More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_0525 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010682  Rpic_0538  diguanylate cyclase  90.94 
 
 		 585 aa  1077    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0525  diguanylate cyclase  100 
 
 		 585 aa  1171    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2626  diguanylate cyclase  53.09 
 
 		 591 aa  536  1e-151  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.138484  normal  0.0100044 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3225  diguanylate cyclase  44.25 
 
 		 599 aa  436  1e-121  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4730  diguanylate cyclase  36.38 
 
 		 572 aa  240  5.999999999999999e-62  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2801  diguanylate cyclase  31.8 
 
 		 628 aa  220  6e-56  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.615763  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5789  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.74 
 
 		 841 aa  191  2e-47  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.992809  normal  0.0231345 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1056  diguanylate cyclase  31.28 
 
 		 580 aa  182  1e-44  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.77678  normal  0.689214 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2710  diguanylate cyclase  29.55 
 
 		 632 aa  164  4.0000000000000004e-39  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0279303  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4254  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  32.66 
 
 		 681 aa  146  9e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0000333563  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1933  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  49.13 
 
 		 298 aa  143  7e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.964426  normal  0.0629546 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3994  GGDEF  36.03 
 
 		 297 aa  142  1.9999999999999998e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.000430397  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1978  diguanylate cyclase  47.37 
 
 		 298 aa  139  1e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.148602  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2255  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.78 
 
 		 298 aa  138  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0755  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.83 
 
 		 298 aa  136  9e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.893944 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4234  diguanylate cyclase  44.51 
 
 		 539 aa  136  9.999999999999999e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.256126 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3910  diguanylate cyclase  42.78 
 
 		 537 aa  133  1.0000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.283041  normal  0.244259 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2240  diguanylate cyclase  45.29 
 
 		 758 aa  130  9.000000000000001e-29  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.365812 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  41.27 
 
 		 405 aa  129  1.0000000000000001e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1733  diguanylate cyclase  31.52 
 
 		 568 aa  129  1.0000000000000001e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0602531  normal  0.409385 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0200  diguanylate cyclase  39.16 
 
 		 352 aa  129  2.0000000000000002e-28  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.321217  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.4 
 
 		 730 aa  127  6e-28  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1658  diguanylate cyclase  40.39 
 
 		 354 aa  126  8.000000000000001e-28  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.287196  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2463  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.2 
 
 		 301 aa  126  1e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3625  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.29 
 
 		 322 aa  125  2e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1323  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.25 
 
 		 441 aa  125  2e-27  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0495  diguanylate cyclase  46.28 
 
 		 574 aa  125  2e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.355875  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3557  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.29 
 
 		 322 aa  125  2e-27  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.457648  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0802  diguanylate cyclase  40.11 
 
 		 321 aa  125  2e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3218  diguanylate cyclase  39.2 
 
 		 532 aa  124  4e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2195  diguanylate cyclase  43.02 
 
 		 496 aa  124  4e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.741232  normal  0.445673 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1872  diguanylate cyclase  48.6 
 
 		 586 aa  124  4e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.10295  normal  0.872274 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5831  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  45.26 
 
 		 777 aa  124  5e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.36212 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5043  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.89 
 
 		 300 aa  124  5e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00853617 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2954  diguanylate cyclase  42.11 
 
 		 612 aa  124  5e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0512853  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3473  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.78 
 
 		 351 aa  123  8e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2375  diguanylate cyclase  40.12 
 
 		 764 aa  123  8e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3670  diguanylate cyclase  41.27 
 
 		 608 aa  123  8e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2287  diguanylate cyclase  40.12 
 
 		 764 aa  123  9e-27  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1992  diguanylate cyclase  37.74 
 
 		 284 aa  123  9e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.216528  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1109  diguanylate cyclase  38.64 
 
 		 532 aa  122  9.999999999999999e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1576  diguanylate cyclase  40.12 
 
 		 764 aa  123  9.999999999999999e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0743  diguanylate cyclase  40.91 
 
 		 680 aa  123  9.999999999999999e-27  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.500154  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2322  diguanylate cyclase  40 
 
 		 354 aa  122  9.999999999999999e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1643  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  42.16 
 
 		 316 aa  122  1.9999999999999998e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.176359  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4369  sensor diguanylate cyclase  37.11 
 
 		 569 aa  122  1.9999999999999998e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.399197 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0260  diguanylate cyclase  42.54 
 
 		 611 aa  122  1.9999999999999998e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.832837  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1125  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.17 
 
 		 769 aa  122  1.9999999999999998e-26  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.586946  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4585  diguanylate cyclase  40.74 
 
 		 281 aa  122  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.704428  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2940  sensor diguanylate cyclase  38.28 
 
 		 571 aa  121  3e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1366  diguanylate cyclase  43.18 
 
 		 369 aa  121  3e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.112308 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3083  diguanylate cyclase  39.11 
 
