89 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_1768 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_1768  membrane protein AbrB duplication  100 
 
 		 366 aa  693    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2181  membrane protein AbrB duplication  62.22 
 
 		 362 aa  412  1e-114  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.566417 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2551  membrane protein AbrB duplication  57.47 
 
 		 367 aa  344  1e-93  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.944662  normal  0.50364 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2810  membrane protein AbrB duplication  56.67 
 
 		 364 aa  322  8e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.659625  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1567  putative ammonia monooxygenase  51.52 
 
 		 373 aa  317  3e-85  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1995  putative ammonia monooxygenase  50.42 
 
 		 362 aa  305  9.000000000000001e-82  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.212349  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3334  putative ammonia monooxygenase  51.26 
 
 		 362 aa  305  1.0000000000000001e-81  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.973384  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0189  putative ammonia monooxygenase  50.29 
 
 		 352 aa  300  3e-80  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.931421 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0066  putative ammonia monooxygenase  53.1 
 
 		 355 aa  296  3e-79  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.599313  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0189  membrane protein AbrB duplication  47.26 
 
 		 352 aa  290  3e-77  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.331047  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1961  putative ammonia monooxygenase  48.74 
 
 		 369 aa  283  3.0000000000000004e-75  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.959619  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3968  membrane protein AbrB duplication  45.77 
 
 		 352 aa  280  3e-74  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4158  membrane protein AbrB duplication  46.22 
 
 		 352 aa  279  5e-74  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.206949  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1451  hypothetical protein  50.62 
 
 		 402 aa  275  8e-73  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0637  putative ammonia monooxygenase  50.74 
 
 		 359 aa  275  9e-73  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0015246 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0238  membrane protein AbrB duplication  45.98 
 
 		 352 aa  273  3e-72  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0729  protein AbrB  48.26 
 
 		 348 aa  273  4.0000000000000004e-72  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.218547  normal  0.802179 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2940  membrane protein AbrB duplication  47.97 
 
 		 348 aa  273  5.000000000000001e-72  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00664  hypothetical protein  47.97 
 
 		 348 aa  273  5.000000000000001e-72  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.931269  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0763  protein AbrB  47.97 
 
 		 348 aa  273  5.000000000000001e-72  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00675  predicted regulator  47.97 
 
 		 348 aa  273  5.000000000000001e-72  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2921  membrane protein AbrB duplication  47.98 
 
 		 348 aa  271  1e-71  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.506523  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0804  protein AbrB  47.94 
 
 		 348 aa  271  1e-71  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.54374  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0631  protein AbrB  47.38 
 
 		 348 aa  268  1e-70  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3287  membrane protein AbrB duplication  48.88 
 
 		 361 aa  258  2e-67  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0949194  normal  0.244469 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5251  membrane protein AbrB duplication  49.85 
 
 		 358 aa  254  1.0000000000000001e-66  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.736695  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0824  hypothetical protein  46.27 
 
 		 348 aa  241  2e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.2961  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0763  protein AbrB  45.96 
 
 		 348 aa  240  2.9999999999999997e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.518292  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0886  protein AbrB  45.96 
 
 		 348 aa  240  2.9999999999999997e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.429214 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0789  ammonia monooxygenase  45.96 
 
 		 348 aa  240  2.9999999999999997e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.973057  normal  0.102671 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0853  hypothetical protein  45.94 
 
 		 348 aa  238  8e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.502026  hitchhiker  0.00000634184 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3112  putative ammonia monooxygenase  41.32 
 
 		 362 aa  216  4e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.536468  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3407  membrane protein AbrB duplication  46.75 
 
 		 355 aa  212  7.999999999999999e-54  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3277  hypothetical protein  41.8 
 
 		 338 aa  203  3e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.187445  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3212  membrane protein AbrB duplication  46.75 
 
 		 351 aa  203  4e-51  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3536  membrane protein AbrB duplication  46.75 
 
 		 351 aa  203  4e-51  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.926126  normal  0.322075 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0629  membrane protein AbrB duplication  44.89 
 
 		 352 aa  203  5e-51  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.49085 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2372  membrane protein AbrB duplication  39.09 
 
 		 354 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_7367  AbrB protein (AidB regulator)  37.35 
 
 		 354 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2794  putative ammonia monooxygenase  39.25 
 
 		 377 aa  147  3e-34  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48350  ammonia monooxygenase  39.15 
 
 		 355 aa  141  1.9999999999999998e-32  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4953  putative ammonia monooxygenase  33.24 
 
 		 356 aa  128  1.0000000000000001e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.365328  normal  0.422163 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1260  putative ammonia monooxygenase  34.2 
 
 		 374 aa  128  2.0000000000000002e-28  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.575861 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1243  putative ammonia monooxygenase  34.2 
 
 		 383 aa  127  3e-28  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.962902  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4829  putative ammonia monooxygenase  32.15 
 
