More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VSAL_II0513 on replicon NC_011313
Organism: Aliivibrio salmonicida LFI1238



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011313  VSAL_II0513  membrane associated GGDEF protein  100 
 
 		 446 aa  911    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0951  membrane associated GGDEF protein  37.44 
 
 		 438 aa  265  1e-69  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0362084  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0952  membrane associated GGDEF protein  36.59 
 
 		 416 aa  227  4e-58  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.343928  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2197  diguanylate cyclase  36.8 
 
 		 438 aa  185  1.0000000000000001e-45  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.757416  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  36.26 
 
 		 373 aa  116  8.999999999999998e-25  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2896  cellulose binding, type IV  37.5 
 
 		 443 aa  115  2.0000000000000002e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00808862 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01027  predicted diguanylate cyclase  34.95 
 
 		 452 aa  114  3e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2617  diguanylate cyclase  34.95 
 
 		 452 aa  114  3e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.885697  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2571  diguanylate cyclase  34.95 
 
 		 452 aa  114  3e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0240912 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1143  diguanylate cyclase  34.95 
 
 		 476 aa  114  3e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.011762  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1145  diguanylate cyclase  34.95 
 
 		 476 aa  114  3e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01034  hypothetical protein  34.95 
 
 		 452 aa  114  3e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1267  diguanylate cyclase (GGDEF) domain protein  35.44 
 
 		 476 aa  114  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.413897 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  38.85 
 
 		 485 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1143  diguanylate cyclase  38.73 
 
 		 532 aa  112  1.0000000000000001e-23  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2855  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.95 
 
 		 415 aa  111  3e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.220747  hitchhiker  0.000676798 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2966  diguanylate cyclase  40.52 
 
 		 386 aa  110  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0175816  decreased coverage  0.00586824 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1382  response regulator receiver protein  33.83 
 
 		 302 aa  110  5e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2740  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 555 aa  110  6e-23  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1536  diguanylate cyclase  37.58 
 
 		 278 aa  109  9.000000000000001e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.370191  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4604  diguanylate cyclase  42.97 
 
 		 489 aa  109  1e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2153  membrane associated GGDEF protein  36.05 
 
 		 490 aa  108  1e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0268  diguanylate cyclase  35.71 
 
 		 485 aa  109  1e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.624982  hitchhiker  0.000186113 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3753  diguanylate cyclase  34.69 
 
 		 485 aa  108  1e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.580016  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0817  diguanylate cyclase  37.82 
 
 		 1826 aa  108  2e-22  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1304  diguanylate cyclase  33.75 
 
 		 559 aa  108  2e-22  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1380  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.39 
 
 		 332 aa  108  2e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.238298  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0773  response regulator PleD  37.43 
 
 		 458 aa  108  2e-22  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02031  response regulator  38.99 
 
 		 448 aa  108  2e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4283  diguanylate cyclase  41.3 
 
 		 480 aa  108  3e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2413  response regulator PleD  40.98 
 
 		 457 aa  108  3e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592932  normal  0.173821 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0885  membrane associated GGDEF protein  39.76 
 
 		 712 aa  107  3e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.136885  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1817  GGDEF family protein  41.06 
 
 		 512 aa  107  3e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2820  response regulator  33.33 
 
 		 462 aa  107  4e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.229785  normal  0.330149 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0241  diguanylate cyclase  43.31 
 
 		 640 aa  107  4e-22  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0600  diguanylate cyclase with GAF sensor  40.51 
 
 		 669 aa  107  4e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1521  diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 237 aa  107  4e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.281404  normal  0.309888 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3597  diguanylate cyclase  36.81 
 
 		 302 aa  107  5e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0645  diguanylate cyclase  36.81 
 
 		 302 aa  107  5e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3330  diguanylate cyclase  40.44 
 
 		 556 aa  107  6e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.702874 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2979  diguanylate cyclase  36.6 
 
 		 490 aa  107  6e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2943  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.89 
 
 		 438 aa  107  6e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.641955  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1689  diguanylate cyclase  38.22 
 
 		 574 aa  106  7e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.557347 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0283  hypothetical protein  35.29 
 
 		 709 aa  106  8e-22  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3488  diguanylate cyclase  37.04 
 
 		 302 aa  106  8e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.464189  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4400  diguanylate cyclase  40.12 
 
 		 681 aa  106  8e-22  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.118889  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3816  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.24 
 
 		 797 aa  106  9e-22  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.250791  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1382  response regulator PleD  36.16 
 
 		 457 aa  106  9e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.390598 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0299  hypothetical protein  35.29 
 
 		 609 aa  105  1e-21  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0304  response regulator PleD  36.99 
 
