More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Afer_1191 on replicon NC_013124
Organism: Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013124  Afer_1191  diguanylate cyclase with GAF sensor  100 
 
 		 550 aa  1065    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.138863  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1336  diguanylate cyclase  43.35 
 
 		 495 aa  138  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.474489  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2842  diguanylate cyclase  36.53 
 
 		 785 aa  133  1.0000000000000001e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2470  diguanylate cyclase with GAF sensor  36.07 
 
 		 756 aa  131  2.0000000000000002e-29  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.578353  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4216  diguanylate cyclase  28.14 
 
 		 717 aa  131  3e-29  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0283  hypothetical protein  35.96 
 
 		 709 aa  129  1.0000000000000001e-28  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2189  diguanylate cyclase with GAF sensor  28.29 
 
 		 415 aa  129  1.0000000000000001e-28  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0299  hypothetical protein  35.96 
 
 		 609 aa  128  3e-28  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2048  diguanylate cyclase with GAF sensor  35.37 
 
 		 704 aa  125  2e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4798  diguanylate cyclase  40.12 
 
 		 485 aa  124  4e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00393558 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0743  diguanylate cyclase  36.19 
 
 		 680 aa  124  6e-27  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.500154  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1357  diguanylate cyclase  44.1 
 
 		 508 aa  123  7e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.255633 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2488  diguanylate cyclase  46.86 
 
 		 429 aa  123  7e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.792877 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5012  diguanylate cyclase  44.51 
 
 		 510 aa  123  7e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1949  diguanylate cyclase  36.94 
 
 		 733 aa  123  8e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  38.1 
 
 		 485 aa  123  8e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3753  diguanylate cyclase  38.69 
 
 		 485 aa  123  8e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.580016  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2683  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.88 
 
 		 505 aa  123  9e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2169  diguanylate cyclase with GAF sensor  35.37 
 
 		 713 aa  123  9e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0589  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.27 
 
 		 305 aa  122  1.9999999999999998e-26  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.352095  hitchhiker  0.000774187 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2339  diguanylate cyclase  43.2 
 
 		 307 aa  121  3e-26  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0269  diguanylate cyclase  39.29 
 
 		 485 aa  121  3e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.853723  hitchhiker  0.00000177476 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4400  diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 493 aa  120  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0512  response regulator PleD  37.57 
 
 		 456 aa  120  6e-26  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5454  diguanylate cyclase  45.93 
 
 		 510 aa  120  6e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.488047  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2008  diguanylate cyclase  35.44 
 
 		 574 aa  120  7e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0995  diguanylate cyclase with GAF sensor  29.67 
 
 		 792 aa  120  7e-26  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.37011  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1689  diguanylate cyclase  35.44 
 
 		 574 aa  120  9e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.557347 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1387  diguanylate cyclase  42.61 
 
 		 336 aa  120  9e-26  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.617999  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3807  diguanylate cyclase  44.77 
 
 		 510 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.417307 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0953  diguanylate cyclase  31.19 
 
 		 494 aa  119  9.999999999999999e-26  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3816  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.16 
 
 		 797 aa  119  9.999999999999999e-26  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.250791  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4649  diguanylate cyclase  44.77 
 
 		 510 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0268  diguanylate cyclase  36.9 
 
 		 485 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.624982  hitchhiker  0.000186113 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3714  diguanylate cyclase  44.77 
 
 		 510 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.28391  normal  0.0412955 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  41.67 
 
 		 418 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2693  diguanylate cyclase  44.19 
 
 		 570 aa  119  1.9999999999999998e-25  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01741  Putative CHASE3/GGDEF domain-containing signal protein  37.39 
 
 		 563 aa  118  1.9999999999999998e-25  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0509  diguanylate cyclase  37.63 
 
 		 498 aa  118  3e-25  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00480754 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0014  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.12 
 
 		 312 aa  118  3e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.927772  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21320  diguanylate cyclase  31.8 
 
 		 510 aa  118  3e-25  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2511  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.32 
 
 		 419 aa  118  3e-25  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3833  diguanylate cyclase with GAF sensor  36.32 
 
 		 732 aa  117  3.9999999999999997e-25  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1282  diguanylate cyclase with GAF sensor  29.88 
 
 		 550 aa  117  3.9999999999999997e-25  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000101268  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3391  diguanylate cyclase  41.42 
 
 		 360 aa  117  3.9999999999999997e-25  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.372073  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0926  diguanylate cyclase  30.88 
 
 		 494 aa  117  5e-25  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7026  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.35 
 
 		 312 aa  117  5e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.398098  hitchhiker  0.000000633587 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1510  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  44.44 
 
 		 581 aa  117  5e-25  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.865852  normal  0.193576 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4956  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.12 
 
 		 324 aa  117  5e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0364888 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4930  diguanylate cyclase  39.33 
 
