126 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ndas_2382 on replicon NC_014210
Organism: Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014210  Ndas_2382  L-rhamnose isomerase  100 
 
 		 392 aa  793    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.781234 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0428  L-rhamnose isomerase  80.98 
 
 		 390 aa  625  1e-178  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3045  L-rhamnose isomerase  76.55 
 
 		 396 aa  595  1e-169  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0111676  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05810  L-rhamnose isomerase  73.13 
 
 		 391 aa  590  1e-167  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6712  L-rhamnose isomerase  75 
 
 		 388 aa  588  1e-167  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.583299  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3624  L-rhamnose isomerase  73.7 
 
 		 388 aa  570  1e-161  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  decreased coverage  0.000224876  normal  0.0801622 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3306  L-rhamnose isomerase  70.83 
 
 		 388 aa  565  1e-160  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.984678  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1387  L-rhamnose isomerase  70.62 
 
 		 398 aa  563  1.0000000000000001e-159  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.568177  normal  0.0266628 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3107  L-rhamnose isomerase  69.79 
 
 		 388 aa  561  1.0000000000000001e-159  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4391  rhamnose isomerase related  68.95 
 
 		 382 aa  555  1e-157  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0558803  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4478  L-rhamnose isomerase  68.95 
 
 		 382 aa  555  1e-157  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4772  L-rhamnose isomerase  69.21 
 
 		 382 aa  555  1e-157  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4673  L-rhamnose isomerase  73.81 
 
 		 388 aa  555  1e-157  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.239648  normal  0.828695 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0886  L-rhamnose isomerase  70.45 
 
 		 388 aa  550  1e-155  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3703  L-rhamnose isomerase  68.75 
 
 		 387 aa  548  1e-155  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.627849 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29630  L-rhamnose isomerase  65.95 
 
 		 392 aa  518  1e-146  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1680  rhamnose isomerase related  60 
 
 		 405 aa  463  1e-129  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0758424  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2455  rhamnose isomerase-related protein  61.94 
 
 		 396 aa  459  9.999999999999999e-129  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2856  L-rhamnose isomerase  58.62 
 
 		 396 aa  445  1.0000000000000001e-124  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2253  L-rhamnose isomerase  56.01 
 
 		 408 aa  436  1e-121  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00000884653  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0706  L-rhamnose isomerase  55.56 
 
 		 409 aa  419  1e-116  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.422023  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0427  L-rhamnose isomerase  51.83 
 
 		 397 aa  405  1.0000000000000001e-112  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0217069  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1673  L-rhamnose isomerase  50.54 
 
 		 382 aa  392  1e-108  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0909219  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2987  L-rhamnose isomerase  56.85 
 
 		 394 aa  380  1e-104  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.668681  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4811  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  51.41 
 
 		 403 aa  377  1e-103  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0692  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  47.23 
 
 		 428 aa  327  3e-88  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.822847  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0222  L-rhamnose catabolism isomerase  43.56 
 
 		 430 aa  306  3e-82  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.206591 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6706  L-rhamnose catabolism isomerase  42.04 
 
 		 430 aa  304  2.0000000000000002e-81  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.161678 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5806  L-rhamnose catabolism isomerase  41.54 
 
 		 430 aa  303  4.0000000000000003e-81  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.142354  normal  0.0518605 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1726  xylose isomerase-like TIM barrel  43.51 
 
 		 429 aa  298  8e-80  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.302713  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6263  L-rhamnose catabolism isomerase  43.16 
 
 		 430 aa  295  8e-79  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.290662  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2116  L-rhamnose catabolism isomerase  41.11 
 
 		 428 aa  293  3e-78  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.885684  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3573  L-rhamnose catabolism isomerase  44.24 
 
 		 430 aa  293  3e-78  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2213  L-rhamnose catabolism isomerase  41.33 
 
 		 429 aa  289  7e-77  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.118721 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1804  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  41.13 
 
 		 424 aa  283  4.0000000000000003e-75  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4214  xylose isomerase domain-containing protein  40.59 
 
 		 424 aa  281  9e-75  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0943011  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3883  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  39.25 
 
 		 424 aa  273  4.0000000000000004e-72  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4924  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  40.05 
 
 		 424 aa  272  8.000000000000001e-72  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000076523  normal  0.290794 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4611  xylose isomerase domain-containing protein  38.87 
 
 		 427 aa  267  2.9999999999999995e-70  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.28145  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7362  xylose isomerase  27.34 
 
 		 326 aa  75.1  0.000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.730487  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0246  xylose isomerase domain-containing protein  29.03 
 
 		 296 aa  70.1  0.00000000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.483047  normal  0.792489 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0401  xylose isomerase-like TIM barrel  26.55 
 
 		 354 aa  68.6  0.0000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.0010085  n/a   
 
 
-
 
NC_011674  PHATRDRAFT_45308  ribokinase  30.46 
 
 		 709 aa  67  0.0000000006  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.394155  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2108  xylose isomerase-like  28.12 
 
 		 323 aa  65.9  0.000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.546252  normal  0.693114 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0405  xylose isomerase domain-containing protein  29.83 
 
 		 298 aa  64.3  0.000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.601416  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2026  xylose isomerase-like TIM barrel  28.14 
 
