97 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_3956 on replicon NC_007488
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007488  RSP_3956  sugar isomerase (SIS)  100 
 
 		 337 aa  690    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.612193  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3641  hypothetical protein  92.58 
 
 		 337 aa  621  1e-177  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.511094  normal  0.47359 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2844  sugar isomerase (SIS)  67.95 
 
 		 337 aa  485  1e-136  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.408327 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0297  sugar isomerase (SIS)  37.98 
 
 		 333 aa  240  2.9999999999999997e-62  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4895  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase (isomerizing)  35.21 
 
 		 336 aa  213  3.9999999999999995e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4954  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase (isomerizing)  35.21 
 
 		 336 aa  212  7e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.28349  normal  0.604519 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4948  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase (isomerizing)  35.21 
 
 		 336 aa  212  7e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4794  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase (isomerizing)  35.21 
 
 		 336 aa  209  4e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.985432 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3652  hypothetical protein  38.62 
 
 		 286 aa  151  1e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0991597 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3940  hypothetical protein  35.82 
 
 		 312 aa  150  4e-35  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5462  sugar isomerase (SIS)  26.35 
 
 		 333 aa  129  6e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0684  sugar isomerase  26.54 
 
 		 328 aa  112  8.000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0625  sugar isomerase  26.54 
 
 		 328 aa  112  8.000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9146  yurP  27.83 
 
 		 327 aa  108  2e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.19979  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0341  fructoselysine-6-P-deglycase  24.76 
 
 		 340 aa  92.8  8e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.782392  normal  0.312145 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3841  fructoselysine-6-P-deglycase  24.76 
 
 		 347 aa  92.8  8e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3567  fructoselysine-6-P-deglycase  24.76 
 
 		 347 aa  92.8  8e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03174  hypothetical protein  24.76 
 
 		 340 aa  92.8  8e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0341  sugar isomerase (SIS)  24.76 
 
 		 340 aa  92.8  8e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03222  fructoselysine-6-P-deglycase  24.76 
 
 		 340 aa  92.8  8e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3915  sugar isomerase  24.13 
 
 		 324 aa  90.5  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.923354  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3807  sugar isomerase  24.13 
 
 		 324 aa  90.5  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3795  sugar isomerase  24.13 
 
 		 324 aa  90.5  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.911401  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3976  sugar isomerase  24.13 
 
 		 324 aa  90.5  4e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3873  sugar isomerase  24.13 
 
 		 324 aa  89.4  8e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4683  fructoselysine-6-P-deglycase  25.17 
 
 		 340 aa  87  4e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.791225 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3473  sugar isomerase (SIS)  22.22 
 
 		 330 aa  68.9  0.0000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0178073  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4559  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  24.71 
 
 		 613 aa  62.4  0.00000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.313422  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2453  glutamine--fructose-6-phosphate transaminase  25.41 
 
 		 606 aa  58.9  0.0000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.633572  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4166  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  25.44 
 
 		 608 aa  58.2  0.0000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3375  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase, isomerizing  25.77 
 
 		 608 aa  55.8  0.0000009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1372  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  24.12 
 
 		 613 aa  55.5  0.000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.742215  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3067  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase, isomerizing  25.38 
 
 		 607 aa  55.8  0.000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.82118  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0822  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  22.57 
 
 		 616 aa  55.1  0.000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2367  glutamine--fructose-6-phosphate transaminase (isomerizing)  27.32 
 
 		 347 aa  55.1  0.000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.192922  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0121  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  24.66 
 
 		 609 aa  54.3  0.000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000396759  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1826  glucosamine/fructose-6-phosphate aminotransferase, isomerizing  25.19 
 
 		 608 aa  54.3  0.000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0629136  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3186  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  23.1 
 
 		 602 aa  53.9  0.000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01570  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase, isomerizing  28.95 
 
 		 608 aa  53.9  0.000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3174  arabinose-5-phosphate isomerase  34.11 
 
 		 323 aa  54.3  0.000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1517  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  25.1 
 
 		 608 aa  53.1  0.000006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0607297 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1805  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  25.54 
 
 		 609 aa  52.4  0.00001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2276  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  26.88 
 
 		 607 aa  52  0.00001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0004  glutamine-fructose-6-phosphate transaminase (isomerizing)  24.27 
 
 		 349 aa  51.6  0.00002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00308372  normal  0.212879 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0724  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  24.42 
 
 		 622 aa  51.6  0.00002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0532608  normal  0.145448 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3838  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  23.35 
 
 		 611 aa  50.8  0.00003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4553  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  24.52 
 
 		 608 aa  50.4  0.00004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.365808 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1162  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  22.81 
 
 		 607 aa  50.1  0.00006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.444963  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2606  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  27.88 
 
 		 608 aa  49.7  0.00007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.659057  normal  0.799621 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4910  glucosamine/fructose-6-phosphate aminotransferase, isomerizing  24.86 
 
