55 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_0222 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011366  Rleg2_5806  L-rhamnose catabolism isomerase  76.76 
 
 		 430 aa  693    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.142354  normal  0.0518605 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6263  L-rhamnose catabolism isomerase  76.29 
 
 		 430 aa  685    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.290662  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0222  L-rhamnose catabolism isomerase  100 
 
 		 430 aa  886    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.206591 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6706  L-rhamnose catabolism isomerase  77 
 
 		 430 aa  694    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.161678 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2116  L-rhamnose catabolism isomerase  73.22 
 
 		 428 aa  624  1e-178  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.885684  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2213  L-rhamnose catabolism isomerase  69.79 
 
 		 429 aa  613  9.999999999999999e-175  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.118721 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3573  L-rhamnose catabolism isomerase  71.06 
 
 		 430 aa  610  1e-173  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1726  xylose isomerase-like TIM barrel  63.95 
 
 		 429 aa  574  1.0000000000000001e-162  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.302713  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0692  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  59.15 
 
 		 428 aa  523  1e-147  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.822847  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1804  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  54.69 
 
 		 424 aa  436  1e-121  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4924  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  53.12 
 
 		 424 aa  433  1e-120  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000076523  normal  0.290794 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4611  xylose isomerase domain-containing protein  49.76 
 
 		 427 aa  434  1e-120  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.28145  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3883  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  54.45 
 
 		 424 aa  424  1e-117  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4214  xylose isomerase domain-containing protein  50.78 
 
 		 424 aa  417  9.999999999999999e-116  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0943011  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0427  L-rhamnose isomerase  48.37 
 
 		 397 aa  386  1e-106  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0217069  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2253  L-rhamnose isomerase  45.61 
 
 		 408 aa  373  1e-102  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00000884653  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1680  rhamnose isomerase related  46.08 
 
 		 405 aa  367  1e-100  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0758424  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4811  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  46.04 
 
 		 403 aa  358  8e-98  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29630  L-rhamnose isomerase  45.91 
 
 		 392 aa  342  9e-93  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2455  rhamnose isomerase-related protein  42.89 
 
 		 396 aa  327  3e-88  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6712  L-rhamnose isomerase  44.81 
 
 		 388 aa  323  3e-87  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.583299  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3107  L-rhamnose isomerase  42.71 
 
 		 388 aa  321  1.9999999999999998e-86  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2856  L-rhamnose isomerase  44.24 
 
 		 396 aa  320  3e-86  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1673  L-rhamnose isomerase  40.57 
 
 		 382 aa  319  6e-86  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0909219  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1387  L-rhamnose isomerase  43.85 
 
 		 398 aa  318  9e-86  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.568177  normal  0.0266628 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0886  L-rhamnose isomerase  45.41 
 
 		 388 aa  318  1e-85  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3306  L-rhamnose isomerase  42.67 
 
 		 388 aa  317  2e-85  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.984678  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3045  L-rhamnose isomerase  41.96 
 
 		 396 aa  316  5e-85  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0111676  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0706  L-rhamnose isomerase  41.77 
 
 		 409 aa  316  6e-85  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.422023  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05810  L-rhamnose isomerase  42.38 
 
 		 391 aa  311  2e-83  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4478  L-rhamnose isomerase  42.6 
 
 		 382 aa  304  2.0000000000000002e-81  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4391  rhamnose isomerase related  42.6 
 
 		 382 aa  304  2.0000000000000002e-81  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0558803  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4772  L-rhamnose isomerase  42.6 
 
 		 382 aa  302  7.000000000000001e-81  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3624  L-rhamnose isomerase  42.48 
 
 		 388 aa  299  6e-80  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  decreased coverage  0.000224876  normal  0.0801622 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0428  L-rhamnose isomerase  42.41 
 
 		 390 aa  294  2e-78  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4673  L-rhamnose isomerase  42.59 
 
 		 388 aa  294  2e-78  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.239648  normal  0.828695 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3703  L-rhamnose isomerase  42.01 
 
 		 387 aa  293  4e-78  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.627849 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2382  L-rhamnose isomerase  43.32 
 
 		 392 aa  293  6e-78  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.781234 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2987  L-rhamnose isomerase  42.68 
 
 		 394 aa  287  2.9999999999999996e-76  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.668681  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0405  xylose isomerase domain-containing protein  29.37 
 
 		 298 aa  72  0.00000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.601416  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7362  xylose isomerase  26.51 
 
 		 326 aa  64.7  0.000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.730487  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2108  xylose isomerase-like  28.65 
 
 		 323 aa  61.6  0.00000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.546252  normal  0.693114 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0272  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.31 
 
 		 308 aa  61.2  0.00000004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0246  xylose isomerase domain-containing protein  24.81 
 
 		 296 aa  60.8  0.00000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.483047  normal  0.792489 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2644  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.26 
 
 		 332 aa  50.1  0.00008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00164635  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0704  xylose isomerase  24.76 
 
 		 386 aa  48.9  0.0002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4665  xylose isomerase  28.81 
 
 		 405 aa  47.4  0.0005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.025606  normal  0.682712 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2026  xylose isomerase-like TIM barrel  24.06 
 
 		 380 aa  47.4  0.0005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0708  xylose isomerase domain-containing protein  23.81 
 
 		 371 aa  47.4  0.0005  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  hitchhiker  0.00278763  hitchhiker  0.000000000165231 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19520  xylose isomerase  23.42 
 
 		 354 aa  47.4  0.0005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011674  PHATRDRAFT_45308  ribokinase  21.63 
 
 		 709 aa  47  0.0007  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.394155  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0466  xylose isomerase  25.62 
 
 		 392 aa  44.3  0.004  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2430  xylose isomerase  23.34 
 
 		 395 aa  44.3  0.005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.404245  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0401  xylose isomerase-like TIM barrel  24.62 
 
 		 354 aa  43.5  0.008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.0010085  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06190  xylose isomerase  26.45 
 
 		 393 aa  43.1  0.01  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>