82 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_4786 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_4786  membrane protein AbrB duplication  100 
 
 		 353 aa  678    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.300421  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1117  membrane protein AbrB duplication  69.05 
 
 		 364 aa  456  1e-127  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0442  putative ammonia monooxygenase  65.52 
 
 		 375 aa  407  1.0000000000000001e-112  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3432  putative ammonia monooxygenase  51.48 
 
 		 371 aa  286  4e-76  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0162  membrane protein AbrB duplication  41.34 
 
 		 352 aa  201  1.9999999999999998e-50  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4306  putative ammonia monooxygenase  37.96 
 
 		 351 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1415  hypothetical protein  39.14 
 
 		 351 aa  162  9e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4396  membrane protein AbrB duplication  38.86 
 
 		 343 aa  159  1e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1055  membrane protein AbrB duplication  39.12 
 
 		 343 aa  156  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54580  hypothetical protein  39.09 
 
 		 345 aa  139  7.999999999999999e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000205285  normal  0.0470051 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4769  hypothetical protein  38.48 
 
 		 345 aa  138  1e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.193076  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1350  putative ammonia monooxygenase  35.07 
 
 		 343 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.166583  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4235  hypothetical protein  36.68 
 
 		 344 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3969  putative ammonia monooxygenase  35.57 
 
 		 344 aa  120  3e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.997926  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49500  ammonia monooxygenase  34.64 
 
 		 364 aa  118  9.999999999999999e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00868936  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1454  putative ammonia monooxygenase  35.28 
 
 		 340 aa  114  3e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.649029  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1276  membrane protein AbrB duplication  25.71 
 
 		 355 aa  92.8  9e-18  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0549  membrane protein AbrB duplication  33.76 
 
 		 355 aa  77  0.0000000000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0967394  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2810  membrane protein AbrB duplication  28.91 
 
 		 364 aa  76.3  0.0000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.659625  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2551  membrane protein AbrB duplication  29.51 
 
 		 367 aa  76.3  0.0000000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.944662  normal  0.50364 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0952  membrane protein AbrB duplication  25.63 
 
 		 389 aa  73.9  0.000000000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2569  hypothetical protein  25.54 
 
 		 342 aa  71.2  0.00000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.110832  hitchhiker  0.000000135786 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3334  putative ammonia monooxygenase  28.74 
 
 		 362 aa  71.6  0.00000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.973384  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1768  membrane protein AbrB duplication  29.34 
 
 		 366 aa  70.1  0.00000000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2181  membrane protein AbrB duplication  28.76 
 
 		 362 aa  70.1  0.00000000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.566417 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3112  putative ammonia monooxygenase  25.58 
 
 		 362 aa  67.4  0.0000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.536468  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4158  membrane protein AbrB duplication  29.15 
 
 		 352 aa  67.4  0.0000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.206949  n/a   
 
 
-
 
NC_007488  RSP_7367  AbrB protein (AidB regulator)  26.39 
 
 		 354 aa  67  0.0000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3968  membrane protein AbrB duplication  28.7 
 
 		 352 aa  66.6  0.0000000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2080  membrane protein AbrB duplication  24.72 
 
 		 349 aa  65.9  0.0000000009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000252209  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3277  hypothetical protein  29.78 
 
 		 338 aa  65.9  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.187445  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0189  membrane protein AbrB duplication  25.84 
 
 		 352 aa  65.1  0.000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.331047  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2088  putative ammonia monooxygenase  24.23 
 
 		 338 aa  63.9  0.000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.813317  normal  0.649237 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2372  membrane protein AbrB duplication  26.16 
 
 		 354 aa  63.2  0.000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1964  membrane protein AbrB duplication  29.38 
 
 		 368 aa  62.4  0.00000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0238  membrane protein AbrB duplication  30.7 
 
 		 352 aa  60.1  0.00000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3161  putative ammonia monooxygenase  34.96 
 
 		 343 aa  59.7  0.00000007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0647069 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1995  putative ammonia monooxygenase  25.94 
 
 		 362 aa  58.9  0.0000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.212349  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1961  putative ammonia monooxygenase  24.55 
 
 		 369 aa  59.3  0.0000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.959619  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0729  protein AbrB  28.24 
 
 		 348 aa  57.4  0.0000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.218547  normal  0.802179 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0189  putative ammonia monooxygenase  25.23 
 
