More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_1222 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_1222  GGDEF domain-containing protein  100 
 
 		 410 aa  845    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1034  diguanylate cyclase  63.73 
 
 		 417 aa  530  1e-149  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.283599  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1135  diguanylate cyclase  63.73 
 
 		 417 aa  530  1e-149  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1101  diguanylate cyclase  63.73 
 
 		 417 aa  530  1e-149  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3257  diguanylate cyclase with GAF sensor  63.73 
 
 		 417 aa  530  1e-149  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0304774 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3157  diguanylate cyclase with GAF sensor  64.06 
 
 		 420 aa  522  1e-147  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00178016  normal  0.867021 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1062  GGDEF domain-containing protein  62.62 
 
 		 438 aa  524  1e-147  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3556  cyclic nucleotide phosphodiesterase, putative  63.12 
 
 		 420 aa  509  1e-143  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3059  diguanylate cyclase with GAF sensor  62.35 
 
 		 420 aa  509  1e-143  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0288592  normal  0.515821 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2977  diguanylate cyclase with GAF sensor  62.35 
 
 		 420 aa  508  9.999999999999999e-143  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00653493  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1039  diguanylate cyclase  61.63 
 
 		 422 aa  505  9.999999999999999e-143  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1332  GGDEF domain-containing protein  57.28 
 
 		 412 aa  471  1.0000000000000001e-131  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.228796 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0036  diguanylate cyclase  54.26 
 
 		 407 aa  431  1e-119  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000170685  n/a   
 
 
-
 
NC_014214  Mesil_3568  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  29.32 
 
 		 550 aa  112  1.0000000000000001e-23  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3603  GGDEF domain-containing protein  36.02 
 
 		 641 aa  97.4  4e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1752  diguanylate cyclase  35.75 
 
 		 718 aa  97.1  6e-19  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.972307  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1200  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  26.15 
 
 		 619 aa  96.7  8e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.645678 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3663  GGDEF domain-containing protein  40 
 
 		 433 aa  96.3  9e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.241866 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2239  diguanylate cyclase  33.13 
 
 		 388 aa  96.3  9e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.942581  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2066  diguanylate cyclase  40 
 
 		 419 aa  95.9  1e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.484782  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1538  diguanylate cyclase with GAF sensor  30.7 
 
 		 789 aa  95.9  1e-18  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2187  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  32.62 
 
 		 593 aa  94.7  2e-18  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.1316 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3745  diguanylate cyclase  29.22 
 
 		 681 aa  94.4  3e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0895  GAF domain/GGDEF domain-containing protein  28.96 
 
 		 688 aa  94.4  4e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0310961  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3356  GGDEF domain/HAMP domain-containing protein  35.23 
 
 		 533 aa  94  4e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.204674  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0645  diguanylate cyclase  32.39 
 
 		 302 aa  94.4  4e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3597  diguanylate cyclase  32.39 
 
 		 302 aa  94.4  4e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1899  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30 
 
 		 616 aa  93.6  6e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.764058  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2133  GGDEF family protein  30.7 
 
 		 332 aa  93.6  6e-18  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.352584  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000065  diguanylate cyclase/phosphodiesterase domain 2  33.75 
 
 		 320 aa  93.2  7e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.175883  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2721  diguanylate cyclase with GAF sensor  30.29 
 
 		 686 aa  93.2  7e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.53529  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3786  diguanylate cyclase  32.39 
 
 		 302 aa  93.2  8e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0184  PAS/GGDEF domain-containing protein  36.16 
 
 		 684 aa  93.2  8e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3663  diguanylate cyclase  32.39 
 
 		 302 aa  92.8  9e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2240  diguanylate cyclase  32.54 
 
 		 388 aa  92.4  1e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3488  diguanylate cyclase  32.55 
 
 		 302 aa  92  2e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.464189  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3320  diguanylate cyclase  36.72 
 
 		 302 aa  91.3  3e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2170  diguanylate cyclase  32.95 
 
 		 382 aa  90.9  4e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2736  diguanylate cyclase with GAF sensor  31.06 
 
 		 748 aa  90.9  4e-17  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2151  diguanylate cyclase  34.91 
 
 		 275 aa  90.9  4e-17  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0517711 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1324  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  29.17 
 
 		 437 aa  90.9  4e-17  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.799769  normal  0.369504 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1892  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.75 
 
 		 771 aa  90.9  4e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08240  GGDEF domain protein  34.36 
 
 		 448 aa  90.1  6e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1174  GGDEF domain-containing protein  31.31 
 
 		 431 aa  89.7  9e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0633  diguanylate cyclase  36.16 
 
 		 302 aa  89.7  9e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.4362  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0513  GGDEF domain-containing protein  33.52 
 
 		 426 aa  89  1e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1257  TPR repeat-containing diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase  36.81 
 
 		 1203 aa  89  1e-16  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1577  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.35 
 
 		 314 aa  88.2  2e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0689  diguanylate cyclase with GAF sensor  35.76 
 
