88 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bind_2181 on replicon NC_010581
Organism: Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010581  Bind_2181  membrane protein AbrB duplication  100 
 
 
362 aa  694    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.566417 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1768  membrane protein AbrB duplication  62.22 
 
 
366 aa  397  1e-109  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2551  membrane protein AbrB duplication  57.02 
 
 
367 aa  351  1e-95  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.944662  normal  0.50364 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1567  putative ammonia monooxygenase  54.31 
 
 
373 aa  332  8e-90  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2810  membrane protein AbrB duplication  57.1 
 
 
364 aa  331  1e-89  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.659625  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3334  putative ammonia monooxygenase  57.02 
 
 
362 aa  315  9.999999999999999e-85  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.973384  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1995  putative ammonia monooxygenase  52.8 
 
 
362 aa  313  3.9999999999999997e-84  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.212349  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0189  putative ammonia monooxygenase  47.8 
 
 
352 aa  300  3e-80  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.931421 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0066  putative ammonia monooxygenase  52.06 
 
 
355 aa  299  4e-80  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.599313  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1451  hypothetical protein  51.86 
 
 
402 aa  298  1e-79  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0637  putative ammonia monooxygenase  52.52 
 
 
359 aa  291  1e-77  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0015246 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3968  membrane protein AbrB duplication  47.21 
 
 
352 aa  285  5.999999999999999e-76  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4158  membrane protein AbrB duplication  46.76 
 
 
352 aa  282  6.000000000000001e-75  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.206949  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0189  membrane protein AbrB duplication  45.48 
 
 
352 aa  280  3e-74  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.331047  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1961  putative ammonia monooxygenase  48.27 
 
 
369 aa  271  9e-72  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.959619  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0763  protein AbrB  46.09 
 
 
348 aa  266  2.9999999999999995e-70  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2940  membrane protein AbrB duplication  46.09 
 
 
348 aa  266  2.9999999999999995e-70  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00664  hypothetical protein  46.09 
 
 
348 aa  266  2.9999999999999995e-70  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.931269  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00675  predicted regulator  46.09 
 
 
348 aa  266  2.9999999999999995e-70  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2921  membrane protein AbrB duplication  46.09 
 
 
348 aa  266  4e-70  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.506523  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0804  protein AbrB  45.75 
 
 
348 aa  265  5.999999999999999e-70  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.54374  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0729  protein AbrB  45.8 
 
 
348 aa  265  1e-69  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.218547  normal  0.802179 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0238  membrane protein AbrB duplication  44.99 
 
 
352 aa  261  2e-68  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3287  membrane protein AbrB duplication  47.35 
 
 
361 aa  260  3e-68  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0949194  normal  0.244469 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0631  protein AbrB  45.95 
 
 
348 aa  259  4e-68  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5251  membrane protein AbrB duplication  49.71 
 
 
358 aa  258  9e-68  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.736695  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0763  protein AbrB  45.16 
 
 
348 aa  251  1e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.518292  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0886  protein AbrB  45.16 
 
 
348 aa  251  1e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.429214 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0789  ammonia monooxygenase  45.16 
 
 
348 aa  251  2e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.973057  normal  0.102671 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0824  hypothetical protein  45.96 
 
 
348 aa  249  4e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.2961  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0853  hypothetical protein  45.96 
 
 
348 aa  249  6e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.502026  hitchhiker  0.00000634184 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0629  membrane protein AbrB duplication  45.04 
 
 
352 aa  216  4e-55  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.49085 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3112  putative ammonia monooxygenase  40.18 
 
 
362 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.536468  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3407  membrane protein AbrB duplication  44.74 
 
 
355 aa  206  4e-52  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3277  hypothetical protein  38.84 
 
 
338 aa  204  1e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.187445  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3212  membrane protein AbrB duplication  44.15 
 
 
351 aa  200  3e-50  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3536  membrane protein AbrB duplication  44.15 
 
 
351 aa  199  5e-50  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.926126  normal  0.322075 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2372  membrane protein AbrB duplication  35.89 
 
 
354 aa  189  5e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2794  putative ammonia monooxygenase  37.5 
 
 
377 aa  159  5e-38  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007488  RSP_7367  AbrB protein (AidB regulator)  35.93 
 
 
354 aa  147  4.0000000000000006e-34  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48350  ammonia monooxygenase  37.64 
 
 
355 aa  145  1e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4829  putative ammonia monooxygenase  33.33 
 
 
374 aa  134  3e-30  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.918322  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4953  putative ammonia monooxygenase  32.08 
 
 
356 aa  128  2.0000000000000002e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.365328  normal  0.422163 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1609  putative ammonia monooxygenase  32.27 
 
