More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_1062 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008700  Sama_1062  GGDEF domain-containing protein  100 
 
 
438 aa  899    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1222  GGDEF domain-containing protein  62.62 
 
 
410 aa  502  1e-141  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3059  diguanylate cyclase with GAF sensor  62.38 
 
 
420 aa  504  1e-141  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0288592  normal  0.515821 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3157  diguanylate cyclase with GAF sensor  62.38 
 
 
420 aa  504  1e-141  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00178016  normal  0.867021 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2977  diguanylate cyclase with GAF sensor  62.38 
 
 
420 aa  501  1e-140  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00653493  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1135  diguanylate cyclase  60.55 
 
 
417 aa  496  1e-139  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3257  diguanylate cyclase with GAF sensor  60.55 
 
 
417 aa  496  1e-139  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.0304774 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3556  cyclic nucleotide phosphodiesterase, putative  60.1 
 
 
420 aa  494  1e-139  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1101  diguanylate cyclase  60.55 
 
 
417 aa  496  1e-139  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1034  diguanylate cyclase  60.3 
 
 
417 aa  494  9.999999999999999e-139  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.283599  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1039  diguanylate cyclase  57.56 
 
 
422 aa  476  1e-133  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1332  GGDEF domain-containing protein  56.58 
 
 
412 aa  447  1.0000000000000001e-124  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.228796 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0036  diguanylate cyclase  51.38 
 
 
407 aa  404  1e-111  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000170685  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1200  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  28.69 
 
 
619 aa  114  4.0000000000000004e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.645678 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2736  diguanylate cyclase with GAF sensor  25.82 
 
 
748 aa  103  7e-21  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3356  GGDEF domain/HAMP domain-containing protein  35.09 
 
 
533 aa  101  3e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.204674  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2151  diguanylate cyclase  38.41 
 
 
275 aa  99  1e-19  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.0517711 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2187  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  35.71 
 
 
593 aa  99.8  1e-19  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.1316 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1538  diguanylate cyclase with GAF sensor  31.13 
 
 
789 aa  98.2  2e-19  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03265  hypothetical protein  35.03 
 
 
403 aa  97.8  3e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0964  diguanylate cyclase  32.52 
 
 
778 aa  96.7  8e-19  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0645  diguanylate cyclase  32.39 
 
 
330 aa  96.7  8e-19  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.669847  n/a   
 
 
-
 
NC_014214  Mesil_3568  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  29.59 
 
 
550 aa  96.3  1e-18  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2149  phosphoglucosamine mutase  38.97 
 
 
786 aa  91.3  3e-17  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3301  hypothetical protein  27.85 
 
 
751 aa  91.3  3e-17  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.793369  normal  0.543821 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0574  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  33.18 
 
 
772 aa  90.1  7e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.122166  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2721  diguanylate cyclase with GAF sensor  27.3 
 
 
686 aa  90.1  7e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.53529  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1324  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  29.33 
 
 
437 aa  89.7  9e-17  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.799769  normal  0.369504 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3745  diguanylate cyclase  24.54 
 
 
681 aa  89.4  1e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0735  diguanylate cyclase with GAF sensor  30.04 
 
 
347 aa  89.4  1e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0895  GAF domain/GGDEF domain-containing protein  26.32 
 
 
688 aa  88.6  2e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0310961  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3290  diguanylate cyclase  33.33 
 
 
473 aa  89  2e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000228847  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1656  sensory box/response regulator  32.48 
 
 
420 aa  87.8  3e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1899  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.49 
 
 
616 aa  87.4  4e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.764058  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2133  GGDEF family protein  28.81 
 
 
332 aa  87.4  4e-16  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.352584  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3835  diguanylate cyclase  34.05 
 
 
316 aa  87.8  4e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0823  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.92 
 
 
755 aa  87  6e-16  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1282  diguanylate cyclase with GAF sensor  28.9 
 
 
550 aa  87  6e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000101268  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0006  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.32 
 
 
557 aa  87  6e-16  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1679  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.6 
 
 
1050 aa  87  7e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.251418  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1552  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.76 
 
 
971 aa  86.3  9e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1892  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.12 
 
 
771 aa  86.7  9e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2051  diguanylate cyclase  31.68 
 
 
307 aa  85.9  0.000000000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0800  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  29.8 
 
 
781 aa  85.9  0.000000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1557  diguanylate cyclase with GAF sensor  32.86 
 
 
741 aa  86.3  0.000000000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00814898 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1650  sensory box protein  35.45 
 
 
819 aa  85.1  0.000000000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.00487383  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3638  diguanylate cyclase  35.15 
 
 
378 aa  85.5  0.000000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.882001  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0843  diguanylate cyclase  35.15 
 
 
384 aa  85.5  0.000000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3509  diguanylate cyclase  35.15 
 
