More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_0964 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010322  PputGB1_0964  KpsF/GutQ family protein  100 
 
 
324 aa  644    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0957  KpsF/GutQ family protein  97.53 
 
 
324 aa  629  1e-179  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0996  KpsF/GutQ family protein  96.91 
 
 
324 aa  625  1e-178  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4258  KpsF/GutQ family protein  92.9 
 
 
324 aa  602  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0862  KpsF/GutQ  86.42 
 
 
324 aa  570  1e-161  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0875  KpsF/GutQ family protein  85.8 
 
 
324 aa  561  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4142  KpsF/GutQ  81.79 
 
 
324 aa  541  1e-153  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12840  Arabinose 5-phosphate isomerase protein  82.41 
 
 
344 aa  538  9.999999999999999e-153  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5030  hypothetical protein  83.33 
 
 
324 aa  538  9.999999999999999e-153  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.698137  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57890  hypothetical protein  83.02 
 
 
326 aa  535  1e-151  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4448  sugar isomerase, KpsF/GutQ  80.25 
 
 
324 aa  532  1e-150  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2710  KpsF/GutQ family protein  68.94 
 
 
329 aa  452  1.0000000000000001e-126  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2221  KpsF/GutQ family protein  65.4 
 
 
326 aa  421  1e-116  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3174  arabinose-5-phosphate isomerase  61.44 
 
 
323 aa  414  1e-114  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2121  KpsF/GutQ family protein  65.31 
 
 
339 aa  410  1e-113  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002407  arabinose 5-phosphate isomerase  59.57 
 
 
323 aa  399  9.999999999999999e-111  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.585942  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4538  KpsF/GutQ family protein  59.55 
 
 
321 aa  399  9.999999999999999e-111  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0902  hypothetical protein  60.26 
 
 
320 aa  397  1e-109  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0871  hypothetical protein  60.26 
 
 
320 aa  397  1e-109  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2788  sugar phosphate isomerase  64.47 
 
 
330 aa  396  1e-109  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000495576  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0675  KpsF/GutQ family protein  63.44 
 
 
345 aa  395  1e-109  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03188  arabinose 5-phosphate isomerase  58.93 
 
 
326 aa  397  1e-109  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.655458  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2225  KpsF/GutQ family protein  67.41 
 
 
341 aa  395  1e-109  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.574714  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03660  hypothetical protein  59.26 
 
 
323 aa  395  1e-109  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02232  arabinose 5-phosphate isomerase  61.56 
 
 
333 aa  392  1e-108  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0563  KpsF/GutQ family protein  60.19 
 
 
323 aa  392  1e-108  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.57393  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0761  arabinose-5-phosphate isomerase  63.44 
 
 
345 aa  394  1e-108  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0756  KpsF/GutQ family protein  62.07 
 
 
323 aa  393  1e-108  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0503  arabinose 5-phosphate isomerase  60.19 
 
 
324 aa  389  1e-107  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.576158  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0365  KpsF/GutQ family protein  63.73 
 
 
325 aa  389  1e-107  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.623237  normal  0.274757 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1202  arabinose-5-phosphate isomerase  59.44 
 
 
324 aa  389  1e-107  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0763  arabinose-5-phosphate isomerase  59.26 
 
 
324 aa  388  1e-107  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2104  hypothetical protein  59.38 
 
 
326 aa  390  1e-107  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0746  sugar isomerase, KpsF/GutQ  62.74 
 
 
330 aa  384  1e-106  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.269497  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0494  KpsF/GutQ family protein  56.62 
 
 
325 aa  387  1e-106  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0102894  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3611  KpsF/GutQ family protein  56.92 
 
 
325 aa  387  1e-106  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0959  KpsF/GutQ family protein  61.32 
 
 
333 aa  386  1e-106  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.444411 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0731  Arabinose-5-phosphate isomerase  62.97 
 
 
325 aa  382  1e-105  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0678  KpsF/GutQ family protein  56.31 
 
 
325 aa  381  1e-105  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.732488  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0677  KpsF/GutQ family protein  56.62 
 
 
325 aa  381  1e-105  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.953587  normal  0.0677039 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3956  carbohydrate isomerase KpsF/GutQ family protein  56.31 
 
 
325 aa  380  1e-104  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3306  KpsF/GutQ family protein  56.44 
 
 
325 aa  378  1e-104  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.57065 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4235  KpsF/GutQ family protein  56.31 
 
 
325 aa  379  1e-104  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000366362 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3344  KpsF/GutQ family protein  56.31 
 
 
325 aa  380  1e-104  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.275941 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3083  arabinose-5-phosphate isomerase  57.85 
 
 
325 aa  378  1e-104  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.353966 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0731  arabinose-5-phosphate isomerase  55.69 
 
 
325 aa  375  1e-103  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.338058 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3810  D-arabinose 5-phosphate isomerase  58.49 
 
 
328 aa  375  1e-103  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.109519  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3372  KpsF/GutQ family protein  54.77 
 
 
325 aa  377  1e-103  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.600625  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0279  D-arabinose 5-phosphate isomerase  56.43 
 
 
363 aa  371  1e-102  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.954706  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3663  KpsF/GutQ family protein  56.31 
 
 
325 aa  374  1e-102  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000627199  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0712  KpsF/GutQ family protein  56.31 
 
 
325 aa  374  1e-102  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.0114298 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0691  KpsF/GutQ family protein  56.31 
 
 
325 aa  374  1e-102  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.983087  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0720  KpsF/GutQ family protein  56 
 