 
368 aa  124  3e-27  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.0880235 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0727  membrane protein AbrB duplication  30.42 
 
 
367 aa  114  2.0000000000000002e-24  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1260  putative ammonia monooxygenase  28.95 
 
 
374 aa  114  3e-24  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.575861 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1243  putative ammonia monooxygenase  28.95 
 
 
383 aa  114  3e-24  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.962902  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0549  membrane protein AbrB duplication  31.32 
 
 
355 aa  110  3e-23  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0967394  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3161  putative ammonia monooxygenase  31.38 
 
 
343 aa  107  3e-22  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.0647069 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1270  putative ammonia monooxygenase  28.65 
 
 
374 aa  104  2e-21  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2439  putative ammonia monooxygenase  30.61 
 
 
354 aa  102  1e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.246402  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1089  membrane protein AbrB duplication  31.85 
 
 
375 aa  97.4  4e-19  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.313927  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0952  membrane protein AbrB duplication  30.08 
 
 
389 aa  96.7  6e-19  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0442  putative ammonia monooxygenase  27.22 
 
 
375 aa  85.1  0.000000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3432  putative ammonia monooxygenase  26.98 
 
 
371 aa  84  0.000000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1117  membrane protein AbrB duplication  29.2 
 
 
364 aa  80.5  0.00000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2363  membrane protein AbrB duplication  25.91 
 
 
384 aa  79.3  0.0000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4538  putative ammonia monooxygenase  29.1 
 
 
358 aa  77  0.0000000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4306  putative ammonia monooxygenase  26.79 
 
 
351 aa  70.1  0.00000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1415  hypothetical protein  26.79 
 
 
351 aa  69.7  0.00000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4396  membrane protein AbrB duplication  26.55 
 
 
343 aa  65.5  0.000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0162  membrane protein AbrB duplication  26.97 
 
 
352 aa  65.1  0.000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2134  putative ammonia monooxygenase  25.6 
 
 
339 aa  64.3  0.000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3969  putative ammonia monooxygenase  27.3 
 
 
344 aa  63.5  0.000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.997926  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4786  membrane protein AbrB duplication  27.51 
 
 
353 aa  62.4  0.00000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.300421  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4235  hypothetical protein  26.95 
 
 
344 aa  61.2  0.00000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0324  putative ammonia monooxygenase  24.31 
 
 
343 aa  60.8  0.00000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3869  putative ammonia monooxygenase  29.6 
 
 
358 aa  59.7  0.00000008  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0637616  decreased coverage  0.00141274 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1276  membrane protein AbrB duplication  23.55 
 
 
355 aa  58.9  0.0000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1096  hypothetical protein  24.38 
 
 
361 aa  58.2  0.0000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.402097  normal  0.189814 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3740  membrane protein AbrB duplication  26.71 
 
 
402 aa  57.8  0.0000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.775905  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2569  hypothetical protein  24.46 
 
 
342 aa  57.8  0.0000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.110832  hitchhiker  0.000000135786 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1723  putative ammonia monooxygenase  21.29 
 
 
357 aa  57.4  0.0000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1757  putative ammonia monooxygenase  21.29 
 
 
357 aa  57.4  0.0000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1230  hypothetical protein  22.09 
 
 
355 aa  57  0.0000005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.180741  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2088  putative ammonia monooxygenase  22.22 
 
 
338 aa  56.6  0.0000007  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.813317  normal  0.649237 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0543  membrane protein AbrB duplication  24.77 
 
 
350 aa  55.5  0.000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1055  membrane protein AbrB duplication  25.61 
 
 
343 aa  55.1  0.000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4903  putative ammonia monooxygenase  24.56 
 
 
397 aa  55.1  0.000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.080717  normal  0.221223 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0301  putative ammonia monooxygenase  26.45 
 
 
367 aa  54.7  0.000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0363814 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0626  putative ammonia monooxygenase  24.92 
 
 
354 aa  53.9  0.000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.124772  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0495  putative ammonia monooxygenase  25 
 
 
359 aa  52.4  0.00001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.255984  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0720  putative ammonia monooxygenase  26.39 
 
 
347 aa  50.4  0.00005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.716088  normal  0.227545 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1454  putative ammonia monooxygenase  28.28 
 
 
340 aa  47.4  0.0004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.649029  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1350  putative ammonia monooxygenase  24.91 
 
 
343 aa  45.1  0.002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.166583  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3407  membrane protein AbrB duplication  31.86 
 
 
358 aa  45.1  0.002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.759463  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0330  putative ammonia monooxygenase  24.52 
 
 
359 aa  44.3  0.004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.328581  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2727  putative ammonia monooxygenase  23.78 
 
 
342 aa  42.7  0.009  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>