More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VSAL_II0951 on replicon NC_011313
Organism: Aliivibrio salmonicida LFI1238



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011313  VSAL_II0951  membrane associated GGDEF protein  100 
 
 		 438 aa  894    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0362084  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0513  membrane associated GGDEF protein  35.96 
 
 		 446 aa  258  1e-67  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0952  membrane associated GGDEF protein  34.05 
 
 		 416 aa  228  2e-58  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.343928  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2197  diguanylate cyclase  28.57 
 
 		 438 aa  178  2e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.757416  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1511  diguanylate cyclase with GAF sensor  37.97 
 
 		 557 aa  111  2.0000000000000002e-23  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00005186  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2413  response regulator PleD  42.5 
 
 		 457 aa  110  3e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592932  normal  0.173821 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2979  diguanylate cyclase  38.89 
 
 		 490 aa  111  3e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0125  GGDEF domain-containing protein  48.44 
 
 		 371 aa  110  7.000000000000001e-23  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0299  hypothetical protein  31.36 
 
 		 609 aa  108  1e-22  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0021  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.97 
 
 		 668 aa  108  2e-22  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0283  hypothetical protein  31.36 
 
 		 709 aa  108  2e-22  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1290  response regulator PleD  33.72 
 
 		 457 aa  107  3e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0138689  hitchhiker  0.00259394 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0019  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.97 
 
 		 668 aa  108  3e-22  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1485  diguanylate cyclase  38.38 
 
 		 490 aa  108  3e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  40.62 
 
 		 459 aa  107  4e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3523  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  38.36 
 
 		 1079 aa  106  7e-22  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5514  diguanylate cyclase  36.14 
 
 		 493 aa  105  1e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.333875  normal  0.197216 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4746  response regulator PleD  40.24 
 
 		 466 aa  106  1e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0979514  normal  0.753316 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3541  response regulator PleD  41.88 
 
 		 457 aa  105  1e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2587  GGDEF domain-containing protein  37.11 
 
 		 621 aa  105  1e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.21731  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0820  GGDEF domain-containing protein  40.79 
 
 		 333 aa  105  2e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  37.17 
 
 		 485 aa  105  2e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1750  response regulator PleD  35.67 
 
 		 457 aa  105  2e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263569  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1382  response regulator PleD  33.72 
 
 		 457 aa  105  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.390598 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3038  response regulator PleD  40.62 
 
 		 457 aa  104  3e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.372566  normal  0.319547 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6264  diguanylate cyclase  32.77 
 
 		 502 aa  104  3e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.291677  normal  0.150603 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0241  diguanylate cyclase  35.03 
 
 		 640 aa  104  3e-21  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2060  diguanylate cyclase  31.92 
 
 		 359 aa  104  4e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2015  diguanylate cyclase  35.35 
 
 		 249 aa  104  4e-21  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3677  response regulator PleD  37.64 
 
 		 461 aa  104  4e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00345303  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0406  periplasmic sensor diguanylate cyclase (GGDEF)  31.92 
 
 		 347 aa  103  5e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0124  diguanylate cyclase  41.67 
 
 		 492 aa  103  5e-21  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00884448  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1443  diguanylate cyclase  40.13 
 
 		 376 aa  103  6e-21  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000552485  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0268  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 485 aa  103  7e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.624982  hitchhiker  0.000186113 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2748  diguanylate cyclase  37.95 
 
 		 651 aa  103  7e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0199433  hitchhiker  0.0067097 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4141  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  28.21 
 
 		 312 aa  103  9e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.812185  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2458  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 343 aa  102  9e-21  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.709604 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6431  diguanylate cyclase  32.34 
 
 		 502 aa  102  1e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2527  diguanylate cyclase  34.33 
 
 		 381 aa  102  1e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.060153 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1817  GGDEF family protein  36.41 
 
 		 512 aa  102  1e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6666  diguanylate cyclase  32.34 
 
 		 502 aa  102  1e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  41.25 
 
 		 418 aa  102  2e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2966  diguanylate cyclase  36.2 
 
 		 386 aa  102  2e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0175816  decreased coverage  0.00586824 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2233  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.04 
 
 		 428 aa  102  2e-20  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3753  diguanylate cyclase  35.6 
 
 		 485 aa  101  2e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.580016  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1387  cyclic nucleotide-binding protein  34.15 
 
 		 320 aa  101  3e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000243824  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4283  diguanylate cyclase  39.85 
 
 		 480 aa  100  4e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2442  response regulator PleD  40.51 
 
 		 457 aa  100  4e-20  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.696702  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3628  diguanylate cyclase  39.53 
 
 		 388 aa  100  4e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3711  diguanylate cyclase  33.49 
 
