More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_1822 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011663  Sbal223_1825  MATE efflux family protein  74.7 
 
 		 515 aa  735    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.559247  normal  0.52538 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1918  MATE efflux family protein  77.05 
 
 		 501 aa  741    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1822  MATE efflux family protein  100 
 
 		 505 aa  1004    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2374  MATE efflux family protein  69.76 
 
 		 509 aa  686    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2765  MATE efflux family protein  82.14 
 
 		 503 aa  825    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.256574  normal  0.220572 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2519  MATE efflux family protein  74.16 
 
 		 515 aa  734    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1623  MATE efflux family protein  72.24 
 
 		 520 aa  719    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1698  MATE efflux family protein  73.9 
 
 		 517 aa  711    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1591  MATE efflux family protein  73.63 
 
 		 521 aa  704    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1699  MATE efflux family protein  73.57 
 
 		 520 aa  712    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2111  MATE efflux family protein  69.22 
 
 		 505 aa  664    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1558  MATE efflux family protein  74.8 
 
 		 516 aa  718    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2526  MATE efflux family protein  74.16 
 
 		 515 aa  735    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1492  MATE efflux family protein  78.18 
 
 		 495 aa  739    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2639  MATE efflux family protein  74.16 
 
 		 515 aa  736    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2280  MATE efflux family protein  73.32 
 
 		 531 aa  710    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.234689  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01514  hypothetical protein  51.63 
 
 		 486 aa  452  1.0000000000000001e-126  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2191  MATE efflux family protein  48.42 
 
 		 442 aa  419  1e-116  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.114435  normal  0.562583 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0285  MATE efflux family protein  49.43 
 
 		 465 aa  388  1e-106  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.47505 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3527  MATE efflux family protein  45.66 
 
 		 443 aa  357  2.9999999999999997e-97  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.755877  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3487  MATE efflux family protein  45.08 
 
 		 459 aa  357  3.9999999999999996e-97  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3634  MATE efflux family protein  45.68 
 
 		 463 aa  353  4e-96  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0948956 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1831  MATE efflux family protein  42.82 
 
 		 451 aa  348  1e-94  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.113537 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1992  multi antimicrobial extrusion protein MatE  38.57 
 
 		 483 aa  345  1e-93  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2253  MATE efflux family protein  43.19 
 
 		 434 aa  344  2.9999999999999997e-93  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5118  multi anti extrusion protein MatE  43.48 
 
 		 453 aa  335  2e-90  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3952  multi anti extrusion protein MatE  39.53 
 
 		 481 aa  322  8e-87  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.667584 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2591  multi anti extrusion protein MatE  42.38 
 
 		 493 aa  320  3e-86  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2619  multi antimicrobial extrusion protein MatE  40.56 
 
 		 479 aa  313  5.999999999999999e-84  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2814  multi antimicrobial extrusion protein MatE  42.76 
 
 		 493 aa  302  8.000000000000001e-81  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.486087 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7265  multi antimicrobial extrusion protein MatE  41.88 
 
 		 491 aa  278  2e-73  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6022  multi anti extrusion protein MatE  42 
 
 		 481 aa  270  2.9999999999999997e-71  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.837976  normal  0.0180252 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0370  MATE efflux family protein  31.36 
 
 		 458 aa  219  1e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3037  hypothetical protein  31 
 
 		 453 aa  199  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0928609  normal  0.0798256 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3172  hypothetical protein  30.07 
 
 		 453 aa  184  3e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0893735  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2888  MATE efflux family protein  30.17 
 
 		 462 aa  176  9e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0238453  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0091  MATE efflux family protein  31.24 
 
 		 454 aa  172  2e-41  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2187  multi anti extrusion protein MatE  29.95 
 
 		 446 aa  161  3e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.761127  normal  0.583389 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4310  MATE efflux family protein  27.71 
 
 		 451 aa  161  3e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0702  MATE efflux family protein  26.44 
 
 		 452 aa  154  2.9999999999999998e-36  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0470  MATE efflux family protein  27.61 
 
 		 455 aa  153  5.9999999999999996e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.11231  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0640  MATE efflux family protein  28.18 
 
 		 454 aa  152  1e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.690668  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02728  MATE efflux family protein  27.23 
 
 		 460 aa  150  4e-35  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0324679  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2964  MATE efflux family protein  27.23 
 
 		 453 aa  150  4e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000000632854  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0699  MATE efflux family protein  26.95 
 
 		 456 aa  148  2.0000000000000003e-34  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0250563  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0643  MATE efflux family protein  25.51 
 
 		 455 aa  145  2e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2827  MATE efflux family protein  29.69 
 
 		 451 aa  145  2e-33  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.658448  normal  0.32606 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0670  MATE efflux family protein  25.51 
 
 		 455 aa  144  3e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.358402  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3710  MATE efflux family protein  25.51 
 
 		 455 aa  144  3e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.232724  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0666  MATE efflux family protein  25.28 
 
 		 455 aa  144  4e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3662  MATE efflux family protein  28.16 
 
 		 476 aa  142  1.9999999999999998e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.000000389251  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00144  multidrug efflux pump  25.74 
 
