279 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ndas_0554 on replicon NC_014210
Organism: Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014210  Ndas_0554  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  100 
 
 		 275 aa  541  1e-153  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2842  Hydroxypyruvate isomerase  57.03 
 
 		 271 aa  286  2e-76  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0814661  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_08170  hydroxypyruvate isomerase  56.54 
 
 		 276 aa  279  3e-74  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.461944  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3436  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  54.69 
 
 		 266 aa  275  5e-73  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3689  xylose isomerase domain-containing protein  53.12 
 
 		 266 aa  271  7e-72  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0246  Hydroxypyruvate isomerase  55.42 
 
 		 277 aa  266  2e-70  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0721  Hydroxypyruvate isomerase  51.94 
 
 		 265 aa  250  2e-65  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0339  Hydroxypyruvate isomerase  47.39 
 
 		 267 aa  235  7e-61  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3558  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  45.28 
 
 		 269 aa  200  1.9999999999999998e-50  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2546  Hydroxypyruvate isomerase  43.78 
 
 		 265 aa  189  4e-47  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0308483  normal  0.0587902 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4730  Hydroxypyruvate isomerase  41.76 
 
 		 275 aa  174  9.999999999999999e-43  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2851  hydroxypyruvate isomerase  44.35 
 
 		 270 aa  160  2e-38  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.000102215  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1924  Hydroxypyruvate isomerase  38.13 
 
 		 280 aa  150  2e-35  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00000000334865  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3378  hydroxypyruvate isomerase  34 
 
 		 264 aa  145  1e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.490297  normal  0.0397331 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0958  hydroxypyruvate isomerase  33.83 
 
 		 267 aa  142  5e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3088  hydroxypyruvate isomerase  34.44 
 
 		 263 aa  139  7e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.645228  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4719  hydroxypyruvate isomerase  37.5 
 
 		 258 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00317481 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1174  hydroxypyruvate isomerase  33.33 
 
 		 262 aa  135  5e-31  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.970176  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3741  hydroxypyruvate isomerase  31.6 
 
 		 259 aa  134  9.999999999999999e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.476363  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1134  hydroxypyruvate isomerase  33.21 
 
 		 259 aa  134  1.9999999999999998e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.852559 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2118  hydroxypyruvate isomerase  35.5 
 
 		 266 aa  134  1.9999999999999998e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0266277 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4572  hydroxypyruvate isomerase  39.04 
 
 		 258 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0168162 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1597  hydroxypyruvate isomerase  33.6 
 
 		 260 aa  133  3e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00143749  normal  0.674901 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3955  hydroxypyruvate isomerase  32.44 
 
 		 259 aa  132  3.9999999999999996e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4202  hydroxypyruvate isomerase  38.25 
 
 		 268 aa  132  9e-30  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.407118 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4459  xylose isomerase-like TIM barrel  34.71 
 
 		 255 aa  131  1.0000000000000001e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1918  Hydroxypyruvate isomerase  31.03 
 
 		 260 aa  129  6e-29  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0177301  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1158  hydroxypyruvate isomerase  35.6 
 
 		 268 aa  129  6e-29  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.671898  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4309  hydroxypyruvate isomerase  33.2 
 
 		 271 aa  127  1.0000000000000001e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0533507 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4562  hydroxypyruvate isomerase  33.97 
 
 		 259 aa  127  2.0000000000000002e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.427343  normal  0.384122 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2613  hydroxypyruvate isomerase  32.59 
 
 		 267 aa  127  2.0000000000000002e-28  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1298  hydroxypyruvate isomerase  31.58 
 
 		 259 aa  127  2.0000000000000002e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5560  hydroxypyruvate isomerase  32.8 
 
 		 261 aa  125  8.000000000000001e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.446227  normal  0.0996892 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3282  hydroxypyruvate isomerase protein  34.26 
 
 		 260 aa  125  1e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.257483  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0567  hydroxypyruvate isomerase  30.52 
 
 		 258 aa  122  7e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0572  hydroxypyruvate isomerase  30.52 
 
 		 258 aa  122  7e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2770  hydroxypyruvate isomerase  33.2 
 
 		 265 aa  122  9e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0252433  normal  0.732675 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3623  hydroxypyruvate isomerase  32 
 
 		 260 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0459  hydroxypyruvate isomerase  31.6 
 
 		 264 aa  121  9.999999999999999e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0230369  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0565  hydroxypyruvate isomerase  30.12 
 
 		 258 aa  120  1.9999999999999998e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.551663  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3181  hydroxypyruvate isomerase  31.87 
 
 		 262 aa  120  1.9999999999999998e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.365148  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3863  hydroxypyruvate isomerase  32 
 
 		 260 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.531245  normal  0.545966 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1571  hydroxypyruvate isomerase  29.96 
 
 		 260 aa  120  3e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.148654  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4298  hydroxypyruvate isomerase  31.2 
 
 		 260 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0626  hydroxypyruvate isomerase  30.12 
 
 		 258 aa  119  4.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.396658  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2365  hydroxypyruvate isomerase  34.48 
 
 		 266 aa  119  7.999999999999999e-26  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45010  putative hydroxypyruvate isomerase  30.22 
 
 		 260 aa  118  7.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.224213  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3830  hydroxypyruvate isomerase  29.85 
 
 		 260 aa  117  9.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2140  Hydroxypyruvate isomerase  35.18 
 
 		 273 aa  118  9.999999999999999e-26  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3152  hydroxypyruvate isomerase  31.33 
 
