More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VSAL_II0952 on replicon NC_011313
Organism: Aliivibrio salmonicida LFI1238



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011313  VSAL_II0952  membrane associated GGDEF protein  100 
 
 		 416 aa  836    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.343928  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0951  membrane associated GGDEF protein  34.05 
 
 		 438 aa  226  5.0000000000000005e-58  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0362084  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0513  membrane associated GGDEF protein  36.43 
 
 		 446 aa  221  1.9999999999999999e-56  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2197  diguanylate cyclase  32.53 
 
 		 438 aa  167  4e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.757416  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  37.16 
 
 		 485 aa  117  3e-25  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0279  diguanylate cyclase  36.07 
 
 		 486 aa  114  3e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00774453  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0280  diguanylate cyclase  36.07 
 
 		 486 aa  114  4.0000000000000004e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0384  diguanylate cyclase  36.61 
 
 		 486 aa  114  4.0000000000000004e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3753  diguanylate cyclase  36.07 
 
 		 485 aa  114  4.0000000000000004e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.580016  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0272  diguanylate cyclase  36.07 
 
 		 486 aa  114  4.0000000000000004e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0276  diguanylate cyclase  36.07 
 
 		 486 aa  114  4.0000000000000004e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0241  diguanylate cyclase  39.56 
 
 		 640 aa  113  6e-24  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0268  diguanylate cyclase  36.96 
 
 		 485 aa  113  8.000000000000001e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.624982  hitchhiker  0.000186113 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0269  diguanylate cyclase  35.52 
 
 		 485 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.853723  hitchhiker  0.00000177476 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  41.61 
 
 		 425 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  43.62 
 
 		 418 aa  110  5e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  32.35 
 
 		 373 aa  109  8.000000000000001e-23  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.22 
 
 		 772 aa  108  1e-22  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2979  diguanylate cyclase  33.51 
 
 		 490 aa  107  3e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1485  diguanylate cyclase  34.57 
 
 		 490 aa  107  4e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1228  diguanylate cyclase  32.97 
 
 		 490 aa  106  6e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2966  diguanylate cyclase  36.77 
 
 		 386 aa  106  7e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0175816  decreased coverage  0.00586824 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4798  diguanylate cyclase  34.43 
 
 		 485 aa  105  1e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00393558 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1213  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.85 
 
 		 457 aa  104  2e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4124  diguanylate cyclase  35.15 
 
 		 485 aa  105  2e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4746  response regulator PleD  38.61 
 
 		 466 aa  105  2e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0979514  normal  0.753316 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0124  diguanylate cyclase  39.19 
 
 		 492 aa  104  3e-21  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00884448  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3038  response regulator PleD  39.24 
 
 		 457 aa  103  4e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.372566  normal  0.319547 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0802  diguanylate cyclase  40.61 
 
 		 321 aa  103  5e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3541  response regulator PleD  39.87 
 
 		 457 aa  103  5e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1036  diguanylate cyclase  43.2 
 
 		 427 aa  103  6e-21  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.132028  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2413  response regulator PleD  38.71 
 
 		 457 aa  103  8e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592932  normal  0.173821 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0172  GGDEF domain-containing protein  37.42 
 
 		 328 aa  102  9e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1432  response regulator PleD  38.06 
 
 		 457 aa  102  1e-20  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2408  diguanylate cyclase  37.09 
 
 		 341 aa  102  1e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.62942  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1443  diguanylate cyclase  38.46 
 
 		 376 aa  100  3e-20  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000552485  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3646  diguanylate cyclase  32.42 
 
 		 357 aa  101  3e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.567193 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2060  diguanylate cyclase  32.47 
 
 		 359 aa  100  4e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0697  diguanylate cyclase  32.77 
 
 		 264 aa  100  5e-20  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.184616  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0406  periplasmic sensor diguanylate cyclase (GGDEF)  31.96 
 
 		 347 aa  100  5e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3308  response regulator PleD  37.97 
 
 		 457 aa  100  5e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.268667  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0299  hypothetical protein  37.5 
 
 		 609 aa  100  6e-20  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1382  response regulator receiver protein  42.74 
 
 		 302 aa  100  6e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0220  diguanylate cyclase  48.31 
 
 		 539 aa  100  6e-20  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.454807  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1085  diguanylate cyclase  40.32 
 
 		 357 aa  100  7e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3267  diguanylate cyclase  31.32 
 
 		 381 aa  100  7e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2073  ggdef domain-containing protein  28.57 
 
 		 497 aa  99.8  8e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.986087  hitchhiker  0.000116677 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0283  hypothetical protein  37.5 
 
 		 709 aa  99.8  8e-20  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2332  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.73 
 
 		 324 aa  99.8  8e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.532356  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0953  diguanylate cyclase  38 
 
 		 494 aa  99.8  9e-20  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0926  diguanylate cyclase  38 
 
