90 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A3334 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_A3334  putative ammonia monooxygenase  100 
 
 		 362 aa  681    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.973384  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2181  membrane protein AbrB duplication  57.02 
 
 		 362 aa  330  2e-89  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.566417 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1451  hypothetical protein  57.14 
 
 		 402 aa  324  2e-87  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1995  putative ammonia monooxygenase  54.05 
 
 		 362 aa  322  6e-87  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.212349  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0189  putative ammonia monooxygenase  52.3 
 
 		 352 aa  319  6e-86  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.931421 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2551  membrane protein AbrB duplication  53.35 
 
 		 367 aa  309  5.9999999999999995e-83  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.944662  normal  0.50364 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2810  membrane protein AbrB duplication  51.37 
 
 		 364 aa  295  1e-78  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.659625  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3968  membrane protein AbrB duplication  47.95 
 
 		 352 aa  293  2e-78  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4158  membrane protein AbrB duplication  48.68 
 
 		 352 aa  293  4e-78  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.206949  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1768  membrane protein AbrB duplication  52.1 
 
 		 366 aa  291  9e-78  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0189  membrane protein AbrB duplication  49.71 
 
 		 352 aa  291  1e-77  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.331047  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2921  membrane protein AbrB duplication  49.26 
 
 		 348 aa  288  1e-76  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.506523  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00664  hypothetical protein  49.26 
 
 		 348 aa  287  2e-76  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.931269  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0763  protein AbrB  49.26 
 
 		 348 aa  287  2e-76  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1961  putative ammonia monooxygenase  50.14 
 
 		 369 aa  287  2e-76  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.959619  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00675  predicted regulator  49.26 
 
 		 348 aa  287  2e-76  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2940  membrane protein AbrB duplication  49.26 
 
 		 348 aa  287  2e-76  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0804  protein AbrB  49.26 
 
 		 348 aa  286  2.9999999999999996e-76  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.54374  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0729  protein AbrB  48.97 
 
 		 348 aa  285  1.0000000000000001e-75  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.218547  normal  0.802179 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0631  protein AbrB  48.97 
 
 		 348 aa  283  2.0000000000000002e-75  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1567  putative ammonia monooxygenase  50.14 
 
 		 373 aa  279  6e-74  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0066  putative ammonia monooxygenase  50.59 
 
 		 355 aa  276  3e-73  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.599313  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3287  membrane protein AbrB duplication  50.43 
 
 		 361 aa  268  1e-70  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0949194  normal  0.244469 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0789  ammonia monooxygenase  48.15 
 
 		 348 aa  268  2e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.973057  normal  0.102671 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0824  hypothetical protein  49.69 
 
 		 348 aa  267  2.9999999999999995e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.2961  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0853  hypothetical protein  49.69 
 
 		 348 aa  266  5.999999999999999e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.502026  hitchhiker  0.00000634184 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0886  protein AbrB  47.86 
 
 		 348 aa  266  5.999999999999999e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.429214 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0763  protein AbrB  47.86 
 
 		 348 aa  266  5.999999999999999e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.518292  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0238  membrane protein AbrB duplication  47.4 
 
 		 352 aa  265  1e-69  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5251  membrane protein AbrB duplication  51.76 
 
 		 358 aa  260  2e-68  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.736695  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0637  putative ammonia monooxygenase  49.84 
 
 		 359 aa  247  2e-64  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0015246 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0629  membrane protein AbrB duplication  50.15 
 
 		 352 aa  227  2e-58  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.49085 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3407  membrane protein AbrB duplication  47.85 
 
 		 355 aa  226  3e-58  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3212  membrane protein AbrB duplication  45.83 
 
 		 351 aa  216  5.9999999999999996e-55  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3536  membrane protein AbrB duplication  45.83 
 
 		 351 aa  215  8e-55  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.926126  normal  0.322075 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3112  putative ammonia monooxygenase  38.36 
 
 		 362 aa  211  2e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.536468  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2372  membrane protein AbrB duplication  40.06 
 
 		 354 aa  209  7e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3277  hypothetical protein  38.46 
 
 		 338 aa  196  5.000000000000001e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.187445  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48350  ammonia monooxygenase  41.83 
 
 		 355 aa  164  2.0000000000000002e-39  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007488  RSP_7367  AbrB protein (AidB regulator)  37.5 
 
 		 354 aa  158  2e-37  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2794  putative ammonia monooxygenase  38.94 
 
 		 377 aa  148  1.0000000000000001e-34  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4829  putative ammonia monooxygenase  31.21 
 
 		 374 aa  122  9.999999999999999e-27  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.918322  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4953  putative ammonia monooxygenase  31.81 
 
 		 356 aa  119  6e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.365328  normal  0.422163 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0727  membrane protein AbrB duplication  34.2 
 
 		 367 aa  119  9e-26  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1243  putative ammonia monooxygenase  32.77 
 