 		 608 aa  49.3  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2000  glucosamine/fructose-6-phosphate aminotransferase, isomerizing  20.63 
 
 		 611 aa  48.1  0.0002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.222637 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0964  KpsF/GutQ family protein  29.17 
 
 		 324 aa  48.1  0.0002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0623  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  25.51 
 
 		 621 aa  48.1  0.0002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.485363  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3728  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  26.89 
 
 		 605 aa  47.8  0.0003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.71832  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0344  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  26.11 
 
 		 648 aa  47.4  0.0003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.328157  normal  0.0199049 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0708  glucosamine/fructose-6-phosphate aminotransferase, isomerizing  26.84 
 
 		 612 aa  47.4  0.0004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0182  RpiR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 279 aa  47  0.0005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_23190  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  27.27 
 
 		 622 aa  47  0.0005  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0529184  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0875  KpsF/GutQ family protein  28.57 
 
 		 324 aa  47  0.0005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0179  RpiR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 279 aa  47  0.0005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.912597  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0208  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  25.1 
 
 		 605 aa  46.6  0.0006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0957  KpsF/GutQ family protein  28.57 
 
 		 324 aa  46.2  0.0007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2618  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  25.27 
 
 		 608 aa  46.2  0.0008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00120627 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4351  sugar isomerase (SIS)  27.62 
 
 		 348 aa  45.8  0.001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.250553  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1455  glutamine--fructose-6-phosphate transaminase (isomerizing)  26.52 
 
 		 343 aa  45.4  0.001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3605  glucosamine/fructose-6-phosphate aminotransferase, isomerizing  26.25 
 
 		 608 aa  45.8  0.001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.410338  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0617  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  26.11 
 
 		 640 aa  45.4  0.001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.577604  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0502  glutamine--fructose-6-phosphate transaminase  25.98 
 
 		 607 aa  45.8  0.001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29300  glutamine--fructose-6-phosphate transaminase  24.86 
 
 		 621 aa  45.8  0.001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0556  glutamine--fructose-6-phosphate transaminase (isomerizing)  25.91 
 
 		 345 aa  45.4  0.001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.926688 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2793  glutamine--fructose-6-phosphate transaminase  25.11 
 
 		 609 aa  45.4  0.001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1013  glucosamine/fructose-6-phosphate aminotransferase isomerizing  27.93 
 
 		 616 aa  45.1  0.002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00387111 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_17311  glutamine--fructose-6-phosphate transaminase (isomerizing)  25.93 
 
 		 634 aa  45.1  0.002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4068  hypothetical protein  26.74 
 
 		 603 aa  45.1  0.002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.035977  normal  0.145106 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0996  KpsF/GutQ family protein  27.98 
 
 		 324 aa  45.1  0.002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6015  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  26.67 
 
 		 631 aa  45.1  0.002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0345353  normal  0.112308 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1680  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase, isomerizing  25.45 
 
 		 605 aa  44.7  0.002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.989614  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1501  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  25.91 
 
 		 605 aa  45.1  0.002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2934  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  24.73 
 
 		 608 aa  45.1  0.002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.729718  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1293  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  24.9 
 
 		 606 aa  44.3  0.003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.921081  normal  0.297971 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2057  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  24.15 
 
 		 608 aa  44.3  0.003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.776595  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2245  glutamine--fructose-6-phosphate transaminase  23.2 
 
 		 606 aa  44.3  0.003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0950  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  21.51 
 
 		 608 aa  43.9  0.004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00831  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  26.36 
 
 		 610 aa  43.9  0.004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04560  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  26.09 
 
 		 620 aa  43.9  0.004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.0716921 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2686  Glutamine--fructose-6-phosphate transaminase (isomerizing)  24.28 
 
 		 346 aa  43.5  0.005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0229  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase, isomerizing  24.72 
 
 		 607 aa  43.5  0.005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2912  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  27.47 
 
 		 630 aa  43.5  0.005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.379512  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001643  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase (isomerizing)  26.36 
 
 		 610 aa  43.5  0.005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0244363  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6271  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase, isomerizing  23.42 
 
 		 606 aa  43.1  0.006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00215354 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16920  glucosamine 6-phosphate synthetase, contains amidotransferase and phosphosugar isomerase domains  26.34 
 
 		 365 aa  43.1  0.007  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.083549  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0178  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  24.53 
 
 		 612 aa  43.1  0.007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.149941 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4258  KpsF/GutQ family protein  27.38 
 
 		 324 aa  43.1  0.007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5030  hypothetical protein  25.9 
 
 		 324 aa  42.7  0.008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.698137  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0139  Glutamine--fructose-6-phosphate transaminase (isomerizing)  20.94 
 
 		 354 aa  43.1  0.008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1205  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  22.55 
 
 		 608 aa  42.7  0.009  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3802  Glutamine--fructose-6-phosphate transaminase (isomerizing)  29 
 
 		 343 aa  42.7  0.009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.871422 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>