More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spea_2197 on replicon NC_009901
Organism: Shewanella pealeana ATCC 700345



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009901  Spea_2197  diguanylate cyclase  100 
 
 		 438 aa  887    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.757416  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0513  membrane associated GGDEF protein  36.46 
 
 		 446 aa  178  2e-43  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0951  membrane associated GGDEF protein  28.67 
 
 		 438 aa  176  8e-43  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0362084  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0952  membrane associated GGDEF protein  32.53 
 
 		 416 aa  167  5e-40  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.343928  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1228  diguanylate cyclase  35.45 
 
 		 490 aa  115  1.0000000000000001e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  35.67 
 
 		 373 aa  107  3e-22  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2966  diguanylate cyclase  34.25 
 
 		 386 aa  105  2e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0175816  decreased coverage  0.00586824 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  33.68 
 
 		 485 aa  105  2e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0269  diguanylate cyclase  33.68 
 
 		 485 aa  105  2e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.853723  hitchhiker  0.00000177476 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2825  PAS:GGDEF  36 
 
 		 548 aa  104  3e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.067576  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2353  GGDEF domain-containing protein  37.66 
 
 		 288 aa  104  3e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.803943 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0109  diguanylate cyclase  33.18 
 
 		 461 aa  103  4e-21  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0268  diguanylate cyclase  34.21 
 
 		 485 aa  104  4e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.624982  hitchhiker  0.000186113 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1641  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.54 
 
 		 640 aa  103  6e-21  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.320869  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0279  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 486 aa  103  8e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00774453  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2896  cellulose binding, type IV  44.35 
 
 		 443 aa  102  9e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00808862 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0280  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 486 aa  102  1e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2084  diguanylate cyclase  35.62 
 
 		 417 aa  102  1e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000571313 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0276  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 486 aa  102  1e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1748  diguanylate cyclase  35.62 
 
 		 417 aa  102  1e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2979  diguanylate cyclase  30.43 
 
 		 490 aa  102  1e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0272  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 486 aa  102  1e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0600  response regulator receiver protein  41.84 
 
 		 301 aa  102  1e-20  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3753  diguanylate cyclase  32.63 
 
 		 485 aa  102  1e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.580016  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0507  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.65 
 
 		 557 aa  102  2e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1290  diguanylate cyclase  31.36 
 
 		 491 aa  102  2e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3010  diguanylate cyclase  33.14 
 
 		 377 aa  101  2e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0798808  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1277  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.62 
 
 		 454 aa  101  2e-20  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.410696  normal  0.0388481 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2580  diguanylate cyclase  35.03 
 
 		 653 aa  101  2e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4124  diguanylate cyclase  34.88 
 
 		 485 aa  101  2e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2332  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.58 
 
 		 324 aa  101  3e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.532356  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0021  diguanylate cyclase  43.51 
 
 		 423 aa  101  3e-20  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1171  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.06 
 
 		 416 aa  100  5e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.137039  normal  0.392599 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3232  hypothetical protein  42.06 
 
 		 498 aa  100  6e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0640076  normal  0.305585 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1232  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40 
 
 		 416 aa  100  8e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1554  GGDEF domain-containing protein  40 
 
 		 389 aa  99.8  9e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.84144  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0124  diguanylate cyclase  42.4 
 
 		 492 aa  99.8  9e-20  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00884448  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3032  diguanylate cyclase  38.32 
 
 		 547 aa  99.8  9e-20  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3577  GGDEF domain-containing protein  37.96 
 
 		 322 aa  99.4  1e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.635523  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3115  diguanylate cyclase  40 
 
 		 354 aa  99.4  1e-19  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.276087 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1443  diguanylate cyclase  35.22 
 
 		 376 aa  99  1e-19  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000552485  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0384  diguanylate cyclase  31.12 
 
 		 486 aa  99.4  1e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1485  diguanylate cyclase  29.26 
 
 		 490 aa  99  2e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1143  diguanylate cyclase  35.26 
 
 		 532 aa  98.2  2e-19  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2693  diguanylate cyclase  32.35 
 
 		 302 aa  98.2  2e-19  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1885  diguanylate cyclase with GAF sensor  32.34 
 
 		 558 aa  98.6  2e-19  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2293  diguanylate cyclase  36.54 
 
 		 467 aa  98.6  2e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000112238  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2527  diguanylate cyclase  31.96 
 
 		 381 aa  99  2e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.060153 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3614  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.98 
 
 		 310 aa  98.6  2e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0304  response regulator PleD  39.69 
 
 		 458 aa  97.8  3e-19  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0864091  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0214  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 362 aa  97.8  3e-19  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1136  diguanylate cyclase  34.15 
 
