More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SbBS512_E2038 on replicon NC_010658
Organism: Shigella boydii CDC 3083-94



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010658  SbBS512_E2038  ggdef domain protein  100 
 
 		 198 aa  409  1e-113  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1856  diguanylate cyclase  97.79 
 
 		 496 aa  360  9e-99  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.26898  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1405  diguanylate cyclase  97.79 
 
 		 496 aa  360  9e-99  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.856707  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2010  diguanylate cyclase  97.79 
 
 		 496 aa  360  9e-99  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.446069  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01755  predicted diguanylate cyclase  97.24 
 
 		 496 aa  359  2e-98  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1846  diguanylate cyclase  97.24 
 
 		 496 aa  359  2e-98  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0897436 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01743  hypothetical protein  97.24 
 
 		 496 aa  359  2e-98  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1872  diguanylate cyclase  97.24 
 
 		 496 aa  359  2e-98  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.320559  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2510  diguanylate cyclase (GGDEF) domain protein  97.24 
 
 		 496 aa  357  7e-98  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.291593  normal  0.751069 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1375  ggdef domain protein  69.23 
 
 		 497 aa  263  1e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.789677  normal  0.584294 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2073  ggdef domain-containing protein  69.23 
 
 		 497 aa  263  1e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.986087  hitchhiker  0.000116677 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1409  ggdef domain-containing protein  68.68 
 
 		 497 aa  261  6.999999999999999e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.280387 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1893  ggdef domain protein  68.68 
 
 		 497 aa  260  8.999999999999999e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1392  ggdef domain protein  68.68 
 
 		 497 aa  260  8.999999999999999e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0023922 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1003  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.19 
 
 		 538 aa  97.1  2e-19  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1820  diguanylate cyclase  35.61 
 
 		 443 aa  95.1  5e-19  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.81672  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0645  serine/threonine protein kinase  38.39 
 
 		 1644 aa  92.4  3e-18  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0171562  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2151  diguanylate cyclase  38.52 
 
 		 275 aa  91.3  8e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0517711 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1099  response regulator receiver domain-containing protein  35.45 
 
 		 390 aa  90.5  1e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.076371  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2527  diguanylate cyclase  33.61 
 
 		 381 aa  90.1  2e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.060153 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0241  diguanylate cyclase  34.19 
 
 		 640 aa  90.1  2e-17  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0690  diguanylate cyclase  34.51 
 
 		 471 aa  89  4e-17  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2871  response regulator  36.28 
 
 		 564 aa  88.2  7e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0627  diguanylate cyclase  38.71 
 
 		 1052 aa  88.2  7e-17  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.256226  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0983  GGDEF family protein  39.39 
 
 		 443 aa  87  1e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1658  response regulator/GGDEF domain-containing protein  41.9 
 
 		 458 aa  87  2e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.939598  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0299  hypothetical protein  37.98 
 
 		 609 aa  87  2e-16  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0283  hypothetical protein  35.06 
 
 		 709 aa  86.7  2e-16  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1290  response regulator PleD  35.14 
 
 		 457 aa  87  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0138689  hitchhiker  0.00259394 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2153  membrane associated GGDEF protein  35 
 
 		 490 aa  86.7  2e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1107  two component signal transduction response regulator  33.33 
 
 		 323 aa  86.7  2e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2240  diguanylate cyclase  34.13 
 
 		 758 aa  86.7  2e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.365812 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2149  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 272 aa  86.7  2e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0840549 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2077  diguanylate cyclase  28.67 
 
 		 382 aa  86.7  2e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.793636  normal  0.406002 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1155  diguanylate cyclase  36.28 
 
 		 357 aa  85.9  3e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.149088  normal  0.131446 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.41 
 
 		 833 aa  86.3  3e-16  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0509  PAS:GGDEF  34.81 
 
 		 719 aa  86.3  3e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2489  diguanylate cyclase  32.39 
 
 		 836 aa  85.9  3e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1189  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 357 aa  86.3  3e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0106637  normal  0.54324 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01448  predicted diguanylate cyclase  35.04 
 
 		 347 aa  85.9  4e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03704  GGDEF domain protein  36.59 
 
 		 325 aa  85.9  4e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2167  diguanylate cyclase  35.04 
 
 		 460 aa  85.5  4e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0116704  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01461  hypothetical protein  35.04 
 
 		 347 aa  85.9  4e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2157  diguanylate cyclase  35.04 
 
 		 460 aa  85.5  5e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0941263  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2103  diguanylate cyclase  35.04 
 
 		 460 aa  85.5  5e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1679  diguanylate cyclase  35.04 
 
 		 460 aa  85.5  5e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1575  diguanylate cyclase  35.04 
 
 		 460 aa  85.5  5e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0744  diguanylate cyclase  33.93 
 
 		 753 aa  85.5  5e-16  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.165088  normal  0.416995 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1683  diguanylate cyclase  35.04 
 
 		 460 aa  85.5  5e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1231  diguanylate cyclase  33.77 
 
