More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_1675 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_1675  MATE efflux family protein  100 
 
 		 457 aa  861    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3623  MATE efflux family protein  88.4 
 
 		 457 aa  728    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.25462  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1888  MATE efflux family protein  81.4 
 
 		 457 aa  659    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0796  multi anti extrusion protein MatE  59.49 
 
 		 484 aa  454  1.0000000000000001e-126  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.505075 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0908  multi anti extrusion protein MatE  56.98 
 
 		 483 aa  446  1.0000000000000001e-124  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0522974  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1345  multi anti extrusion protein MatE  57.08 
 
 		 459 aa  441  9.999999999999999e-123  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5248  multi antimicrobial extrusion protein MatE  56.75 
 
 		 478 aa  435  1e-121  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0771  putative cation-driven multidrug efflux pump  52.3 
 
 		 485 aa  392  1e-108  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00132131 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3542  MATE efflux family protein  45.88 
 
 		 467 aa  317  3e-85  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.179333 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0048  MATE efflux family protein  44.5 
 
 		 460 aa  290  5.0000000000000004e-77  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.782578  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3694  MATE efflux family protein  41.76 
 
 		 472 aa  285  1.0000000000000001e-75  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2205  hypothetical protein  41.92 
 
 		 480 aa  276  5e-73  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.891807 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5998  MATE efflux family protein  42.21 
 
 		 486 aa  267  4e-70  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.926416 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0048  MATE efflux family protein  43.03 
 
 		 460 aa  256  8e-67  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0386984 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3317  MATE efflux family protein  37.59 
 
 		 469 aa  248  1e-64  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4118  MATE efflux family protein  40.55 
 
 		 468 aa  233  6e-60  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3795  MATE efflux family protein  40.3 
 
 		 468 aa  230  4e-59  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.195288  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3218  multi anti extrusion protein MatE  38.84 
 
 		 455 aa  219  7.999999999999999e-56  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3060  multi anti extrusion protein MatE  38.41 
 
 		 456 aa  192  8e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.147245  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2291  MATE efflux family protein  27.92 
 
 		 460 aa  150  3e-35  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2626  MATE efflux family protein  28.89 
 
 		 467 aa  120  7e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.287795  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0091  MATE efflux family protein  28.93 
 
 		 454 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0591  MATE efflux family protein  25.14 
 
 		 438 aa  118  1.9999999999999998e-25  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05190  MATE efflux family protein  26.61 
 
 		 454 aa  118  3e-25  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.969197  n/a   
 
 
-
 
NC_013201  Hmuk_3337  MATE efflux family protein  29.01 
 
 		 470 aa  112  1.0000000000000001e-23  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2653  MATE efflux family protein  29.97 
 
 		 484 aa  110  4.0000000000000004e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2888  MATE efflux family protein  26.83 
 
 		 462 aa  110  5e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0238453  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04830  MATE efflux family protein  24.45 
 
 		 468 aa  110  5e-23  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000202645  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3948  MATE efflux family protein  27.5 
 
 		 458 aa  108  2e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1359  multi anti extrusion protein MatE  28.18 
 
 		 408 aa  108  2e-22  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1166  ABC transporter releated protein  26.75 
 
 		 463 aa  107  4e-22  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.403976 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0470  MATE efflux family protein  28.18 
 
 		 455 aa  107  4e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.11231  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2964  MATE efflux family protein  25.48 
 
 		 453 aa  105  1e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000000632854  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4033  MATE efflux family protein  27.65 
 
 		 458 aa  105  2e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000078929 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0545  MATE efflux family protein  23.1 
 
 		 470 aa  103  9e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0643  MATE efflux family protein  27.75 
 
 		 455 aa  102  2e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0702  MATE efflux family protein  27.65 
 
 		 452 aa  102  2e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0666  MATE efflux family protein  27.75 
 
 		 455 aa  102  2e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0670  MATE efflux family protein  27.75 
 
 		 455 aa  101  2e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.358402  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1925  MATE efflux family protein  28.14 
 
 		 455 aa  101  3e-20  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.16171  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4310  MATE efflux family protein  27.02 
 
 		 451 aa  101  3e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3710  MATE efflux family protein  27.75 
 
 		 455 aa  101  3e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.232724  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3399  MATE efflux family protein  28.18 
 
 		 452 aa  100  7e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00107141 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0553  MATE efflux family protein  28.18 
 
 		 452 aa  99.8  9e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.136219 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3492  integral membrane protein  26.93 
 
 		 485 aa  99.4  1e-19  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0396785  normal  0.244149 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2508  multi anti extrusion protein MatE  28.34 
 
 		 463 aa  99.8  1e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1895  MATE efflux family protein  27.12 
 
 		 498 aa  98.2  3e-19  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3569  MATE efflux family protein  27.9 
 
 		 452 aa  98.2  3e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0796958  normal  0.0492062 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3126  MATE efflux family protein  27.85 
 
 		 455 aa  97.4  5e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.113083  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0640  MATE efflux family protein  26.67 
 
 		 454 aa  97.1  6e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.690668  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1461  MATE efflux family protein  26.89 
 