 		 356 aa  88.6  2e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2356  diguanylate cyclase with GAF sensor  31.1 
 
 		 319 aa  88.2  2e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.10775 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1356  diguanylate cyclase  35.71 
 
 		 380 aa  88.2  2e-16  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.299965 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1887  diguanylate cyclase  35.54 
 
 		 517 aa  88.2  2e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0197  diguanylate cyclase  36.46 
 
 		 507 aa  88.2  3e-16  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3998  diguanylate cyclase  36.59 
 
 		 591 aa  87.8  3e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1191  diguanylate cyclase with GAF sensor  29.79 
 
 		 550 aa  87.4  4e-16  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.138863  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3308  diguanylate cyclase  34.38 
 
 		 476 aa  87.4  4e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3023  diguanylate cyclase  36.75 
 
 		 362 aa  87.4  4e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0058  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.54 
 
 		 783 aa  87  5e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.218721 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1078  diguanylate cyclase  36.09 
 
 		 507 aa  87  5e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329883  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1146  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  33.55 
 
 		 909 aa  87  5e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1193  diguanylate cyclase  32.43 
 
 		 353 aa  87  5e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2463  diguanylate cyclase  37.95 
 
 		 637 aa  87  5e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.244329  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1199  diguanylate cyclase  36.81 
 
 		 258 aa  87  5e-16  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000341711  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1668  GGDEF domain-containing protein  31.49 
 
 		 356 aa  87  5e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3230  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.41 
 
 		 872 aa  87  6e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3387  diguanylate cyclase  35.06 
 
 		 385 aa  86.7  6e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.610096  normal  0.24043 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1158  diguanylate cyclase  36.09 
 
 		 507 aa  87  6e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0570084  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0645  diguanylate cyclase  32.9 
 
 		 659 aa  86.7  8e-16  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0169  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  26.58 
 
 		 681 aa  86.3  8e-16  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5381  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  30.92 
 
 		 604 aa  86.3  9e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.788293 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0006  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.14 
 
 		 557 aa  85.9  0.000000000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1676  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.73 
 
 		 1021 aa  85.9  0.000000000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.267843  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0047  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.19 
 
 		 738 aa  85.9  0.000000000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00846465 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4391  diguanylate cyclase  30.72 
 
 		 387 aa  85.9  0.000000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53310  hypothetical protein  35.47 
 
 		 681 aa  85.9  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.615657 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1779  diguanylate cyclase  31.43 
 
 		 215 aa  85.1  0.000000000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000143574  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0796  GGDEF family protein  33.91 
 
 		 303 aa  85.1  0.000000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007488  RSP_4018  diguanylate cyclase  30.48 
 
 		 311 aa  84.7  0.000000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007489  RSP_4111  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with phytochrome (GAF) sensor  37.79 
 
 		 931 aa  85.1  0.000000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007490  RSP_4191  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with phytochrome (GAF) sensor  35.79 
 
 		 980 aa  85.5  0.000000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.73 
 
 		 314 aa  85.1  0.000000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3635  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.64 
 
 		 656 aa  85.1  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1716  diguanylate cyclase  31.22 
 
 		 515 aa  85.1  0.000000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.013816  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3132  diguanylate cyclase with GAF sensor  34.1 
 
 		 493 aa  85.1  0.000000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2835  response regulator receiver domain-containing protein  35.26 
 
 		 346 aa  85.1  0.000000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.157532  normal  0.231861 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1820  diguanylate cyclase  28.69 
 
 		 443 aa  85.1  0.000000000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.81672  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1920  diguanylate cyclase  34.52 
 
 		 346 aa  85.1  0.000000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1922  diguanylate cyclase  33.13 
 
 		 527 aa  85.1  0.000000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.252712 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0378  diguanylate cyclase  33.74 
 
 		 422 aa  85.5  0.000000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000891935  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2966  diguanylate cyclase  34.36 
 
 		 386 aa  85.5  0.000000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0175816  decreased coverage  0.00586824 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0697  diguanylate cyclase  38.04 
 
 		 264 aa  84.3  0.000000000000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.184616  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0952  GGDEF domain-containing protein  30.06 
 
 		 430 aa  84.7  0.000000000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4204  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.15 
 
 		 310 aa  84.3  0.000000000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0406  periplasmic sensor diguanylate cyclase (GGDEF)  30.95 
 
 		 347 aa  84.7  0.000000000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.1 
 
 		 287 aa  84.7  0.000000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.102142  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12380  diguanylate cyclase  34.91 
 
 		 499 aa  84.3  0.000000000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00534046  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1354  GGDEF family protein  34.16 
 
 		 368 aa  84.7  0.000000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3919  diguanylate cyclase  39.39 
 
 		 406 aa  84.7  0.000000000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.556135 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2887  GGDEF domain-containing protein  31.82 
 
 		 424 aa  84.3  0.000000000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2597  GGDEF  35.22 
 
 		 534 aa  84.3  0.000000000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.036812 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>