 		 530 aa  117  5e-25  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.22973 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  40.48 
 
 		 425 aa  117  6e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1491  diguanylate cyclase  44.31 
 
 		 562 aa  117  6e-25  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.430715  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0674  diguanylate cyclase  38.31 
 
 		 355 aa  117  6e-25  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.811028 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0124  diguanylate cyclase  38.89 
 
 		 492 aa  116  7.999999999999999e-25  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00884448  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3170  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.53 
 
 		 312 aa  117  7.999999999999999e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0256904  normal  0.861805 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1411  GGDEF domain-containing protein  41.61 
 
 		 493 aa  116  8.999999999999998e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0895588  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1355  diguanylate cyclase  34.84 
 
 		 487 aa  116  8.999999999999998e-25  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.133394  normal  0.478971 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2896  cellulose binding, type IV  37.5 
 
 		 443 aa  116  8.999999999999998e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00808862 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1337  diguanylate cyclase  38.6 
 
 		 635 aa  116  8.999999999999998e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.018023  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2404  diguanylate cyclase  43.2 
 
 		 479 aa  116  1.0000000000000001e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00227226  normal  0.966476 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1846  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.83 
 
 		 314 aa  115  1.0000000000000001e-24  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3328  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.36 
 
 		 297 aa  116  1.0000000000000001e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1060  diguanylate cyclase  42.94 
 
 		 378 aa  116  1.0000000000000001e-24  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0114541  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0384  diguanylate cyclase  38.82 
 
 		 486 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1885  diguanylate cyclase with GAF sensor  28.99 
 
 		 558 aa  115  2.0000000000000002e-24  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1356  diguanylate cyclase  43.53 
 
 		 380 aa  115  2.0000000000000002e-24  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.299965 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1091  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.69 
 
 		 424 aa  115  2.0000000000000002e-24  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0620  diguanylate cyclase  36.36 
 
 		 517 aa  115  2.0000000000000002e-24  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0089586 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0918  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.83 
 
 		 297 aa  115  2.0000000000000002e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.0046e-32 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1953  diguanylate cyclase  39.34 
 
 		 454 aa  115  2.0000000000000002e-24  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.363504  normal  0.99023 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7417  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.77 
 
 		 457 aa  115  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.196799  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3745  diguanylate cyclase  32.47 
 
 		 681 aa  115  2.0000000000000002e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2979  diguanylate cyclase  38.18 
 
 		 490 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2743  diguanylate cyclase  40 
 
 		 431 aa  115  2.0000000000000002e-24  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.241398  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1485  diguanylate cyclase  37.58 
 
 		 490 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4128  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  33.33 
 
 		 663 aa  115  2.0000000000000002e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3563  cyclic nucleotide-binding protein  40.62 
 
 		 312 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.187188  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4523  diguanylate cyclase with GAF sensor  33.86 
 
 		 499 aa  115  2.0000000000000002e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.967133  normal  0.833222 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2740  diguanylate cyclase  36.44 
 
 		 555 aa  115  2.0000000000000002e-24  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5509  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.53 
 
 		 326 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.872831  normal  0.058561 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4311  diguanylate cyclase  41.61 
 
 		 493 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.245548  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2477  hypothetical protein  33.33 
 
 		 273 aa  115  3e-24  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3988  two component response regulator  40.61 
 
 		 296 aa  115  3e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1056  diguanylate cyclase  37.65 
 
 		 580 aa  114  3e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.77678  normal  0.689214 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2397  diguanylate cyclase  43.18 
 
 		 510 aa  114  3e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5099  diguanylate cyclase  40.41 
 
 		 653 aa  114  3e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.873917  normal  0.160564 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4141  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.76 
 
 		 312 aa  115  3e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.812185  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6679  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.38 
 
 		 457 aa  114  3e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5084  diguanylate cyclase  41.04 
 
 		 503 aa  114  4.0000000000000004e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.494089  normal  0.0445442 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1369  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.67 
 
 		 302 aa  114  4.0000000000000004e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.975059  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0767  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.37 
 
 		 681 aa  114  4.0000000000000004e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3557  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.76 
 
 		 322 aa  114  5e-24  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.457648  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1425  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  36.52 
 
 		 483 aa  114  5e-24  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2258  diguanylate cyclase  33.19 
 
 		 353 aa  114  5e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000122425  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3625  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.76 
 
 		 322 aa  114  5e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1091  diguanylate cyclase  43.18 
 
 		 653 aa  114  5e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00555182 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07500  hypothetical protein  42.86 
 
 		 1245 aa  114  5e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.411522  normal  0.391796 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2497  diguanylate cyclase with GAF sensor  33.33 
 
 		 355 aa  114  6e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000595067  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4124  diguanylate cyclase  35.12 
 
 		 485 aa  114  6e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0109  diguanylate cyclase  34.05 
 
 		 461 aa  114  7.000000000000001e-24  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>