More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SeD_A2073 on replicon NC_011205
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_01755  predicted diguanylate cyclase  68.95 
 
 		 496 aa  731    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1856  diguanylate cyclase  68.75 
 
 		 496 aa  730    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.26898  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1846  diguanylate cyclase  68.95 
 
 		 496 aa  731    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0897436 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1375  ggdef domain protein  99.6 
 
 		 497 aa  1028    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.789677  normal  0.584294 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1405  diguanylate cyclase  68.95 
 
 		 496 aa  731    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.856707  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01743  hypothetical protein  68.95 
 
 		 496 aa  731    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1893  ggdef domain protein  99.2 
 
 		 497 aa  1023    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1409  ggdef domain-containing protein  98.99 
 
 		 497 aa  1019    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.280387 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1392  ggdef domain protein  98.79 
 
 		 497 aa  1014    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0023922 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2010  diguanylate cyclase  68.75 
 
 		 496 aa  730    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.446069  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2073  ggdef domain-containing protein  100 
 
 		 497 aa  1031    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.986087  hitchhiker  0.000116677 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1872  diguanylate cyclase  68.95 
 
 		 496 aa  731    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.320559  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2510  diguanylate cyclase (GGDEF) domain protein  68.75 
 
 		 496 aa  730    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.291593  normal  0.751069 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2038  ggdef domain protein  69.23 
 
 		 198 aa  263  4.999999999999999e-69  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1820  diguanylate cyclase  34 
 
 		 443 aa  100  7e-20  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.81672  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1061  membrane associated GGDEF protein  28.29 
 
 		 413 aa  99.8  9e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.648754  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0952  membrane associated GGDEF protein  28.57 
 
 		 416 aa  99.8  1e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.343928  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0280  diguanylate cyclase with GAF sensor  35.71 
 
 		 314 aa  96.7  8e-19  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.0265413 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.55 
 
 		 730 aa  95.5  2e-18  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0085  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.76 
 
 		 301 aa  95.5  2e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0690  diguanylate cyclase  33.95 
 
 		 471 aa  94.4  4e-18  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1143  diguanylate cyclase  29.28 
 
 		 532 aa  94.4  5e-18  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1851  diguanylate cyclase  32.9 
 
 		 620 aa  94  6e-18  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2077  diguanylate cyclase  31.76 
 
 		 382 aa  94  6e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.793636  normal  0.406002 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1156  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.88 
 
 		 469 aa  93.6  7e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0237  diguanylate cyclase  33.72 
 
 		 427 aa  93.6  7e-18  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.124528  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0124  diguanylate cyclase  27.73 
 
 		 492 aa  93.6  7e-18  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00884448  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0098  diguanylate cyclase with GAF sensor  28.8 
 
 		 642 aa  93.6  8e-18  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.08 
 
 		 314 aa  92.8  1e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0767  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.85 
 
 		 675 aa  93.2  1e-17  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000798179  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01741  Putative CHASE3/GGDEF domain-containing signal protein  31.87 
 
 		 563 aa  93.2  1e-17  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1099  response regulator receiver domain-containing protein  33.77 
 
 		 390 aa  92.4  2e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.076371  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1753  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  36.02 
 
 		 1073 aa  92  2e-17  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0378  diguanylate cyclase  29.56 
 
 		 422 aa  91.3  3e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000891935  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0088  PAS:GGDEF  31.95 
 
 		 335 aa  91.7  3e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.10869  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1324  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  34.59 
 
 		 437 aa  91.7  3e-17  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.799769  normal  0.369504 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2045  diguanylate cyclase  29.88 
 
 		 243 aa  90.9  5e-17  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000284  putative two-component response regulator and GGDEF family protein YeaJ  25.8 
 
 		 453 aa  90.9  5e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.46829  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0031  diguanylate cyclase  32.68 
 
 		 501 aa  90.5  6e-17  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0530472  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  31.01 
 
 		 753 aa  90.5  6e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2546  diguanylate cyclase  30.37 
 
 		 564 aa  90.5  6e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0032266  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0638  diguanylate cyclase  35.15 
 
 		 569 aa  90.5  7e-17  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1060  diguanylate cyclase  30.72 
 
 		 378 aa  90.5  7e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0114541  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1984  threonine dehydratase  34.19 
 
 		 418 aa  90.1  8e-17  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.241676  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1410  diguanylate cyclase  33.12 
 
 		 497 aa  90.1  8e-17  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4307  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  41.9 
 
 		 708 aa  89.4  1e-16  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0245048  normal  0.0798721 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2204  cellulose synthesis regulatory protein  30.73 
 
 		 570 aa  89.7  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.315572  normal  0.912149 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1014  diguanylate cyclase  34.05 
 
 		 552 aa  89.4  1e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.737518 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1908  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.52 
 
 		 519 aa  89.7  1e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.11693  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1253  cellulose synthesis regulatory protein  30.73 
 
