More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_1332 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009831  Ssed_1332  GGDEF domain-containing protein  100 
 
 
412 aa  851    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.228796 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1101  diguanylate cyclase  57.22 
 
 
417 aa  470  1.0000000000000001e-131  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1034  diguanylate cyclase  57.22 
 
 
417 aa  470  1.0000000000000001e-131  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.283599  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3257  diguanylate cyclase with GAF sensor  57.22 
 
 
417 aa  470  1.0000000000000001e-131  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.0304774 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1135  diguanylate cyclase  57.22 
 
 
417 aa  470  1.0000000000000001e-131  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3157  diguanylate cyclase with GAF sensor  57.57 
 
 
420 aa  469  1.0000000000000001e-131  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00178016  normal  0.867021 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3556  cyclic nucleotide phosphodiesterase, putative  57.32 
 
 
420 aa  465  9.999999999999999e-131  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1222  GGDEF domain-containing protein  58.87 
 
 
410 aa  463  1e-129  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3059  diguanylate cyclase with GAF sensor  56.33 
 
 
420 aa  461  9.999999999999999e-129  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0288592  normal  0.515821 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1062  GGDEF domain-containing protein  56.58 
 
 
438 aa  459  9.999999999999999e-129  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2977  diguanylate cyclase with GAF sensor  56.08 
 
 
420 aa  456  1e-127  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00653493  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1039  diguanylate cyclase  56.08 
 
 
422 aa  451  1e-125  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0036  diguanylate cyclase  55.96 
 
 
407 aa  430  1e-119  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000170685  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3745  diguanylate cyclase  25.6 
 
 
681 aa  100  6e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2721  diguanylate cyclase with GAF sensor  30.07 
 
 
686 aa  99.8  7e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.53529  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1200  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  28.65 
 
 
619 aa  99.8  8e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.645678 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0895  GAF domain/GGDEF domain-containing protein  28.62 
 
 
688 aa  97.4  4e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0310961  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2517  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.18 
 
 
614 aa  95.5  1e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.655073  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2048  diguanylate cyclase with GAF sensor  25.48 
 
 
704 aa  95.1  2e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2169  diguanylate cyclase with GAF sensor  26.8 
 
 
713 aa  93.2  8e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1899  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.96 
 
 
616 aa  93.2  8e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.764058  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1282  diguanylate cyclase with GAF sensor  29.73 
 
 
550 aa  92.4  1e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000101268  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5950  diguanylate cyclase  36.26 
 
 
604 aa  92.8  1e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.407449  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2187  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  33.77 
 
 
593 aa  91.7  2e-17  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.1316 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1892  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.13 
 
 
771 aa  91.3  3e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2189  diguanylate cyclase with GAF sensor  32.65 
 
 
415 aa  90.5  5e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1017  GGDEF family protein  36.93 
 
 
1051 aa  90.1  7e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3356  GGDEF domain/HAMP domain-containing protein  35.58 
 
 
533 aa  89.7  8e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.204674  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1949  diguanylate cyclase  29.88 
 
 
733 aa  89.7  9e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3822  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.38 
 
 
786 aa  89.7  9e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2186  diguanylate cyclase  35.88 
 
 
604 aa  89  2e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.419483  normal  0.336027 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2176  diguanylate cyclase with GAF sensor  31.21 
 
 
321 aa  87.8  4e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.59733  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1779  diguanylate cyclase  31.82 
 
 
215 aa  87.4  4e-16  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000143574  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3785  sensory box/GGDEF family protein  34.97 
 
 
431 aa  87.4  5e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1770  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.75 
 
 
769 aa  87  5e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0395066  normal  0.809527 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1656  sensory box/response regulator  31.25 
 
 
420 aa  87  6e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1538  diguanylate cyclase with GAF sensor  30.84 
 
 
789 aa  86.3  9e-16  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4111  sensory box/GGDEF family protein, putative  34.36 
 
 
430 aa  85.9  0.000000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1138  GGDEF/EAL domain-containing protein  31.9 
 
 
637 aa  86.3  0.000000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4064  putative sensory box/GGDEF family protein  34.36 
 
 
431 aa  85.9  0.000000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3954  sensory box/GGDEF family protein  34.36 
 
 
431 aa  85.9  0.000000000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3800  sensory box/GGDEF family protein  34.36 
 
 
431 aa  85.9  0.000000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0221299  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4263  sensory box/GGDEF family protein  34.36 
 
 
430 aa  85.9  0.000000000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4175  putative sensory box/GGDEF family protein  34.36 
 
 
430 aa  85.9  0.000000000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00125122  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1153  diguanylate cyclase  31.05 
 
 
299 aa  85.1  0.000000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00439515  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2067  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.58 
 
 
705 aa  85.1  0.000000000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2842  diguanylate cyclase  25.94 
 
 
785 aa  85.1  0.000000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3437  diguanylate cyclase  30.33 
 
 
483 aa  85.1  0.000000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0184931  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6026  periplasmic sensor diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.17 
 