 		 374 aa  125  1e-27  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.918322  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0727  membrane protein AbrB duplication  32.76 
 
 		 367 aa  124  2e-27  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1609  putative ammonia monooxygenase  32.95 
 
 		 368 aa  120  3.9999999999999996e-26  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0880235 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1270  putative ammonia monooxygenase  34.2 
 
 		 374 aa  117  3e-25  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3161  putative ammonia monooxygenase  34.49 
 
 		 343 aa  115  8.999999999999998e-25  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0647069 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2439  putative ammonia monooxygenase  33.12 
 
 		 354 aa  102  1e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.246402  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0952  membrane protein AbrB duplication  28.8 
 
 		 389 aa  99.8  6e-20  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0549  membrane protein AbrB duplication  30.77 
 
 		 355 aa  97.4  3e-19  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0967394  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2363  membrane protein AbrB duplication  29.68 
 
 		 384 aa  86.3  8e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1089  membrane protein AbrB duplication  32.89 
 
 		 375 aa  82  0.00000000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.313927  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4538  putative ammonia monooxygenase  29.43 
 
 		 358 aa  80.9  0.00000000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0442  putative ammonia monooxygenase  27.33 
 
 		 375 aa  80.9  0.00000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3407  membrane protein AbrB duplication  32.42 
 
 		 358 aa  80.5  0.00000000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.759463  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1117  membrane protein AbrB duplication  32.64 
 
 		 364 aa  77.8  0.0000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3432  putative ammonia monooxygenase  26.73 
 
 		 371 aa  72.8  0.000000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2088  putative ammonia monooxygenase  25 
 
 		 338 aa  68.2  0.0000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.813317  normal  0.649237 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4306  putative ammonia monooxygenase  27.76 
 
 		 351 aa  68.2  0.0000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3869  putative ammonia monooxygenase  29.03 
 
 		 358 aa  67.4  0.0000000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0637616  decreased coverage  0.00141274 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4396  membrane protein AbrB duplication  29.69 
 
 		 343 aa  66.2  0.0000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1276  membrane protein AbrB duplication  24.48 
 
 		 355 aa  65.5  0.000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4786  membrane protein AbrB duplication  28.85 
 
 		 353 aa  65.9  0.000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.300421  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1415  hypothetical protein  28.63 
 
 		 351 aa  65.5  0.000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0324  putative ammonia monooxygenase  24.46 
 
 		 343 aa  63.2  0.000000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1230  hypothetical protein  23.39 
 
 		 355 aa  62.8  0.000000009  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.180741  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3740  membrane protein AbrB duplication  27.27 
 
 		 402 aa  59.7  0.00000007  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.775905  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0162  membrane protein AbrB duplication  26.43 
 
 		 352 aa  59.3  0.0000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1055  membrane protein AbrB duplication  26.82 
 
 		 343 aa  56.2  0.0000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2134  putative ammonia monooxygenase  28.07 
 
 		 339 aa  54.3  0.000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2080  membrane protein AbrB duplication  24.23 
 
 		 349 aa  54.3  0.000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000252209  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4235  hypothetical protein  26.52 
 
 		 344 aa  47.8  0.0003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0301  putative ammonia monooxygenase  27.18 
 
 		 367 aa  47.8  0.0003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0363814 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1757  putative ammonia monooxygenase  19.25 
 
 		 357 aa  47  0.0005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1723  putative ammonia monooxygenase  19.25 
 
 		 357 aa  47  0.0005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0543  membrane protein AbrB duplication  27.68 
 
 		 350 aa  47  0.0006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2363  Putative ammonia monooxygenase-like protein  27.81 
 
 		 383 aa  46.6  0.0006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3969  putative ammonia monooxygenase  26.52 
 
 		 344 aa  46.6  0.0008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.997926  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0626  putative ammonia monooxygenase  27.78 
 
 		 354 aa  46.2  0.0008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.124772  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0720  putative ammonia monooxygenase  29.17 
 
 		 347 aa  46.2  0.0008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.716088  normal  0.227545 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0572  hypothetical protein  29.93 
 
 		 346 aa  45.1  0.002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1964  membrane protein AbrB duplication  24.07 
 
 		 368 aa  45.1  0.002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1350  putative ammonia monooxygenase  26.24 
 
 		 343 aa  44.3  0.003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.166583  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4903  putative ammonia monooxygenase  23.9 
 
 		 397 aa  44.7  0.003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.080717  normal  0.221223 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0495  putative ammonia monooxygenase  33.65 
 
 		 359 aa  43.5  0.005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.255984  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2569  hypothetical protein  24.07 
 
 		 342 aa  43.9  0.005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.110832  hitchhiker  0.000000135786 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0330  putative ammonia monooxygenase  24.35 
 
 		 359 aa  43.1  0.007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.328581  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>