67 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0330 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_0330  putative ammonia monooxygenase  100 
 
 		 359 aa  692    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.328581  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0495  putative ammonia monooxygenase  90.25 
 
 		 359 aa  591  1e-168  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.255984  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0543  membrane protein AbrB duplication  85.39 
 
 		 350 aa  589  1e-167  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0626  putative ammonia monooxygenase  73.78 
 
 		 354 aa  499  1e-140  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.124772  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1096  hypothetical protein  59.94 
 
 		 361 aa  384  1e-105  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.402097  normal  0.189814 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0301  putative ammonia monooxygenase  33.55 
 
 		 367 aa  166  5e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0363814 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2727  putative ammonia monooxygenase  30.75 
 
 		 342 aa  117  3e-25  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2088  putative ammonia monooxygenase  25.66 
 
 		 338 aa  87.8  3e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.813317  normal  0.649237 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3432  putative ammonia monooxygenase  27.33 
 
 		 371 aa  87  4e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0162  membrane protein AbrB duplication  26.75 
 
 		 352 aa  81.3  0.00000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3287  membrane protein AbrB duplication  28.21 
 
 		 361 aa  80.9  0.00000000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0949194  normal  0.244469 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2134  putative ammonia monooxygenase  27.24 
 
 		 339 aa  80.5  0.00000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2569  hypothetical protein  25.44 
 
 		 342 aa  80.5  0.00000000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.110832  hitchhiker  0.000000135786 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5251  membrane protein AbrB duplication  28.29 
 
 		 358 aa  77.4  0.0000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.736695  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4306  putative ammonia monooxygenase  26.15 
 
 		 351 aa  75.9  0.000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0324  putative ammonia monooxygenase  27.65 
 
 		 343 aa  75.1  0.000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0720  putative ammonia monooxygenase  28.66 
 
 		 347 aa  73.6  0.000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.716088  normal  0.227545 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2080  membrane protein AbrB duplication  26.02 
 
 		 349 aa  72.4  0.00000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000252209  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0952  membrane protein AbrB duplication  23.98 
 
 		 389 aa  70.9  0.00000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0572  hypothetical protein  27.44 
 
 		 346 aa  70.5  0.00000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4396  membrane protein AbrB duplication  25.72 
 
 		 343 aa  68.6  0.0000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1415  hypothetical protein  26.5 
 
 		 351 aa  68.2  0.0000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0189  putative ammonia monooxygenase  25.4 
 
 		 352 aa  68.2  0.0000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.931421 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1276  membrane protein AbrB duplication  24.64 
 
 		 355 aa  64.3  0.000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3407  membrane protein AbrB duplication  26.01 
 
 		 355 aa  64.3  0.000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0189  membrane protein AbrB duplication  24.69 
 
 		 352 aa  63.5  0.000000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.331047  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1230  hypothetical protein  22.8 
 
 		 355 aa  62.8  0.000000008  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.180741  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1995  putative ammonia monooxygenase  24.32 
 
 		 362 aa  61.2  0.00000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.212349  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1117  membrane protein AbrB duplication  25.22 
 
 		 364 aa  60.8  0.00000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3334  putative ammonia monooxygenase  27.5 
 
 		 362 aa  60.5  0.00000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.973384  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1055  membrane protein AbrB duplication  25.47 
 
 		 343 aa  60.1  0.00000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4158  membrane protein AbrB duplication  23.31 
 
 		 352 aa  59.7  0.00000007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.206949  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3968  membrane protein AbrB duplication  23.03 
 
 		 352 aa  59.3  0.0000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1567  putative ammonia monooxygenase  23.15 
 
 		 373 aa  58.2  0.0000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0629  membrane protein AbrB duplication  27.22 
 
 		 352 aa  58.2  0.0000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.49085 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_7367  AbrB protein (AidB regulator)  27.49 
 
 		 354 aa  57.8  0.0000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1757  putative ammonia monooxygenase  21.41 
 
 		 357 aa  57.4  0.0000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1723  putative ammonia monooxygenase  21.41 
 
 		 357 aa  57.4  0.0000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0238  membrane protein AbrB duplication  24.38 
 
 		 352 aa  56.6  0.0000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1964  membrane protein AbrB duplication  24.4 
 
 		 368 aa  56.2  0.0000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4953  putative ammonia monooxygenase  26.5 
 
 		 356 aa  54.3  0.000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.365328  normal  0.422163 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1961  putative ammonia monooxygenase  26.2 
 
 		 369 aa  54.3  0.000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.959619  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0727  membrane protein AbrB duplication  25.84 
 
 		 367 aa  54.3  0.000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2551  membrane protein AbrB duplication  25.18 
 
 		 367 aa  53.5  0.000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.944662  normal  0.50364 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0824  hypothetical protein  24.47 
 
 		 348 aa  52  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.2961  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0853  hypothetical protein  24.17 
 
 		 348 aa  51.2  0.00003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.502026  hitchhiker  0.00000634184 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2363  membrane protein AbrB duplication  25.08 
 
 		 384 aa  51.2  0.00003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1243  putative ammonia monooxygenase  27.57 
 
 		 383 aa  48.1  0.0002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.962902  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1260  putative ammonia monooxygenase  27.57 
 
 		 374 aa  48.1  0.0002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.575861 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2181  membrane protein AbrB duplication  24.52 
 
 		 362 aa  48.5  0.0002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.566417 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0442  putative ammonia monooxygenase  24.53 
 
 		 375 aa  47.8  0.0003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0886  protein AbrB  24.17 
 
 		 348 aa  47.4  0.0004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.429214 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2372  membrane protein AbrB duplication  26.88 
 
 		 354 aa  47.4  0.0004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0763  protein AbrB  23.87 
 
 		 348 aa  47  0.0005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.518292  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0789  ammonia monooxygenase  23.87 
 
 		 348 aa  46.6  0.0006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.973057  normal  0.102671 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2810  membrane protein AbrB duplication  24.69 
 
 		 364 aa  46.2  0.0008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.659625  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1451  hypothetical protein  26.85 
 
 		 402 aa  46.2  0.0009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2363  Putative ammonia monooxygenase-like protein  24.05 
 
 		 383 aa  46.2  0.001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1270  putative ammonia monooxygenase  26.84 
 
 		 374 aa  45.4  0.001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4786  membrane protein AbrB duplication  22.57 
 
 		 353 aa  45.4  0.002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.300421  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2439  putative ammonia monooxygenase  28 
 
 		 354 aa  45.1  0.002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.246402  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0066  putative ammonia monooxygenase  25.99 
 
 		 355 aa  44.7  0.003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.599313  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4235  hypothetical protein  22.54 
 
 		 344 aa  44.3  0.003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1768  membrane protein AbrB duplication  25.21 
 
 		 366 aa  44.3  0.003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3212  membrane protein AbrB duplication  25.08 
 
 		 351 aa  44.3  0.004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3969  putative ammonia monooxygenase  22.95 
 
 		 344 aa  43.9  0.005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.997926  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3536  membrane protein AbrB duplication  24.77 
 
 		 351 aa  43.1  0.008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.926126  normal  0.322075 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>