86 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_1451 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_1451  hypothetical protein  100 
 
 		 402 aa  788    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3334  putative ammonia monooxygenase  56.98 
 
 		 362 aa  333  4e-90  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.973384  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2551  membrane protein AbrB duplication  53.85 
 
 		 367 aa  326  4.0000000000000003e-88  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.944662  normal  0.50364 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2810  membrane protein AbrB duplication  54.46 
 
 		 364 aa  320  3e-86  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.659625  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1995  putative ammonia monooxygenase  52.14 
 
 		 362 aa  316  5e-85  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.212349  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2181  membrane protein AbrB duplication  50.73 
 
 		 362 aa  310  2.9999999999999997e-83  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.566417 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1567  putative ammonia monooxygenase  47.35 
 
 		 373 aa  299  5e-80  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0066  putative ammonia monooxygenase  50.15 
 
 		 355 aa  289  7e-77  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.599313  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0189  putative ammonia monooxygenase  46.4 
 
 		 352 aa  280  3e-74  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.931421 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0189  membrane protein AbrB duplication  46.06 
 
 		 352 aa  279  5e-74  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.331047  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0637  putative ammonia monooxygenase  46.49 
 
 		 359 aa  276  4e-73  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0015246 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00675  predicted regulator  47.49 
 
 		 348 aa  273  3e-72  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1768  membrane protein AbrB duplication  48.03 
 
 		 366 aa  273  3e-72  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0763  protein AbrB  47.49 
 
 		 348 aa  273  3e-72  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00664  hypothetical protein  47.49 
 
 		 348 aa  273  3e-72  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.931269  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2940  membrane protein AbrB duplication  47.49 
 
 		 348 aa  273  3e-72  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2921  membrane protein AbrB duplication  47.2 
 
 		 348 aa  271  2e-71  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.506523  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0631  protein AbrB  46.9 
 
 		 348 aa  271  2e-71  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0804  protein AbrB  46.9 
 
 		 348 aa  270  2.9999999999999997e-71  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.54374  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0729  protein AbrB  46.9 
 
 		 348 aa  270  4e-71  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.218547  normal  0.802179 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3968  membrane protein AbrB duplication  42.98 
 
 		 352 aa  265  1e-69  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4158  membrane protein AbrB duplication  43.4 
 
 		 352 aa  263  3e-69  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.206949  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0789  ammonia monooxygenase  46.9 
 
 		 348 aa  256  4e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.973057  normal  0.102671 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0886  protein AbrB  46.9 
 
 		 348 aa  256  4e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.429214 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0763  protein AbrB  46.9 
 
 		 348 aa  256  6e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.518292  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0824  hypothetical protein  46.9 
 
 		 348 aa  256  7e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.2961  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0853  hypothetical protein  46.61 
 
 		 348 aa  254  1.0000000000000001e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.502026  hitchhiker  0.00000634184 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3287  membrane protein AbrB duplication  45.92 
 
 		 361 aa  255  1.0000000000000001e-66  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0949194  normal  0.244469 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1961  putative ammonia monooxygenase  44.44 
 
 		 369 aa  252  8.000000000000001e-66  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.959619  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0238  membrane protein AbrB duplication  43.9 
 
 		 352 aa  246  4.9999999999999997e-64  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5251  membrane protein AbrB duplication  45.63 
 
 		 358 aa  242  7e-63  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.736695  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3407  membrane protein AbrB duplication  46.78 
 
 		 355 aa  229  9e-59  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0629  membrane protein AbrB duplication  44.15 
 
 		 352 aa  223  7e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.49085 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3112  putative ammonia monooxygenase  38.11 
 
 		 362 aa  216  5.9999999999999996e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.536468  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3212  membrane protein AbrB duplication  44.57 
 
 		 351 aa  216  7e-55  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3536  membrane protein AbrB duplication  44.57 
 
 		 351 aa  215  9.999999999999999e-55  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.926126  normal  0.322075 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3277  hypothetical protein  37.69 
 
 		 338 aa  189  5e-47  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.187445  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2372  membrane protein AbrB duplication  38.2 
 
 		 354 aa  189  1e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48350  ammonia monooxygenase  38.57 
 
 		 355 aa  154  4e-36  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2794  putative ammonia monooxygenase  36.44 
 
 		 377 aa  151  2e-35  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007488  RSP_7367  AbrB protein (AidB regulator)  36.15 
 
 		 354 aa  150  3e-35  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4829  putative ammonia monooxygenase  30.32 
 
 		 374 aa  129  9.000000000000001e-29  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.918322  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1243  putative ammonia monooxygenase  30.7 
 
