130 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_3832 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004310  BR0547  xylose isomerase  81.15 
 
 		 435 aa  762    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1176  xylose isomerase  72.98 
 
 		 433 aa  665    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0800628  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0029  xylose isomerase  77.98 
 
 		 436 aa  738    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.280107  normal  0.273997 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2820  xylose isomerase  76.38 
 
 		 436 aa  728    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.489798  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2838  xylose isomerase  72.75 
 
 		 433 aa  665    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0695629  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2615  xylose isomerase  71.59 
 
 		 433 aa  662    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.242694 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0549  xylose isomerase  81.15 
 
 		 435 aa  764    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2789  xylose isomerase  85.09 
 
 		 436 aa  794    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3411  xylose isomerase  82.53 
 
 		 435 aa  770    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1996  xylose isomerase  69.28 
 
 		 434 aa  655    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00412566  normal  0.553751 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3411  xylose isomerase  84.17 
 
 		 436 aa  784    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3832  xylose isomerase  100 
 
 		 435 aa  910    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.100149  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3709  xylose isomerase  84.63 
 
 		 436 aa  789    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.917733 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4155  xylose isomerase  64.14 
 
 		 440 aa  592  1e-168  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0587  xylose isomerase  62.84 
 
 		 441 aa  585  1e-166  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0156  xylose isomerase  63.59 
 
 		 440 aa  587  1e-166  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4437  xylose isomerase  63.68 
 
 		 440 aa  587  1e-166  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4044  xylose isomerase  63.82 
 
 		 440 aa  585  1e-166  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.177538 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4102  xylose isomerase  63.13 
 
 		 439 aa  583  1.0000000000000001e-165  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4161  xylose isomerase  63.13 
 
 		 439 aa  582  1.0000000000000001e-165  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.667715  normal  0.0336803 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0056  xylose isomerase  63.13 
 
 		 439 aa  583  1.0000000000000001e-165  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3939  xylose isomerase  63.59 
 
 		 440 aa  582  1.0000000000000001e-165  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.619988 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3984  xylose isomerase  63.59 
 
 		 440 aa  582  1.0000000000000001e-165  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3857  xylose isomerase  63.59 
 
 		 440 aa  582  1.0000000000000001e-165  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3875  xylose isomerase  63.59 
 
 		 440 aa  582  1.0000000000000001e-165  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0078  xylose isomerase  63.13 
 
 		 439 aa  583  1.0000000000000001e-165  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0060  xylose isomerase  63.82 
 
 		 439 aa  582  1.0000000000000001e-165  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2714  xylose isomerase  62.21 
 
 		 440 aa  579  1e-164  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0757735  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03417  xylose isomerase  61.52 
 
 		 440 aa  572  1.0000000000000001e-162  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2622  xylose isomerase  61.52 
 
 		 440 aa  574  1.0000000000000001e-162  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.527813 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3726  xylose isomerase  62.21 
 
 		 439 aa  572  1.0000000000000001e-162  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.658908  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3768  xylose isomerase  61.52 
 
 		 440 aa  572  1.0000000000000001e-162  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.986128  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4061  xylose isomerase  61.38 
 
 		 440 aa  572  1.0000000000000001e-162  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0098  xylose isomerase  62.44 
 
 		 439 aa  574  1.0000000000000001e-162  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0149  xylose isomerase  61.52 
 
 		 440 aa  572  1.0000000000000001e-162  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3888  xylose isomerase  61.52 
 
 		 440 aa  572  1.0000000000000001e-162  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2342  xylose isomerase  61.75 
 
 		 441 aa  574  1.0000000000000001e-162  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.158471 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3959  xylose isomerase  61.38 
 
 		 440 aa  572  1.0000000000000001e-162  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03368  hypothetical protein  61.52 
 
 		 440 aa  572  1.0000000000000001e-162  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0145  xylose isomerase  61.29 
 
 		 440 aa  570  1e-161  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4941  xylose isomerase  61.52 
 
 		 440 aa  570  1e-161  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0307022 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6633  xylose isomerase  60.37 
 
 		 440 aa  565  1e-160  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6506  xylose isomerase  60.37 
 
 		 440 aa  559  1e-158  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.254155  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6740  xylose isomerase  60.37 
 
 		 440 aa  559  1e-158  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0817214  normal  0.561733 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4207  xylose isomerase  59.91 
 
 		 440 aa  558  1e-158  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.173601  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6329  xylose isomerase  60.37 
 
 		 440 aa  558  1e-158  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.158515  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1876  xylose isomerase  60.37 
 
 		 439 aa  556  1e-157  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.554303  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6332  xylose isomerase  59.68 
 
 		 440 aa  553  1e-156  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6032  xylose isomerase  59.68 
 
 		 440 aa  554  1e-156  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.383264  normal  0.793977 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3002  xylose isomerase  59.91 
 
 		 438 aa  545  1e-154  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.123977  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2338  xylose isomerase  58.76 
 
