74 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_0543 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_0543  membrane protein AbrB duplication  100 
 
 		 350 aa  675    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0495  putative ammonia monooxygenase  84.24 
 
 		 359 aa  543  1e-153  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.255984  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0330  putative ammonia monooxygenase  85.39 
 
 		 359 aa  540  9.999999999999999e-153  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.328581  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0626  putative ammonia monooxygenase  74.29 
 
 		 354 aa  509  1e-143  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.124772  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1096  hypothetical protein  61.1 
 
 		 361 aa  389  1e-107  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.402097  normal  0.189814 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0301  putative ammonia monooxygenase  32.61 
 
 		 367 aa  170  3e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0363814 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2727  putative ammonia monooxygenase  31.23 
 
 		 342 aa  117  3.9999999999999997e-25  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2088  putative ammonia monooxygenase  27.65 
 
 		 338 aa  87.8  2e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.813317  normal  0.649237 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0952  membrane protein AbrB duplication  24.72 
 
 		 389 aa  81.6  0.00000000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2569  hypothetical protein  25.3 
 
 		 342 aa  80.5  0.00000000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.110832  hitchhiker  0.000000135786 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0720  putative ammonia monooxygenase  28 
 
 		 347 aa  80.1  0.00000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.716088  normal  0.227545 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2134  putative ammonia monooxygenase  29.97 
 
 		 339 aa  79.7  0.00000000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3432  putative ammonia monooxygenase  25.23 
 
 		 371 aa  74.3  0.000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0162  membrane protein AbrB duplication  25.91 
 
 		 352 aa  74.3  0.000000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4396  membrane protein AbrB duplication  26.07 
 
 		 343 aa  73.2  0.000000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3287  membrane protein AbrB duplication  28.34 
 
 		 361 aa  72.4  0.00000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0949194  normal  0.244469 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1415  hypothetical protein  25.18 
 
 		 351 aa  68.9  0.0000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4306  putative ammonia monooxygenase  25.7 
 
 		 351 aa  68.6  0.0000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2080  membrane protein AbrB duplication  25.73 
 
 		 349 aa  68.2  0.0000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000252209  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0572  hypothetical protein  26.18 
 
 		 346 aa  65.1  0.000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1230  hypothetical protein  22.93 
 
 		 355 aa  63.9  0.000000004  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.180741  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0324  putative ammonia monooxygenase  25.52 
 
 		 343 aa  63.9  0.000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0189  putative ammonia monooxygenase  27.16 
 
 		 352 aa  62.8  0.000000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.931421 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5251  membrane protein AbrB duplication  24.84 
 
 		 358 aa  59.7  0.00000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.736695  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1276  membrane protein AbrB duplication  23.82 
 
 		 355 aa  59.7  0.00000007  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1055  membrane protein AbrB duplication  24.06 
 
 		 343 aa  58.9  0.0000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1117  membrane protein AbrB duplication  28.48 
 
 		 364 aa  58.5  0.0000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_7367  AbrB protein (AidB regulator)  27.95 
 
 		 354 aa  58.2  0.0000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1723  putative ammonia monooxygenase  20.65 
 
 		 357 aa  57.4  0.0000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1757  putative ammonia monooxygenase  20.65 
 
 		 357 aa  57.4  0.0000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3968  membrane protein AbrB duplication  25.31 
 
 		 352 aa  57  0.0000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4158  membrane protein AbrB duplication  25.31 
 
 		 352 aa  56.2  0.0000009  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.206949  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1964  membrane protein AbrB duplication  28.32 
 
 		 368 aa  55.5  0.000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2363  membrane protein AbrB duplication  26.35 
 
 		 384 aa  55.5  0.000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3334  putative ammonia monooxygenase  27.07 
 
 		 362 aa  54.7  0.000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.973384  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2363  Putative ammonia monooxygenase-like protein  21.88 
 
 		 383 aa  54.7  0.000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1995  putative ammonia monooxygenase  25 
 
