90 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_2372 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010501  PputW619_2372  membrane protein AbrB duplication  100 
 
 		 354 aa  687    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3112  putative ammonia monooxygenase  63.35 
 
 		 362 aa  424  1e-117  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.536468  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3277  hypothetical protein  65.36 
 
 		 338 aa  414  9.999999999999999e-116  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.187445  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48350  ammonia monooxygenase  64.4 
 
 		 355 aa  315  6e-85  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2794  putative ammonia monooxygenase  54.52 
 
 		 377 aa  257  2e-67  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0189  putative ammonia monooxygenase  41.81 
 
 		 352 aa  228  1e-58  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.931421 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3287  membrane protein AbrB duplication  45.89 
 
 		 361 aa  228  2e-58  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0949194  normal  0.244469 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0629  membrane protein AbrB duplication  47.78 
 
 		 352 aa  227  2e-58  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.49085 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3536  membrane protein AbrB duplication  45.91 
 
 		 351 aa  222  6e-57  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.926126  normal  0.322075 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3212  membrane protein AbrB duplication  45.91 
 
 		 351 aa  221  1.9999999999999999e-56  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5251  membrane protein AbrB duplication  44.38 
 
 		 358 aa  217  2e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.736695  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2921  membrane protein AbrB duplication  41.25 
 
 		 348 aa  215  9e-55  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.506523  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0763  protein AbrB  41.18 
 
 		 348 aa  215  9e-55  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00675  predicted regulator  41.18 
 
 		 348 aa  215  9e-55  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00664  hypothetical protein  41.18 
 
 		 348 aa  215  9e-55  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.931269  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2940  membrane protein AbrB duplication  41.18 
 
 		 348 aa  215  9e-55  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0729  protein AbrB  41.56 
 
 		 348 aa  215  9.999999999999999e-55  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.218547  normal  0.802179 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3968  membrane protein AbrB duplication  39.48 
 
 		 352 aa  215  9.999999999999999e-55  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0804  protein AbrB  41.01 
 
 		 348 aa  213  2.9999999999999995e-54  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.54374  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0789  ammonia monooxygenase  42.81 
 
 		 348 aa  212  5.999999999999999e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.973057  normal  0.102671 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4158  membrane protein AbrB duplication  39.19 
 
 		 352 aa  212  7e-54  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.206949  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0853  hypothetical protein  42.5 
 
 		 348 aa  212  9e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.502026  hitchhiker  0.00000634184 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0886  protein AbrB  42.5 
 
 		 348 aa  211  1e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.429214 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0824  hypothetical protein  42.5 
 
 		 348 aa  211  1e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.2961  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3407  membrane protein AbrB duplication  44.94 
 
 		 355 aa  211  1e-53  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0763  protein AbrB  42.5 
 
 		 348 aa  211  2e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.518292  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0631  protein AbrB  40.56 
 
 		 348 aa  210  3e-53  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0189  membrane protein AbrB duplication  38.71 
 
 		 352 aa  207  2e-52  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.331047  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0238  membrane protein AbrB duplication  39.59 
 
 		 352 aa  199  7e-50  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3334  putative ammonia monooxygenase  39.36 
 
 		 362 aa  194  2e-48  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.973384  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2551  membrane protein AbrB duplication  39.51 
 
 		 367 aa  187  2e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.944662  normal  0.50364 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2810  membrane protein AbrB duplication  39.82 
 
 		 364 aa  186  4e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.659625  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1567  putative ammonia monooxygenase  39.37 
 
 		 373 aa  184  2.0000000000000003e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2181  membrane protein AbrB duplication  35.67 
 
 		 362 aa  181  2e-44  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.566417 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0637  putative ammonia monooxygenase  37.54 
 
 		 359 aa  179  4.999999999999999e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0015246 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1995  putative ammonia monooxygenase  37.54 
 
 		 362 aa  179  5.999999999999999e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.212349  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0066  putative ammonia monooxygenase  40 
 
 		 355 aa  176  8e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.599313  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1451  hypothetical protein  38.89 
 
 		 402 aa  171  1e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1768  membrane protein AbrB duplication  38.68 
 
 		 366 aa  170  4e-41  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1961  putative ammonia monooxygenase  37.96 
 
 		 369 aa  167  2e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.959619  n/a   
 
 
-
 
NC_007488  RSP_7367  AbrB protein (AidB regulator)  33.43 
 
 		 354 aa  147  3e-34  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4953  putative ammonia monooxygenase  32.01 
 
 		 356 aa  121  1.9999999999999998e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.365328  normal  0.422163 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0952  membrane protein AbrB duplication  28.99 
 
 		 389 aa  114  2.0000000000000002e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3161  putative ammonia monooxygenase  30.12 
 
 		 343 aa  113  5e-24  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0647069 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0549  membrane protein AbrB duplication  33.84 
 
