More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_3556 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009052  Sbal_1034  diguanylate cyclase  81.66 
 
 		 417 aa  681    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.283599  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3556  cyclic nucleotide phosphodiesterase, putative  100 
 
 		 420 aa  863    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1101  diguanylate cyclase  81.91 
 
 		 417 aa  681    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1135  diguanylate cyclase  81.91 
 
 		 417 aa  681    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2977  diguanylate cyclase with GAF sensor  90.95 
 
 		 420 aa  773    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00653493  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3059  diguanylate cyclase with GAF sensor  91.43 
 
 		 420 aa  779    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0288592  normal  0.515821 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3257  diguanylate cyclase with GAF sensor  81.91 
 
 		 417 aa  681    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0304774 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1039  diguanylate cyclase  77.48 
 
 		 422 aa  645    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3157  diguanylate cyclase with GAF sensor  91.9 
 
 		 420 aa  781    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00178016  normal  0.867021 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1062  GGDEF domain-containing protein  60.1 
 
 		 438 aa  507  9.999999999999999e-143  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1222  GGDEF domain-containing protein  63.12 
 
 		 410 aa  497  1e-139  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1332  GGDEF domain-containing protein  57.32 
 
 		 412 aa  460  9.999999999999999e-129  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.228796 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0036  diguanylate cyclase  53.22 
 
 		 407 aa  424  1e-117  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000170685  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1200  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  28.17 
 
 		 619 aa  121  1.9999999999999998e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.645678 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2544  diguanylate cyclase with GAF sensor  33.79 
 
 		 376 aa  102  2e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.374361  normal  0.108185 
 
 
-
 
NC_014214  Mesil_3568  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  26.86 
 
 		 550 aa  101  3e-20  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0800  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  33.63 
 
 		 781 aa  101  3e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1059  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  28.14 
 
 		 570 aa  96.7  8e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2356  diguanylate cyclase with GAF sensor  31.25 
 
 		 319 aa  94.7  3e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.10775 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1290  diguanylate cyclase with GAF sensor  33.18 
 
 		 414 aa  94.4  4e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0190271 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3745  diguanylate cyclase  27.11 
 
 		 681 aa  94.4  4e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3998  diguanylate cyclase  36.2 
 
 		 591 aa  94.4  4e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0995  diguanylate cyclase with GAF sensor  31.4 
 
 		 792 aa  94  5e-18  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.37011  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0895  GAF domain/GGDEF domain-containing protein  27.44 
 
 		 688 aa  93.6  6e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0310961  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0006  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.42 
 
 		 557 aa  93.6  6e-18  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1885  diguanylate cyclase with GAF sensor  29.86 
 
 		 558 aa  93.2  7e-18  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2169  diguanylate cyclase with GAF sensor  23.64 
 
 		 713 aa  92.4  1e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5894  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.13 
 
 		 689 aa  92.8  1e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.528175  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_3080  diguanylate cyclase  33.11 
 
 		 620 aa  92.8  1e-17  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2287  diguanylate cyclase  28.08 
 
 		 764 aa  91.7  2e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2375  diguanylate cyclase  28.08 
 
 		 764 aa  91.7  2e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2102  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.89 
 
 		 689 aa  92  2e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.762889  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2048  diguanylate cyclase with GAF sensor  23.64 
 
 		 704 aa  92  2e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1333  diguanylate cyclase  36.36 
 
 		 259 aa  91.7  3e-17  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00918762  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2151  diguanylate cyclase  37.72 
 
 		 275 aa  91.3  3e-17  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0517711 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1978  diguanylate cyclase  36.21 
 
 		 298 aa  90.9  4e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.148602  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2645  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with Chase sensor  34.66 
 
 		 1093 aa  90.9  4e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2255  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.8 
 
 		 298 aa  90.5  5e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1382  response regulator receiver protein  31.09 
 
 		 302 aa  90.1  6e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1146  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  35.71 
 
 		 909 aa  90.1  7e-17  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0822  diguanylate cyclase  29.63 
 
 		 554 aa  90.1  7e-17  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00155452  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2187  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  37.42 
 
 		 593 aa  89.7  8e-17  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.1316 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0802  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  33.04 
 
 		 1413 aa  89.7  8e-17  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.564112  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4523  diguanylate cyclase  33.97 
 
 		 399 aa  89.7  9e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.114375  normal  0.753522 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2736  diguanylate cyclase with GAF sensor  26.06 
 
 		 748 aa  89.4  1e-16  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2721  diguanylate cyclase with GAF sensor  25.81 
 
 		 686 aa  88.6  2e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.53529  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1576  diguanylate cyclase  27.31 
 
 		 764 aa  89  2e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2523  diguanylate cyclase  28.95 
 
 		 587 aa  88.2  2e-16  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56280  hypothetical protein  32.73 
 
