More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_2977 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_3556  cyclic nucleotide phosphodiesterase, putative  90.95 
 
 		 420 aa  773    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1039  diguanylate cyclase  79.18 
 
 		 422 aa  663    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1034  diguanylate cyclase  81.29 
 
 		 417 aa  690    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.283599  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1135  diguanylate cyclase  81.29 
 
 		 417 aa  689    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1101  diguanylate cyclase  81.29 
 
 		 417 aa  689    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2977  diguanylate cyclase with GAF sensor  100 
 
 		 420 aa  863    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00653493  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3059  diguanylate cyclase with GAF sensor  99.52 
 
 		 420 aa  858    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0288592  normal  0.515821 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3257  diguanylate cyclase with GAF sensor  81.29 
 
 		 417 aa  689    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0304774 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3157  diguanylate cyclase with GAF sensor  94.29 
 
 		 420 aa  798    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00178016  normal  0.867021 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1062  GGDEF domain-containing protein  62.38 
 
 		 438 aa  513  1e-144  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1222  GGDEF domain-containing protein  62.35 
 
 		 410 aa  496  1e-139  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1332  GGDEF domain-containing protein  56.08 
 
 		 412 aa  451  1e-125  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.228796 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0036  diguanylate cyclase  53.22 
 
 		 407 aa  418  9.999999999999999e-116  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000170685  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1200  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  28.85 
 
 		 619 aa  121  3e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.645678 
 
 
-
 
NC_014214  Mesil_3568  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  26.54 
 
 		 550 aa  100  4e-20  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1059  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  27.92 
 
 		 570 aa  99.4  1e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2151  diguanylate cyclase  38.01 
 
 		 275 aa  95.9  1e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0517711 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2544  diguanylate cyclase with GAF sensor  31.84 
 
 		 376 aa  95.5  2e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.374361  normal  0.108185 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3745  diguanylate cyclase  26.92 
 
 		 681 aa  92.4  1e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001647  sensory box/GGDEF family protein  34.76 
 
 		 626 aa  92.4  1e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00111686  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0800  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  30.9 
 
 		 781 aa  92  2e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2187  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  38.06 
 
 		 593 aa  91.7  2e-17  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.1316 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0995  diguanylate cyclase with GAF sensor  31.58 
 
 		 792 aa  90.9  3e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.37011  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1290  diguanylate cyclase with GAF sensor  31.39 
 
 		 414 aa  90.9  3e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0190271 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3356  GGDEF domain/HAMP domain-containing protein  32.95 
 
 		 533 aa  90.9  4e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.204674  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0574  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  33.18 
 
 		 772 aa  90.5  5e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.122166  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56280  hypothetical protein  34.55 
 
 		 375 aa  90.5  5e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2736  diguanylate cyclase with GAF sensor  25.29 
 
 		 748 aa  90.5  6e-17  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3998  diguanylate cyclase  34.34 
 
 		 591 aa  90.1  6e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0006  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.47 
 
 		 557 aa  90.1  7e-17  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2721  diguanylate cyclase with GAF sensor  26.69 
 
 		 686 aa  90.1  7e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.53529  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1282  diguanylate cyclase with GAF sensor  29.6 
 
 		 550 aa  89.7  8e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000101268  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4901  hypothetical protein  35.15 
 
 		 375 aa  89.7  8e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.296494  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2048  diguanylate cyclase with GAF sensor  23.18 
 
 		 704 aa  89.7  9e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1333  diguanylate cyclase  34.76 
 
 		 259 aa  89.4  1e-16  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00918762  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_3080  diguanylate cyclase  31.13 
 
 		 620 aa  89.4  1e-16  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1153  diguanylate cyclase  35.8 
 
 		 299 aa  89.4  1e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00439515  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00827  hypothetical protein  33.54 
 
 		 626 aa  88.2  2e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2169  diguanylate cyclase with GAF sensor  23.51 
 
 		 713 aa  88.6  2e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1324  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  26.41 
 
 		 437 aa  88.2  2e-16  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.799769  normal  0.369504 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0895  GAF domain/GGDEF domain-containing protein  25.93 
 
 		 688 aa  87.8  3e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0310961  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000065  diguanylate cyclase/phosphodiesterase domain 2  36.02 
 
 		 320 aa  87.4  4e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.175883  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2375  diguanylate cyclase  28.83 
 
 		 764 aa  87  5e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0071  diguanylate cyclase with GAF sensor  28.69 
 
 		 336 aa  87.4  5e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0822  diguanylate cyclase  26.07 
 
 		 554 aa  87.4  5e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00155452  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2287  diguanylate cyclase  28.83 
 
 		 764 aa  87  5e-16  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0510  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.83 
 
 		 765 aa  87  5e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.226401  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3459  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.45 
 
 		 503 aa  86.3  9e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0645  diguanylate cyclase  34.62 
 
 		 302 aa  85.9  0.000000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0241  diguanylate cyclase  28.38 
 