 		 260 aa  118  9.999999999999999e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5927  Hydroxypyruvate isomerase  32.67 
 
 		 262 aa  116  3e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3317  xylose isomerase-like TIM barrel  29.88 
 
 		 257 aa  116  3e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.695295  hitchhiker  0.00275233 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2172  hydroxypyruvate isomerase  31.58 
 
 		 269 aa  115  5e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.42054  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2311  hydroxypyruvate isomerase  30.4 
 
 		 256 aa  115  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.279204  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3479  hydroxypyruvate isomerase  30.92 
 
 		 260 aa  115  6.9999999999999995e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2929  hydroxypyruvate isomerase  34.78 
 
 		 263 aa  115  6.9999999999999995e-25  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.452433 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2461  hydroxypyruvate isomerase  30.4 
 
 		 269 aa  115  7.999999999999999e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.731976  normal  0.599526 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2425  hydroxypyruvate isomerase  33.96 
 
 		 262 aa  115  8.999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2260  hydroxypyruvate isomerase  33.96 
 
 		 262 aa  115  8.999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.654587  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2300  hydroxypyruvate isomerase  33.96 
 
 		 262 aa  115  8.999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.946761  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2745  AP endonuclease  30.52 
 
 		 264 aa  114  1.0000000000000001e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.978898  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1461  AP endonuclease  30.52 
 
 		 264 aa  114  1.0000000000000001e-24  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.331039  normal  0.325369 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2823  hydroxypyruvate isomerase  30.52 
 
 		 264 aa  114  1.0000000000000001e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0609  hydroxypyruvate isomerase  28.11 
 
 		 258 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3457  Hydroxypyruvate isomerase  31.45 
 
 		 273 aa  114  2.0000000000000002e-24  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000196511  decreased coverage  0.00813341 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6200  hydroxypyruvate isomerase  30.94 
 
 		 269 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0219655  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1902  hydroxypyruvate isomerase  31.32 
 
 		 269 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000606406 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1816  hydroxypyruvate isomerase  30.94 
 
 		 269 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1879  hydroxypyruvate isomerase  30.94 
 
 		 269 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0860973  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1788  hydroxypyruvate isomerase  30.94 
 
 		 269 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5179  hydroxypyruvate isomerase  30.94 
 
 		 269 aa  114  3e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.265819  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0582  hydroxypyruvate isomerase  28.11 
 
 		 258 aa  113  3e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2368  hydroxypyruvate isomerase  28.4 
 
 		 259 aa  113  3e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.592212  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3114  hydroxypyruvate isomerase  28.11 
 
 		 258 aa  113  3e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.334824 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1133  hydroxypyruvate isomerase  33.08 
 
 		 260 aa  113  3e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.926547  normal  0.304342 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0545  hydroxypyruvate isomerase  28.11 
 
 		 258 aa  113  3e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00458  hydroxypyruvate isomerase  28.11 
 
 		 258 aa  113  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.751856  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3104  hydroxypyruvate isomerase  28.11 
 
 		 258 aa  113  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00463  hypothetical protein  28.11 
 
 		 258 aa  113  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0652  hypothetical protein  34.21 
 
 		 265 aa  112  5e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0551  hydroxypyruvate isomerase  28.11 
 
 		 258 aa  112  5e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1781  hydroxypyruvate isomerase  29.6 
 
 		 269 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.168778  normal  0.857209 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3195  hydroxypyruvate isomerase  33.86 
 
 		 263 aa  112  8.000000000000001e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.568718  normal  0.0120723 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1395  hydroxypyruvate isomerase  30.94 
 
 		 269 aa  112  9e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0279437  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04753  hydroxypyruvate isomerase  26.51 
 
 		 258 aa  109  5e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2169  hydroxypyruvate isomerase  31.47 
 
 		 262 aa  109  6e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.196604  normal  0.222817 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0147  hydroxypyruvate isomerase, putative  29.6 
 
 		 261 aa  108  7.000000000000001e-23  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.999741  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3449  xylose isomerase-like TIM barrel  29.2 
 
 		 271 aa  108  7.000000000000001e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0132  putative hydroxypyruvate isomerase  29.6 
 
 		 261 aa  108  7.000000000000001e-23  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4320  hydroxypyruvate isomerase  33.07 
 
 		 258 aa  108  1e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.166388  normal  0.0980927 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4865  hydroxypyruvate isomerase Gcxl  26.1 
 
 		 260 aa  107  2e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.798851  normal  0.469511 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3292  hydroxypyruvate isomerase  29.32 
 
 		 260 aa  107  2e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.202186  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4427  hydroxypyruvate isomerase  31.08 
 
 		 262 aa  107  2e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.198005  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1621  hydroxypyruvate isomerase  30.28 
 
 		 266 aa  107  2e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.377689  normal  0.533551 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3413  Hydroxypyruvate isomerase  31.2 
 
 		 262 aa  106  3e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07150  hypothetical protein  32.33 
 
 		 265 aa  107  3e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0211  hydroxypyruvate isomerase  26.1 
 
 		 258 aa  105  6e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1026  hydroxypyruvate isomerase  32.4 
 
 		 267 aa  105  8e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.43264  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3496  hydroxypyruvate isomerase  31.87 
 
 		 258 aa  105  8e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0849997  normal  0.283205 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2625  hydroxypyruvate isomerase  33.6 
 
 		 260 aa  105  9e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.90554  normal  0.173091 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>