 		 570 aa  89.7  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.839594 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2203  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  33.33 
 
 		 434 aa  89.7  1e-16  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2146  cellulose synthesis regulatory protein  30.73 
 
 		 570 aa  89.4  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.256949  normal  0.163286 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1132  cellulose synthesis regulatory protein  30.73 
 
 		 570 aa  89.7  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000012809  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0822  diguanylate cyclase  33.13 
 
 		 554 aa  89.4  1e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00155452  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2150  cellulose synthesis regulatory protein  30.73 
 
 		 570 aa  89.7  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.297138  normal  0.0131316 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01448  predicted diguanylate cyclase  30.18 
 
 		 347 aa  89  2e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1381  GGDEF domain/HD domain-containing protein  29.02 
 
 		 792 aa  88.6  2e-16  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1067  diguanylate cyclase  32.02 
 
 		 490 aa  89  2e-16  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3012  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.01 
 
 		 833 aa  89  2e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3563  cyclic nucleotide-binding protein  32.39 
 
 		 312 aa  88.6  2e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.187188  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5593  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.21 
 
 		 448 aa  89  2e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01461  hypothetical protein  30.18 
 
 		 347 aa  89  2e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0802  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  33.97 
 
 		 1413 aa  88.6  2e-16  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.564112  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3190  diguanylate cyclase  31.21 
 
 		 852 aa  89  2e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.43423  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0638  diguanylate cyclase  31.58 
 
 		 524 aa  89  2e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0484455 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3137  response regulator receiver protein  32.7 
 
 		 319 aa  89  2e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2815  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.96 
 
 		 457 aa  89  2e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.631579  normal  0.0857187 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1536  diguanylate cyclase  34.32 
 
 		 278 aa  89.4  2e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.370191  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1752  diguanylate cyclase  35.04 
 
 		 718 aa  89  2e-16  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.972307  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0689  putative diguanylate cyclase  32.53 
 
 		 306 aa  88.6  2e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2157  diguanylate cyclase  30.18 
 
 		 460 aa  88.2  3e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0941263  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2827  diguanylate cyclase  30.64 
 
 		 348 aa  88.6  3e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0136  diguanylate cyclase  36.42 
 
 		 1428 aa  88.2  3e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0304  sensory box/GGDEF domain protein  32.14 
 
 		 332 aa  88.2  3e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  34.62 
 
 		 425 aa  88.6  3e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1679  diguanylate cyclase  30.18 
 
 		 460 aa  88.6  3e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4127  diguanylate cyclase  30.81 
 
 		 305 aa  88.2  3e-16  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0339065  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2167  diguanylate cyclase  30.18 
 
 		 460 aa  88.6  3e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0116704  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1063  diguanylate cyclase  32.68 
 
 		 366 aa  88.2  3e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2103  diguanylate cyclase  30.18 
 
 		 460 aa  88.2  3e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4153  diguanylate cyclase  30.81 
 
 		 305 aa  88.2  3e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4536  diguanylate cyclase  22.27 
 
 		 503 aa  88.6  3e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.221207  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1683  diguanylate cyclase  30.18 
 
 		 460 aa  88.6  3e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1575  diguanylate cyclase  30.18 
 
 		 460 aa  88.2  3e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1220  GGDEF domain-containing protein  31.36 
 
 		 545 aa  88.6  3e-16  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.12727  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1035  GGDEF domain-containing protein  30.43 
 
 		 544 aa  88.2  3e-16  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00577049  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1693  diguanylate cyclase  30.14 
 
 		 564 aa  87.8  4e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000442745  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  33.55 
 
 		 418 aa  87.8  4e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1687  diguanylate cyclase  28.9 
 
 		 564 aa  87.8  4e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0356503  hitchhiker  0.00372154 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0699  diguanylate cyclase  32.28 
 
 		 226 aa  87.8  4e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.642785 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2732  diguanylate cyclase (GGDEF) domain protein  30.14 
 
 		 564 aa  87.8  4e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000132125  normal  0.489861 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0953  diguanylate cyclase  31.87 
 
 		 494 aa  87.8  4e-16  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1230  diguanylate cyclase  30.14 
 
 		 558 aa  87.8  5e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000119791  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2884  diguanylate cyclase  28.31 
 
 		 316 aa  87.4  5e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000365079 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3745  diguanylate cyclase  33.68 
 
 		 681 aa  87.4  5e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1162  GGDEF domain protein  32.93 
 
 		 836 aa  87.4  5e-16  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.359678  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0633  diguanylate cyclase  35.44 
 
 		 302 aa  87.4  5e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.4362  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1411  GGDEF domain-containing protein  30.98 
 
 		 493 aa  87  6e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0895588  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1937  diguanylate cyclase  26.87 
 
 		 775 aa  87.4  6e-16  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0383  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.02 
 
 		 746 aa  87.4  6e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>