 		 458 aa  106  1e-21  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0864091  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0689  putative diguanylate cyclase  34.44 
 
 		 306 aa  106  1e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1290  response regulator PleD  36.16 
 
 		 457 aa  106  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0138689  hitchhiker  0.00259394 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2353  GGDEF domain-containing protein  38.22 
 
 		 288 aa  105  1e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.803943 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3320  diguanylate cyclase  37.65 
 
 		 302 aa  105  1e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0269  diguanylate cyclase  36.94 
 
 		 485 aa  106  1e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.853723  hitchhiker  0.00000177476 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1880  diguanylate cyclase  36.98 
 
 		 477 aa  105  2e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0268707  normal  0.0491745 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1228  diguanylate cyclase  34.21 
 
 		 490 aa  104  2e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2008  diguanylate cyclase  37.7 
 
 		 574 aa  105  2e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0645  diguanylate cyclase  42.5 
 
 		 659 aa  105  2e-21  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3663  diguanylate cyclase  36.81 
 
 		 302 aa  105  2e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3308  response regulator PleD  39.89 
 
 		 457 aa  105  2e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.268667  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1387  cyclic nucleotide-binding protein  39.18 
 
 		 320 aa  105  2e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000243824  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02241  hypothetical protein  37.43 
 
 		 320 aa  104  3e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0021  diguanylate cyclase  41.13 
 
 		 423 aa  104  3e-21  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003519  diguanylate cyclase (GGDEF domain) with PAS/PAC sensor  35.47 
 
 		 280 aa  104  3e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000133532  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0638  diguanylate cyclase  38.27 
 
 		 569 aa  104  3e-21  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0085  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.76 
 
 		 301 aa  104  3e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3038  response regulator PleD  39.89 
 
 		 457 aa  104  3e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.372566  normal  0.319547 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1896  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.78 
 
 		 564 aa  104  3e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000133427  normal  0.619157 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3541  response regulator PleD  38.76 
 
 		 457 aa  104  3e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4124  diguanylate cyclase  36.2 
 
 		 485 aa  103  4e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1821  diguanylate cyclase  41.1 
 
 		 298 aa  104  4e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.017871  normal  0.191942 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003740  GGDEF family protein  32.08 
 
 		 445 aa  104  4e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.440951  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0065  response regulator receiver protein  36.31 
 
 		 305 aa  103  5e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3523  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  34.92 
 
 		 1079 aa  103  5e-21  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0633  diguanylate cyclase  37.04 
 
 		 302 aa  103  5e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.4362  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0378  diguanylate cyclase  34.21 
 
 		 422 aa  103  6e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000891935  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1277  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.29 
 
 		 454 aa  103  6e-21  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.410696  normal  0.0388481 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2969  sensory box/GGDEF family protein  34.1 
 
 		 315 aa  103  7e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2607  diguanylate cyclase  41.46 
 
 		 316 aa  103  7e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000143356  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.06 
 
 		 772 aa  103  7e-21  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3550  diguanylate cyclase  38.82 
 
 		 559 aa  103  7e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.953301  normal  0.354246 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0785  diguanylate cyclase with GAF sensor  37.08 
 
 		 367 aa  103  7e-21  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0802  diguanylate cyclase  40.49 
 
 		 321 aa  103  7e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0125  GGDEF domain-containing protein  47.41 
 
 		 371 aa  103  8e-21  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0384  diguanylate cyclase  36.31 
 
 		 486 aa  103  8e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0124  diguanylate cyclase  41.29 
 
 		 492 aa  103  9e-21  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00884448  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2693  diguanylate cyclase  40.49 
 
 		 570 aa  102  9e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0806  GGDEF family protein  37.14 
 
 		 443 aa  103  9e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0757  diguanylate cyclase  42.03 
 
 		 489 aa  102  9e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.371772  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0130  diguanylate cyclase  34.17 
 
 		 392 aa  103  9e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.922006  normal  0.941747 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0319  diguanylate cyclase  27.98 
 
 		 732 aa  102  9e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0743  diguanylate cyclase  39.53 
 
 		 680 aa  102  1e-20  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.500154  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0820  GGDEF domain-containing protein  40.65 
 
 		 333 aa  102  1e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0796  GGDEF family protein  35.8 
 
 		 303 aa  102  1e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  37.58 
 
 		 459 aa  102  1e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2463  hypothetical protein  44.17 
 
 		 341 aa  102  1e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.162594  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1432  response regulator PleD  38.73 
 
 		 457 aa  102  1e-20  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3693  response regulator receiver domain-containing protein  35.57 
 
 		 476 aa  102  1e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.963643  normal  0.0549661 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0758  diguanylate cyclase  41.91 
 
 		 404 aa  102  1e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.017578  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>