88 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SbBS512_E0631 on replicon NC_010658
Organism: Shigella boydii CDC 3083-94



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001637  EcDH1_2921  membrane protein AbrB duplication  97.7 
 
 		 348 aa  637    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.506523  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0763  protein AbrB  98.85 
 
 		 348 aa  664    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00675  predicted regulator  98.85 
 
 		 348 aa  664    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2940  membrane protein AbrB duplication  98.85 
 
 		 348 aa  664    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00664  hypothetical protein  98.85 
 
 		 348 aa  664    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.931269  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0729  protein AbrB  97.41 
 
 		 348 aa  635    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.218547  normal  0.802179 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0631  protein AbrB  100 
 
 		 348 aa  675    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0804  protein AbrB  96.26 
 
 		 348 aa  630  1e-180  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.54374  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0763  protein AbrB  80.06 
 
 		 348 aa  494  1e-139  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.518292  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0789  ammonia monooxygenase  80.06 
 
 		 348 aa  495  1e-139  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.973057  normal  0.102671 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0886  protein AbrB  80.35 
 
 		 348 aa  495  1e-139  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.429214 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0824  hypothetical protein  80.64 
 
 		 348 aa  496  1e-139  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.2961  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0853  hypothetical protein  79.77 
 
 		 348 aa  491  9.999999999999999e-139  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.502026  hitchhiker  0.00000634184 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0189  putative ammonia monooxygenase  57.39 
 
 		 352 aa  377  1e-103  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.931421 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0189  membrane protein AbrB duplication  52.8 
 
 		 352 aa  347  2e-94  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.331047  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3968  membrane protein AbrB duplication  50.74 
 
 		 352 aa  341  9e-93  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4158  membrane protein AbrB duplication  51.03 
 
 		 352 aa  340  2e-92  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.206949  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0238  membrane protein AbrB duplication  51.47 
 
 		 352 aa  329  4e-89  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1567  putative ammonia monooxygenase  47.83 
 
 		 373 aa  283  2.0000000000000002e-75  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3334  putative ammonia monooxygenase  47.8 
 
 		 362 aa  278  1e-73  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.973384  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1995  putative ammonia monooxygenase  45.48 
 
 		 362 aa  277  2e-73  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.212349  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3287  membrane protein AbrB duplication  47.68 
 
 		 361 aa  268  1e-70  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0949194  normal  0.244469 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1451  hypothetical protein  47.81 
 
 		 402 aa  257  2e-67  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2181  membrane protein AbrB duplication  45.95 
 
 		 362 aa  254  1.0000000000000001e-66  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.566417 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5251  membrane protein AbrB duplication  47.02 
 
 		 358 aa  255  1.0000000000000001e-66  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.736695  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1768  membrane protein AbrB duplication  47.38 
 
 		 366 aa  252  8.000000000000001e-66  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3407  membrane protein AbrB duplication  46.51 
 
 		 355 aa  249  3e-65  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0066  putative ammonia monooxygenase  42.98 
 
 		 355 aa  248  8e-65  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.599313  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0629  membrane protein AbrB duplication  46.15 
 
 		 352 aa  248  2e-64  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.49085 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2810  membrane protein AbrB duplication  45.79 
 
 		 364 aa  243  5e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.659625  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2551  membrane protein AbrB duplication  46.42 
 
 		 367 aa  242  7e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.944662  normal  0.50364 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1961  putative ammonia monooxygenase  42.41 
 
 		 369 aa  238  1e-61  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.959619  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3212  membrane protein AbrB duplication  46.69 
 
 		 351 aa  237  2e-61  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3112  putative ammonia monooxygenase  40.46 
 
 		 362 aa  237  3e-61  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.536468  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3536  membrane protein AbrB duplication  46.4 
 
 		 351 aa  236  5.0000000000000005e-61  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.926126  normal  0.322075 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0637  putative ammonia monooxygenase  43.88 
 
 		 359 aa  221  1.9999999999999999e-56  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0015246 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2372  membrane protein AbrB duplication  39.88 
 
 		 354 aa  220  3e-56  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3277  hypothetical protein  40.43 
 
 		 338 aa  219  7.999999999999999e-56  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.187445  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2794  putative ammonia monooxygenase  41.77 
 
 		 377 aa  188  1e-46  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48350  ammonia monooxygenase  39.66 
 
 		 355 aa  168  1e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007488  RSP_7367  AbrB protein (AidB regulator)  33.24 
 
 		 354 aa  158  1e-37  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4953  putative ammonia monooxygenase  30.61 
 
 		 356 aa  140  3.9999999999999997e-32  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.365328  normal  0.422163 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4829  putative ammonia monooxygenase  32.46 
 
 		 374 aa  137  3.0000000000000003e-31  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.918322  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1260  putative ammonia monooxygenase  30.14 
 
