135 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_2375 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008699  Noca_2375  xylose isomerase  100 
 
 		 387 aa  791    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0353  Xylose isomerase  68.49 
 
 		 383 aa  548  1e-155  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.539165  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0150  xylose isomerase  67.8 
 
 		 381 aa  544  1e-153  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.0857233 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3254  xylose isomerase  67.1 
 
 		 390 aa  538  9.999999999999999e-153  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.150364 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5559  xylose isomerase  65.62 
 
 		 385 aa  533  1e-150  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.324328 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1603  xylose isomerase  63.54 
 
 		 385 aa  527  1e-148  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2064  xylose isomerase  63.52 
 
 		 407 aa  526  1e-148  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22690  xylose isomerase  64.58 
 
 		 389 aa  521  1e-147  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3592  xylose isomerase  66.24 
 
 		 395 aa  523  1e-147  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.239598  normal  0.862129 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1795  xylose isomerase  65.69 
 
 		 379 aa  519  1e-146  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.000406384  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6687  xylose isomerase  63.66 
 
 		 389 aa  519  1e-146  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.39813 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3973  xylose isomerase  65.73 
 
 		 395 aa  517  1.0000000000000001e-145  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.025652 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2985  xylose isomerase  63.27 
 
 		 396 aa  508  1e-143  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0777216  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2175  xylose isomerase  62.18 
 
 		 395 aa  500  1e-140  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000407625 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2430  xylose isomerase  62.69 
 
 		 395 aa  495  1e-139  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.404245  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5294  xylose isomerase  59.75 
 
 		 407 aa  474  1e-133  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.196576 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3307  xylose isomerase  60.26 
 
 		 393 aa  475  1e-133  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0151761 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0181  xylose isomerase  58.42 
 
 		 397 aa  473  1e-132  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0466  xylose isomerase  59.13 
 
 		 392 aa  469  1.0000000000000001e-131  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4665  xylose isomerase  60.05 
 
 		 405 aa  466  9.999999999999999e-131  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.025606  normal  0.682712 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06190  xylose isomerase  58.81 
 
 		 393 aa  462  1e-129  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0645  xylose isomerase  59.08 
 
 		 396 aa  459  9.999999999999999e-129  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.12173  normal  0.0105473 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_01690  xylose isomerase  58.62 
 
 		 397 aa  457  1e-127  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2827  xylose isomerase  55.99 
 
 		 384 aa  426  1e-118  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2884  xylose isomerase  55.32 
 
 		 389 aa  418  1e-116  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2618  xylose isomerase  56.1 
 
 		 389 aa  419  1e-116  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0987  xylose isomerase  51.93 
 
 		 390 aa  419  1e-116  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1762  xylose isomerase  53.58 
 
 		 386 aa  395  1e-109  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1262  xylose isomerase  54.28 
 
 		 382 aa  392  1e-108  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00467888 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1247  xylose isomerase  52.25 
 
 		 382 aa  394  1e-108  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0695  xylose isomerase  52.33 
 
 		 387 aa  393  1e-108  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00591309 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2692  xylose isomerase  50.13 
 
 		 403 aa  390  1e-107  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0704  xylose isomerase  52.47 
 
 		 386 aa  389  1e-107  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0903  xylose isomerase  46.74 
 
 		 385 aa  366  1e-100  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.122683 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19530  xylose isomerase  28.48 
 
 		 439 aa  100  3e-20  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2180  xylose isomerase  30.69 
 
 		 441 aa  100  6e-20  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.000174675  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3709  xylose isomerase  31.15 
 
 		 436 aa  97.1  5e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.917733 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1733  xylose isomerase  29.08 
 
 		 436 aa  96.7  6e-19  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.382603  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3411  xylose isomerase  30.82 
 
 		 436 aa  96.7  6e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0454  xylose isomerase  28.67 
 
 		 399 aa  95.5  1e-18  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2026  xylose isomerase-like TIM barrel  26.92 
 
 		 380 aa  95.5  2e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2688  xylose isomerase  33 
 
 		 445 aa  94.7  2e-18  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1219  xylose isomerase  28.16 
 
 		 438 aa  95.1  2e-18  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.00000357804  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2820  xylose isomerase  30.49 
 
 		 436 aa  94.4  3e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.489798  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4207  xylose isomerase  25.65 
 
 		 440 aa  94  4e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.173601  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3411  xylose isomerase  31.78 
 
 		 435 aa  93.6  5e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6506  xylose isomerase  25.51 
 
 		 440 aa  93.2  6e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.254155  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6332  xylose isomerase  25.56 
 
 		 440 aa  93.2  6e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6740  xylose isomerase  25.51 
 
 		 440 aa  93.2  6e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0817214  normal  0.561733 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2789  xylose isomerase  30.49 
 
