48 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2727 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_2727  putative ammonia monooxygenase  100 
 
 		 342 aa  654    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0301  putative ammonia monooxygenase  33.02 
 
 		 367 aa  147  3e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0363814 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0543  membrane protein AbrB duplication  31.23 
 
 		 350 aa  123  4e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1096  hypothetical protein  34.98 
 
 		 361 aa  117  3.9999999999999997e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.402097  normal  0.189814 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0495  putative ammonia monooxygenase  32.47 
 
 		 359 aa  115  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.255984  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0626  putative ammonia monooxygenase  29.46 
 
 		 354 aa  113  6e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.124772  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0330  putative ammonia monooxygenase  30.99 
 
 		 359 aa  107  4e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.328581  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2569  hypothetical protein  28.12 
 
 		 342 aa  102  7e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.110832  hitchhiker  0.000000135786 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0572  hypothetical protein  29.86 
 
 		 346 aa  82.8  0.000000000000007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2088  putative ammonia monooxygenase  26.65 
 
 		 338 aa  79.3  0.00000000000008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.813317  normal  0.649237 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4829  putative ammonia monooxygenase  30.09 
 
 		 374 aa  72.8  0.000000000007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.918322  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0324  putative ammonia monooxygenase  27.59 
 
 		 343 aa  72  0.00000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2134  putative ammonia monooxygenase  28.03 
 
 		 339 aa  70.5  0.00000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2363  membrane protein AbrB duplication  27.25 
 
 		 384 aa  68.9  0.0000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1276  membrane protein AbrB duplication  27.83 
 
 		 355 aa  65.1  0.000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1230  hypothetical protein  24.76 
 
 		 355 aa  65.5  0.000000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.180741  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1609  putative ammonia monooxygenase  28.79 
 
 		 368 aa  60.5  0.00000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0880235 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1243  putative ammonia monooxygenase  28.04 
 
 		 383 aa  60.1  0.00000006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.962902  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1260  putative ammonia monooxygenase  28.04 
 
 		 374 aa  59.7  0.00000007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.575861 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0189  putative ammonia monooxygenase  25.49 
 
 		 352 aa  59.7  0.00000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.931421 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3968  membrane protein AbrB duplication  25.82 
 
 		 352 aa  58.5  0.0000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3161  putative ammonia monooxygenase  27.83 
 
 		 343 aa  56.6  0.0000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0647069 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4158  membrane protein AbrB duplication  25.82 
 
 		 352 aa  56.6  0.0000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.206949  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0238  membrane protein AbrB duplication  26.64 
 
 		 352 aa  56.6  0.0000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3432  putative ammonia monooxygenase  26.58 
 
 		 371 aa  55.5  0.000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0727  membrane protein AbrB duplication  28.17 
 
 		 367 aa  54.7  0.000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1995  putative ammonia monooxygenase  23.68 
 
 		 362 aa  54.3  0.000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.212349  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2439  putative ammonia monooxygenase  31.71 
 
 		 354 aa  53.1  0.000007  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.246402  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3287  membrane protein AbrB duplication  27.47 
 
 		 361 aa  53.1  0.000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0949194  normal  0.244469 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1270  putative ammonia monooxygenase  27.41 
 
 		 374 aa  52.4  0.00001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0720  putative ammonia monooxygenase  26.96 
 
 		 347 aa  52.4  0.00001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.716088  normal  0.227545 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0189  membrane protein AbrB duplication  24.68 
 
 		 352 aa  51.6  0.00002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.331047  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4235  hypothetical protein  26.01 
 
 		 344 aa  52  0.00002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1723  putative ammonia monooxygenase  21.77 
 
 		 357 aa  50.4  0.00004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1757  putative ammonia monooxygenase  21.77 
 
 		 357 aa  50.4  0.00004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4306  putative ammonia monooxygenase  25.93 
 
 		 351 aa  49.3  0.0001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1089  membrane protein AbrB duplication  28.47 
 
 		 375 aa  48.9  0.0001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.313927  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4396  membrane protein AbrB duplication  25.43 
 
 		 343 aa  48.1  0.0002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2551  membrane protein AbrB duplication  23.69 
 
 		 367 aa  48.1  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.944662  normal  0.50364 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3969  putative ammonia monooxygenase  26.11 
 
 		 344 aa  48.5  0.0002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.997926  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1415  hypothetical protein  25.46 
 
 		 351 aa  48.5  0.0002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0952  membrane protein AbrB duplication  24.8 
 
 		 389 aa  47.4  0.0004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0162  membrane protein AbrB duplication  28.98 
 
 		 352 aa  46.2  0.0008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1055  membrane protein AbrB duplication  26.96 
 
 		 343 aa  45.1  0.002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2810  membrane protein AbrB duplication  22.56 
 
 		 364 aa  45.1  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.659625  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_00321  hypothetical protein  28.75 
 
 		 170 aa  43.9  0.004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1567  putative ammonia monooxygenase  26.99 
 
 		 373 aa  42.7  0.008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2921  membrane protein AbrB duplication  24.37 
 
 		 348 aa  43.1  0.008  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.506523  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>