 		 374 aa  136  6.0000000000000005e-31  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.575861 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1243  putative ammonia monooxygenase  30.59 
 
 		 383 aa  135  9e-31  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.962902  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0727  membrane protein AbrB duplication  31.52 
 
 		 367 aa  129  1.0000000000000001e-28  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1270  putative ammonia monooxygenase  30.06 
 
 		 374 aa  127  3e-28  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3161  putative ammonia monooxygenase  31.91 
 
 		 343 aa  127  4.0000000000000003e-28  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0647069 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1609  putative ammonia monooxygenase  30.77 
 
 		 368 aa  121  1.9999999999999998e-26  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0880235 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2439  putative ammonia monooxygenase  32.67 
 
 		 354 aa  118  9.999999999999999e-26  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.246402  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0549  membrane protein AbrB duplication  32.84 
 
 		 355 aa  111  2.0000000000000002e-23  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0967394  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0952  membrane protein AbrB duplication  29.49 
 
 		 389 aa  105  9e-22  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1089  membrane protein AbrB duplication  31.19 
 
 		 375 aa  102  9e-21  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.313927  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3740  membrane protein AbrB duplication  31.68 
 
 		 402 aa  102  1e-20  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.775905  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3407  membrane protein AbrB duplication  31.47 
 
 		 358 aa  95.1  2e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.759463  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2363  membrane protein AbrB duplication  25.95 
 
 		 384 aa  85.9  0.000000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4538  putative ammonia monooxygenase  28.06 
 
 		 358 aa  82  0.00000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0301  putative ammonia monooxygenase  32.03 
 
 		 367 aa  74.7  0.000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0363814 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0442  putative ammonia monooxygenase  26.98 
 
 		 375 aa  73.9  0.000000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1757  putative ammonia monooxygenase  22.95 
 
 		 357 aa  71.6  0.00000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1723  putative ammonia monooxygenase  22.95 
 
 		 357 aa  71.6  0.00000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3869  putative ammonia monooxygenase  34.88 
 
 		 358 aa  71.2  0.00000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0637616  decreased coverage  0.00141274 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1117  membrane protein AbrB duplication  26.98 
 
 		 364 aa  65.9  0.000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1230  hypothetical protein  22.69 
 
 		 355 aa  65.1  0.000000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.180741  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3432  putative ammonia monooxygenase  25 
 
 		 371 aa  65.1  0.000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1055  membrane protein AbrB duplication  26.06 
 
 		 343 aa  63.9  0.000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2080  membrane protein AbrB duplication  27.7 
 
 		 349 aa  63.9  0.000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000252209  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4235  hypothetical protein  28.16 
 
 		 344 aa  62.8  0.000000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2088  putative ammonia monooxygenase  24.7 
 
 		 338 aa  62.4  0.00000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.813317  normal  0.649237 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4396  membrane protein AbrB duplication  26.37 
 
 		 343 aa  61.6  0.00000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1415  hypothetical protein  26.37 
 
 		 351 aa  61.2  0.00000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4306  putative ammonia monooxygenase  25.91 
 
 		 351 aa  59.7  0.00000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3969  putative ammonia monooxygenase  27.44 
 
 		 344 aa  57.8  0.0000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.997926  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1964  membrane protein AbrB duplication  24.5 
 
 		 368 aa  55.8  0.0000009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1096  hypothetical protein  25.39 
 
 		 361 aa  55.5  0.000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.402097  normal  0.189814 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0626  putative ammonia monooxygenase  25.71 
 
 		 354 aa  55.1  0.000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.124772  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0784  membrane protein AbrB duplication  29.37 
 
 		 162 aa  54.3  0.000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1350  putative ammonia monooxygenase  25.89 
 
 		 343 aa  53.9  0.000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.166583  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2363  Putative ammonia monooxygenase-like protein  25.77 
 
 		 383 aa  52  0.00001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1276  membrane protein AbrB duplication  21.59 
 
 		 355 aa  52  0.00002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0324  putative ammonia monooxygenase  26.69 
 
 		 343 aa  51.2  0.00003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0720  putative ammonia monooxygenase  25.22 
 
 		 347 aa  49.7  0.00008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.716088  normal  0.227545 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0543  membrane protein AbrB duplication  23.94 
 
 		 350 aa  49.3  0.0001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1772  membrane protein AbrB duplication  24.76 
 
 		 365 aa  46.6  0.0007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.768423 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2134  putative ammonia monooxygenase  25.94 
 
 		 339 aa  46.2  0.001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2569  hypothetical protein  25 
 
 		 342 aa  43.9  0.004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.110832  hitchhiker  0.000000135786 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0162  membrane protein AbrB duplication  22.22 
 
 		 352 aa  42.7  0.01  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2727  putative ammonia monooxygenase  23.2 
 
 		 342 aa  42.7  0.01  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>