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3883  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  38.34 
 
 		 424 aa  267  2e-70  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4611  xylose isomerase domain-containing protein  38.42 
 
 		 427 aa  260  4e-68  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.28145  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4924  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  37.8 
 
 		 424 aa  254  3e-66  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000076523  normal  0.290794 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0405  xylose isomerase domain-containing protein  28.4 
 
 		 298 aa  71.6  0.00000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.601416  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2644  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.3 
 
 		 332 aa  68.9  0.0000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00164635  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7362  xylose isomerase  27.38 
 
 		 326 aa  65.1  0.000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.730487  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2108  xylose isomerase-like  27.05 
 
 		 323 aa  64.7  0.000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.546252  normal  0.693114 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0246  xylose isomerase domain-containing protein  28.72 
 
 		 296 aa  60.8  0.00000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.483047  normal  0.792489 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3973  xylose isomerase  29.25 
 
 		 395 aa  57.4  0.0000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.025652 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2175  xylose isomerase  28.08 
 
 		 395 aa  57.4  0.0000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000407625 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2827  xylose isomerase  26.64 
 
 		 384 aa  57  0.0000005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0704  xylose isomerase  29.19 
 
 		 386 aa  56.6  0.0000008  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4665  xylose isomerase  27.18 
 
 		 405 aa  56.2  0.0000009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.025606  normal  0.682712 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_01690  xylose isomerase  25.79 
 
 		 397 aa  56.2  0.0000009  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0181  xylose isomerase  26.24 
 
 		 397 aa  56.2  0.0000009  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0401  xylose isomerase-like TIM barrel  23.82 
 
 		 354 aa  55.8  0.000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.0010085  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22690  xylose isomerase  28.24 
 
 		 389 aa  55.8  0.000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2026  xylose isomerase-like TIM barrel  27.86 
 
 		 380 aa  55.1  0.000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2430  xylose isomerase  28.19 
 
 		 395 aa  55.1  0.000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.404245  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3592  xylose isomerase  26.87 
 
 		 395 aa  55.1  0.000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.239598  normal  0.862129 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0150  xylose isomerase  25.79 
 
 		 381 aa  55.1  0.000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.0857233 
 
 
-
 
NC_011674  PHATRDRAFT_45308  ribokinase  25.7 
 
 		 709 aa  54.7  0.000003  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.394155  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6687  xylose isomerase  28.79 
 
 		 389 aa  54.7  0.000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.39813 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1262  xylose isomerase  27.72 
 
 		 382 aa  54.7  0.000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00467888 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06190  xylose isomerase  26.79 
 
 		 393 aa  54.3  0.000004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0466  xylose isomerase  25.79 
 
 		 392 aa  53.9  0.000005  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2064  xylose isomerase  27.59 
 
 		 407 aa  52.8  0.000009  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0708  xylose isomerase domain-containing protein  27.27 
 
 		 371 aa  52.4  0.00001  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  hitchhiker  0.00278763  hitchhiker  0.000000000165231 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3307  xylose isomerase  27.01 
 
 		 393 aa  52.8  0.00001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0151761 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0353  Xylose isomerase  26.38 
 
 		 383 aa  52  0.00002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.539165  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0645  xylose isomerase  26.6 
 
 		 396 aa  51.6  0.00002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.12173  normal  0.0105473 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5294  xylose isomerase  26.24 
 
 		 407 aa  50.8  0.00004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.196576 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3315  L-rhamnose isomerase  30.77 
 
 		 427 aa  50.4  0.00006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000556349 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1795  xylose isomerase  27.4 
 
 		 379 aa  50.1  0.00006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.000406384  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2714  xylose isomerase  25.12 
 
 		 440 aa  48.1  0.0003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0757735  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2820  xylose isomerase  26.47 
 
 		 436 aa  47.4  0.0004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.489798  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2985  xylose isomerase  26.83 
 
 		 396 aa  47.4  0.0004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0777216  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3832  xylose isomerase  25.43 
 
 		 435 aa  47  0.0005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.100149  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0060  xylose isomerase  21.93 
 
 		 439 aa  47  0.0005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4155  xylose isomerase  22.69 
 
 		 440 aa  47  0.0006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0547  xylose isomerase  26.59 
 
 		 435 aa  46.6  0.0008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2692  xylose isomerase  25.58 
 
 		 403 aa  46.6  0.0008  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4941  xylose isomerase  22.38 
 
 		 440 aa  46.6  0.0008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0307022 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2884  xylose isomerase  24.92 
 
 		 389 aa  46.2  0.0009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4061  xylose isomerase  22.38 
 
 		 440 aa  46.2  0.0009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3959  xylose isomerase  22.38 
 
 		 440 aa  46.2  0.0009  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03417  xylose isomerase  22.38 
 
 		 440 aa  46.2  0.001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0145  xylose isomerase  22.38 
 
 		 440 aa  46.2  0.001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5559  xylose isomerase  27.24 
 
 		 385 aa  46.2  0.001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.324328 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2789  xylose isomerase  25.58 
 
 		 436 aa  45.8  0.001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3756  L-rhamnose isomerase  24.64 
 
 		 418 aa  45.4  0.001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3768  xylose isomerase  22.38 
 
 		 440 aa  46.2  0.001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.986128  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0149  xylose isomerase  22.38 
 
 		 440 aa  46.2  0.001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3888  xylose isomerase  22.38 
 
 		 440 aa  46.2  0.001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0078  xylose isomerase  23.21 
 
 		 439 aa  45.8  0.001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03368  hypothetical protein  22.38 
 
 		 440 aa  46.2  0.001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0587  xylose isomerase  22.57 
 
 		 441 aa  45.4  0.002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4102  xylose isomerase  22.22 
 
 		 439 aa  45.1  0.002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2618  xylose isomerase  25.32 
 
 		 389 aa  45.4  0.002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1247  xylose isomerase  26.76 
 
 		 382 aa  45.1  0.002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0744  L-rhamnose isomerase  24.56 
 
 		 418 aa  45.1  0.002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.128512 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4161  xylose isomerase  22.22 
 
 		 439 aa  45.1  0.002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.667715  normal  0.0336803 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0056  xylose isomerase  22.22 
 
 		 439 aa  45.1  0.002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3846  L-rhamnose isomerase  24.56 
 
 		 418 aa  45.1  0.002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>