 		 640 aa  85.9  0.000000000000001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3597  diguanylate cyclase  34.62 
 
 		 302 aa  85.9  0.000000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3663  diguanylate cyclase  34.62 
 
 		 302 aa  86.3  0.000000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0471  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.73 
 
 		 572 aa  85.1  0.000000000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.634401  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0755  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.37 
 
 		 298 aa  85.1  0.000000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.893944 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2645  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with Chase sensor  32.77 
 
 		 1093 aa  84.7  0.000000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5389  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.96 
 
 		 372 aa  84.7  0.000000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1450  diguanylate cyclase  30.67 
 
 		 1774 aa  84.7  0.000000000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0909  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  32.39 
 
 		 781 aa  84.3  0.000000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.015368  normal  0.142992 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1576  diguanylate cyclase  28.19 
 
 		 764 aa  84.7  0.000000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1146  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  33.53 
 
 		 909 aa  84.7  0.000000000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  28.89 
 
 		 405 aa  84.3  0.000000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2067  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.1 
 
 		 705 aa  84  0.000000000000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1382  response regulator receiver protein  30.11 
 
 		 302 aa  84  0.000000000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1538  diguanylate cyclase with GAF sensor  28.17 
 
 		 789 aa  84.3  0.000000000000004  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1199  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  35.62 
 
 		 1014 aa  84  0.000000000000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.553063 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0341  sensory box protein  38.31 
 
 		 1515 aa  84  0.000000000000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1770  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.12 
 
 		 769 aa  84  0.000000000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0395066  normal  0.809527 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1892  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.36 
 
 		 771 aa  84  0.000000000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2153  membrane associated GGDEF protein  38.46 
 
 		 490 aa  83.6  0.000000000000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1356  diguanylate cyclase with GAF sensor  30.14 
 
 		 399 aa  83.6  0.000000000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.305567 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0563  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.95 
 
 		 846 aa  83.6  0.000000000000006  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2989  response regulator receiver protein  32.63 
 
 		 577 aa  83.6  0.000000000000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3537  GGDEF family protein  34.3 
 
 		 393 aa  83.6  0.000000000000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0206  diguanylate cyclase  32.26 
 
 		 556 aa  83.6  0.000000000000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0661328  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0716  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.91 
 
 		 801 aa  83.6  0.000000000000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.317239  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1599  diguanylate cyclase with GAF sensor  29.36 
 
 		 343 aa  83.2  0.000000000000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5894  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.09 
 
 		 689 aa  83.2  0.000000000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.528175  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1898  diguanylate cyclase  33.52 
 
 		 300 aa  83.2  0.000000000000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.693267 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0896  diguanylate cyclase with GAF sensor  30.18 
 
 		 397 aa  83.2  0.000000000000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.225893  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1378  diguanylate cyclase with GAF sensor  30.18 
 
 		 397 aa  83.2  0.000000000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.696057  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3786  diguanylate cyclase  35.16 
 
 		 302 aa  83.2  0.000000000000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1868  diguanylate cyclase  34.16 
 
 		 301 aa  83.2  0.000000000000008  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2258  diguanylate cyclase  32.47 
 
 		 353 aa  83.2  0.000000000000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000122425  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2497  diguanylate cyclase with GAF sensor  30.33 
 
 		 355 aa  83.2  0.000000000000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000595067  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3648  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.25 
 
 		 1511 aa  82.8  0.000000000000009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2730  diguanylate cyclase  34.22 
 
 		 638 aa  82.8  0.000000000000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.814579  normal  0.595433 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2940  sensor diguanylate cyclase  28.96 
 
 		 571 aa  83.2  0.000000000000009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0645  diguanylate cyclase  27.85 
 
 		 330 aa  82.4  0.00000000000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.669847  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2681  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.33 
 
 		 862 aa  82.4  0.00000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1650  sensory box protein  33.16 
 
 		 819 aa  82.4  0.00000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.00487383  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2183  diguanylate cyclase with GAF sensor  28.9 
 
 		 336 aa  82.8  0.00000000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00645275 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1036  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 427 aa  82.8  0.00000000000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.132028  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0098  diguanylate cyclase with GAF sensor  30.33 
 
 		 642 aa  82.8  0.00000000000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0796  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  32.86 
 
 		 765 aa  82.8  0.00000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.341606 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1146  diguanylate cyclase  34.94 
 
 		 350 aa  82.8  0.00000000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.923994  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2589  hypothetical protein  34.47 
 
 		 759 aa  82.8  0.00000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.394973  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1056  diguanylate cyclase  28.26 
 
 		 580 aa  82.4  0.00000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.77678  normal  0.689214 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3255  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.75 
 
 		 774 aa  82.8  0.00000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.449187  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0802  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  31.09 
 
 		 1413 aa  82.8  0.00000000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.564112  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0796  GGDEF family protein  33.15 
 
 		 303 aa  82  0.00000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>