 		 362 aa  54.3  0.000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.212349  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0189  membrane protein AbrB duplication  26.58 
 
 		 352 aa  54.3  0.000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.331047  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2794  putative ammonia monooxygenase  28.23 
 
 		 377 aa  53.9  0.000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0238  membrane protein AbrB duplication  26.25 
 
 		 352 aa  53.9  0.000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0442  putative ammonia monooxygenase  25.81 
 
 		 375 aa  52.4  0.00001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2181  membrane protein AbrB duplication  25.86 
 
 		 362 aa  52.4  0.00001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.566417 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3407  membrane protein AbrB duplication  27.13 
 
 		 355 aa  51.2  0.00003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0824  hypothetical protein  23.55 
 
 		 348 aa  50.4  0.00004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.2961  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4953  putative ammonia monooxygenase  25.47 
 
 		 356 aa  50.4  0.00004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.365328  normal  0.422163 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1961  putative ammonia monooxygenase  24.37 
 
 		 369 aa  50.4  0.00004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.959619  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1567  putative ammonia monooxygenase  22.53 
 
 		 373 aa  50.1  0.00005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0066  putative ammonia monooxygenase  27.83 
 
 		 355 aa  50.1  0.00006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.599313  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1350  putative ammonia monooxygenase  22.7 
 
 		 343 aa  49.7  0.00008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.166583  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1451  hypothetical protein  27.13 
 
 		 402 aa  48.9  0.0001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2551  membrane protein AbrB duplication  22.3 
 
 		 367 aa  48.1  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.944662  normal  0.50364 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0727  membrane protein AbrB duplication  26.15 
 
 		 367 aa  47.4  0.0003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2439  putative ammonia monooxygenase  29.7 
 
 		 354 aa  47  0.0004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.246402  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0886  protein AbrB  23.66 
 
 		 348 aa  47  0.0006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.429214 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0763  protein AbrB  23.66 
 
 		 348 aa  47  0.0006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.518292  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0853  hypothetical protein  23.88 
 
 		 348 aa  47  0.0006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.502026  hitchhiker  0.00000634184 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0629  membrane protein AbrB duplication  26.96 
 
 		 352 aa  46.6  0.0007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.49085 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0789  ammonia monooxygenase  23.08 
 
 		 348 aa  45.8  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.973057  normal  0.102671 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2372  membrane protein AbrB duplication  26.99 
 
 		 354 aa  45.8  0.001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4235  hypothetical protein  23.79 
 
 		 344 aa  45.8  0.001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3112  putative ammonia monooxygenase  25.84 
 
 		 362 aa  45.8  0.001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.536468  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3969  putative ammonia monooxygenase  24.9 
 
 		 344 aa  45.8  0.001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.997926  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2810  membrane protein AbrB duplication  23.62 
 
 		 364 aa  45.8  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.659625  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3277  hypothetical protein  26.32 
 
 		 338 aa  44.7  0.003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.187445  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2921  membrane protein AbrB duplication  24.55 
 
 		 348 aa  43.9  0.005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.506523  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00675  predicted regulator  24.24 
 
 		 348 aa  43.5  0.006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00664  hypothetical protein  24.24 
 
 		 348 aa  43.5  0.006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.931269  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4786  membrane protein AbrB duplication  22.95 
 
 		 353 aa  43.5  0.006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.300421  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0763  protein AbrB  24.24 
 
 		 348 aa  43.5  0.006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2940  membrane protein AbrB duplication  24.24 
 
 		 348 aa  43.5  0.006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0729  protein AbrB  24.23 
 
 		 348 aa  43.1  0.007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.218547  normal  0.802179 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0631  protein AbrB  23.94 
 
 		 348 aa  43.1  0.008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0637  putative ammonia monooxygenase  26.99 
 
 		 359 aa  42.7  0.009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0015246 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49500  ammonia monooxygenase  23.58 
 
 		 364 aa  42.7  0.01  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00868936  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>