 		 352 aa  56.6  0.0000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.931421 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2921  membrane protein AbrB duplication  28.4 
 
 		 348 aa  55.8  0.000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.506523  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1567  putative ammonia monooxygenase  29.87 
 
 		 373 aa  55.5  0.000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2940  membrane protein AbrB duplication  27.65 
 
 		 348 aa  55.1  0.000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2794  putative ammonia monooxygenase  31.58 
 
 		 377 aa  54.7  0.000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00664  hypothetical protein  27.65 
 
 		 348 aa  55.1  0.000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.931269  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0066  putative ammonia monooxygenase  31.25 
 
 		 355 aa  55.1  0.000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.599313  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00675  predicted regulator  27.65 
 
 		 348 aa  55.1  0.000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0629  membrane protein AbrB duplication  31.08 
 
 		 352 aa  55.5  0.000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.49085 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0763  protein AbrB  27.65 
 
 		 348 aa  55.1  0.000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0804  protein AbrB  28.11 
 
 		 348 aa  54.3  0.000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.54374  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5251  membrane protein AbrB duplication  30.15 
 
 		 358 aa  54.7  0.000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.736695  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0631  protein AbrB  26.76 
 
 		 348 aa  53.1  0.000008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3287  membrane protein AbrB duplication  26.29 
 
 		 361 aa  52.8  0.000009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0949194  normal  0.244469 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2363  membrane protein AbrB duplication  23.9 
 
 		 384 aa  52.8  0.000009  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1451  hypothetical protein  29.32 
 
 		 402 aa  52.8  0.000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0727  membrane protein AbrB duplication  28.63 
 
 		 367 aa  52.4  0.00001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3407  membrane protein AbrB duplication  27.22 
 
 		 355 aa  52.8  0.00001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48350  ammonia monooxygenase  33.04 
 
 		 355 aa  52.8  0.00001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3212  membrane protein AbrB duplication  31.11 
 
 		 351 aa  51.6  0.00002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3536  membrane protein AbrB duplication  31.11 
 
 		 351 aa  51.6  0.00002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.926126  normal  0.322075 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0637  putative ammonia monooxygenase  28.19 
 
 		 359 aa  51.6  0.00002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0015246 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1723  putative ammonia monooxygenase  21.36 
 
 		 357 aa  51.2  0.00002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1757  putative ammonia monooxygenase  21.36 
 
 		 357 aa  51.2  0.00002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0789  ammonia monooxygenase  28.32 
 
 		 348 aa  50.4  0.00005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.973057  normal  0.102671 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0824  hypothetical protein  28.32 
 
 		 348 aa  50.4  0.00005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.2961  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0853  hypothetical protein  28.32 
 
 		 348 aa  50.1  0.00005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.502026  hitchhiker  0.00000634184 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0886  protein AbrB  28.32 
 
 		 348 aa  50.4  0.00005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.429214 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0763  protein AbrB  28.32 
 
 		 348 aa  50.4  0.00005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.518292  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1230  hypothetical protein  19.53 
 
 		 355 aa  50.1  0.00006  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.180741  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0626  putative ammonia monooxygenase  23.82 
 
 		 354 aa  50.1  0.00006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.124772  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2439  putative ammonia monooxygenase  30.49 
 
 		 354 aa  48.9  0.0001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.246402  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1243  putative ammonia monooxygenase  27.71 
 
 		 383 aa  48.9  0.0001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.962902  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1260  putative ammonia monooxygenase  27.71 
 
 		 374 aa  48.9  0.0001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.575861 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4829  putative ammonia monooxygenase  26.55 
 
 		 374 aa  48.5  0.0002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.918322  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3740  membrane protein AbrB duplication  25.66 
 
 		 402 aa  48.5  0.0002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.775905  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0784  membrane protein AbrB duplication  34.4 
 
 		 162 aa  48.5  0.0002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4953  putative ammonia monooxygenase  32.54 
 
 		 356 aa  46.6  0.0007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.365328  normal  0.422163 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1609  putative ammonia monooxygenase  26.62 
 
 		 368 aa  46.6  0.0007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0880235 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0543  membrane protein AbrB duplication  24.03 
 
 		 350 aa  45.1  0.002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1270  putative ammonia monooxygenase  27.39 
 
 		 374 aa  44.3  0.004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0330  putative ammonia monooxygenase  24.14 
 
 		 359 aa  43.1  0.008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.328581  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>