129 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_2789 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004310  BR0547  xylose isomerase  84.17 
 
 		 435 aa  778    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1176  xylose isomerase  73.73 
 
 		 433 aa  670    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0800628  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0029  xylose isomerase  78.67 
 
 		 436 aa  747    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.280107  normal  0.273997 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2820  xylose isomerase  78.44 
 
 		 436 aa  743    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.489798  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2838  xylose isomerase  73.96 
 
 		 433 aa  671    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0695629  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2615  xylose isomerase  73.5 
 
 		 433 aa  676    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.242694 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0549  xylose isomerase  84.17 
 
 		 435 aa  779    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2789  xylose isomerase  100 
 
 		 436 aa  905    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3411  xylose isomerase  84.86 
 
 		 435 aa  783    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1996  xylose isomerase  68.89 
 
 		 434 aa  651    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00412566  normal  0.553751 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3411  xylose isomerase  86.93 
 
 		 436 aa  814    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3832  xylose isomerase  85.09 
 
 		 435 aa  794    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.100149  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3709  xylose isomerase  86.7 
 
 		 436 aa  812    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.917733 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2714  xylose isomerase  65.21 
 
 		 440 aa  595  1e-169  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0757735  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0587  xylose isomerase  63.3 
 
 		 441 aa  587  1e-166  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0156  xylose isomerase  62.99 
 
 		 440 aa  582  1.0000000000000001e-165  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4437  xylose isomerase  63.91 
 
 		 440 aa  583  1.0000000000000001e-165  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3939  xylose isomerase  62.99 
 
 		 440 aa  579  1e-164  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.619988 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3984  xylose isomerase  62.99 
 
 		 440 aa  579  1e-164  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3857  xylose isomerase  62.99 
 
 		 440 aa  579  1e-164  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3875  xylose isomerase  62.99 
 
 		 440 aa  579  1e-164  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4044  xylose isomerase  62.99 
 
 		 440 aa  580  1e-164  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.177538 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4155  xylose isomerase  63.22 
 
 		 440 aa  578  1e-164  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03417  xylose isomerase  62.53 
 
 		 440 aa  575  1.0000000000000001e-163  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0145  xylose isomerase  62.53 
 
 		 440 aa  575  1.0000000000000001e-163  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4102  xylose isomerase  62.44 
 
 		 439 aa  575  1.0000000000000001e-163  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3768  xylose isomerase  62.53 
 
 		 440 aa  575  1.0000000000000001e-163  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.986128  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4061  xylose isomerase  62.53 
 
 		 440 aa  576  1.0000000000000001e-163  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4161  xylose isomerase  62.44 
 
 		 439 aa  575  1.0000000000000001e-163  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.667715  normal  0.0336803 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0056  xylose isomerase  62.44 
 
 		 439 aa  575  1.0000000000000001e-163  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0149  xylose isomerase  62.53 
 
 		 440 aa  575  1.0000000000000001e-163  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3888  xylose isomerase  62.53 
 
 		 440 aa  575  1.0000000000000001e-163  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3959  xylose isomerase  62.53 
 
 		 440 aa  576  1.0000000000000001e-163  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03368  hypothetical protein  62.53 
 
 		 440 aa  575  1.0000000000000001e-163  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2342  xylose isomerase  61.29 
 
 		 441 aa  573  1.0000000000000001e-162  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.158471 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4941  xylose isomerase  62.53 
 
 		 440 aa  573  1.0000000000000001e-162  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0307022 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0060  xylose isomerase  62.53 
 
 		 439 aa  573  1.0000000000000001e-162  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6506  xylose isomerase  62.21 
 
 		 440 aa  569  1e-161  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.254155  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6740  xylose isomerase  62.21 
 
 		 440 aa  569  1e-161  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0817214  normal  0.561733 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6329  xylose isomerase  62.21 
 
 		 440 aa  569  1e-161  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.158515  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0078  xylose isomerase  61.84 
 
 		 439 aa  570  1e-161  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2622  xylose isomerase  61.06 
 
 		 440 aa  567  1e-160  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.527813 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6332  xylose isomerase  61.75 
 
 		 440 aa  566  1e-160  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4207  xylose isomerase  61.52 
 
 		 440 aa  566  1e-160  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.173601  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6032  xylose isomerase  61.75 
 
 		 440 aa  566  1e-160  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.383264  normal  0.793977 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3726  xylose isomerase  61.84 
 
 		 439 aa  563  1.0000000000000001e-159  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.658908  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0098  xylose isomerase  61.75 
 
 		 439 aa  562  1.0000000000000001e-159  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6633  xylose isomerase  60.37 
 
 		 440 aa  563  1.0000000000000001e-159  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3002  xylose isomerase  60.6 
 
 		 438 aa  552  1e-156  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.123977  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1876  xylose isomerase  59.22 
 
 		 439 aa  552  1e-156  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.554303  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2338  xylose isomerase  61.06 
 
