More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPR_0179 on replicon NC_008262
Organism: Clostridium perfringens SM101



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008262  CPR_0179  RpiR family transcriptional regulator  100 
 
 		 279 aa  558  1e-158  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.912597  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0182  RpiR family transcriptional regulator  99.64 
 
 		 279 aa  556  1e-157  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2433  transcriptional regulator, RpiR family  35.88 
 
 		 282 aa  172  5e-42  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000784459  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1993  transcriptional regulator, RpiR family  34.92 
 
 		 280 aa  160  2e-38  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1406  RpiR family transcriptional regulator  32.61 
 
 		 292 aa  157  1e-37  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1297  RpiR family transcriptional regulator  32.61 
 
 		 292 aa  157  1e-37  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0696  RpiR family transcriptional regulator  32.45 
 
 		 289 aa  157  2e-37  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000925251  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2771  RpiR family transcriptional regulator  32.25 
 
 		 292 aa  156  4e-37  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00114132 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1192  transcriptional regulator, RpiR family  28.52 
 
 		 293 aa  154  2e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.497061  normal  0.760306 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0898  HTH-type transcriptional regulator, rpiR family  32.71 
 
 		 292 aa  154  2e-36  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.679683  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1202  RpiR family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 293 aa  152  5.9999999999999996e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.658823 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1237  RpiR family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 293 aa  152  5.9999999999999996e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.676137 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1222  RpiR family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 293 aa  152  5.9999999999999996e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.514843 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3564  RpiR family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 284 aa  151  1e-35  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.536409  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1776  transcriptional regulator, RpiR family  32.85 
 
 		 281 aa  150  3e-35  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2088  RpiR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 284 aa  147  3e-34  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0949278  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2581  RpiR family transcriptional regulator  33.93 
 
 		 278 aa  147  3e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0624506  hitchhiker  0.000000255705 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2246  transcriptional regulator, RpiR family  34.87 
 
 		 284 aa  145  5e-34  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1662  RpiR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 284 aa  145  6e-34  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.574027  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3077  transcriptional regulator, RpiR family  34.87 
 
 		 284 aa  145  8.000000000000001e-34  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000143664 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2295  RpiR family transcriptional regulator  34.87 
 
 		 284 aa  145  1e-33  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.651664  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0283  transcriptional regulator, RpiR family  28.24 
 
 		 279 aa  142  4e-33  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1355  transcriptional regulator  35.56 
 
 		 273 aa  142  4e-33  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.906845  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1686  transcriptional regulator  34.25 
 
 		 272 aa  143  4e-33  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.0801516  hitchhiker  0.000000000302216 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2756  transcriptional regulator, RpiR family  26.07 
 
 		 298 aa  139  4.999999999999999e-32  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.688512  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1050  transcriptional regulator, RpiR family  33.7 
 
 		 272 aa  139  7e-32  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3371  transcriptional regulator, RpiR family  30.08 
 
 		 281 aa  136  4e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0964604  hitchhiker  0.00000000707391 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0070  RpiR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 269 aa  135  6.0000000000000005e-31  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0580  RpiR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 282 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.658912  normal  0.89076 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0588  RpiR family transcriptional regulator  30.98 
 
 		 273 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.189062  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35980  transcriptional regulator, RpiR family  26.88 
 
 		 333 aa  135  9.999999999999999e-31  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.309329  normal  0.261129 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0554  RpiR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 282 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.335525  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3745  RpiR family transcriptional regulator  28.83 
 
 		 282 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.767556 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0168  RpiR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 280 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.057217  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0250  DNA-binding transcriptional repressor RpiR  28.63 
 
 		 287 aa  134  1.9999999999999998e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0521  RpiR family transcriptional regulator  32.59 
 
 		 283 aa  134  1.9999999999999998e-30  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.207231  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2582  RpiR family transcriptional regulator  28.41 
 
 		 285 aa  133  3.9999999999999996e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0626  RpiR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 282 aa  132  6e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1252  RpiR family transcriptional regulator  28.03 
 
 		 285 aa  132  6e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.102619 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0176  RpiR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 282 aa  132  6e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0659  RpiR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 282 aa  132  6e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.78991  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02327  predicted DNA-binding transcriptional regulator  28.41 
 
 		 285 aa  132  6.999999999999999e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2280  DNA-binding transcriptional regulator HexR  33.33 
 
 		 282 aa  132  6.999999999999999e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.499915  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02288  hypothetical protein  28.41 
 
 		 285 aa  132  6.999999999999999e-30  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4022  transcriptional regulator, RpiR family  26.69 
 
 		 320 aa  131  9e-30  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0204031  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5684  putative transcriptional regulator, RpiR family  25.28 
 