 		 320 aa  100  5e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.336724  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1484  diguanylate cyclase  37.74 
 
 		 615 aa  100  5e-20  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3835  diguanylate cyclase  36.65 
 
 		 316 aa  100  5e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  33.72 
 
 		 457 aa  100  5e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0719  diguanylate cyclase  34.55 
 
 		 370 aa  100  5e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0130  diguanylate cyclase  36.14 
 
 		 392 aa  100  5e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.922006  normal  0.941747 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0926  response regulator PleD  34.3 
 
 		 455 aa  100  6e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.773886 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0953  diguanylate cyclase  36.36 
 
 		 494 aa  100  6e-20  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2693  diguanylate cyclase  38.75 
 
 		 570 aa  100  6e-20  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2943  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.04 
 
 		 438 aa  100  6e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.641955  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3478  diguanylate cyclase  34.38 
 
 		 496 aa  100  6e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.289854  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0589  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.75 
 
 		 305 aa  100  6e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.352095  hitchhiker  0.000774187 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12380  diguanylate cyclase  38.61 
 
 		 499 aa  100  6e-20  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00534046  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2815  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.34 
 
 		 457 aa  100  7e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.631579  normal  0.0857187 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1148  diguanylate cyclase  38.22 
 
 		 634 aa  100  7e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0203006  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3023  diguanylate cyclase  35.29 
 
 		 362 aa  99.8  8e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4604  diguanylate cyclase  42.97 
 
 		 489 aa  99.8  8e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01448  predicted diguanylate cyclase  42.11 
 
 		 347 aa  99.8  9e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1491  diguanylate cyclase  30.91 
 
 		 562 aa  99.8  9e-20  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.430715  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2544  diguanylate cyclase  36.65 
 
 		 398 aa  99.8  9e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.871243  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01461  hypothetical protein  42.11 
 
 		 347 aa  99.8  9e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2157  diguanylate cyclase  42.11 
 
 		 460 aa  99.4  1e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0941263  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2668  diguanylate cyclase  37.27 
 
 		 390 aa  99.4  1e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2167  diguanylate cyclase  42.11 
 
 		 460 aa  99.4  1e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0116704  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1575  diguanylate cyclase  42.11 
 
 		 460 aa  99.4  1e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1679  diguanylate cyclase  42.11 
 
 		 460 aa  99.4  1e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1432  response regulator PleD  39.38 
 
 		 457 aa  99.4  1e-19  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2049  diguanylate cyclase  30.33 
 
 		 357 aa  99.4  1e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2946  diguanylate cyclase  32.66 
 
 		 575 aa  99.4  1e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0384  diguanylate cyclase  34.21 
 
 		 486 aa  99  1e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1683  diguanylate cyclase  42.11 
 
 		 460 aa  99.4  1e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3308  response regulator PleD  40 
 
 		 457 aa  99.4  1e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.268667  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0532  GGDEF domain-containing protein  37.95 
 
 		 321 aa  99.4  1e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1528  diguanylate cyclase  39.53 
 
 		 1339 aa  99.4  1e-19  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.646539  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2103  diguanylate cyclase  42.11 
 
 		 460 aa  99.4  1e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3614  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.42 
 
 		 310 aa  99  1e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2353  GGDEF domain-containing protein  38.16 
 
 		 288 aa  99  1e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.803943 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0575  response regulator PleD  32.4 
 
 		 456 aa  98.6  2e-19  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0610  response regulator PleD  32.4 
 
 		 461 aa  98.2  2e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.961713  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  38.46 
 
 		 425 aa  98.6  2e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2535  GGDEF  37.18 
 
 		 350 aa  98.6  2e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.388449  normal  0.835067 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0604  diguanylate cyclase  31.16 
 
 		 291 aa  98.6  2e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.436873  normal  0.310553 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0620  diguanylate cyclase  36.77 
 
 		 517 aa  98.2  2e-19  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0089586 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0645  diguanylate cyclase  40.76 
 
 		 659 aa  98.6  2e-19  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0131  diguanylate cyclase  35.54 
 
 		 392 aa  99  2e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2820  response regulator  36 
 
 		 462 aa  98.6  2e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.229785  normal  0.330149 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4360  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.69 
 
 		 338 aa  98.6  2e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3138  diguanylate cyclase with GAF sensor  38.04 
 
 		 345 aa  98.2  3e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2333  hypothetical protein  37.5 
 
 		 565 aa  97.8  3e-19  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04010  diguanylate cyclase  30.92 
 
 		 556 aa  97.8  3e-19  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000479519  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2363  GGDEF domain-containing protein  28.97 
 
 		 311 aa  97.8  3e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.282615  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>