 
325 aa  374  1e-102  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.500239  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0721  KpsF/GutQ family protein  56.31 
 
 
325 aa  374  1e-102  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.2896 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3652  D-arabinose 5-phosphate isomerase  58.18 
 
 
328 aa  368  1e-101  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0286  D-arabinose 5-phosphate isomerase  56.43 
 
 
345 aa  370  1e-101  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0195424  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03062  D-arabinose 5-phosphate isomerase  57.59 
 
 
328 aa  366  1e-100  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00212199  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0510  KpsF/GutQ family protein  57.59 
 
 
328 aa  366  1e-100  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3573  D-arabinose 5-phosphate isomerase  57.59 
 
 
328 aa  366  1e-100  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3390  D-arabinose 5-phosphate isomerase  57.59 
 
 
328 aa  366  1e-100  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.997652  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3493  D-arabinose 5-phosphate isomerase  57.59 
 
 
328 aa  366  1e-100  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03013  hypothetical protein  57.59 
 
 
328 aa  366  1e-100  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00296594  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4519  D-arabinose 5-phosphate isomerase  57.91 
 
 
328 aa  367  1e-100  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.498324  normal  0.41247 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3685  D-arabinose 5-phosphate isomerase  57.59 
 
 
328 aa  366  1e-100  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0503  D-arabinose 5-phosphate isomerase  57.59 
 
 
328 aa  366  1e-100  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.183909 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0538  capsule expression protein KpsF/GutQ  61.15 
 
 
328 aa  363  2e-99  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0137  KpsF/GutQ family protein  58.82 
 
 
335 aa  362  3e-99  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4362  D-arabinose 5-phosphate isomerase  56.96 
 
 
328 aa  362  5.0000000000000005e-99  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.315495  normal  0.179965 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0510  D-arabinose 5-phosphate isomerase  56.33 
 
 
357 aa  357  9.999999999999999e-98  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0446  D-arabinose 5-phosphate isomerase  56.33 
 
 
328 aa  357  1.9999999999999998e-97  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1148  D-arabinose 5-phosphate isomerase  56.33 
 
 
342 aa  357  1.9999999999999998e-97  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0413  hypothetical protein  56.05 
 
 
333 aa  356  2.9999999999999997e-97  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0763573 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3507  D-arabinose 5-phosphate isomerase  56.33 
 
 
328 aa  355  6.999999999999999e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3576  D-arabinose 5-phosphate isomerase  56.33 
 
 
328 aa  355  7.999999999999999e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3612  D-arabinose 5-phosphate isomerase  56.33 
 
 
328 aa  355  7.999999999999999e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.164557 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3674  D-arabinose 5-phosphate isomerase  56.33 
 
 
328 aa  355  7.999999999999999e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.835894  normal  0.0549633 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0295  KpsF/GutQ family protein  56.05 
 
 
327 aa  353  1e-96  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3505  D-arabinose 5-phosphate isomerase  56.01 
 
 
328 aa  353  2e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0268  KpsF/GutQ family protein  55.73 
 
 
327 aa  352  5.9999999999999994e-96  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3633  D-arabinose 5-phosphate isomerase  56.01 
 
 
328 aa  352  7e-96  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.143875 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0359  KpsF/GutQ  58.92 
 
 
327 aa  349  3e-95  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1943  arabinose-5-phosphate isomerase  54.37 
 
 
320 aa  347  2e-94  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0150417  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0879  KpsF/GutQ family protein  56.97 
 
 
329 aa  347  2e-94  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00879092  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1893  carbohydrate isomerase KpsF/GutQ family protein  54.23 
 
 
321 aa  344  8.999999999999999e-94  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.573226  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2977  KpsF/GutQ family protein  53.29 
 
 
321 aa  344  8.999999999999999e-94  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00368361  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4898  KpsF/GutQ family protein  55.41 
 
 
335 aa  344  8.999999999999999e-94  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.340772  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3030  sugar isomerase, KpsF/GutQ family  59.46 
 
 
328 aa  343  2e-93  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2638  KpsF/GutQ family protein  59.46 
 
 
328 aa  343  2e-93  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.545154  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0601  KpsF/GutQ family protein  58.28 
 
 
327 aa  341  8e-93  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0442241 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0307  KpsF/GutQ family protein  57.96 
 
 
327 aa  340  2e-92  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1602  KpsF/GutQ family protein  53.44 
 
 
322 aa  340  2e-92  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1907  KpsF/GutQ family protein  54.21 
 
 
330 aa  339  2.9999999999999998e-92  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0491  carbohydrate isomerase KpsF/GutQ family protein  58.92 
 
 
327 aa  340  2.9999999999999998e-92  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.566737  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2608  KpsF/GutQ family protein  53.44 
 
 
322 aa  339  4e-92  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3418  KpsF/GutQ  58.99 
 
 
332 aa  339  4e-92  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000032508  normal  0.585789 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1612  KpsF/GutQ family protein  55.56 
 
 
330 aa  339  4e-92  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2797  KpsF/GutQ family protein  58.6 
 
 
327 aa  338  9e-92  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.154837 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2172  KpsF/GutQ family protein  58.6 
 
 
327 aa  338  9e-92  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2786  KpsF/GutQ family protein  58.6 
 
 
327 aa  338  9e-92  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.258492  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0770  carbohydrate isomerase KpsF/GutQ family protein  58.28 
 
 
327 aa  337  9.999999999999999e-92  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>