76 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_7367 on replicon NC_007488
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007488  RSP_7367  AbrB protein (AidB regulator)  100 
 
 		 354 aa  655    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4953  putative ammonia monooxygenase  57.14 
 
 		 356 aa  317  2e-85  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.365328  normal  0.422163 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0189  putative ammonia monooxygenase  37.46 
 
 		 352 aa  186  5e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.931421 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3112  putative ammonia monooxygenase  38.46 
 
 		 362 aa  179  4.999999999999999e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.536468  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3968  membrane protein AbrB duplication  35.38 
 
 		 352 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3277  hypothetical protein  37.57 
 
 		 338 aa  173  5e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.187445  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4158  membrane protein AbrB duplication  35.67 
 
 		 352 aa  170  4e-41  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.206949  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0189  membrane protein AbrB duplication  34.69 
 
 		 352 aa  167  2.9999999999999998e-40  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.331047  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00675  predicted regulator  33.53 
 
 		 348 aa  165  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00664  hypothetical protein  33.53 
 
 		 348 aa  165  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.931269  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2940  membrane protein AbrB duplication  33.53 
 
 		 348 aa  165  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0763  protein AbrB  33.53 
 
 		 348 aa  165  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0631  protein AbrB  33.24 
 
 		 348 aa  163  3e-39  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0729  protein AbrB  33.53 
 
 		 348 aa  164  3e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.218547  normal  0.802179 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2921  membrane protein AbrB duplication  33.53 
 
 		 348 aa  163  4.0000000000000004e-39  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.506523  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0804  protein AbrB  33.53 
 
 		 348 aa  163  4.0000000000000004e-39  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.54374  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3287  membrane protein AbrB duplication  37.97 
 
 		 361 aa  163  5.0000000000000005e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0949194  normal  0.244469 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3334  putative ammonia monooxygenase  37.32 
 
 		 362 aa  157  2e-37  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.973384  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0238  membrane protein AbrB duplication  34.3 
 
 		 352 aa  157  3e-37  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5251  membrane protein AbrB duplication  36.02 
 
 		 358 aa  156  6e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.736695  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2372  membrane protein AbrB duplication  32.95 
 
 		 354 aa  152  7e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0763  protein AbrB  33.43 
 
 		 348 aa  151  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.518292  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0629  membrane protein AbrB duplication  37.08 
 
 		 352 aa  151  2e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.49085 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0886  protein AbrB  33.43 
 
 		 348 aa  150  3e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.429214 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1961  putative ammonia monooxygenase  35.96 
 
 		 369 aa  150  4e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.959619  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0853  hypothetical protein  33.71 
 
 		 348 aa  149  6e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.502026  hitchhiker  0.00000634184 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0789  ammonia monooxygenase  33.43 
 
 		 348 aa  149  6e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.973057  normal  0.102671 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0824  hypothetical protein  33.99 
 
 		 348 aa  149  7e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.2961  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1995  putative ammonia monooxygenase  36.6 
 
 		 362 aa  147  3e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.212349  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3407  membrane protein AbrB duplication  36.07 
 
 		 355 aa  146  4.0000000000000006e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2551  membrane protein AbrB duplication  33.84 
 
 		 367 aa  145  1e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.944662  normal  0.50364 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2810  membrane protein AbrB duplication  34.15 
 
 		 364 aa  143  5e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.659625  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3212  membrane protein AbrB duplication  36.07 
 
 		 351 aa  140  3e-32  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2181  membrane protein AbrB duplication  35.93 
 
 		 362 aa  140  3e-32  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.566417 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3536  membrane protein AbrB duplication  35.78 
 
 		 351 aa  139  6e-32  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.926126  normal  0.322075 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1451  hypothetical protein  35.56 
 
 		 402 aa  137  3.0000000000000003e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48350  ammonia monooxygenase  33.89 
 
 		 355 aa  132  1.0000000000000001e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1768  membrane protein AbrB duplication  35.97 
 
 		 366 aa  130  4.0000000000000003e-29  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0066  putative ammonia monooxygenase  35.07 
 