 		 299 aa  131  1.0000000000000001e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0287132  normal  0.474804 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1234  transcriptional regulator, RpiR family  28.03 
 
 		 285 aa  130  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2584  hypothetical protein  27.52 
 
 		 282 aa  130  2.0000000000000002e-29  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2799  transcriptional regulator, RpiR family  28.41 
 
 		 285 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.576789  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2563  RpiR family transcriptional regulator  28.03 
 
 		 285 aa  130  3e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2713  RpiR family transcriptional regulator  28.03 
 
 		 285 aa  130  3e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7367  DNA-binding transcriptional repressor RpiR  29.88 
 
 		 291 aa  129  6e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.276033  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3657  transcriptional regulator, RpiR family  27.65 
 
 		 285 aa  129  7.000000000000001e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2129  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.17 
 
 		 289 aa  129  7.000000000000001e-29  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1831  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.95 
 
 		 289 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.197793  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2323  putative transcriptional regulator  25.28 
 
 		 315 aa  128  1.0000000000000001e-28  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2336  DNA-binding transcriptional regulator HexR  33.33 
 
 		 284 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.760972  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01824  predicted DNA-binding transcriptional regulator  31.78 
 
 		 289 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.000364184  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1787  transcriptional regulator, RpiR family  31.78 
 
 		 289 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000522748  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1468  transcriptional regulator, RpiR family  29.67 
 
 		 286 aa  127  2.0000000000000002e-28  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000610661  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1946  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.78 
 
 		 289 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.90466  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01812  hypothetical protein  31.78 
 
 		 289 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.000387969  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0969  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.52 
 
 		 284 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2115  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.95 
 
 		 308 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2589  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.78 
 
 		 289 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00161066  normal  0.817634 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1779  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.78 
 
 		 289 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0686365  normal  0.239123 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1333  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.78 
 
 		 289 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0116463  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0607  RpiR family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 280 aa  127  3e-28  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.173614  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1216  RpiR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 334 aa  126  3e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.3152  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0593  RpiR family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 280 aa  127  3e-28  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000590128  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3841  transcriptional regulator, RpiR family  34.1 
 
 		 283 aa  127  3e-28  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.412935  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2083  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.78 
 
 		 289 aa  126  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.688583  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2080  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.95 
 
 		 286 aa  126  4.0000000000000003e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.00496237  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2724  RpiR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 282 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0668  RpiR family transcriptional regulator  28.88 
 
 		 287 aa  125  5e-28  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2447  RpiR family transcriptional regulator  27.74 
 
 		 332 aa  125  5e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3444  RpiR family transcriptional regulator  28.1 
 
 		 339 aa  126  5e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2634  RpiR family transcriptional regulator  27.74 
 
 		 332 aa  125  5e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0365  RpiR family transcriptional regulator  27.74 
 
 		 332 aa  125  5e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1223  RpiR family transcriptional regulator  27.74 
 
 		 339 aa  126  5e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.809611  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0475  transcriptional regulator, RpiR family  23.32 
 
 		 327 aa  125  6e-28  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.227753  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3409  RpiR family transcriptional regulator  28.1 
 
 		 332 aa  125  6e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.977628  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3444  RpiR family transcriptional regulator  28.1 
 
 		 332 aa  125  6e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1813  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.17 
 
 		 284 aa  125  7e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.00000000867158  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2422  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.17 
 
 		 289 aa  125  8.000000000000001e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0329148  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02633  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.17 
 
 		 284 aa  125  8.000000000000001e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2101  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.4 
 
 		 289 aa  125  9e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.928102 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2041  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.4 
 
 		 289 aa  125  9e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1237  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.4 
 
 		 289 aa  125  9e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.101978  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2046  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.4 
 
 		 289 aa  125  9e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.45003 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5350  RpiR family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 288 aa  125  1e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.767126  hitchhiker  0.00410686 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5258  RpiR family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 288 aa  125  1e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.658899 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2174  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.17 
 
 		 284 aa  124  1e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.271639  normal  0.12603 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5642  RpiR family transcriptional regulator  29.46 
 
 		 288 aa  125  1e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.118263 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5399  RpiR family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 288 aa  124  1e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0126961 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2255  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.17 
 
 		 284 aa  124  1e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000281724  hitchhiker  0.00000550313 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0269  transcriptional regulator, RpiR family  25.79 
 
 		 304 aa  125  1e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.409833  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2129  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.17 
 
 		 284 aa  124  1e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00123484  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1865  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.17 
 
 		 284 aa  124  1e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2242  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.17 
 
 		 284 aa  124  1e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>