More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_3948 on replicon NC_007488
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007488  RSP_3948  ABC sugar transporter, ATPase subunit  100 
 
 
373 aa  736    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.32305  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3645  hypothetical protein  83.33 
 
 
374 aa  607  9.999999999999999e-173  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.563408  normal  0.0436872 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0359  ABC transporter related  65.84 
 
 
362 aa  472  1e-132  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.348394 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0391  ABC transporter related  65.56 
 
 
362 aa  468  1.0000000000000001e-131  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.53752  normal  0.432808 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0296  ABC transporter related  64.27 
 
 
362 aa  458  9.999999999999999e-129  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.459609  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0789  ABC transporter  63.99 
 
 
362 aa  457  1e-127  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2858  ABC transporter related  62.71 
 
 
362 aa  455  1e-127  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2913  ABC transporter for sugar/spermidine/putrescine/iron/thiamine ATP-binding protein  60.06 
 
 
366 aa  436  1e-121  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.129164 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4342  ABC transporter related  59.5 
 
 
366 aa  428  1e-118  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.949394 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1516  ABC transporter related  62.6 
 
 
369 aa  416  9.999999999999999e-116  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  decreased coverage  0.00369229  normal  0.0599486 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2870  ABC alpha-glucoside transporter, ATPase subunit AglK  62.6 
 
 
369 aa  413  1e-114  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0548699  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2943  ABC transporter related  58.22 
 
 
333 aa  405  1.0000000000000001e-112  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.141837  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1648  maltose/maltodextrin import ATP-binding protein  58.99 
 
 
373 aa  402  1e-111  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.43035  hitchhiker  0.00000048484 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1150  ABC transporter related  60.56 
 
 
372 aa  403  1e-111  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.292125  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3303  ABC transporter related  59.32 
 
 
365 aa  401  9.999999999999999e-111  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.700812  normal  0.735765 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0307  sugar ABC transporter, ATP-binding protein  57.38 
 
 
333 aa  391  1e-107  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.216758  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1950  ABC transporter related  56.7 
 
 
377 aa  385  1e-106  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.303388  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5494  ABC transporter related  55.43 
 
 
341 aa  386  1e-106  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0266048 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0282  sugar ABC transporter, ATP-binding protein  57.1 
 
 
333 aa  388  1e-106  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.911621  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3809  ABC transporter related  55.68 
 
 
342 aa  382  1e-105  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3143  ABC transporter related protein  53.85 
 
 
379 aa  382  1e-105  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.27093  normal  0.0973127 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4348  ABC transporter related  57.14 
 
 
358 aa  381  1e-104  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00012327 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1648  ABC transporter related  52.78 
 
 
371 aa  379  1e-104  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.783351 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4132  ABC transporter related  56.94 
 
 
357 aa  380  1e-104  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.751697  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2522  ABC transporter-related protein  54.65 
 
 
391 aa  375  1e-103  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3324  ABC transporter related  54.85 
 
 
359 aa  377  1e-103  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4019  ABC transporter related  56.86 
 
 
358 aa  377  1e-103  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0706  ABC transporter related  53.74 
 
 
369 aa  372  1e-102  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.860798  normal  0.259574 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6938  ABC sugar transporter, ATPase subunit  53.46 
 
 
359 aa  374  1e-102  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0063026  normal  0.624171 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5155  ABC transporter related protein  54.84 
 
 
395 aa  374  1e-102  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.766387 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0724  ABC sugar transporter, ATPase subunit  56.09 
 
 
369 aa  371  1e-102  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0847542  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0494  ABC transporter related  55.9 
 
 
369 aa  374  1e-102  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0952416  decreased coverage  0.000489409 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3242  ABC transporter related  56.37 
 
 
369 aa  374  1e-102  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.260305  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5922  ABC sugar transporter, fused ATPase subunits  52.91 
 
 
369 aa  370  1e-101  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0292  maltose/maltodextrin transporter ATP-binding protein  52.07 
 
 
373 aa  371  1e-101  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.237925  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3912  maltose/maltodextrin transporter ATP-binding protein  55.46 
 
 
369 aa  368  1e-101  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.31471  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0308  maltose/maltodextrin transporter ATP-binding protein  55.46 
 
 
369 aa  368  1e-101  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0575052  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4439  ABC transporter related  53.89 
 
 
333 aa  371  1e-101  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0195171  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0380  maltose/maltodextrin transporter ATP-binding protein  55.46 
 
 
369 aa  368  1e-101  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4645  ABC transporter related  53.8 
 
 
377 aa  370  1e-101  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.396966  normal  0.0568321 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5360  ABC transporter related  55.1 
 
 
356 aa  365  1e-100  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.220389  normal  0.603091 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0337  maltose/mannitol ABC transporter, ATP-binding protein, putative  54.2 
 
 
370 aa  365  1e-100  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.111228  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0699  maltose/mannitol ABC transporter, ATP-binding protein, putative  53.93 
 
 
370 aa  366  1e-100  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3400  ABC transporter related  55.28 
 
 
336 aa  366  1e-100  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3941  ABC transporter related  55.96 
 
 
357 aa  367  1e-100  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.254931 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2614  ABC transporter related  60.57 
 
 
376 aa  365  1e-100  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1981  ABC transporter related  54.29 
 
 
368 aa  367  1e-100  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.114074  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2615  ABC transporter related  54.02 
 
 
369 aa  367  1e-100  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6630  ABC transporter related  53.24 
 