 
1109 aa  84.3  0.000000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.178921  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1820  diguanylate cyclase  31.48 
 
 
443 aa  84.3  0.000000000000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.81672  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3537  GGDEF family protein  33.53 
 
 
393 aa  84.3  0.000000000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1382  response regulator receiver protein  35.47 
 
 
302 aa  84.7  0.000000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1085  putative sensory box/GGDEF family protein  33.74 
 
 
430 aa  84.3  0.000000000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0697  diguanylate cyclase  31.16 
 
 
482 aa  84.7  0.000000000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000140018  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3110  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.13 
 
 
347 aa  84  0.000000000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00186939  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0841  GGDEF domain-containing protein  35.19 
 
 
489 aa  84  0.000000000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3873  diguanylate cyclase  34.36 
 
 
430 aa  84  0.000000000000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2151  diguanylate cyclase  33.54 
 
 
275 aa  84  0.000000000000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.0517711 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4153  putative sensory box/GGDEF family protein  33.74 
 
 
430 aa  84.3  0.000000000000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.36181  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0429  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.44 
 
 
431 aa  84.3  0.000000000000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.320682  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2936  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.18 
 
 
561 aa  84  0.000000000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1834  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.18 
 
 
571 aa  83.6  0.000000000000006  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  decreased coverage  0.0000228382  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1645  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.17 
 
 
308 aa  83.6  0.000000000000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.456967 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0094  diguanylate cyclase  33.52 
 
 
451 aa  83.6  0.000000000000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4789  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and MHYT sensor(s)  28.95 
 
 
795 aa  83.6  0.000000000000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0663494  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0005  diguanylate cyclase  33.33 
 
 
520 aa  83.2  0.000000000000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.379493  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3325  diguanylate cyclase  30.15 
 
 
482 aa  83.2  0.000000000000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.662914  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0427  diguanylate cyclase AdrA  28.07 
 
 
370 aa  82.8  0.000000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1658  putative sensory box-containing diguanylate cyclase  35.98 
 
 
693 aa  82.8  0.00000000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.000000000881395  normal  0.485091 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5213  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.76 
 
 
813 aa  82.4  0.00000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.000504339  normal  0.176333 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2374  putative sensory box-containing diguanylate cyclase  35.98 
 
 
693 aa  82.8  0.00000000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000185954  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0421  diguanylate cyclase AdrA  28.07 
 
 
370 aa  82.8  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3219  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.55 
 
 
554 aa  82.4  0.00000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.267477  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2470  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.98 
 
 
693 aa  82.8  0.00000000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000343207  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0482  diguanylate cyclase AdrA  28.07 
 
 
370 aa  82.8  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0141  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.82 
 
 
795 aa  82.8  0.00000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0947657 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0422  diguanylate cyclase AdrA  28.07 
 
 
370 aa  82.8  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.143029 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0440  diguanylate cyclase AdrA  28.07 
 
 
370 aa  82.8  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014214  Mesil_3568  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  25.82 
 
 
550 aa  82.8  0.00000000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2075  GGDEF domain/EAL domain-containing protein  35.59 
 
 
1004 aa  82  0.00000000000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1003  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.55 
 
 
538 aa  82  0.00000000000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1139  GGDEF/GAF/EAL domain-containing protein  27.52 
 
 
781 aa  81.6  0.00000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0850133  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2332  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  32.89 
 
 
960 aa  82  0.00000000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1412  diguanylate cyclase  36.77 
 
 
516 aa  81.6  0.00000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0885  membrane associated GGDEF protein  32.05 
 
 
712 aa  82  0.00000000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.136885  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3132  diguanylate cyclase with GAF sensor  36.57 
 
 
493 aa  82  0.00000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2470  diguanylate cyclase with GAF sensor  26.33 
 
 
756 aa  82  0.00000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.578353  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0800  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  27.24 
 
 
781 aa  82  0.00000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0173  diguanylate cyclase  32.72 
 
 
339 aa  81.6  0.00000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0549  diguanylate cyclase  34.5 
 
 
488 aa  82  0.00000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0215358  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1511  diguanylate cyclase with GAF sensor  34.29 
 
 
557 aa  81.3  0.00000000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00005186  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0383  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.13 
 
 
746 aa  81.3  0.00000000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0995  diguanylate cyclase with GAF sensor  35.81 
 
 
792 aa  80.9  0.00000000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.37011  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1513  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.06 
 
 
301 aa  81.3  0.00000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0153071 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4323  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  32.56 
 
 
743 aa  80.9  0.00000000000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.366607  normal  0.0420324 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1323  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  30.99 
 
 
449 aa  80.5  0.00000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0634  response regulator  34.59 
 
 
470 aa  80.9  0.00000000000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00145352  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3308  diguanylate cyclase  32.81 
 
 
476 aa  80.9  0.00000000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4627  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.37 
 
 
585 aa  80.9  0.00000000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1526  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.01 
 
 
504 aa  80.9  0.00000000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>