145 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tfu_1603 on replicon NC_007333
Organism: Thermobifida fusca YX



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007333  Tfu_1603  xylose isomerase  100 
 
 
385 aa  794    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5559  xylose isomerase  76.88 
 
 
385 aa  627  1e-178  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.324328 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0150  xylose isomerase  70.83 
 
 
381 aa  564  1.0000000000000001e-159  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.0857233 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0353  Xylose isomerase  67.27 
 
 
383 aa  541  1e-153  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.539165  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2064  xylose isomerase  64.45 
 
 
407 aa  524  1e-148  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2375  xylose isomerase  63.54 
 
 
387 aa  527  1e-148  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3973  xylose isomerase  65.31 
 
 
395 aa  520  1e-146  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.025652 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2430  xylose isomerase  63.78 
 
 
395 aa  515  1.0000000000000001e-145  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.404245  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6687  xylose isomerase  65.19 
 
 
389 aa  515  1.0000000000000001e-145  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.39813 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3592  xylose isomerase  64.29 
 
 
395 aa  516  1.0000000000000001e-145  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.239598  normal  0.862129 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2175  xylose isomerase  63.01 
 
 
395 aa  511  1e-143  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000407625 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22690  xylose isomerase  65.19 
 
 
389 aa  509  1e-143  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2985  xylose isomerase  63.64 
 
 
396 aa  506  9.999999999999999e-143  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0777216  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1795  xylose isomerase  62.5 
 
 
379 aa  488  1e-137  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.000406384  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3307  xylose isomerase  60.93 
 
 
393 aa  485  1e-136  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0151761 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5294  xylose isomerase  61.32 
 
 
407 aa  487  1e-136  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.196576 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0181  xylose isomerase  59.49 
 
 
397 aa  478  1e-134  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0645  xylose isomerase  59.69 
 
 
396 aa  473  1e-132  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.12173  normal  0.0105473 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3254  xylose isomerase  59.84 
 
 
390 aa  474  1e-132  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.150364 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06190  xylose isomerase  58.7 
 
 
393 aa  460  9.999999999999999e-129  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0466  xylose isomerase  56.74 
 
 
392 aa  456  1e-127  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4665  xylose isomerase  57.58 
 
 
405 aa  452  1.0000000000000001e-126  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.025606  normal  0.682712 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_01690  xylose isomerase  55.87 
 
 
397 aa  436  1e-121  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0987  xylose isomerase  53.85 
 
 
390 aa  431  1e-119  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0695  xylose isomerase  54.55 
 
 
387 aa  422  1e-117  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00591309 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2692  xylose isomerase  53.35 
 
 
403 aa  421  1e-117  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2884  xylose isomerase  55.32 
 
 
389 aa  424  1e-117  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2618  xylose isomerase  55.06 
 
 
389 aa  424  1e-117  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2827  xylose isomerase  54.33 
 
 
384 aa  424  1e-117  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0704  xylose isomerase  55.21 
 
 
386 aa  421  1e-116  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1262  xylose isomerase  55.2 
 
 
382 aa  412  1e-114  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00467888 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1762  xylose isomerase  53.77 
 
 
386 aa  412  1e-114  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0903  xylose isomerase  51.31 
 
 
385 aa  398  1e-109  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.122683 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1247  xylose isomerase  50.79 
 
 
382 aa  397  1e-109  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1287  xylose isomerase  29.7 
 
 
437 aa  110  4.0000000000000004e-23  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2688  xylose isomerase  30.83 
 
 
445 aa  108  2e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1124  xylose isomerase  29.04 
 
 
444 aa  108  2e-22  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000286004  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1162  xylose isomerase  29.04 
 
 
444 aa  108  2e-22  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000276678  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19530  xylose isomerase  29.51 
 
 
439 aa  107  3e-22  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1219  xylose isomerase  29.57 
 
 
438 aa  105  1e-21  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.00000357804  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0603  xylose isomerase  30.59 
 
 
438 aa  105  1e-21  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2210  xylose isomerase  30.08 
 
 
445 aa  104  3e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3709  xylose isomerase  31.1 
 
 
436 aa  103  5e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.917733 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1757  xylose isomerase  29.78 
 
 
444 aa  103  7e-21  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0153  xylose isomerase  31.34 
 
 
438 aa  102  8e-21  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1871  xylose isomerase  29.8 
 
 
449 aa  102  1e-20  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.322052  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3429  xylose isomerase  28.71 
 
 
439 aa  102  1e-20  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.456821  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2180  xylose isomerase  29.02 
 
 
441 aa  100  4e-20  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.000174675  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0130  xylose isomerase  27.47 
 