 		 345 aa  85.5  5e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1445  putative diguanylate cyclase  36.29 
 
 		 381 aa  85.1  6e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0717377  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5747  diguanylate cyclase  29.68 
 
 		 261 aa  85.1  6e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2049  diguanylate cyclase  34.75 
 
 		 357 aa  84.7  7e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0165  diguanylate cyclase with GAF sensor  33.62 
 
 		 710 aa  85.1  7e-16  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.683683  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2432  GGDEF  34.29 
 
 		 969 aa  84.7  8e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00712215 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1365  diguanylate cyclase  31.91 
 
 		 292 aa  84.3  9e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0124  diguanylate cyclase  32.26 
 
 		 492 aa  84.3  9e-16  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00884448  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6322  diguanylate cyclase with GAF sensor  33.04 
 
 		 682 aa  84.7  9e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.314546  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0085  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.81 
 
 		 301 aa  84.3  9e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2798  diguanylate cyclase  32.22 
 
 		 296 aa  84.7  9e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.400651 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1870  GGDEF domain-containing protein  35 
 
 		 342 aa  84  0.000000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0021  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.41 
 
 		 668 aa  84  0.000000000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1150  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.25 
 
 		 547 aa  84.3  0.000000000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1927  diguanylate cyclase  32.59 
 
 		 253 aa  84.3  0.000000000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.949533 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0019  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.43 
 
 		 668 aa  84  0.000000000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3232  hypothetical protein  38.2 
 
 		 498 aa  84  0.000000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0640076  normal  0.305585 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0796  diguanylate cyclase  32.47 
 
 		 361 aa  84  0.000000000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.121691  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1306  diguanylate cyclase  32.17 
 
 		 615 aa  84  0.000000000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.550913  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2096  diguanylate cyclase  31.76 
 
 		 368 aa  84  0.000000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2624  diguanylate cyclase  31.67 
 
 		 296 aa  84  0.000000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00868311 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4547  diguanylate cyclase  35.88 
 
 		 248 aa  84  0.000000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00115443  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1253  cellulose synthesis regulatory protein  33.8 
 
 		 570 aa  83.6  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.839594 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1652  diguanylate cyclase  32.82 
 
 		 490 aa  83.2  0.000000000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.749875  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1132  cellulose synthesis regulatory protein  33.8 
 
 		 570 aa  83.6  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000012809  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1380  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39 
 
 		 454 aa  83.2  0.000000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00781234  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1382  response regulator PleD  32.71 
 
 		 457 aa  83.2  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.390598 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0953  diguanylate cyclase  31.5 
 
 		 494 aa  83.6  0.000000000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2169  diguanylate cyclase with GAF sensor  34.07 
 
 		 713 aa  83.6  0.000000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0835  diguanylate cyclase  31.67 
 
 		 443 aa  83.2  0.000000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.153525  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2204  cellulose synthesis regulatory protein  33.8 
 
 		 570 aa  83.6  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.315572  normal  0.912149 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1780  diguanylate cyclase  34.15 
 
 		 414 aa  83.2  0.000000000000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0817  diguanylate cyclase  37.74 
 
 		 1826 aa  83.6  0.000000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2150  cellulose synthesis regulatory protein  33.8 
 
 		 570 aa  83.6  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.297138  normal  0.0131316 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1536  diguanylate cyclase  34.92 
 
 		 278 aa  83.2  0.000000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.370191  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0723  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.17 
 
 		 540 aa  83.2  0.000000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2134  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.65 
 
 		 763 aa  83.6  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.489481  normal  0.0897813 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0926  diguanylate cyclase  31.5 
 
 		 494 aa  83.6  0.000000000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3476  diguanylate cyclase  35.09 
 
 		 298 aa  83.2  0.000000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00597173 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2146  cellulose synthesis regulatory protein  33.8 
 
 		 570 aa  83.6  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.256949  normal  0.163286 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0408  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.43 
 
 		 809 aa  83.6  0.000000000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1733  diguanylate cyclase  32.95 
 
 		 464 aa  83.6  0.000000000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000546701  normal  0.0234559 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1462  diguanylate cyclase  31.11 
 
 		 296 aa  82.8  0.000000000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2048  diguanylate cyclase with GAF sensor  34.07 
 
 		 704 aa  82.8  0.000000000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1914  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.71 
 
 		 459 aa  82.8  0.000000000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.943888  hitchhiker  0.00021307 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1498  diguanylate cyclase  31.11 
 
 		 296 aa  82.8  0.000000000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2535  diguanylate cyclase  29.13 
 
 		 1099 aa  82.8  0.000000000000003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.12937  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0638  diguanylate cyclase  37.21 
 
 		 569 aa  82.4  0.000000000000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1586  diguanylate cyclase  32.82 
 
 		 491 aa  82.8  0.000000000000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2187  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  40.62 
 
 		 593 aa  82.8  0.000000000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.1316 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0265  diguanylate cyclase  30.77 
 
 		 456 aa  83.2  0.000000000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>