 		 500 aa  95.1  2e-18  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3395  MATE efflux family protein  25.93 
 
 		 461 aa  94.4  4e-18  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1180  MATE efflux family protein  24.93 
 
 		 455 aa  94  5e-18  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0762  MATE efflux family protein  27.79 
 
 		 458 aa  93.6  6e-18  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1936  MATE efflux family protein  26.65 
 
 		 486 aa  92.8  1e-17  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2841  MATE efflux family protein  24.03 
 
 		 468 aa  92  2e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000678206  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02728  MATE efflux family protein  25.88 
 
 		 460 aa  92  2e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0324679  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0111  MATE efflux family protein  26.86 
 
 		 464 aa  92  2e-17  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2306  MATE efflux family protein  24.23 
 
 		 469 aa  92.4  2e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.30452  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0699  MATE efflux family protein  27.07 
 
 		 456 aa  92  2e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0250563  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2636  integral membrane protein  28.4 
 
 		 478 aa  91.7  3e-17  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.117345 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0707  MATE efflux family protein  24.32 
 
 		 518 aa  91.3  3e-17  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.376903  normal  0.476505 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1071  MATE efflux family protein  22.44 
 
 		 475 aa  91.7  3e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0113  MATE efflux family protein  26.86 
 
 		 464 aa  91.7  3e-17  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0404  MATE efflux family protein  26.43 
 
 		 457 aa  90.5  6e-17  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.294226 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0147  MATE efflux family protein  22.55 
 
 		 462 aa  90.1  7e-17  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.0000317216  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6251  MATE efflux family protein  23.2 
 
 		 461 aa  89  1e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0784  MATE efflux family protein  27.45 
 
 		 460 aa  89.7  1e-16  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1199  MATE efflux family protein  26.86 
 
 		 450 aa  89.4  1e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0538393  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1166  MATE efflux family protein  28.34 
 
 		 460 aa  87.8  3e-16  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1171  MATE efflux family protein  28.34 
 
 		 457 aa  87.8  3e-16  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3799  Fis family transcriptional regulator  27.52 
 
 		 440 aa  88.2  3e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.732609  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0991  MATE efflux family protein  24.45 
 
 		 475 aa  88.2  3e-16  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  unclonable  0.0000000000156724  normal  0.091152 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1454  MATE efflux family protein  25.62 
 
 		 477 aa  87.8  4e-16  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0420  MATE efflux family protein  25.97 
 
 		 459 aa  87.8  4e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000768677  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2315  MATE efflux family protein  25.71 
 
 		 470 aa  87.4  4e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.1458  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1579  MATE efflux family protein  24.68 
 
 		 445 aa  87.4  4e-16  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1509  MATE efflux family protein  27.48 
 
 		 460 aa  87.8  4e-16  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.712333  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00144  multidrug efflux pump  27.06 
 
 		 456 aa  87  5e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1058  MATE efflux family protein  27.2 
 
 		 453 aa  87  6e-16  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0485  hypothetical protein  23.97 
 
 		 454 aa  87  7e-16  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.0273971  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2827  MATE efflux family protein  27.06 
 
 		 451 aa  87  7e-16  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.658448  normal  0.32606 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3662  MATE efflux family protein  24.86 
 
 		 476 aa  86.7  8e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.000000389251  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3815  MATE efflux family protein  28.18 
 
 		 467 aa  86.3  9e-16  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.142559  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2492  MATE efflux family protein  26.63 
 
 		 485 aa  86.3  0.000000000000001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.544481  normal  0.228664 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2243  MATE efflux family protein  28.11 
 
 		 468 aa  86.3  0.000000000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3691  MATE efflux family protein  28.25 
 
 		 453 aa  85.5  0.000000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.830643  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1334  MATE efflux family protein  26.32 
 
 		 478 aa  85.1  0.000000000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.402123  normal  0.231405 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3207  putative transmembrane efflux protein  26.72 
 
 		 467 aa  84  0.000000000000005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00227095 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2343  MATE efflux family protein  24.55 
 
 		 464 aa  83.6  0.000000000000007  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.000000000238189  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1654  MATE efflux family protein  29.28 
 
 		 473 aa  83.6  0.000000000000007  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1808  MATE efflux family protein  24.56 
 
 		 499 aa  83.6  0.000000000000007  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.848054  normal  0.460632 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2358  MATE efflux family protein  24.39 
 
 		 467 aa  83.2  0.000000000000008  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2458  MATE efflux family protein  27.73 
 
 		 500 aa  83.2  0.000000000000008  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.672094  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2244  hypothetical protein  30.25 
 
 		 460 aa  82.8  0.00000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1953  MATE efflux family protein  30.23 
 
 		 454 aa  82.4  0.00000000000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2060  MATE efflux family protein  26.44 
 
 		 456 aa  82.8  0.00000000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.0000022927  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4400  MATE efflux family protein  28.63 
 
 		 453 aa  80.9  0.00000000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0121801  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0305  MATE efflux family protein  24.79 
 
 		 467 aa  80.5  0.00000000000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0906  MATE efflux family protein  23.55 
 
 		 448 aa  80.9  0.00000000000005  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000000766798  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>