 		 355 aa  107  3e-22  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0967394  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2363  membrane protein AbrB duplication  31.69 
 
 		 384 aa  107  3e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4829  putative ammonia monooxygenase  30.29 
 
 		 374 aa  103  3e-21  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.918322  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4538  putative ammonia monooxygenase  31.07 
 
 		 358 aa  100  3e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0727  membrane protein AbrB duplication  33.62 
 
 		 367 aa  98.2  2e-19  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2439  putative ammonia monooxygenase  34.27 
 
 		 354 aa  93.2  6e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.246402  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1609  putative ammonia monooxygenase  30.9 
 
 		 368 aa  92.8  8e-18  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0880235 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1243  putative ammonia monooxygenase  31.52 
 
 		 383 aa  88.6  2e-16  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.962902  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1260  putative ammonia monooxygenase  30.91 
 
 		 374 aa  88.2  2e-16  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.575861 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4396  membrane protein AbrB duplication  29.79 
 
 		 343 aa  79.3  0.00000000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1270  putative ammonia monooxygenase  30.37 
 
 		 374 aa  79  0.0000000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1415  hypothetical protein  29.39 
 
 		 351 aa  75.5  0.000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1055  membrane protein AbrB duplication  29.19 
 
 		 343 aa  75.1  0.000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1117  membrane protein AbrB duplication  28.06 
 
 		 364 aa  73.6  0.000000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4306  putative ammonia monooxygenase  29.5 
 
 		 351 aa  73.6  0.000000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1089  membrane protein AbrB duplication  28.52 
 
 		 375 aa  69.7  0.00000000007  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.313927  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1230  hypothetical protein  23.78 
 
 		 355 aa  67.4  0.0000000004  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.180741  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3969  putative ammonia monooxygenase  29.64 
 
 		 344 aa  66.2  0.0000000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.997926  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2080  membrane protein AbrB duplication  25.61 
 
 		 349 aa  65.1  0.000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000252209  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4235  hypothetical protein  29.64 
 
 		 344 aa  64.7  0.000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0162  membrane protein AbrB duplication  27.03 
 
 		 352 aa  65.1  0.000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0442  putative ammonia monooxygenase  28.99 
 
 		 375 aa  61.2  0.00000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1350  putative ammonia monooxygenase  29.08 
 
 		 343 aa  59.7  0.00000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.166583  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0324  putative ammonia monooxygenase  27.09 
 
 		 343 aa  59.7  0.00000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2088  putative ammonia monooxygenase  25 
 
 		 338 aa  59.3  0.0000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.813317  normal  0.649237 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0301  putative ammonia monooxygenase  26.63 
 
 		 367 aa  58.9  0.0000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0363814 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3740  membrane protein AbrB duplication  28.57 
 
 		 402 aa  57.4  0.0000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.775905  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3432  putative ammonia monooxygenase  26.52 
 
 		 371 aa  57  0.0000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3407  membrane protein AbrB duplication  35.04 
 
 		 358 aa  56.6  0.0000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.759463  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2569  hypothetical protein  25.32 
 
 		 342 aa  56.2  0.0000008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.110832  hitchhiker  0.000000135786 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3869  putative ammonia monooxygenase  37.78 
 
 		 358 aa  56.2  0.0000008  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0637616  decreased coverage  0.00141274 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1276  membrane protein AbrB duplication  25.19 
 
 		 355 aa  54.7  0.000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1757  putative ammonia monooxygenase  24.09 
 
 		 357 aa  52.8  0.000008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1723  putative ammonia monooxygenase  24.09 
 
 		 357 aa  52.8  0.000008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1964  membrane protein AbrB duplication  24.89 
 
 		 368 aa  52.4  0.00001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1096  hypothetical protein  26.43 
 
 		 361 aa  48.9  0.0001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.402097  normal  0.189814 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0543  membrane protein AbrB duplication  28.57 
 
 		 350 aa  48.9  0.0002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0495  putative ammonia monooxygenase  28.77 
 
 		 359 aa  47.8  0.0003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.255984  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0626  putative ammonia monooxygenase  26.79 
 
 		 354 aa  47.4  0.0004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.124772  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4903  putative ammonia monooxygenase  24.58 
 
 		 397 aa  47.4  0.0004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.080717  normal  0.221223 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2363  Putative ammonia monooxygenase-like protein  27.89 
 
 		 383 aa  45.8  0.001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49500  ammonia monooxygenase  27.7 
 
 		 364 aa  45.1  0.002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00868936  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2727  putative ammonia monooxygenase  26.41 
 
 		 342 aa  45.1  0.002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0784  membrane protein AbrB duplication  30.68 
 
 		 162 aa  45.4  0.002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0033  hypothetical protein  30.88 
 
 		 170 aa  42.7  0.009  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1454  putative ammonia monooxygenase  27.86 
 
 		 340 aa  42.7  0.01  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.649029  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>