 		 355 aa  129  5.0000000000000004e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.599313  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1567  putative ammonia monooxygenase  34.73 
 
 		 373 aa  130  5.0000000000000004e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2794  putative ammonia monooxygenase  35.6 
 
 		 377 aa  127  3e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0637  putative ammonia monooxygenase  32.86 
 
 		 359 aa  123  5e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0015246 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1243  putative ammonia monooxygenase  31.05 
 
 		 383 aa  98.2  2e-19  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.962902  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1270  putative ammonia monooxygenase  31.17 
 
 		 374 aa  97.4  3e-19  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1260  putative ammonia monooxygenase  31.2 
 
 		 374 aa  96.7  5e-19  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.575861 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1609  putative ammonia monooxygenase  31.75 
 
 		 368 aa  96.3  6e-19  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0880235 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0952  membrane protein AbrB duplication  26.97 
 
 		 389 aa  96.3  7e-19  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0727  membrane protein AbrB duplication  32.07 
 
 		 367 aa  95.9  8e-19  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4829  putative ammonia monooxygenase  30.37 
 
 		 374 aa  94.4  3e-18  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.918322  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2439  putative ammonia monooxygenase  34.23 
 
 		 354 aa  89.4  9e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.246402  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0549  membrane protein AbrB duplication  35.15 
 
 		 355 aa  87.8  3e-16  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0967394  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3407  membrane protein AbrB duplication  33.61 
 
 		 358 aa  83.6  0.000000000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.759463  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3161  putative ammonia monooxygenase  29.91 
 
 		 343 aa  73.9  0.000000000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0647069 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3432  putative ammonia monooxygenase  28.05 
 
 		 371 aa  73.6  0.000000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2363  membrane protein AbrB duplication  30.19 
 
 		 384 aa  70.9  0.00000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0442  putative ammonia monooxygenase  26.7 
 
 		 375 aa  66.2  0.0000000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4538  putative ammonia monooxygenase  28.4 
 
 		 358 aa  62.8  0.000000009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1276  membrane protein AbrB duplication  25.71 
 
 		 355 aa  61.6  0.00000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3869  putative ammonia monooxygenase  41.94 
 
 		 358 aa  61.2  0.00000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0637616  decreased coverage  0.00141274 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0543  membrane protein AbrB duplication  27.95 
 
 		 350 aa  60.1  0.00000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0301  putative ammonia monooxygenase  26.63 
 
 		 367 aa  59.7  0.00000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0363814 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1089  membrane protein AbrB duplication  30.55 
 
 		 375 aa  59.7  0.00000007  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.313927  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1117  membrane protein AbrB duplication  28.13 
 
 		 364 aa  57  0.0000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3740  membrane protein AbrB duplication  25.72 
 
 		 402 aa  53.5  0.000005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.775905  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4306  putative ammonia monooxygenase  28.16 
 
 		 351 aa  53.9  0.000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0162  membrane protein AbrB duplication  28.65 
 
 		 352 aa  52  0.00002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1415  hypothetical protein  28.29 
 
 		 351 aa  52  0.00002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0626  putative ammonia monooxygenase  24.84 
 
 		 354 aa  51.2  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.124772  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2080  membrane protein AbrB duplication  29.2 
 
 		 349 aa  49.7  0.00007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000252209  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4396  membrane protein AbrB duplication  28.35 
 
 		 343 aa  50.1  0.00007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2134  putative ammonia monooxygenase  28.33 
 
 		 339 aa  49.3  0.00009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2088  putative ammonia monooxygenase  24.85 
 
 		 338 aa  48.5  0.0002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.813317  normal  0.649237 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0324  putative ammonia monooxygenase  26.59 
 
 		 343 aa  48.1  0.0002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1964  membrane protein AbrB duplication  30.68 
 
 		 368 aa  47.8  0.0003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1055  membrane protein AbrB duplication  29.03 
 
 		 343 aa  47  0.0005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0330  putative ammonia monooxygenase  26.28 
 
 		 359 aa  43.1  0.008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.328581  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>