92 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gobs_0549 on replicon NC_013757
Organism: Geodermatophilus obscurus DSM 43160



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013757  Gobs_0549  membrane protein AbrB duplication  100 
 
 
355 aa  641    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0967394  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4829  putative ammonia monooxygenase  47.02 
 
 
374 aa  244  9.999999999999999e-64  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.918322  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0727  membrane protein AbrB duplication  45.22 
 
 
367 aa  236  3e-61  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1243  putative ammonia monooxygenase  44.6 
 
 
383 aa  236  4e-61  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.962902  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1260  putative ammonia monooxygenase  44.83 
 
 
374 aa  236  5.0000000000000005e-61  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.575861 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1609  putative ammonia monooxygenase  45.29 
 
 
368 aa  233  3e-60  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.0880235 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1270  putative ammonia monooxygenase  45.56 
 
 
374 aa  233  4.0000000000000004e-60  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1089  membrane protein AbrB duplication  45.13 
 
 
375 aa  219  5e-56  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.313927  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2439  putative ammonia monooxygenase  49.33 
 
 
354 aa  213  4.9999999999999996e-54  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.246402  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3161  putative ammonia monooxygenase  47.83 
 
 
343 aa  207  2e-52  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.0647069 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3869  putative ammonia monooxygenase  53.14 
 
 
358 aa  182  8.000000000000001e-45  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0637616  decreased coverage  0.00141274 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3407  membrane protein AbrB duplication  48.43 
 
 
358 aa  176  4e-43  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.759463  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4538  putative ammonia monooxygenase  36.5 
 
 
358 aa  145  1e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0189  membrane protein AbrB duplication  30.86 
 
 
352 aa  139  1e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.331047  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4158  membrane protein AbrB duplication  33.33 
 
 
352 aa  134  3e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.206949  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3968  membrane protein AbrB duplication  31.99 
 
 
352 aa  132  9e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0238  membrane protein AbrB duplication  31.71 
 
 
352 aa  132  1.0000000000000001e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0629  membrane protein AbrB duplication  36.69 
 
 
352 aa  129  6e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.49085 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0189  putative ammonia monooxygenase  32.57 
 
 
352 aa  127  2.0000000000000002e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.931421 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3112  putative ammonia monooxygenase  33.74 
 
 
362 aa  126  5e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.536468  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2372  membrane protein AbrB duplication  32.72 
 
 
354 aa  125  9e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0952  membrane protein AbrB duplication  30.52 
 
 
389 aa  125  1e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3536  membrane protein AbrB duplication  37.2 
 
 
351 aa  123  4e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.926126  normal  0.322075 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3212  membrane protein AbrB duplication  37.2 
 
 
351 aa  123  6e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2551  membrane protein AbrB duplication  33.93 
 
 
367 aa  122  8e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.944662  normal  0.50364 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3740  membrane protein AbrB duplication  36.2 
 
 
402 aa  121  9.999999999999999e-27  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.775905  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3287  membrane protein AbrB duplication  35.4 
 
 
361 aa  120  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0949194  normal  0.244469 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0804  protein AbrB  35.19 
 
 
348 aa  120  4.9999999999999996e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.54374  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1567  putative ammonia monooxygenase  32.67 
 
 
373 aa  118  9.999999999999999e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2921  membrane protein AbrB duplication  34.98 
 
 
348 aa  119  9.999999999999999e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.506523  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00675  predicted regulator  34.67 
 
 
348 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2940  membrane protein AbrB duplication  34.67 
 
 
348 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0729  protein AbrB  35.19 
 
 
348 aa  118  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.218547  normal  0.802179 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0763  protein AbrB  34.67 
 
 
348 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00664  hypothetical protein  34.67 
 
 
348 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.931269  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5251  membrane protein AbrB duplication  34.21 
 
 
358 aa  117  3e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.736695  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2181  membrane protein AbrB duplication  34.17 
 
 
362 aa  116  6.9999999999999995e-25  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.566417 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0631  protein AbrB  34.37 
 
 
348 aa  115  7.999999999999999e-25  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2810  membrane protein AbrB duplication  33.93 
 
 
364 aa  115  2.0000000000000002e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.659625  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3407  membrane protein AbrB duplication  36.28 
 
 
355 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1961  putative ammonia monooxygenase  32.83 
 
 
369 aa  114  2.0000000000000002e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.959619  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3334  putative ammonia monooxygenase  32.24 
 
 
362 aa  112  8.000000000000001e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.973384  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0824  hypothetical protein  36.39 
 
 
348 aa  110  3e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.2961  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0886  protein AbrB  36.09 
 
 
348 aa  110  4.0000000000000004e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.429214 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3277  hypothetical protein  32.63 
 
 
338 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.187445  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0763  protein AbrB  36.09 
 