 		 440 aa  540  9.999999999999999e-153  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0773804  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2883  xylose isomerase  60.14 
 
 		 438 aa  536  1e-151  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.587252 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2303  xylose isomerase  59.68 
 
 		 438 aa  531  1e-150  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.618327  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1733  xylose isomerase  58.88 
 
 		 436 aa  522  1e-147  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.382603  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0757  xylose isomerase  56.65 
 
 		 437 aa  515  1.0000000000000001e-145  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0603  xylose isomerase  53.65 
 
 		 438 aa  479  1e-134  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1757  xylose isomerase  53.88 
 
 		 444 aa  476  1e-133  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19530  xylose isomerase  54.31 
 
 		 439 aa  475  1e-133  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1287  xylose isomerase  52.98 
 
 		 437 aa  473  1e-132  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1124  xylose isomerase  53.46 
 
 		 444 aa  473  1e-132  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000286004  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0454  xylose isomerase  58.88 
 
 		 399 aa  474  1e-132  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1604  xylose isomerase  54.13 
 
 		 442 aa  474  1e-132  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0153  xylose isomerase  51.83 
 
 		 438 aa  469  1.0000000000000001e-131  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1162  xylose isomerase  53.23 
 
 		 444 aa  471  1.0000000000000001e-131  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000276678  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3429  xylose isomerase  52.75 
 
 		 439 aa  471  1.0000000000000001e-131  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.456821  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1219  xylose isomerase  53.36 
 
 		 438 aa  466  9.999999999999999e-131  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.00000357804  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2180  xylose isomerase  51.5 
 
 		 441 aa  459  9.999999999999999e-129  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.000174675  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1929  xylose isomerase  52.76 
 
 		 442 aa  457  1e-127  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.116682  normal  0.849458 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3039  xylose isomerase  50.69 
 
 		 440 aa  456  1e-127  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0349  xylose isomerase  53 
 
 		 443 aa  457  1e-127  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2443  xylose isomerase  50.35 
 
 		 438 aa  453  1.0000000000000001e-126  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2001  xylose isomerase  53.55 
 
 		 441 aa  453  1.0000000000000001e-126  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2504  xylose isomerase  51.61 
 
 		 443 aa  451  1e-125  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.149653  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00110  xylose isomerase  51.72 
 
 		 445 aa  450  1e-125  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03848  xylose isomerase  51.72 
 
 		 445 aa  450  1e-125  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4723  xylose isomerase  53.32 
 
 		 442 aa  451  1e-125  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2688  xylose isomerase  51.83 
 
 		 445 aa  444  1e-123  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011694  PHATRDRAFT_30786  xylose isomerase  49.21 
 
 		 445 aa  436  1e-121  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.133263  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2210  xylose isomerase  49.2 
 
 		 445 aa  427  1e-118  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4384  xylose isomerase  51.75 
 
 		 446 aa  427  1e-118  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0452947  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0130  xylose isomerase  48.45 
 
 		 448 aa  418  1e-116  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  decreased coverage  0.00829449  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0226  xylose isomerase  49.08 
 
 		 438 aa  415  1e-114  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.829605  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1871  xylose isomerase  43.25 
 
 		 449 aa  370  1e-101  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.322052  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1596  xylose isomerase  52.98 
 
 		 389 aa  355  5.999999999999999e-97  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6687  xylose isomerase  32.34 
 
 		 389 aa  114  2.0000000000000002e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.39813 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2430  xylose isomerase  33 
 
 		 395 aa  114  3e-24  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.404245  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2985  xylose isomerase  31.31 
 
 		 396 aa  113  6e-24  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0777216  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2064  xylose isomerase  30.17 
 
 		 407 aa  113  6e-24  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2175  xylose isomerase  32.32 
 
 		 395 aa  111  3e-23  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000407625 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22690  xylose isomerase  30.84 
 
 		 389 aa  109  9.000000000000001e-23  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0987  xylose isomerase  32.53 
 
 		 390 aa  108  2e-22  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0645  xylose isomerase  31.31 
 
 		 396 aa  108  2e-22  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.12173  normal  0.0105473 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1247  xylose isomerase  31.07 
 
 		 382 aa  108  2e-22  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0704  xylose isomerase  30.56 
 
 		 386 aa  107  5e-22  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3973  xylose isomerase  30.8 
 
 		 395 aa  107  6e-22  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.025652 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0150  xylose isomerase  31.35 
 
 		 381 aa  105  1e-21  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.0857233 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3592  xylose isomerase  30.62 
 
 		 395 aa  105  2e-21  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.239598  normal  0.862129 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0466  xylose isomerase  30.98 
 
 		 392 aa  104  3e-21  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2827  xylose isomerase  29.8 
 
 		 384 aa  104  3e-21  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1795  xylose isomerase  31.92 
 
 		 379 aa  104  4e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.000406384  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>