 		 409 aa  121  3e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.176077 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1844  diguanylate cyclase  38.89 
 
 		 456 aa  121  3e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.674113  normal  0.785076 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1450  diguanylate cyclase  42.2 
 
 		 1774 aa  121  3e-26  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.21 
 
 		 901 aa  121  3e-26  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4930  diguanylate cyclase  48.26 
 
 		 530 aa  121  3e-26  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.22973 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2700  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.44 
 
 		 324 aa  120  4.9999999999999996e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4379  diguanylate cyclase  43.93 
 
 		 419 aa  120  4.9999999999999996e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1143  diguanylate cyclase  38.83 
 
 		 532 aa  120  4.9999999999999996e-26  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1885  diguanylate cyclase with GAF sensor  37.71 
 
 		 558 aa  120  4.9999999999999996e-26  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2636  diguanylate cyclase  36.63 
 
 		 220 aa  120  6e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.128146  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2253  diguanylate cyclase  41.67 
 
 		 545 aa  120  7e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.346813  normal  0.544502 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1282  diguanylate cyclase with GAF sensor  39.43 
 
 		 550 aa  120  7.999999999999999e-26  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000101268  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4245  GGDEF domain-containing protein  35.75 
 
 		 477 aa  120  7.999999999999999e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0058  diguanylate cyclase  38.3 
 
 		 565 aa  120  7.999999999999999e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.714624  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2035  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  45.25 
 
 		 790 aa  120  7.999999999999999e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0244946 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2075  GGDEF protein  39.34 
 
 		 334 aa  120  7.999999999999999e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.605759  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1927  diguanylate cyclase  40.94 
 
 		 340 aa  120  7.999999999999999e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0449945  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3227  diguanylate cyclase  36.65 
 
 		 359 aa  120  7.999999999999999e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.709302  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1480  GGDEF family protein  40.21 
 
 		 596 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1313  diguanylate cyclase  34.31 
 
 		 543 aa  119  9.999999999999999e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1980  diguanylate cyclase  43.71 
 
 		 417 aa  119  9.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0208161  normal  0.907372 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2523  diguanylate cyclase  44.38 
 
 		 587 aa  119  9.999999999999999e-26  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2747  diguanylate cyclase  38.82 
 
 		 261 aa  120  9.999999999999999e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.86983  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3693  response regulator receiver domain-containing protein  40.61 
 
 		 476 aa  119  9.999999999999999e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.963643  normal  0.0549661 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1091  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.14 
 
 		 424 aa  119  9.999999999999999e-26  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26970  hypothetical protein  45.29 
 
 		 525 aa  120  9.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2431  diguanylate cyclase  41.05 
 
 		 329 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.966679  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1136  diguanylate cyclase  37.93 
 
 		 582 aa  119  1.9999999999999998e-25  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2284  hypothetical protein  45.29 
 
 		 525 aa  119  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0619167  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1583  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.2 
 
 		 444 aa  119  1.9999999999999998e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.185074  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1081  diguanylate cyclase  42.77 
 
 		 396 aa  119  1.9999999999999998e-25  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1380  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.36 
 
 		 332 aa  119  1.9999999999999998e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.238298  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2096  diguanylate cyclase  32.64 
 
 		 368 aa  118  3e-25  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1949  diguanylate cyclase  41.62 
 
 		 733 aa  118  3e-25  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2492  diguanylate cyclase  44 
 
 		 474 aa  118  3e-25  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.379327 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.55 
 
 		 772 aa  118  3e-25  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2896  cellulose binding, type IV  41.07 
 
 		 443 aa  118  3e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00808862 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3430  diguanylate cyclase  34.95 
 
 		 513 aa  118  3e-25  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4599  diguanylate cyclase  40.23 
 
 		 231 aa  118  3.9999999999999997e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.711309  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1211  diguanylate cyclase  40 
 
 		 381 aa  117  3.9999999999999997e-25  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2350  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  41.85 
 
 		 1000 aa  117  3.9999999999999997e-25  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.521127 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2222  diguanylate cyclase  41.27 
 
 		 312 aa  118  3.9999999999999997e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0027044  normal  0.320993 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2298  diguanylate cyclase  41.27 
 
 		 312 aa  118  3.9999999999999997e-25  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.44184  normal  0.652684 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00466  Putative two-component system regulatory protein with GGDEF domain  40.8 
 
 		 414 aa  117  5e-25  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.6149  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3374  diguanylate cyclase  40.57 
 
 		 492 aa  117  5e-25  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3547  diguanylate cyclase  42.7 
 
 		 587 aa  117  5e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1174  GGDEF domain-containing protein  35.5 
 
 		 431 aa  117  6e-25  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1293  diguanylate cyclase  39.89 
 
 		 432 aa  117  6e-25  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.32079e-19 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0350  diguanylate cyclase  38.95 
 
 		 605 aa  117  6e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>