 
448 aa  100  5e-20  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  decreased coverage  0.00829449  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0060  xylose isomerase  26.07 
 
 
439 aa  100  6e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0226  xylose isomerase  27.1 
 
 
438 aa  100  6e-20  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.829605  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2789  xylose isomerase  30.71 
 
 
436 aa  99.8  8e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2820  xylose isomerase  30.03 
 
 
436 aa  99  1e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.489798  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6332  xylose isomerase  29.1 
 
 
440 aa  99  1e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6032  xylose isomerase  28.91 
 
 
440 aa  99  1e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.383264  normal  0.793977 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3411  xylose isomerase  29.92 
 
 
436 aa  98.6  2e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6506  xylose isomerase  28.73 
 
 
440 aa  97.8  3e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.254155  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1596  xylose isomerase  28.73 
 
 
389 aa  97.8  3e-19  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6740  xylose isomerase  28.73 
 
 
440 aa  97.8  3e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0817214  normal  0.561733 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6329  xylose isomerase  28.73 
 
 
440 aa  97.4  3e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.158515  normal 
 
 
-
 
NC_011694  PHATRDRAFT_30786  xylose isomerase  27.51 
 
 
445 aa  97.4  3e-19  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.133263  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4207  xylose isomerase  30.38 
 
 
440 aa  96.7  6e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.173601  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0547  xylose isomerase  29.53 
 
 
435 aa  96.3  7e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3411  xylose isomerase  29.92 
 
 
435 aa  96.7  7e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1733  xylose isomerase  26.07 
 
 
436 aa  95.9  1e-18  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.382603  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2443  xylose isomerase  27.72 
 
 
438 aa  95.1  2e-18  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3832  xylose isomerase  28.05 
 
 
435 aa  95.1  2e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.100149  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2615  xylose isomerase  29.37 
 
 
433 aa  94.7  2e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.242694 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1996  xylose isomerase  28.71 
 
 
434 aa  94.7  2e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00412566  normal  0.553751 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0454  xylose isomerase  26.64 
 
 
399 aa  95.1  2e-18  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2026  xylose isomerase-like TIM barrel  28.97 
 
 
380 aa  94.4  3e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0549  xylose isomerase  29.13 
 
 
435 aa  94  5e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0349  xylose isomerase  30.62 
 
 
443 aa  92.8  8e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1929  xylose isomerase  27.46 
 
 
442 aa  92  1e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.116682  normal  0.849458 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2838  xylose isomerase  28.8 
 
 
433 aa  92  1e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0695629  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3939  xylose isomerase  25.13 
 
 
440 aa  92.4  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.619988 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3984  xylose isomerase  25.13 
 
 
440 aa  92.4  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3857  xylose isomerase  25.13 
 
 
440 aa  92.4  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3875  xylose isomerase  25.13 
 
 
440 aa  92.4  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4044  xylose isomerase  25.13 
 
 
440 aa  92.8  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.177538 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4941  xylose isomerase  25.44 
 
 
440 aa  92.8  1e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.0307022 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03417  xylose isomerase  25.44 
 
 
440 aa  91.7  2e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0078  xylose isomerase  25.41 
 
 
439 aa  91.7  2e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03368  hypothetical protein  25.44 
 
 
440 aa  91.7  2e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3768  xylose isomerase  25.44 
 
 
440 aa  91.7  2e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.986128  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4061  xylose isomerase  25.44 
 
 
440 aa  91.7  2e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0098  xylose isomerase  25.74 
 
 
439 aa  91.7  2e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0149  xylose isomerase  25.44 
 
 
440 aa  91.7  2e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3888  xylose isomerase  25.44 
 
 
440 aa  91.7  2e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3959  xylose isomerase  25.44 
 
 
440 aa  91.7  2e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1176  xylose isomerase  28.62 
 
 
433 aa  91.3  3e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0800628  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2622  xylose isomerase  27.34 
 
 
440 aa  90.9  3e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.527813 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0029  xylose isomerase  26.33 
 
 
436 aa  90.9  4e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.280107  normal  0.273997 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3726  xylose isomerase  26.03 
 
 
439 aa  90.5  5e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.658908  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4102  xylose isomerase  25.06 
 
 
439 aa  89.7  7e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0056  xylose isomerase  25.06 
 
 
439 aa  89.7  7e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0145  xylose isomerase  25.19 
 
 
440 aa  89.7  8e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2338  xylose isomerase  27.61 
 
 
440 aa  89.4  9e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0773804  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4161  xylose isomerase  25.06 
 
 
439 aa  89.4  9e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.667715  normal  0.0336803 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2342  xylose isomerase  28.05 
 
 
441 aa  89.4  9e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.158471 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>