133 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Coch_1862 on replicon NC_013162
Organism: Capnocytophaga ochracea DSM 7271



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013162  Coch_1862  Peptidoglycan-binding LysM  100 
 
 		 642 aa  1306    Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.746272  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01000  LysM-repeat domain protein  30.64 
 
 		 651 aa  283  7.000000000000001e-75  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2379  peptidoglycan-binding LysM  26.15 
 
 		 698 aa  218  2.9999999999999998e-55  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.829657  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2378  peptidoglycan-binding LysM  29.69 
 
 		 634 aa  102  3e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.903959  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2728  Lytic transglycosylase catalytic  27.57 
 
 		 547 aa  79.3  0.0000000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG2150  LysM domain-containing protein  22.02 
 
 		 501 aa  75.9  0.000000000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2842  LysM repeat-containing protein  32.97 
 
 		 389 aa  76.3  0.000000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06410  cell wall hydrolase SleB  24.89 
 
 		 546 aa  70.5  0.0000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1238  Peptidoglycan-binding LysM  25.93 
 
 		 179 aa  68.6  0.0000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000457742  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0583  Lytic transglycosylase catalytic  27.5 
 
 		 612 aa  68.2  0.0000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0421  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  27.5 
 
 		 612 aa  68.2  0.0000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3580  peptidoglycan-binding LysM  27.17 
 
 		 544 aa  67.4  0.0000000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1271  peptidoglycan-binding LysM  27.37 
 
 		 307 aa  66.6  0.000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000333433 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3484  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  23.55 
 
 		 515 aa  67  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0499239  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1448  Peptidase M23  27.47 
 
 		 509 aa  66.6  0.000000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000360423  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3006  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  27.27 
 
 		 289 aa  65.9  0.000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.265134  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1096  cell wall hydrolase, SleB  26.13 
 
 		 304 aa  66.2  0.000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.345588  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0087  Lytic transglycosylase catalytic  23.29 
 
 		 620 aa  64.7  0.000000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1273  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  27.51 
 
 		 1001 aa  64.3  0.000000007  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000430428  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1211  NLP/P60 protein  29.63 
 
 		 338 aa  63.5  0.00000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000171376  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41090  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  23.14 
 
 		 534 aa  63.2  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1954  NLP/P60 protein  29.29 
 
 		 384 aa  63.5  0.00000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1945  lytic transglycosylase  25.52 
 
 		 445 aa  62.4  0.00000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.106918  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0925  peptidoglycan binding domain-containing protein  29.19 
 
 		 327 aa  62.8  0.00000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0935  hypothetical protein  27.16 
 
 		 583 aa  62.4  0.00000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0337995  normal  0.523565 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0994  hypothetical protein  23.08 
 
 		 407 aa  62  0.00000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.207935  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11320  Peptidoglycan-binding LysM  26.6 
 
 		 173 aa  62.4  0.00000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00223945  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1149  hypothetical protein  32.56 
 
 		 567 aa  61.6  0.00000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.658364  normal  0.0237518 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1588  lytic transglycosylase, catalytic  25.14 
 
 		 550 aa  61.2  0.00000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.128959  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1995  lytic transglycosylase, catalytic  25.84 
 
 		 539 aa  60.8  0.00000007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0964783  normal  0.42715 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1368  NLP/P60 protein  31.58 
 
 		 346 aa  60.5  0.00000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00025517  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06400  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  25.31 
 
 		 797 aa  60.1  0.0000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3005  peptidoglycan-binding LysM  25.6 
 
 		 423 aa  59.3  0.0000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000564074  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0380  Lytic transglycosylase catalytic  25.37 
 
 		 555 aa  59.7  0.0000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0953  lytic transglycosylase, catalytic  28.57 
 
 		 556 aa  59.7  0.0000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1583  peptidoglycan-binding LysM  32.2 
 
 		 142 aa  58.9  0.0000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2370  MltD domain-containing protein  25.33 
 
 		 515 aa  58.5  0.0000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000191622  normal  0.0274164 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3007  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  27.13 
 
 		 230 aa  58.2  0.0000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2063  lytic transglycosylase, catalytic  24.03 
 
 		 498 aa  58.2  0.0000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.829079  normal  0.0945255 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3231  Peptidoglycan-binding LysM  33.33 
 
 		 390 aa  57.8  0.0000006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0309569 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6855  hypothetical protein  24.53 
 
 		 440 aa  56.6  0.000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.374158 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0896  NLP/P60 protein  29.71 
 
 		 342 aa  57  0.000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000013444  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1112  lytic transglycosylase, catalytic  26.4 
 
 		 1021 aa  55.8  0.000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0269179  normal  0.029477 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2994  peptidoglycan-binding protein  33.93 
 
 		 467 aa  55.8  0.000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.00261839  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1571  Lytic transglycosylase catalytic  21.24 
 
 		 539 aa  56.2  0.000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.55441  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2898  Lytic transglycosylase catalytic  30.09 
 
 		 849 aa  55.5  0.000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.52326 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2564  Slt family transglycosylase  23.32 
 
 		 515 aa  55.1  0.000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1694  peptidoglycan-binding LysM  29.19 
 
 		 444 aa  55.1  0.000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.17683  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1885  Slt family transglycosylase  26.29 
 
 		 495 aa  55.1  0.000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000159239  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22030  Peptidoglycan-binding LysM  23.81 
 
 		 409 aa  55.1  0.000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2162  MltD domain-containing protein  24.43 
 