 
348 aa  110  5e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.518292  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0789  ammonia monooxygenase  36.09 
 
 
348 aa  110  5e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.973057  normal  0.102671 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0853  hypothetical protein  35.78 
 
 
348 aa  109  6e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.502026  hitchhiker  0.00000634184 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1451  hypothetical protein  33.23 
 
 
402 aa  107  3e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007488  RSP_7367  AbrB protein (AidB regulator)  35.49 
 
 
354 aa  106  7e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1768  membrane protein AbrB duplication  31.83 
 
 
366 aa  99.8  7e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0637  putative ammonia monooxygenase  29.21 
 
 
359 aa  99.4  9e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0015246 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0066  putative ammonia monooxygenase  32.54 
 
 
355 aa  95.9  9e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.599313  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1995  putative ammonia monooxygenase  30.79 
 
 
362 aa  95.5  1e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.212349  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2794  putative ammonia monooxygenase  34.04 
 
 
377 aa  94.4  2e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2363  membrane protein AbrB duplication  29.62 
 
 
384 aa  94.4  3e-18  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48350  ammonia monooxygenase  34.04 
 
 
355 aa  91.3  2e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4953  putative ammonia monooxygenase  32.83 
 
 
356 aa  90.9  3e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.365328  normal  0.422163 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1276  membrane protein AbrB duplication  27.36 
 
 
355 aa  89.7  6e-17  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3432  putative ammonia monooxygenase  32.42 
 
 
371 aa  88.2  2e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2088  putative ammonia monooxygenase  28.75 
 
 
338 aa  85.1  0.000000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.813317  normal  0.649237 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0442  putative ammonia monooxygenase  29.35 
 
 
375 aa  72  0.00000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1117  membrane protein AbrB duplication  30.85 
 
 
364 aa  71.2  0.00000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2569  hypothetical protein  26.96 
 
 
342 aa  66.6  0.0000000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.110832  hitchhiker  0.000000135786 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4235  hypothetical protein  31.87 
 
 
344 aa  66.6  0.0000000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1055  membrane protein AbrB duplication  30.3 
 
 
343 aa  64.7  0.000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4786  membrane protein AbrB duplication  33.2 
 
 
353 aa  63.9  0.000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.300421  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1350  putative ammonia monooxygenase  31.95 
 
 
343 aa  62.4  0.00000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.166583  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2080  membrane protein AbrB duplication  24.17 
 
 
349 aa  61.6  0.00000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000252209  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3969  putative ammonia monooxygenase  31.99 
 
 
344 aa  61.2  0.00000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.997926  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0324  putative ammonia monooxygenase  28.46 
 
 
343 aa  60.1  0.00000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4396  membrane protein AbrB duplication  31.68 
 
 
343 aa  59.3  0.00000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1415  hypothetical protein  30.97 
 
 
351 aa  58.5  0.0000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1230  hypothetical protein  24.62 
 
 
355 aa  58.5  0.0000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.180741  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4306  putative ammonia monooxygenase  30.94 
 
 
351 aa  57  0.0000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2363  Putative ammonia monooxygenase-like protein  23.61 
 
 
383 aa  55.1  0.000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1454  putative ammonia monooxygenase  33.03 
 
 
340 aa  54.3  0.000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.649029  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4769  hypothetical protein  34.84 
 
 
345 aa  53.9  0.000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.193076  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54580  hypothetical protein  35.25 
 
 
345 aa  52.4  0.00001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000205285  normal  0.0470051 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0495  putative ammonia monooxygenase  25 
 
 
359 aa  52  0.00001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.255984  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0626  putative ammonia monooxygenase  25.55 
 
 
354 aa  50.8  0.00003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.124772  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0301  putative ammonia monooxygenase  28.79 
 
 
367 aa  50.4  0.00004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0363814 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49500  ammonia monooxygenase  32.89 
 
 
364 aa  49.3  0.00009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00868936  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1757  putative ammonia monooxygenase  20.67 
 
 
357 aa  46.6  0.0007  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1723  putative ammonia monooxygenase  20.67 
 
 
357 aa  46.6  0.0007  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2727  putative ammonia monooxygenase  28.52 
 
 
342 aa  45.8  0.001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1964  membrane protein AbrB duplication  26.97 
 
 
368 aa  46.2  0.001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1772  membrane protein AbrB duplication  28.46 
 
 
365 aa  45.1  0.002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.768423 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1096  hypothetical protein  25.53 
 
 
361 aa  45.1  0.002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.402097  normal  0.189814 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0543  membrane protein AbrB duplication  25.87 
 
 
350 aa  45.1  0.002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0330  putative ammonia monooxygenase  23.1 
 
 
359 aa  44.7  0.003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.328581  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0162  membrane protein AbrB duplication  28.92 
 
 
352 aa  44.3  0.003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>