 		 582 aa  98.2  3e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1267  diguanylate cyclase (GGDEF) domain protein  42.45 
 
 		 476 aa  97.8  4e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.413897 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1149  diguanylate cyclase  31.35 
 
 		 495 aa  97.4  4e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0926  response regulator PleD  41.86 
 
 		 455 aa  97.4  4e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.773886 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0845  diguanylate cyclase  32.92 
 
 		 578 aa  97.4  5e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1646  GGDEF family protein  35.48 
 
 		 296 aa  97.4  5e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1336  diguanylate cyclase  30.29 
 
 		 495 aa  97.1  5e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.474489  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0773  response regulator PleD  41.41 
 
 		 458 aa  97.1  5e-19  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2544  diguanylate cyclase  39.69 
 
 		 398 aa  97.4  5e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.871243  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1366  diguanylate cyclase  40 
 
 		 369 aa  97.4  5e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.112308 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2174  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.37 
 
 		 467 aa  97.1  5e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0868971  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1143  diguanylate cyclase  44.19 
 
 		 476 aa  97.1  6e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.011762  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1019  diguanylate cyclase  35.09 
 
 		 351 aa  97.1  6e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0694  diguanylate cyclase  34.09 
 
 		 536 aa  97.1  6e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2798  diguanylate cyclase  34.84 
 
 		 296 aa  97.1  6e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.400651 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4283  diguanylate cyclase  44.27 
 
 		 480 aa  97.1  6e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1145  diguanylate cyclase  44.19 
 
 		 476 aa  97.1  6e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2703  diguanylate cyclase  33.72 
 
 		 339 aa  97.1  6e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.863974  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01027  predicted diguanylate cyclase  44.19 
 
 		 452 aa  96.7  7e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0125  GGDEF domain-containing protein  44.03 
 
 		 371 aa  96.7  7e-19  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2571  diguanylate cyclase  44.19 
 
 		 452 aa  96.7  7e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0240912 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1036  diguanylate cyclase  41.6 
 
 		 427 aa  96.7  7e-19  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.132028  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01034  hypothetical protein  44.19 
 
 		 452 aa  96.7  7e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2617  diguanylate cyclase  44.19 
 
 		 452 aa  96.7  8e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.885697  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1851  diguanylate cyclase  38.31 
 
 		 620 aa  96.7  8e-19  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2748  diguanylate cyclase  30.66 
 
 		 651 aa  96.7  8e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0199433  hitchhiker  0.0067097 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0241  diguanylate cyclase  36.09 
 
 		 640 aa  96.7  8e-19  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2740  diguanylate cyclase  33.74 
 
 		 555 aa  96.7  8e-19  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0093  diguanylate cyclase  30.86 
 
 		 426 aa  96.7  8e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2624  diguanylate cyclase  34.84 
 
 		 296 aa  96.3  9e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00868311 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2365  diguanylate cyclase  35 
 
 		 467 aa  96.3  9e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0108211  normal  0.148457 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3932  GGDEF domain-containing protein  31.09 
 
 		 402 aa  95.9  1e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0460046  normal  0.0449819 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3508  diguanylate cyclase  33.54 
 
 		 638 aa  96.3  1e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0970585 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1750  response regulator PleD  40.62 
 
 		 457 aa  96.3  1e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263569  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2249  response regulator/GGDEF domain-containing protein  39.23 
 
 		 400 aa  95.9  1e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2463  hypothetical protein  39.67 
 
 		 341 aa  95.9  1e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.162594  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0638  diguanylate cyclase  34.78 
 
 		 569 aa  96.3  1e-18  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2629  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.84 
 
 		 607 aa  95.9  1e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2702  diguanylate cyclase  38.52 
 
 		 794 aa  95.9  1e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0564678  normal  0.658888 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  42.19 
 
 		 457 aa  95.9  1e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1554  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.2 
 
 		 419 aa  95.9  1e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1282  diguanylate cyclase with GAF sensor  35.29 
 
 		 550 aa  95.9  1e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000101268  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2691  diguanylate cyclase  34.84 
 
 		 296 aa  95.9  1e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000361168 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0462  3-deoxy-d-manno-octulosonic-acid transferase  34.55 
 
 		 422 aa  95.9  1e-18  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2820  response regulator  35.93 
 
 		 462 aa  95.5  2e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.229785  normal  0.330149 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1649  diguanylate cyclase  34.97 
 
 		 453 aa  95.5  2e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.103879  normal  0.646228 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1365  diguanylate cyclase  34.84 
 
 		 292 aa  95.5  2e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2989  response regulator receiver protein  44.44 
 
 		 577 aa  95.1  2e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1315  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 608 aa  95.5  2e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.243862  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>