 		 515 aa  54.7  0.000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000015187  normal  0.0463947 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2239  MltD domain-containing protein  24.43 
 
 		 515 aa  54.3  0.000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000290674  normal  0.325041 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2097  NLP/P60 protein  31.45 
 
 		 341 aa  54.3  0.000007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0026  peptidoglycan-binding lytic transglycosylase  25.23 
 
 		 495 aa  52.8  0.00002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.250795  normal  0.876942 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_03671  hypothetical protein  24.37 
 
 		 287 aa  52.8  0.00002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.651012  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1829  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  26 
 
 		 532 aa  52  0.00003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2612  lytic transglycosylase catalytic  24 
 
 		 517 aa  52  0.00003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00320162  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1436  putative cell wall hydrolase  31.68 
 
 		 265 aa  52  0.00003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000951619  hitchhiker  0.000921187 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0215  Lytic transglycosylase catalytic  26.51 
 
 		 733 aa  52  0.00004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2149  Slt family transglycosylase  27.73 
 
 		 442 aa  51.2  0.00006  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.20197  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2115  lytic transglycosylase, catalytic  28.4 
 
 		 511 aa  51.2  0.00006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000101549  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1775  MltD domain-containing protein  29.01 
 
 		 514 aa  50.8  0.00008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000157284  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4500  Lytic transglycosylase catalytic  25.98 
 
 		 523 aa  50.8  0.00008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4147  peptidoglycan-binding LysM  27.68 
 
 		 250 aa  50.4  0.00009  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0392634 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1297  LysM/M23/M37 peptidase  25.77 
 
 		 301 aa  50.4  0.0001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00000265037  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0100  LysM domain-containing protein  26.09 
 
 		 324 aa  50.1  0.0001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.54299  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1894  lytic transglycosylase, catalytic  23 
 
 		 553 aa  50.4  0.0001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0630277  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3030  peptidoglycan lytic transglycosylase-related protein  30.84 
 
 		 583 aa  50.4  0.0001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2639  NLP/P60 protein  29.46 
 
 		 349 aa  50.1  0.0001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03214  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  27.78 
 
 		 528 aa  50.1  0.0001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3533  cell wall hydrolase SleB  26.95 
 
 		 265 aa  50.1  0.0001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.0000255893  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3522  SCP-like extracellular  31.62 
 
 		 290 aa  50.1  0.0001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.490521  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1636  Peptidoglycan-binding LysM  53.06 
 
 		 109 aa  50.1  0.0001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1257  hypothetical protein  23.65 
 
 		 479 aa  49.3  0.0002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1256  hypothetical protein  22.86 
 
 		 479 aa  49.3  0.0002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1760  peptidoglycan-binding LysM:SLT:MLTD_N  22.31 
 
 		 534 aa  49.7  0.0002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.721447 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2042  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  26.48 
 
 		 617 aa  49.3  0.0002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000130746  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1482  lytic transglycosylase, catalytic  23.46 
 
 		 518 aa  49.3  0.0002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00124104  normal  0.157348 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01980  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  24.09 
 
 		 554 aa  49.7  0.0002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.531039  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3862  putative cell wall hydrolase  29.7 
 
 		 265 aa  49.7  0.0002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000210035  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1111  glycoside hydrolase family 18  29.2 
 
 		 426 aa  49.3  0.0002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2406  peptidase M23B  35.48 
 
 		 283 aa  48.9  0.0003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.000810221  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0122  NLP/P60 protein  28.44 
 
 		 301 aa  48.5  0.0003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.806641  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22240  Peptidoglycan-binding LysM  27.78 
 
 		 619 aa  48.9  0.0003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1800  peptidoglycan-binding LysM  27.52 
 
 		 503 aa  48.5  0.0004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.199953  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0223  Peptidoglycan-binding lysin domain protein  22.5 
 
 		 470 aa  48.5  0.0004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00645  hemagglutinin  39.06 
 
 		 283 aa  48.1  0.0005  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1354  Lytic transglycosylase catalytic  22.43 
 
 		 661 aa  48.1  0.0005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.828484  normal  0.0280405 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0925  lytic transglycosylase, catalytic  28.1 
 
 		 546 aa  47.8  0.0006  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0694  lytic transglycosylase catalytic  26.5 
 
 		 595 aa  47.4  0.0009  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000324493  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2074  NLP/P60 protein  23.08 
 
 		 295 aa  47  0.001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.591046  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3452  molybdenum ABC transporter, periplasmic molybdate-binding protein  29.41 
 
 		 335 aa  47  0.001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_21721  LysM domain-containing protein  24.43 
 
 		 499 aa  47  0.001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0486774 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2407  lytic transglycosylase catalytic  23.68 
 
 		 519 aa  47  0.001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000206679  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1073  Peptidoglycan-binding LysM  44.83 
 
 		 221 aa  46.6  0.001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13890  Peptidoglycan-binding LysM  25.53 
 
 		 175 aa  46.6  0.001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.582346  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3715  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  22.16 
 
 		 530 aa  45.8  0.002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.284464  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6487  Peptidoglycan-binding LysM  28.57 
 
 		 341 aa  46.2  0.002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.577671  normal  0.707539 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1169  NLP/P60:peptidoglycan-binding LysM  25.47 
 
 		 341 aa  46.2  0.002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000154936  normal  0.0379935 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0014  glycoside hydrolase family 18  22.89 
 
 		 428 aa  45.8  0.002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>