 		 375 aa  88.6  2e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1282  diguanylate cyclase with GAF sensor  28.83 
 
 		 550 aa  88.2  3e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000101268  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001647  sensory box/GGDEF family protein  34.52 
 
 		 626 aa  88.2  3e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00111686  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4901  hypothetical protein  33.33 
 
 		 375 aa  87.8  3e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.296494  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3356  GGDEF domain/HAMP domain-containing protein  32.76 
 
 		 533 aa  87.8  4e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.204674  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2183  diguanylate cyclase with GAF sensor  30.09 
 
 		 336 aa  87.8  4e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00645275 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0530  diguanylate cyclase  29.6 
 
 		 558 aa  87  5e-16  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000155935  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1892  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.79 
 
 		 771 aa  87.4  5e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0510  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.31 
 
 		 765 aa  87  6e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.226401  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2681  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.2 
 
 		 862 aa  86.7  6e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1933  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.67 
 
 		 298 aa  87  6e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.964426  normal  0.0629546 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0823  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.52 
 
 		 755 aa  86.7  7e-16  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1356  diguanylate cyclase with GAF sensor  31.96 
 
 		 399 aa  86.7  8e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.305567 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  31.28 
 
 		 405 aa  86.7  8e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1770  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.75 
 
 		 769 aa  86.3  9e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0395066  normal  0.809527 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0471  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.94 
 
 		 572 aa  86.3  9e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.634401  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0071  diguanylate cyclase with GAF sensor  29.06 
 
 		 336 aa  86.3  9e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2240  diguanylate cyclase  28.24 
 
 		 758 aa  86.3  9e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.365812 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1868  diguanylate cyclase  32.92 
 
 		 301 aa  86.3  9e-16  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2149  diguanylate cyclase  36.21 
 
 		 272 aa  85.9  0.000000000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0840549 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0896  diguanylate cyclase with GAF sensor  31.82 
 
 		 397 aa  85.9  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.225893  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3549  diguanylate cyclase  33.13 
 
 		 408 aa  85.9  0.000000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.348554 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1378  diguanylate cyclase with GAF sensor  31.82 
 
 		 397 aa  85.9  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.696057  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1887  diguanylate cyclase  35.45 
 
 		 517 aa  86.3  0.000000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3953  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  37.82 
 
 		 474 aa  85.9  0.000000000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000778513 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0755  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.94 
 
 		 298 aa  85.1  0.000000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.893944 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1599  diguanylate cyclase with GAF sensor  30.67 
 
 		 343 aa  85.1  0.000000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5350  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.88 
 
 		 300 aa  85.5  0.000000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.315516  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0645  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.52 
 
 		 1082 aa  85.1  0.000000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3018  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.13 
 
 		 475 aa  85.5  0.000000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0716  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.73 
 
 		 801 aa  85.1  0.000000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.317239  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1323  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  29.3 
 
 		 449 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2937  signal transduction protein  38.46 
 
 		 1141 aa  85.1  0.000000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000239358  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1324  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  27.89 
 
 		 437 aa  84.7  0.000000000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.799769  normal  0.369504 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2011  diguanylate cyclase  27.49 
 
 		 321 aa  85.5  0.000000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0759816  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0633  diguanylate cyclase  34.27 
 
 		 302 aa  85.1  0.000000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.4362  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1333  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.52 
 
 		 575 aa  85.1  0.000000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.76071  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0645  diguanylate cyclase  34.25 
 
 		 302 aa  84.7  0.000000000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12380  diguanylate cyclase  30.7 
 
 		 499 aa  84.7  0.000000000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00534046  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1036  diguanylate cyclase  33.99 
 
 		 427 aa  84.3  0.000000000000003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.132028  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0574  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  29.24 
 
 		 772 aa  84.3  0.000000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.122166  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0929  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.84 
 
 		 464 aa  84.7  0.000000000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.240329 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3597  diguanylate cyclase  34.25 
 
 		 302 aa  84.7  0.000000000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0206  diguanylate cyclase  32.43 
 
 		 556 aa  84.3  0.000000000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0661328  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3663  diguanylate cyclase  33.7 
 
 		 302 aa  84  0.000000000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3043  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.48 
 
 		 480 aa  84  0.000000000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.339991  normal  0.187596 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2258  diguanylate cyclase  32.29 
 
 		 353 aa  84  0.000000000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000122425  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0926  sensory box protein  37.13 
 
 		 1063 aa  84  0.000000000000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0894  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  31.82 
 
 		 482 aa  84  0.000000000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.156047 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2153  membrane associated GGDEF protein  37.82 
 
 		 490 aa  83.6  0.000000000000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3376  GGDEF domain-containing protein  30.19 
 
 		 480 aa  83.6  0.000000000000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0133  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  36.88 
 
 		 1074 aa  83.6  0.000000000000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>