 		 380 aa  61.2  0.00000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2175  xylose isomerase  31.02 
 
 		 395 aa  61.2  0.00000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000407625 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0466  xylose isomerase  26.97 
 
 		 392 aa  60.8  0.00000004  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4665  xylose isomerase  26.62 
 
 		 405 aa  60.1  0.00000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.025606  normal  0.682712 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2430  xylose isomerase  28.85 
 
 		 395 aa  58.9  0.0000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.404245  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3973  xylose isomerase  29.5 
 
 		 395 aa  57.8  0.0000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.025652 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2820  xylose isomerase  27.86 
 
 		 436 aa  56.6  0.0000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.489798  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1876  xylose isomerase  24.73 
 
 		 439 aa  56.6  0.0000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.554303  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3307  xylose isomerase  30.41 
 
 		 393 aa  56.2  0.0000009  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0151761 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2622  xylose isomerase  26.35 
 
 		 440 aa  56.2  0.000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.527813 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3592  xylose isomerase  29.5 
 
 		 395 aa  55.5  0.000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.239598  normal  0.862129 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0060  xylose isomerase  25.55 
 
 		 439 aa  54.7  0.000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4155  xylose isomerase  27.91 
 
 		 440 aa  55.1  0.000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1996  xylose isomerase  27.76 
 
 		 434 aa  54.7  0.000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00412566  normal  0.553751 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0181  xylose isomerase  26.33 
 
 		 397 aa  54.7  0.000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4061  xylose isomerase  26.05 
 
 		 440 aa  53.9  0.000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3959  xylose isomerase  26.05 
 
 		 440 aa  53.9  0.000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06190  xylose isomerase  28.87 
 
 		 393 aa  53.5  0.000006  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_01690  xylose isomerase  28.64 
 
 		 397 aa  53.5  0.000006  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4437  xylose isomerase  26.34 
 
 		 440 aa  53.1  0.000008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0078  xylose isomerase  26.98 
 
 		 439 aa  53.1  0.000009  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03417  xylose isomerase  25.58 
 
 		 440 aa  52.8  0.00001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0145  xylose isomerase  25.58 
 
 		 440 aa  52.4  0.00001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5294  xylose isomerase  28 
 
 		 407 aa  52.4  0.00001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.196576 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2644  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.27 
 
 		 332 aa  52.8  0.00001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00164635  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2714  xylose isomerase  27.04 
 
 		 440 aa  52.8  0.00001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0757735  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3768  xylose isomerase  25.58 
 
 		 440 aa  52.8  0.00001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.986128  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0149  xylose isomerase  25.58 
 
 		 440 aa  52.8  0.00001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3888  xylose isomerase  25.58 
 
 		 440 aa  52.8  0.00001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1262  xylose isomerase  27.55 
 
 		 382 aa  52.4  0.00001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00467888 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6633  xylose isomerase  25.4 
 
 		 440 aa  52.4  0.00001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3939  xylose isomerase  26.51 
 
 		 440 aa  52.8  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.619988 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3984  xylose isomerase  26.51 
 
 		 440 aa  52.8  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3857  xylose isomerase  26.51 
 
 		 440 aa  52.8  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3875  xylose isomerase  26.51 
 
 		 440 aa  52.8  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4044  xylose isomerase  26.51 
 
 		 440 aa  52.8  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.177538 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4941  xylose isomerase  25.58 
 
 		 440 aa  52.4  0.00001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0307022 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3832  xylose isomerase  28.18 
 
 		 435 aa  52.4  0.00001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.100149  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03368  hypothetical protein  25.58 
 
 		 440 aa  52.8  0.00001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2064  xylose isomerase  28.57 
 
 		 407 aa  51.6  0.00002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0708  xylose isomerase domain-containing protein  24.09 
 
 		 371 aa  52  0.00002  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  hitchhiker  0.00278763  hitchhiker  0.000000000165231 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6329  xylose isomerase  25.95 
 
 		 440 aa  52  0.00002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.158515  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2827  xylose isomerase  28.12 
 
 		 384 aa  50.8  0.00004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3315  L-rhamnose isomerase  31.35 
 
 		 427 aa  49.7  0.00009  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000556349 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1603  xylose isomerase  30.6 
 
 		 385 aa  49.3  0.0001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6506  xylose isomerase  25.63 
 
 		 440 aa  49.3  0.0001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.254155  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6740  xylose isomerase  25.63 
 
 		 440 aa  49.3  0.0001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0817214  normal  0.561733 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0156  xylose isomerase  26.5 
 
 		 440 aa  49.3  0.0001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5559  xylose isomerase  29.95 
 
 		 385 aa  49.3  0.0001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.324328 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6332  xylose isomerase  25.52 
 
 		 440 aa  48.9  0.0002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2615  xylose isomerase  27.41 
 
 		 433 aa  48.1  0.0002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.242694 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2985  xylose isomerase  28.63 
 
 		 396 aa  48.9  0.0002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0777216  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0150  xylose isomerase  28.17 
 
 		 381 aa  48.9  0.0002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.0857233 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6032  xylose isomerase  25.52 
 
 		 440 aa  48.5  0.0002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.383264  normal  0.793977 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3411  xylose isomerase  27.84 
 
 		 436 aa  48.1  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>