57 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Saro_1726 on replicon NC_007794
Organism: Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007794  Saro_1726  xylose isomerase-like TIM barrel  100 
 
 
429 aa  889    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.302713  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6263  L-rhamnose catabolism isomerase  64.71 
 
 
430 aa  575  1.0000000000000001e-163  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.290662  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0222  L-rhamnose catabolism isomerase  63.98 
 
 
430 aa  570  1e-161  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.206591 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2213  L-rhamnose catabolism isomerase  64.45 
 
 
429 aa  566  1e-160  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.118721 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2116  L-rhamnose catabolism isomerase  63.03 
 
 
428 aa  548  1e-155  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.885684  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6706  L-rhamnose catabolism isomerase  62.65 
 
 
430 aa  550  1e-155  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.161678 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5806  L-rhamnose catabolism isomerase  62.41 
 
 
430 aa  550  1e-155  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.142354  normal  0.0518605 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0692  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  58.55 
 
 
428 aa  509  1e-143  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.822847  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3573  L-rhamnose catabolism isomerase  61.93 
 
 
430 aa  511  1e-143  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4924  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  49.05 
 
 
424 aa  408  1e-113  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000076523  normal  0.290794 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1804  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  49.17 
 
 
424 aa  401  9.999999999999999e-111  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4611  xylose isomerase domain-containing protein  49.14 
 
 
427 aa  393  1e-108  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.28145  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3883  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  49.62 
 
 
424 aa  390  1e-107  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4214  xylose isomerase domain-containing protein  47.9 
 
 
424 aa  390  1e-107  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0943011  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1680  rhamnose isomerase related  46.21 
 
 
405 aa  365  1e-100  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0758424  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0427  L-rhamnose isomerase  46 
 
 
397 aa  366  1e-100  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0217069  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2253  L-rhamnose isomerase  44.14 
 
 
408 aa  345  1e-93  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00000884653  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4811  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  45.43 
 
 
403 aa  342  5e-93  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2856  L-rhamnose isomerase  47.06 
 
 
396 aa  331  2e-89  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2455  rhamnose isomerase-related protein  45.43 
 
 
396 aa  323  4e-87  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29630  L-rhamnose isomerase  44.8 
 
 
392 aa  323  4e-87  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0886  L-rhamnose isomerase  44.88 
 
 
388 aa  315  9e-85  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0706  L-rhamnose isomerase  43.72 
 
 
409 aa  313  2.9999999999999996e-84  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.422023  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3107  L-rhamnose isomerase  42.56 
 
 
388 aa  313  3.9999999999999997e-84  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1387  L-rhamnose isomerase  43.9 
 
 
398 aa  312  9e-84  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.568177  normal  0.0266628 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3045  L-rhamnose isomerase  44 
 
 
396 aa  312  9e-84  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0111676  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05810  L-rhamnose isomerase  44.74 
 
 
391 aa  311  2e-83  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3306  L-rhamnose isomerase  41.88 
 
 
388 aa  306  3e-82  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.984678  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6712  L-rhamnose isomerase  43.78 
 
 
388 aa  306  4.0000000000000004e-82  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.583299  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1673  L-rhamnose isomerase  39.79 
 
 
382 aa  294  2e-78  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0909219  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3624  L-rhamnose isomerase  41.78 
 
 
388 aa  293  5e-78  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  decreased coverage  0.000224876  normal  0.0801622 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4772  L-rhamnose isomerase  42.4 
 
 
382 aa  292  7e-78  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4391  rhamnose isomerase related  42.4 
 
 
382 aa  292  8e-78  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0558803  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4478  L-rhamnose isomerase  42.4 
 
 
382 aa  292  8e-78  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2987  L-rhamnose isomerase  43.43 
 
 
394 aa  288  1e-76  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.668681  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3703  L-rhamnose isomerase  41.55 
 
 
387 aa  285  1.0000000000000001e-75  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.627849 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2382  L-rhamnose isomerase  43.51 
 
 
392 aa  283  6.000000000000001e-75  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.781234 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0428  L-rhamnose isomerase  42.4 
 
 
390 aa  274  2.0000000000000002e-72  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4673  L-rhamnose isomerase  40.38 
 
 
388 aa  263  6.999999999999999e-69  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.239648  normal  0.828695 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0405  xylose isomerase domain-containing protein  29.88 
 
 
298 aa  88.6  2e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.601416  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2108  xylose isomerase-like  26.84 
 
 
323 aa  64.3  0.000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.546252  normal  0.693114 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2644  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.83 
 
 
332 aa  58.9  0.0000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00164635  n/a   
 
 
-
 
NC_011674  PHATRDRAFT_45308  ribokinase  23.29 
 
 
709 aa  58.2  0.0000003  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.394155  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2026  xylose isomerase-like TIM barrel  25.49 
 
 
380 aa  55.5  0.000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4665  xylose isomerase  30.51 
 
 
405 aa  54.3  0.000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.025606  normal  0.682712 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2827  xylose isomerase  24.84 
 
 
384 aa  52.8  0.00001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7362  xylose isomerase  24.43 
 
 
326 aa  53.1  0.00001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.730487  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2430  xylose isomerase  25.7 
 
 
395 aa  50.8  0.00004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.404245  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3307  xylose isomerase  27.22 
 
 
393 aa  50.8  0.00005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0151761 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2175  xylose isomerase  27.47 
 
 
395 aa  50.4  0.00006  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000407625 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0272  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.97 
 
 
308 aa  49.7  0.00009  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0181  xylose isomerase  24.39 
 
 
397 aa  49.3  0.0001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19520  xylose isomerase  23.68 
 
 
354 aa  49.3  0.0001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0466  xylose isomerase  26.27 
 
 
392 aa  48.1  0.0003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06190  xylose isomerase  26.27 
 
 
393 aa  47  0.0007  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_01690  xylose isomerase  26.27 
 
 
397 aa  47  0.0007  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0401  xylose isomerase-like TIM barrel  23.65 
 
 
354 aa  45.8  0.002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.0010085  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>