 		 456 aa  139  7.999999999999999e-32  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3399  MATE efflux family protein  26 
 
 		 452 aa  139  1e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00107141 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0553  MATE efflux family protein  26 
 
 		 452 aa  139  1e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.136219 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0420  MATE efflux family protein  26.91 
 
 		 459 aa  138  3.0000000000000003e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000768677  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3691  MATE efflux family protein  27.69 
 
 		 453 aa  137  5e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.830643  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002223  Na+-driven multidrug efflux pump  24.11 
 
 		 428 aa  136  7.000000000000001e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.851646  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2244  hypothetical protein  26.18 
 
 		 460 aa  135  9.999999999999999e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3569  MATE efflux family protein  25.78 
 
 		 452 aa  136  9.999999999999999e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0796958  normal  0.0492062 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1334  MATE efflux family protein  28.48 
 
 		 478 aa  134  3e-30  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.402123  normal  0.231405 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3126  MATE efflux family protein  26.76 
 
 		 455 aa  130  8.000000000000001e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.113083  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1053  MATE efflux family protein  25.54 
 
 		 462 aa  128  3e-28  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  unclonable  1.2115099999999998e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0827  MATE efflux family protein  23.08 
 
 		 452 aa  125  2e-27  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1446  MATE efflux family protein  23.63 
 
 		 439 aa  122  1.9999999999999998e-26  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.484247 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1639  MATE efflux family protein  25.57 
 
 		 466 aa  122  1.9999999999999998e-26  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05345  Na+-driven multidrug efflux pump  25.23 
 
 		 445 aa  121  3.9999999999999996e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2291  MATE efflux family protein  27.48 
 
 		 460 aa  120  3.9999999999999996e-26  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0249  hypothetical protein  25.45 
 
 		 444 aa  119  9.999999999999999e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3492  integral membrane protein  27.57 
 
 		 485 aa  119  1.9999999999999998e-25  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0396785  normal  0.244149 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6251  MATE efflux family protein  27.75 
 
 		 461 aa  115  2.0000000000000002e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3884  multi anti extrusion protein MatE  28.3 
 
 		 469 aa  114  3e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.316697 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0645  MATE efflux family protein  27.4 
 
 		 462 aa  115  3e-24  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.00000346552  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0485  hypothetical protein  28.39 
 
 		 454 aa  114  6e-24  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.0273971  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1925  MATE efflux family protein  26.27 
 
 		 455 aa  114  6e-24  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.16171  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1509  MATE efflux family protein  25.94 
 
 		 460 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.712333  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0784  MATE efflux family protein  25.05 
 
 		 460 aa  112  2.0000000000000002e-23  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0012  MATE efflux family protein  25.45 
 
 		 477 aa  111  3e-23  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.00000348389  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4099  MATE efflux family protein  25.06 
 
 		 442 aa  111  4.0000000000000004e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00273315 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000543  Na+-driven multidrug efflux pump  25.41 
 
 		 427 aa  111  4.0000000000000004e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1166  MATE efflux family protein  25.55 
 
 		 460 aa  109  1e-22  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1171  MATE efflux family protein  25.94 
 
 		 457 aa  109  1e-22  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3120  MATE efflux family protein  26.24 
 
 		 461 aa  108  3e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.369114  normal  0.932515 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04830  MATE efflux family protein  24.26 
 
 		 468 aa  106  8e-22  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000202645  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2841  MATE efflux family protein  24.88 
 
 		 468 aa  105  2e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000678206  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3963  MATE efflux family protein  25.93 
 
 		 457 aa  105  2e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0920263  normal  0.56178 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0743  MATE efflux family protein  26.91 
 
 		 454 aa  105  2e-21  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000193663  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2458  MATE efflux family protein  28.48 
 
 		 500 aa  104  4e-21  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.672094  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03665  C-5 cytosine-specific DNA methylase:Multi antimicrobial extrusion (MatE) protein  25.64 
 
 		 455 aa  103  5e-21  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2636  integral membrane protein  26.04 
 
 		 478 aa  103  5e-21  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.117345 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0835  Na+-driven multidrug efflux pump  23.54 
 
 		 452 aa  103  6e-21  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.552719  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0014  MATE efflux family protein  26.75 
 
 		 453 aa  103  6e-21  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.0029857  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3799  Fis family transcriptional regulator  24.76 
 
 		 440 aa  103  6e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.732609  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1579  MATE efflux family protein  25.31 
 
 		 445 aa  103  7e-21  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1317  MATE efflux family protein  26.28 
 
 		 443 aa  102  2e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.327813  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1936  MATE efflux family protein  28.02 
 
 		 486 aa  102  2e-20  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1735  MATE efflux family protein  24.64 
 
 		 442 aa  101  3e-20  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.00244827  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2492  MATE efflux family protein  26.01 
 
 		 485 aa  100  4e-20  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.544481  normal  0.228664 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0545  MATE efflux family protein  27.76 
 
 		 470 aa  100  4e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1353  MATE efflux family protein  24.67 
 
 		 453 aa  100  4e-20  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0333  MATE efflux family protein  24.22 
 
 		 451 aa  100  7e-20  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0189347  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>