 
377 aa  365  1e-100  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.44916 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2591  ABC transporter related  54.29 
 
 
368 aa  367  1e-100  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0994309  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2011  ABC transporter ATP-binding protein  54.24 
 
 
361 aa  366  1e-100  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0583753  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0636  carbohydrate ABC transporter ATP-binding protein  54.2 
 
 
370 aa  365  1e-100  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.275932  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2470  carbohydrate ABC transporter ATP-binding protein  54.2 
 
 
370 aa  365  1e-100  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0243761  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0877  carbohydrate ABC transporter ATP-binding protein  54.2 
 
 
370 aa  365  1e-100  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0880  carbohydrate ABC transporter ATP-binding protein  54.2 
 
 
388 aa  365  1e-100  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0084  carbohydrate ABC transporter ATP-binding protein  54.2 
 
 
370 aa  365  1e-100  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.145989  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5686  ABC transporter related  54.49 
 
 
377 aa  366  1e-100  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.661701  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2140  sugar ATP-binding ABC transporter protein  54.11 
 
 
369 aa  364  1e-99  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.112283  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1040  ABC sugar transporter, ATP-binding protein  54.2 
 
 
370 aa  364  1e-99  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0094  ABC sorbitol/mannitol transporter, ATPase subunit  54.32 
 
 
332 aa  365  1e-99  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4322  ABC transporter related protein  54.11 
 
 
378 aa  364  1e-99  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.253328  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2639  ABC transporter related  53.19 
 
 
369 aa  364  1e-99  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.716845  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1730  ABC transporter related  54.32 
 
 
332 aa  364  1e-99  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.072502  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0636  ABC transporter related  60.25 
 
 
380 aa  363  2e-99  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5585  ABC transporter galacturonide binding/ATPase protein  54.47 
 
 
364 aa  364  2e-99  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.00523647  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6023  ABC transporter related  55.26 
 
 
384 aa  363  3e-99  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.963161 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2507  ABC transporter related  53.46 
 
 
369 aa  363  4e-99  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0382888  normal  0.462927 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0183  ABC transporter related  54.55 
 
 
359 aa  363  4e-99  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2902  ABC transporter related  52.78 
 
 
333 aa  363  4e-99  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3550  ABC transporter related  53.06 
 
 
333 aa  362  5.0000000000000005e-99  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4470  maltose/maltodextrin transporter ATP-binding protein  54.06 
 
 
369 aa  362  7.0000000000000005e-99  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.258149  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3893  ABC transporter related  54.32 
 
 
350 aa  362  8e-99  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.154073  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3780  ABC transporter related  52.92 
 
 
332 aa  361  9e-99  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.567955  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0022  ABC transporter related  52.11 
 
 
342 aa  361  1e-98  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.51164  normal  0.326326 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4975  ABC transporter related  52.88 
 
 
359 aa  360  1e-98  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.485856  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5203  ABC transporter related  52.58 
 
 
385 aa  361  1e-98  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.300266  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4930  ABC transporter related  52.59 
 
 
382 aa  361  1e-98  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.110099 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5656  ABC transporter related  52.58 
 
 
385 aa  361  1e-98  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.115239  normal  0.353379 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5485  ABC transporter related  52.59 
 
 
382 aa  360  2e-98  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0011502 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0454  sugar ABC transporter, ATP-binding protein  54.44 
 
 
333 aa  360  2e-98  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.804917  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5360  ABC transporter related  55.21 
 
 
368 aa  360  2e-98  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0987368  normal  0.364959 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27370  ATP-binding protein of mannitol ABC transporter  52.49 
 
 
369 aa  360  2e-98  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1684  ABC transporter related  53.2 
 
 
332 aa  360  2e-98  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.980555  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0851  ABC transporter related  53.39 
 
 
368 aa  360  3e-98  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.236599 
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3796  ABC transporter related  53.8 
 
 
332 aa  360  3e-98  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.680907 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6323  ABC transporter related  55.26 
 
 
384 aa  360  3e-98  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0240  maltose/maltodextrin transporter ATP-binding protein  53.59 
 
 
369 aa  360  3e-98  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1111  ABC transporter related  54.14 
 
 
345 aa  359  4e-98  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0913  maltose/maltodextrin ABC transporter, ATP-binding protein  51.9 
 
 
368 aa  359  4e-98  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.872871  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0967  ABC transporter related  51.9 
 
 
368 aa  359  4e-98  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.855115  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3672  ABC transporter related protein  53.19 
 
 
363 aa  359  4e-98  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0892  ABC transporter-related protein  54.29 
 
 
357 aa  358  7e-98  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1257  ABC transporter related  56.25 
 
 
357 aa  358  8e-98  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2642  ABC transporter related  52.5 
 
 
334 aa  357  9.999999999999999e-98  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00146176  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4763  ABC transporter related  53.67 
 
 
352 aa  358  9.999999999999999e-98  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.373169  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3851  ABC transporter related  53.06 
 
 
375 aa  358  9.999999999999999e-98  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4881  ABC transporter related  54.99 
 
 
384 aa  357  9.999999999999999e-98  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3284  ABC transporter related  54.99 
 
 
384 aa  357  9.999999999999999e-98  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.875863 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0231  ABC transporter related  53.09 
 
 
363 aa  358  9.999999999999999e-98  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.280397  normal  0.470705 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0228  ABC transporter related  52.66 
 
 
353 aa  357  1.9999999999999998e-97  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>