 
384 aa  85.5  0.000000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.604082  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3979  diguanylate cyclase with GAF sensor  27.93 
 
 
567 aa  85.1  0.000000000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.000000058301  hitchhiker  0.000000371669 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0528  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.29 
 
 
707 aa  85.1  0.000000000000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2156  diguanylate cyclase  34.3 
 
 
470 aa  85.5  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.117189 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0185  diguanylate cyclase with GAF sensor  32.69 
 
 
1125 aa  85.1  0.000000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.161564 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2497  diguanylate cyclase with GAF sensor  27.03 
 
 
355 aa  85.1  0.000000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000595067  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0909  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  32.86 
 
 
781 aa  85.1  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.015368  normal  0.142992 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2249  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  32.13 
 
 
908 aa  85.1  0.000000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2456  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  43.88 
 
 
1438 aa  84.7  0.000000000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1630  diguanylate cyclase with GAF sensor  27.27 
 
 
739 aa  84.7  0.000000000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.654587 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3047  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  31.36 
 
 
878 aa  84.7  0.000000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0864607  normal  0.185142 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0429  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.88 
 
 
431 aa  84.7  0.000000000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.320682  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3791  diguanylate cyclase  34.81 
 
 
572 aa  84.7  0.000000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1036  diguanylate cyclase  33.99 
 
 
427 aa  84.3  0.000000000000004  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.132028  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0773  diguanylate cyclase  28.16 
 
 
323 aa  84  0.000000000000004  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2240  diguanylate cyclase  34.15 
 
 
388 aa  84  0.000000000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4323  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  38.65 
 
 
743 aa  84  0.000000000000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.366607  normal  0.0420324 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3402  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.51 
 
 
881 aa  83.6  0.000000000000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.144033  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0440  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.66 
 
 
856 aa  83.6  0.000000000000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0476  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.76 
 
 
431 aa  83.6  0.000000000000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3589  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.66 
 
 
856 aa  83.6  0.000000000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2873  diguanylate cyclase  32.14 
 
 
650 aa  83.6  0.000000000000006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1694  diguanylate cyclase  32.47 
 
 
431 aa  83.6  0.000000000000006  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0065  response regulator receiver protein  30.11 
 
 
305 aa  83.6  0.000000000000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1752  diguanylate cyclase  34.08 
 
 
718 aa  83.2  0.000000000000007  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.972307  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1356  diguanylate cyclase  35.53 
 
 
380 aa  83.6  0.000000000000007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.299965 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00199  response regulator/GGDEF domain protein  33.94 
 
 
426 aa  83.2  0.000000000000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1146  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  34.84 
 
 
909 aa  83.2  0.000000000000008  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3605  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  31.39 
 
 
610 aa  83.2  0.000000000000008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.150413  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0493  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.64 
 
 
431 aa  83.2  0.000000000000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000431095 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0098  diguanylate cyclase with GAF sensor  31.28 
 
 
642 aa  83.2  0.000000000000009  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1469  HD-GYP domain-containing protein  31.67 
 
 
803 aa  83.2  0.000000000000009  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6026  periplasmic sensor diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.95 
 
 
1109 aa  82.4  0.00000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.178921  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0536  diguanylate cyclase  26.44 
 
 
369 aa  82.8  0.00000000000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.190341  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1523  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.33 
 
 
472 aa  82.4  0.00000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1532  GGDEF domain-containing protein  34.69 
 
 
1450 aa  82.4  0.00000000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1752  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.11 
 
 
659 aa  82.8  0.00000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2672  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.48 
 
 
1451 aa  82.4  0.00000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.457113  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2483  putative PAS/PAC sensor protein  33.33 
 
 
619 aa  82.8  0.00000000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0436  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.79 
 
 
856 aa  82.4  0.00000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1193  diguanylate cyclase  31.58 
 
 
353 aa  82.4  0.00000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2443  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  35.1 
 
 
912 aa  82  0.00000000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2239  diguanylate cyclase  29.95 
 
 
388 aa  82  0.00000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.942581  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3459  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  25.28 
 
 
503 aa  82  0.00000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1917  response regulator receiver /GGDEF/PAS/PAC domain-containing protein  30.91 
 
 
419 aa  82  0.00000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.0589316 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3308  diguanylate cyclase  34.3 
 
 
476 aa  82.4  0.00000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2774  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  43.88 
 
 
1419 aa  82  0.00000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1333  diguanylate cyclase  32.45 
 
 
259 aa  82  0.00000000000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00918762  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2102  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.88 
 
 
689 aa  82  0.00000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.762889  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1914  diguanylate cyclase  35.53 
 
 
364 aa  81.6  0.00000000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.136216  normal  0.291569 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4114  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.47 
 
 
681 aa  81.6  0.00000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0872728  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2936  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.08 
 
 
561 aa  82  0.00000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>