 		 440 aa  547  1e-154  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0773804  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2883  xylose isomerase  60.83 
 
 		 438 aa  543  1e-153  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.587252 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2303  xylose isomerase  60.14 
 
 		 438 aa  539  9.999999999999999e-153  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.618327  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1733  xylose isomerase  58.55 
 
 		 436 aa  520  1e-146  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.382603  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0757  xylose isomerase  56.65 
 
 		 437 aa  509  1e-143  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0603  xylose isomerase  53.92 
 
 		 438 aa  485  1e-136  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3429  xylose isomerase  53.35 
 
 		 439 aa  481  1e-135  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.456821  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19530  xylose isomerase  54.57 
 
 		 439 aa  483  1e-135  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0153  xylose isomerase  52.52 
 
 		 438 aa  478  1e-134  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0454  xylose isomerase  58.52 
 
 		 399 aa  476  1e-133  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1287  xylose isomerase  52.3 
 
 		 437 aa  472  1e-132  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1124  xylose isomerase  52.76 
 
 		 444 aa  472  1e-132  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000286004  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1757  xylose isomerase  53.15 
 
 		 444 aa  474  1e-132  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1219  xylose isomerase  52.9 
 
 		 438 aa  468  1.0000000000000001e-131  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.00000357804  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1162  xylose isomerase  52.53 
 
 		 444 aa  469  1.0000000000000001e-131  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000276678  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1604  xylose isomerase  53.46 
 
 		 442 aa  468  1.0000000000000001e-131  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2180  xylose isomerase  51.73 
 
 		 441 aa  465  9.999999999999999e-131  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.000174675  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0349  xylose isomerase  53 
 
 		 443 aa  465  9.999999999999999e-131  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3039  xylose isomerase  50.23 
 
 		 440 aa  454  1.0000000000000001e-126  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1929  xylose isomerase  51.38 
 
 		 442 aa  453  1.0000000000000001e-126  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.116682  normal  0.849458 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2443  xylose isomerase  49.77 
 
 		 438 aa  446  1.0000000000000001e-124  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2688  xylose isomerase  51.61 
 
 		 445 aa  447  1.0000000000000001e-124  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2001  xylose isomerase  51.38 
 
 		 441 aa  442  1e-123  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2504  xylose isomerase  50.23 
 
 		 443 aa  441  9.999999999999999e-123  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.149653  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00110  xylose isomerase  50.92 
 
 		 445 aa  440  9.999999999999999e-123  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03848  xylose isomerase  50.92 
 
 		 445 aa  440  9.999999999999999e-123  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4723  xylose isomerase  51.95 
 
 		 442 aa  441  9.999999999999999e-123  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011694  PHATRDRAFT_30786  xylose isomerase  48.75 
 
 		 445 aa  437  1e-121  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.133263  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2210  xylose isomerase  48.51 
 
 		 445 aa  431  1e-120  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4384  xylose isomerase  51.52 
 
 		 446 aa  427  1e-118  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0452947  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0226  xylose isomerase  49.77 
 
 		 438 aa  421  1e-116  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.829605  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0130  xylose isomerase  47.97 
 
 		 448 aa  415  9.999999999999999e-116  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  decreased coverage  0.00829449  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1871  xylose isomerase  43.51 
 
 		 449 aa  371  1e-101  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.322052  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1596  xylose isomerase  50.16 
 
 		 389 aa  345  1e-93  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2430  xylose isomerase  33 
 
 		 395 aa  111  2.0000000000000002e-23  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.404245  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2985  xylose isomerase  32.28 
 
 		 396 aa  110  5e-23  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0777216  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22690  xylose isomerase  31.5 
 
 		 389 aa  109  1e-22  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0181  xylose isomerase  29.68 
 
 		 397 aa  108  2e-22  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6687  xylose isomerase  32.28 
 
 		 389 aa  108  2e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.39813 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0704  xylose isomerase  29.81 
 
 		 386 aa  107  4e-22  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2064  xylose isomerase  29.83 
 
 		 407 aa  107  5e-22  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0466  xylose isomerase  31.76 
 
 		 392 aa  106  6e-22  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3973  xylose isomerase  31.95 
 
 		 395 aa  106  6e-22  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.025652 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0987  xylose isomerase  32.07 
 
 		 390 aa  106  8e-22  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0645  xylose isomerase  31.82 
 
 		 396 aa  106  1e-21  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.12173  normal  0.0105473 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2175  xylose isomerase  32.32 
 
 		 395 aa  105  2e-21  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000407625 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3592  xylose isomerase  31.89 
 
 		 395 aa  104  3e-21  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.239598  normal  0.862129 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0150  xylose isomerase  31.83 
 
 		 381 aa  104  3e-21  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.0857233 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06190  xylose isomerase  31.76 
 
 		 393 aa  104  4e-21  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5559  xylose isomerase  31.35 
 
 		 385 aa  103  8e-21  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.324328 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>