51 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_3883 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013730  Slin_1804  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  76.89 
 
 		 424 aa  672    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4924  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  75 
 
 		 424 aa  671    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000076523  normal  0.290794 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3883  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  100 
 
 		 424 aa  872    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4214  xylose isomerase domain-containing protein  79.25 
 
 		 424 aa  704    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0943011  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4611  xylose isomerase domain-containing protein  67.29 
 
 		 427 aa  592  1e-168  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.28145  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0692  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  54.29 
 
 		 428 aa  463  1e-129  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.822847  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5806  L-rhamnose catabolism isomerase  55.9 
 
 		 430 aa  449  1e-125  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.142354  normal  0.0518605 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6706  L-rhamnose catabolism isomerase  54.87 
 
 		 430 aa  444  1e-123  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.161678 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2116  L-rhamnose catabolism isomerase  50.59 
 
 		 428 aa  440  9.999999999999999e-123  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.885684  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2213  L-rhamnose catabolism isomerase  50.95 
 
 		 429 aa  441  9.999999999999999e-123  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.118721 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0222  L-rhamnose catabolism isomerase  54.45 
 
 		 430 aa  439  9.999999999999999e-123  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.206591 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6263  L-rhamnose catabolism isomerase  56.02 
 
 		 430 aa  437  1e-121  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.290662  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3573  L-rhamnose catabolism isomerase  57.55 
 
 		 430 aa  417  9.999999999999999e-116  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1726  xylose isomerase-like TIM barrel  49.62 
 
 		 429 aa  403  1e-111  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.302713  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0427  L-rhamnose isomerase  47.19 
 
 		 397 aa  372  1e-102  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0217069  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2856  L-rhamnose isomerase  43.47 
 
 		 396 aa  334  2e-90  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1673  L-rhamnose isomerase  43.12 
 
 		 382 aa  327  2.0000000000000001e-88  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0909219  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2253  L-rhamnose isomerase  42.86 
 
 		 408 aa  314  1.9999999999999998e-84  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00000884653  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1680  rhamnose isomerase related  40.83 
 
 		 405 aa  309  5e-83  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0758424  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2455  rhamnose isomerase-related protein  39.65 
 
 		 396 aa  305  7e-82  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0886  L-rhamnose isomerase  41.19 
 
 		 388 aa  305  1.0000000000000001e-81  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0706  L-rhamnose isomerase  40.58 
 
 		 409 aa  304  2.0000000000000002e-81  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.422023  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29630  L-rhamnose isomerase  42.45 
 
 		 392 aa  303  4.0000000000000003e-81  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3107  L-rhamnose isomerase  42.22 
 
 		 388 aa  301  1e-80  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3045  L-rhamnose isomerase  39.11 
 
 		 396 aa  298  1e-79  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0111676  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4478  L-rhamnose isomerase  41.51 
 
 		 382 aa  297  2e-79  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4391  rhamnose isomerase related  41.51 
 
 		 382 aa  297  2e-79  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0558803  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4772  L-rhamnose isomerase  41.51 
 
 		 382 aa  296  4e-79  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4811  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  40.61 
 
 		 403 aa  293  5e-78  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3306  L-rhamnose isomerase  40.9 
 
 		 388 aa  291  2e-77  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.984678  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1387  L-rhamnose isomerase  40.3 
 
 		 398 aa  288  1e-76  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.568177  normal  0.0266628 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6712  L-rhamnose isomerase  40.32 
 
 		 388 aa  285  9e-76  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.583299  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05810  L-rhamnose isomerase  40.97 
 
 		 391 aa  282  9e-75  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3624  L-rhamnose isomerase  40.47 
 
 		 388 aa  279  6e-74  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  decreased coverage  0.000224876  normal  0.0801622 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2987  L-rhamnose isomerase  41.48 
 
 		 394 aa  279  6e-74  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.668681  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3703  L-rhamnose isomerase  38.34 
 
 		 387 aa  271  2e-71  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.627849 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2382  L-rhamnose isomerase  39.25 
 
 		 392 aa  262  8e-69  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.781234 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0428  L-rhamnose isomerase  38.61 
 
 		 390 aa  261  1e-68  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4673  L-rhamnose isomerase  38.17 
 
 		 388 aa  258  1e-67  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.239648  normal  0.828695 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0405  xylose isomerase domain-containing protein  27.52 
 
 		 298 aa  77.4  0.0000000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.601416  normal  1 
 
 
-
 
NC_011674  PHATRDRAFT_45308  ribokinase  24.7 
 
 		 709 aa  72  0.00000000002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.394155  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2108  xylose isomerase-like  26.85 
 
 		 323 aa  66.2  0.000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.546252  normal  0.693114 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7362  xylose isomerase  23.64 
 
 		 326 aa  60.8  0.00000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.730487  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0246  xylose isomerase domain-containing protein  24.22 
 
 		 296 aa  60.5  0.00000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.483047  normal  0.792489 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2644  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.21 
 
 		 332 aa  60.1  0.00000008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00164635  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0272  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.43 
 
 		 308 aa  60.1  0.00000008  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2026  xylose isomerase-like TIM barrel  26.28 
 
 		 380 aa  59.7  0.0000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19520  xylose isomerase  24.58 
 
 		 354 aa  57.8  0.0000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0401  xylose isomerase-like TIM barrel  22.69 
 
 		 354 aa  51.2  0.00003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.0010085  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1696  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.23 
 
 		 368 aa  46.6  0.0008  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1262  xylose isomerase  25.17 
 
 		 382 aa  44.7  0.003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00467888 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>