 		 383 aa  118  9.999999999999999e-26  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.962902  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1260  putative ammonia monooxygenase  32.77 
 
 		 374 aa  118  9.999999999999999e-26  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.575861 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1609  putative ammonia monooxygenase  29.61 
 
 		 368 aa  110  3e-23  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0880235 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0952  membrane protein AbrB duplication  30 
 
 		 389 aa  110  3e-23  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1270  putative ammonia monooxygenase  32.49 
 
 		 374 aa  108  1e-22  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2439  putative ammonia monooxygenase  33.67 
 
 		 354 aa  108  1e-22  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.246402  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0549  membrane protein AbrB duplication  32.25 
 
 		 355 aa  106  7e-22  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0967394  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3161  putative ammonia monooxygenase  31.95 
 
 		 343 aa  105  9e-22  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0647069 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1089  membrane protein AbrB duplication  32.23 
 
 		 375 aa  92.8  7e-18  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.313927  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2363  membrane protein AbrB duplication  30.14 
 
 		 384 aa  89  1e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3740  membrane protein AbrB duplication  29.93 
 
 		 402 aa  84.3  0.000000000000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.775905  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0442  putative ammonia monooxygenase  28.2 
 
 		 375 aa  76.3  0.0000000000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3407  membrane protein AbrB duplication  33.73 
 
 		 358 aa  74.3  0.000000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.759463  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1117  membrane protein AbrB duplication  30.09 
 
 		 364 aa  74.7  0.000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3432  putative ammonia monooxygenase  26.65 
 
 		 371 aa  73.2  0.000000000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4306  putative ammonia monooxygenase  28.27 
 
 		 351 aa  71.2  0.00000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0324  putative ammonia monooxygenase  27.67 
 
 		 343 aa  70.5  0.00000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1415  hypothetical protein  28.16 
 
 		 351 aa  70.5  0.00000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0301  putative ammonia monooxygenase  30.21 
 
 		 367 aa  68.2  0.0000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0363814 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0626  putative ammonia monooxygenase  28.09 
 
 		 354 aa  67.8  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.124772  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1055  membrane protein AbrB duplication  28.57 
 
 		 343 aa  67  0.0000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4396  membrane protein AbrB duplication  27.57 
 
 		 343 aa  66.2  0.0000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2080  membrane protein AbrB duplication  25.44 
 
 		 349 aa  63.9  0.000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000252209  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2088  putative ammonia monooxygenase  26.3 
 
 		 338 aa  63.5  0.000000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.813317  normal  0.649237 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4538  putative ammonia monooxygenase  26.86 
 
 		 358 aa  61.6  0.00000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1757  putative ammonia monooxygenase  21.12 
 
 		 357 aa  60.8  0.00000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1723  putative ammonia monooxygenase  21.12 
 
 		 357 aa  60.8  0.00000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0543  membrane protein AbrB duplication  27.94 
 
 		 350 aa  58.5  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1096  hypothetical protein  27.25 
 
 		 361 aa  58.5  0.0000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.402097  normal  0.189814 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1276  membrane protein AbrB duplication  25 
 
 		 355 aa  56.2  0.0000009  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0162  membrane protein AbrB duplication  27.15 
 
 		 352 aa  55.5  0.000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1230  hypothetical protein  21.35 
 
 		 355 aa  55.1  0.000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.180741  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0495  putative ammonia monooxygenase  26.14 
 
 		 359 aa  54.7  0.000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.255984  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3869  putative ammonia monooxygenase  32.12 
 
 		 358 aa  53.9  0.000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0637616  decreased coverage  0.00141274 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2363  Putative ammonia monooxygenase-like protein  25.29 
 
 		 383 aa  52.4  0.00001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2569  hypothetical protein  25.15 
 
 		 342 aa  51.6  0.00002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.110832  hitchhiker  0.000000135786 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3969  putative ammonia monooxygenase  27.96 
 
 		 344 aa  50.1  0.00007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.997926  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2134  putative ammonia monooxygenase  26.46 
 
 		 339 aa  49.3  0.0001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4786  membrane protein AbrB duplication  29.41 
 
 		 353 aa  48.1  0.0002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.300421  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4235  hypothetical protein  27.6 
 
 		 344 aa  48.5  0.0002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0784  membrane protein AbrB duplication  31.25 
 
 		 162 aa  47.4  0.0004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1964  membrane protein AbrB duplication  22.42 
 
 		 368 aa  46.6  0.0006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1454  putative ammonia monooxygenase  29.6 
 
 		 340 aa  46.6  0.0007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.649029  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0330  putative ammonia monooxygenase  26.99 
 
 		 359 aa  44.7  0.003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.328581  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0572  hypothetical protein  28.24 
 
 		 346 aa  43.5  0.006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1350  putative ammonia monooxygenase  24.17 
 
 		 343 aa  42.7  0.009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.166583  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>