 		 436 aa  93.2  6e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6329  xylose isomerase  25.51 
 
 		 440 aa  93.2  7e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.158515  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6032  xylose isomerase  25.56 
 
 		 440 aa  93.2  7e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.383264  normal  0.793977 
 
 
-
 
NC_004310  BR0547  xylose isomerase  31.78 
 
 		 435 aa  92.8  9e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2342  xylose isomerase  29 
 
 		 441 aa  92.8  9e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.158471 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1287  xylose isomerase  29.48 
 
 		 437 aa  91.7  2e-17  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1696  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.3 
 
 		 368 aa  91.3  2e-17  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0603  xylose isomerase  28.25 
 
 		 438 aa  91.3  2e-17  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1757  xylose isomerase  26.55 
 
 		 444 aa  91.3  3e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0549  xylose isomerase  31.4 
 
 		 435 aa  90.9  4e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3832  xylose isomerase  28.85 
 
 		 435 aa  90.9  4e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.100149  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0060  xylose isomerase  27.12 
 
 		 439 aa  90.9  4e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011694  PHATRDRAFT_30786  xylose isomerase  28.99 
 
 		 445 aa  90.1  6e-17  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.133263  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3939  xylose isomerase  26.71 
 
 		 440 aa  89.7  7e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.619988 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3984  xylose isomerase  26.71 
 
 		 440 aa  89.7  7e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3857  xylose isomerase  26.71 
 
 		 440 aa  89.7  7e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3875  xylose isomerase  26.71 
 
 		 440 aa  89.7  7e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4044  xylose isomerase  26.71 
 
 		 440 aa  89.7  7e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.177538 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2338  xylose isomerase  28.44 
 
 		 440 aa  89  1e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0773804  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1596  xylose isomerase  30.63 
 
 		 389 aa  88.6  2e-16  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2615  xylose isomerase  29.18 
 
 		 433 aa  88.2  2e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.242694 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1871  xylose isomerase  27.72 
 
 		 449 aa  88.6  2e-16  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.322052  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1876  xylose isomerase  24.55 
 
 		 439 aa  87  4e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.554303  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0098  xylose isomerase  26.78 
 
 		 439 aa  87  4e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2443  xylose isomerase  28.63 
 
 		 438 aa  87.4  4e-16  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3429  xylose isomerase  26.86 
 
 		 439 aa  87.4  4e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.456821  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2622  xylose isomerase  27.46 
 
 		 440 aa  86.7  7e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.527813 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3002  xylose isomerase  27.27 
 
 		 438 aa  85.9  0.000000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.123977  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0156  xylose isomerase  25.81 
 
 		 440 aa  85.9  0.000000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1124  xylose isomerase  28.21 
 
 		 444 aa  85.9  0.000000000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000286004  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0349  xylose isomerase  28.63 
 
 		 443 aa  85.9  0.000000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0153  xylose isomerase  27.04 
 
 		 438 aa  85.9  0.000000000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1162  xylose isomerase  28.21 
 
 		 444 aa  85.9  0.000000000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000276678  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6633  xylose isomerase  27.46 
 
 		 440 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03417  xylose isomerase  26.71 
 
 		 440 aa  85.1  0.000000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0145  xylose isomerase  26.71 
 
 		 440 aa  85.1  0.000000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3768  xylose isomerase  26.71 
 
 		 440 aa  85.1  0.000000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.986128  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4061  xylose isomerase  26.71 
 
 		 440 aa  85.1  0.000000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1996  xylose isomerase  28.48 
 
 		 434 aa  85.1  0.000000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00412566  normal  0.553751 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0226  xylose isomerase  27.88 
 
 		 438 aa  85.1  0.000000000000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.829605  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0149  xylose isomerase  26.71 
 
 		 440 aa  85.1  0.000000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3888  xylose isomerase  26.71 
 
 		 440 aa  85.1  0.000000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3959  xylose isomerase  26.71 
 
 		 440 aa  85.1  0.000000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4941  xylose isomerase  26.71 
 
 		 440 aa  85.1  0.000000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0307022 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03368  hypothetical protein  26.71 
 
 		 440 aa  85.1  0.000000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0078  xylose isomerase  26.8 
 
 		 439 aa  84.3  0.000000000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1176  xylose isomerase  28.85 
 
 		 433 aa  84  0.000000000000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0800628  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0029  xylose isomerase  26.23 
 
 		 436 aa  84  0.000000000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.280107  normal  0.273997 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3726  xylose isomerase  26.71 
 
 		 439 aa  84  0.000000000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.658908  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2838  xylose isomerase  28.67 
 
 		 433 aa  83.2  0.000000000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0695629  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4102  xylose isomerase  24.81 
 
 		 439 aa  83.2  0.000000000000007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>