92 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_3212 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010172  Mext_3212  membrane protein AbrB duplication  100 
 
 		 351 aa  654    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3536  membrane protein AbrB duplication  99.72 
 
 		 351 aa  654    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.926126  normal  0.322075 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3407  membrane protein AbrB duplication  91.74 
 
 		 355 aa  548  1e-155  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0629  membrane protein AbrB duplication  66.28 
 
 		 352 aa  353  2e-96  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.49085 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3287  membrane protein AbrB duplication  63.88 
 
 		 361 aa  342  7e-93  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0949194  normal  0.244469 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5251  membrane protein AbrB duplication  63.27 
 
 		 358 aa  341  9e-93  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.736695  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0189  putative ammonia monooxygenase  48.83 
 
 		 352 aa  291  9e-78  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.931421 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3968  membrane protein AbrB duplication  45.82 
 
 		 352 aa  278  1e-73  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0189  membrane protein AbrB duplication  47.94 
 
 		 352 aa  275  8e-73  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.331047  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4158  membrane protein AbrB duplication  46.78 
 
 		 352 aa  275  9e-73  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.206949  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0804  protein AbrB  47.54 
 
 		 348 aa  262  6.999999999999999e-69  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.54374  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2921  membrane protein AbrB duplication  47.54 
 
 		 348 aa  261  1e-68  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.506523  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00664  hypothetical protein  47.25 
 
 		 348 aa  260  2e-68  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.931269  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0763  protein AbrB  47.25 
 
 		 348 aa  260  2e-68  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00675  predicted regulator  47.25 
 
 		 348 aa  260  2e-68  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2940  membrane protein AbrB duplication  47.25 
 
 		 348 aa  260  2e-68  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0729  protein AbrB  47.83 
 
 		 348 aa  260  3e-68  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.218547  normal  0.802179 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0238  membrane protein AbrB duplication  46.63 
 
 		 352 aa  255  7e-67  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0631  protein AbrB  46.38 
 
 		 348 aa  253  3e-66  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2372  membrane protein AbrB duplication  44.31 
 
 		 354 aa  247  2e-64  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0789  ammonia monooxygenase  45.4 
 
 		 348 aa  241  2e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.973057  normal  0.102671 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0824  hypothetical protein  47.55 
 
 		 348 aa  241  2e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.2961  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0886  protein AbrB  45.53 
 
 		 348 aa  240  2e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.429214 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0763  protein AbrB  45.53 
 
 		 348 aa  240  2.9999999999999997e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.518292  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0853  hypothetical protein  47.09 
 
 		 348 aa  239  5e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.502026  hitchhiker  0.00000634184 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1567  putative ammonia monooxygenase  44.41 
 
 		 373 aa  235  8e-61  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3112  putative ammonia monooxygenase  42.24 
 
 		 362 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.536468  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3334  putative ammonia monooxygenase  45.53 
 
 		 362 aa  233  3e-60  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.973384  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1451  hypothetical protein  45.79 
 
 		 402 aa  226  7e-58  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3277  hypothetical protein  42.68 
 
 		 338 aa  224  2e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.187445  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2551  membrane protein AbrB duplication  45.45 
 
 		 367 aa  219  5e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.944662  normal  0.50364 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2181  membrane protein AbrB duplication  44.44 
 
 		 362 aa  216  4e-55  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.566417 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2810  membrane protein AbrB duplication  46.56 
 
 		 364 aa  214  1.9999999999999998e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.659625  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1768  membrane protein AbrB duplication  45.59 
 
 		 366 aa  211  2e-53  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0066  putative ammonia monooxygenase  43.6 
 
 		 355 aa  211  2e-53  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.599313  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0637  putative ammonia monooxygenase  42.48 
 
 		 359 aa  207  2e-52  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0015246 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1961  putative ammonia monooxygenase  42.27 
 
 		 369 aa  205  1e-51  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.959619  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2794  putative ammonia monooxygenase  44.38 
 
 		 377 aa  192  7e-48  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1995  putative ammonia monooxygenase  37.5 
 
 		 362 aa  191  2e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.212349  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48350  ammonia monooxygenase  42.31 
 
 		 355 aa  168  1e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007488  RSP_7367  AbrB protein (AidB regulator)  36.36 
 
 		 354 aa  144  2e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4953  putative ammonia monooxygenase  33.33 
 
 		 356 aa  133  5e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.365328  normal  0.422163 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1260  putative ammonia monooxygenase  35.93 
 
 		 374 aa  133  6e-30  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.575861 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1243  putative ammonia monooxygenase  35.47 
 
 		 383 aa  132  1.0000000000000001e-29  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.962902  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3161  putative ammonia monooxygenase  36.92 
 
 		 343 aa  130  5.0000000000000004e-29  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0647069 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1270  putative ammonia monooxygenase  35.21 
 
 		 374 aa  129  1.0000000000000001e-28  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4829  putative ammonia monooxygenase  33.33 
 