 		 494 aa  99.8  9e-20  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  38.41 
 
 		 459 aa  99.4  1e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4245  GGDEF domain-containing protein  33.15 
 
 		 477 aa  99  1e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1057  GGDEF domain-containing protein  29.3 
 
 		 264 aa  99.4  1e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2051  diguanylate cyclase  33.55 
 
 		 307 aa  99  1e-19  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0785  diguanylate cyclase with GAF sensor  33.56 
 
 		 367 aa  99  1e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2442  response regulator PleD  37.42 
 
 		 457 aa  99.4  1e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.696702  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2050  diguanylate cyclase  35.71 
 
 		 523 aa  99.4  1e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.645943 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2092  response regulator receiver protein  40.51 
 
 		 459 aa  99.4  1e-19  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00000936351  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1109  diguanylate cyclase  37.36 
 
 		 532 aa  99.4  1e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1759  GGDEF domain-containing protein  34.19 
 
 		 355 aa  99  1e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.538539  normal  0.0215764 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0835  diguanylate cyclase  36.72 
 
 		 443 aa  99  1e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.153525  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.19 
 
 		 901 aa  98.6  2e-19  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1375  ggdef domain protein  28.57 
 
 		 497 aa  99  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.789677  normal  0.584294 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3218  diguanylate cyclase  35.63 
 
 		 532 aa  98.6  2e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0569  diguanylate cyclase  34.18 
 
 		 403 aa  98.6  2e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0926  response regulator PleD  32.97 
 
 		 455 aa  98.2  2e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.773886 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1143  diguanylate cyclase  32.63 
 
 		 532 aa  98.6  2e-19  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1484  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 615 aa  98.6  2e-19  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1290  diguanylate cyclase  30.96 
 
 		 491 aa  98.6  2e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1022  GGDEF domain-containing protein  35.14 
 
 		 264 aa  98.2  2e-19  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.219718  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1893  ggdef domain protein  28.42 
 
 		 497 aa  98.2  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3261  diguanylate cyclase  32.54 
 
 		 360 aa  98.6  2e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.455053  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1148  diguanylate cyclase  37.91 
 
 		 634 aa  98.2  2e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0203006  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2748  diguanylate cyclase  38.51 
 
 		 651 aa  98.2  3e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0199433  hitchhiker  0.0067097 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4411  diguanylate cyclase  34.97 
 
 		 485 aa  97.8  3e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.244707 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1536  diguanylate cyclase  30.84 
 
 		 278 aa  97.8  3e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.370191  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2497  diguanylate cyclase with GAF sensor  31.69 
 
 		 355 aa  97.8  3e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000595067  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2144  diguanylate cyclase  34.46 
 
 		 263 aa  97.4  4e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1290  response regulator PleD  33.51 
 
 		 457 aa  97.4  4e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0138689  hitchhiker  0.00259394 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3023  diguanylate cyclase  32.26 
 
 		 362 aa  97.4  4e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3286  diguanylate cyclase  31.46 
 
 		 352 aa  97.4  4e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1409  ggdef domain-containing protein  28.23 
 
 		 497 aa  97.1  5e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.280387 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0820  GGDEF domain-containing protein  37.58 
 
 		 333 aa  97.4  5e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2197  GGDEF family protein  35.1 
 
 		 341 aa  97.1  5e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000284  putative two-component response regulator and GGDEF family protein YeaJ  27.88 
 
 		 453 aa  97.1  5e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.46829  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4959  diguanylate cyclase  32.45 
 
 		 354 aa  97.1  5e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.179086  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1392  ggdef domain protein  28.23 
 
 		 497 aa  97.1  5e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0023922 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3062  diguanylate cyclase  31.95 
 
 		 352 aa  97.1  6e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2205  diguanylate cyclase  35.03 
 
 		 400 aa  97.1  6e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.13158 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4804  diguanylate cyclase  32.45 
 
 		 304 aa  96.7  6e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0452209  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0265  diguanylate cyclase  37.25 
 
 		 456 aa  96.7  6e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0589  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.75 
 
 		 305 aa  96.7  6e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.352095  hitchhiker  0.000774187 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3308  diguanylate cyclase  38.82 
 
 		 603 aa  97.1  6e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000660005  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2227  diguanylate cyclase  38.85 
 
 		 342 aa  97.1  6e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4965  diguanylate cyclase  32.45 
 
 		 308 aa  96.7  7e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00367568  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0886  diguanylate cyclase  38.51 
 
 		 542 aa  96.7  7e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2198  diguanylate cyclase  37.09 
 
 		 341 aa  96.7  7e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.83837  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4907  diguanylate cyclase  32.45 
 
 		 308 aa  96.7  7e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0301785  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1741  diguanylate cyclase  35.29 
 
 		 341 aa  96.7  7e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>