 		 383 aa  128  2.0000000000000002e-28  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.962902  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1260  putative ammonia monooxygenase  31.01 
 
 		 374 aa  128  2.0000000000000002e-28  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.575861 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0727  membrane protein AbrB duplication  31.67 
 
 		 367 aa  123  5e-27  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1270  putative ammonia monooxygenase  30.99 
 
 		 374 aa  120  3e-26  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4953  putative ammonia monooxygenase  30.29 
 
 		 356 aa  120  3e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.365328  normal  0.422163 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1609  putative ammonia monooxygenase  28.53 
 
 		 368 aa  116  6e-25  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0880235 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3161  putative ammonia monooxygenase  31.27 
 
 		 343 aa  114  4.0000000000000004e-24  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0647069 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0549  membrane protein AbrB duplication  33.43 
 
 		 355 aa  103  5e-21  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0967394  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2439  putative ammonia monooxygenase  30.67 
 
 		 354 aa  102  2e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.246402  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1089  membrane protein AbrB duplication  30.61 
 
 		 375 aa  97.1  5e-19  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.313927  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0952  membrane protein AbrB duplication  29.67 
 
 		 389 aa  93.6  5e-18  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3407  membrane protein AbrB duplication  31.39 
 
 		 358 aa  82  0.00000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.759463  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2363  membrane protein AbrB duplication  28.22 
 
 		 384 aa  80.9  0.00000000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3432  putative ammonia monooxygenase  26.05 
 
 		 371 aa  79  0.0000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3740  membrane protein AbrB duplication  27.85 
 
 		 402 aa  75.5  0.000000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.775905  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4538  putative ammonia monooxygenase  26.28 
 
 		 358 aa  72.4  0.00000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0626  putative ammonia monooxygenase  29.22 
 
 		 354 aa  70.5  0.00000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.124772  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0442  putative ammonia monooxygenase  24.17 
 
 		 375 aa  67.4  0.0000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0543  membrane protein AbrB duplication  27.84 
 
 		 350 aa  67  0.0000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3869  putative ammonia monooxygenase  31.23 
 
 		 358 aa  66.6  0.0000000007  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0637616  decreased coverage  0.00141274 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1117  membrane protein AbrB duplication  29.78 
 
 		 364 aa  66.2  0.0000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0495  putative ammonia monooxygenase  29.52 
 
 		 359 aa  63.9  0.000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.255984  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4306  putative ammonia monooxygenase  24.9 
 
 		 351 aa  63.9  0.000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1415  hypothetical protein  25 
 
 		 351 aa  63.2  0.000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1096  hypothetical protein  28.24 
 
 		 361 aa  62  0.00000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.402097  normal  0.189814 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2080  membrane protein AbrB duplication  24.42 
 
 		 349 aa  60.8  0.00000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000252209  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0301  putative ammonia monooxygenase  27.18 
 
 		 367 aa  60.1  0.00000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0363814 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0162  membrane protein AbrB duplication  25.08 
 
 		 352 aa  58.9  0.0000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3969  putative ammonia monooxygenase  26.82 
 
 		 344 aa  59.3  0.0000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.997926  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4396  membrane protein AbrB duplication  25.3 
 
 		 343 aa  57.4  0.0000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4235  hypothetical protein  26.82 
 
 		 344 aa  57.8  0.0000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0324  putative ammonia monooxygenase  25.09 
 
 		 343 aa  57  0.0000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1055  membrane protein AbrB duplication  26.1 
 
 		 343 aa  56.6  0.0000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1276  membrane protein AbrB duplication  30.63 
 
 		 355 aa  54.7  0.000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1230  hypothetical protein  21.86 
 
 		 355 aa  54.3  0.000004  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.180741  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1723  putative ammonia monooxygenase  21.52 
 
 		 357 aa  53.5  0.000006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1757  putative ammonia monooxygenase  21.52 
 
 		 357 aa  53.5  0.000006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4786  membrane protein AbrB duplication  29.87 
 
 		 353 aa  52.8  0.00001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.300421  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0330  putative ammonia monooxygenase  28.82 
 
 		 359 aa  50.8  0.00004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.328581  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1964  membrane protein AbrB duplication  24.57 
 
 		 368 aa  48.5  0.0002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54580  hypothetical protein  26.64 
 
 		 345 aa  48.5  0.0002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000205285  normal  0.0470051 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4769  hypothetical protein  26.55 
 
 		 345 aa  47.8  0.0003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.193076  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2363  Putative ammonia monooxygenase-like protein  28.68 
 
 		 383 aa  44.7  0.003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1350  putative ammonia monooxygenase  23.59 
 
 		 343 aa  44.7  0.003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.166583  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>