 		 374 aa  129  1.0000000000000001e-28  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.918322  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0549  membrane protein AbrB duplication  37.13 
 
 		 355 aa  127  3e-28  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0967394  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2439  putative ammonia monooxygenase  36.08 
 
 		 354 aa  125  1e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.246402  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0727  membrane protein AbrB duplication  34.97 
 
 		 367 aa  118  1.9999999999999998e-25  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1609  putative ammonia monooxygenase  32.76 
 
 		 368 aa  115  1.0000000000000001e-24  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0880235 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2363  membrane protein AbrB duplication  32.28 
 
 		 384 aa  97.8  3e-19  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3407  membrane protein AbrB duplication  36.18 
 
 		 358 aa  95.9  8e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.759463  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0952  membrane protein AbrB duplication  27.02 
 
 		 389 aa  95.1  1e-18  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1089  membrane protein AbrB duplication  32.68 
 
 		 375 aa  94  4e-18  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.313927  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3740  membrane protein AbrB duplication  30.49 
 
 		 402 aa  87.8  3e-16  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.775905  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4538  putative ammonia monooxygenase  30.12 
 
 		 358 aa  86.3  8e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2088  putative ammonia monooxygenase  26.76 
 
 		 338 aa  83.6  0.000000000000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.813317  normal  0.649237 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0442  putative ammonia monooxygenase  28.01 
 
 		 375 aa  80.5  0.00000000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0324  putative ammonia monooxygenase  30.69 
 
 		 343 aa  79.3  0.00000000000009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2080  membrane protein AbrB duplication  26.92 
 
 		 349 aa  78.2  0.0000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000252209  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4306  putative ammonia monooxygenase  31.78 
 
 		 351 aa  77.4  0.0000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4396  membrane protein AbrB duplication  32.17 
 
 		 343 aa  73.2  0.000000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1415  hypothetical protein  31.22 
 
 		 351 aa  73.2  0.000000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3432  putative ammonia monooxygenase  29.72 
 
 		 371 aa  71.2  0.00000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1055  membrane protein AbrB duplication  31.4 
 
 		 343 aa  70.9  0.00000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3869  putative ammonia monooxygenase  35.69 
 
 		 358 aa  67  0.0000000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0637616  decreased coverage  0.00141274 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1117  membrane protein AbrB duplication  29.55 
 
 		 364 aa  65.9  0.0000000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0626  putative ammonia monooxygenase  28.41 
 
 		 354 aa  61.2  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.124772  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3969  putative ammonia monooxygenase  30.87 
 
 		 344 aa  61.2  0.00000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.997926  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2569  hypothetical protein  26.2 
 
 		 342 aa  60.5  0.00000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.110832  hitchhiker  0.000000135786 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1964  membrane protein AbrB duplication  27.3 
 
 		 368 aa  60.1  0.00000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4235  hypothetical protein  30 
 
 		 344 aa  59.3  0.0000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1276  membrane protein AbrB duplication  26.62 
 
 		 355 aa  58.2  0.0000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0543  membrane protein AbrB duplication  28.17 
 
 		 350 aa  57  0.0000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0301  putative ammonia monooxygenase  29.07 
 
 		 367 aa  55.5  0.000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0363814 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4786  membrane protein AbrB duplication  27.22 
 
 		 353 aa  52.4  0.00001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.300421  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0162  membrane protein AbrB duplication  28.4 
 
 		 352 aa  52  0.00002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1772  membrane protein AbrB duplication  25.36 
 
 		 365 aa  49.7  0.00007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.768423 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1230  hypothetical protein  20.47 
 
 		 355 aa  48.9  0.0001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.180741  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1350  putative ammonia monooxygenase  27.44 
 
 		 343 aa  48.1  0.0002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.166583  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2363  Putative ammonia monooxygenase-like protein  27.78 
 
 		 383 aa  47.4  0.0003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0330  putative ammonia monooxygenase  26.72 
 
 		 359 aa  46.6  0.0006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.328581  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0495  putative ammonia monooxygenase  25.91 
 
 		 359 aa  45.8  0.001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.255984  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0784  membrane protein AbrB duplication  27.78 
 
 		 162 aa  45.8  0.001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4903  putative ammonia monooxygenase  25.19 
 
 		 397 aa  44.7  0.002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.080717  normal  0.221223 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1096  hypothetical protein  25.94 
 
 		 361 aa  45.4  0.002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.402097  normal  0.189814 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_12401  hypothetical protein  32.87 
 
 		 172 aa  43.9  0.004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1723  putative ammonia monooxygenase  21.84 
 
 		 357 aa  43.9  0.004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1757  putative ammonia monooxygenase  21.84 
 
 		 357 aa  43.9  0.004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54580  hypothetical protein  26.64 
 
 		 345 aa  43.5  0.006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000205285  normal  0.0470051 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4769  hypothetical protein  26.64 
 
 		 345 aa  43.1  0.007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.193076  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>