205 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_3218 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007973  Rmet_3218  multi anti extrusion protein MatE  100 
 
 
455 aa  855    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3060  multi anti extrusion protein MatE  87.76 
 
 
456 aa  621  1e-177  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.147245  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0048  MATE efflux family protein  42.49 
 
 
460 aa  238  2e-61  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.782578  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0796  multi anti extrusion protein MatE  39.42 
 
 
484 aa  232  9e-60  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.505075 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3542  MATE efflux family protein  40.25 
 
 
467 aa  231  2e-59  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.179333 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3623  MATE efflux family protein  42.89 
 
 
457 aa  226  4e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.25462  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1675  MATE efflux family protein  40.18 
 
 
457 aa  224  2e-57  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3694  MATE efflux family protein  40.37 
 
 
472 aa  217  4e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0048  MATE efflux family protein  42.29 
 
 
460 aa  216  7e-55  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0386984 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2205  hypothetical protein  37.62 
 
 
480 aa  212  1e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.891807 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5248  multi antimicrobial extrusion protein MatE  37.53 
 
 
478 aa  211  2e-53  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5998  MATE efflux family protein  40.48 
 
 
486 aa  211  3e-53  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.926416 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1345  multi anti extrusion protein MatE  38 
 
 
459 aa  210  3e-53  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1888  MATE efflux family protein  42.33 
 
 
457 aa  207  3e-52  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0908  multi anti extrusion protein MatE  35.15 
 
 
483 aa  207  4e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0522974  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3317  MATE efflux family protein  37.38 
 
 
469 aa  184  3e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0771  putative cation-driven multidrug efflux pump  37.8 
 
 
485 aa  179  9e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00132131 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3795  MATE efflux family protein  37.07 
 
 
468 aa  176  9.999999999999999e-43  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.195288  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4118  MATE efflux family protein  37.92 
 
 
468 aa  172  1e-41  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0147  MATE efflux family protein  24.3 
 
 
462 aa  98.6  2e-19  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.0000317216  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2291  MATE efflux family protein  26.57 
 
 
460 aa  81.6  0.00000000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1180  MATE efflux family protein  24.32 
 
 
455 aa  79  0.0000000000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1936  MATE efflux family protein  25.91 
 
 
486 aa  76.6  0.0000000000009  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6251  MATE efflux family protein  24.26 
 
 
461 aa  73.9  0.000000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0545  MATE efflux family protein  23.13 
 
 
470 aa  73.6  0.000000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0991  MATE efflux family protein  25.89 
 
 
475 aa  72  0.00000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  unclonable  0.0000000000156724  normal  0.091152 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3692  MATE efflux family protein  27.27 
 
 
461 aa  70.9  0.00000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.0000025823  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1858  MATE efflux family protein  26.17 
 
 
467 aa  70.9  0.00000000005  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.0434953  normal  0.402686 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1579  MATE efflux family protein  24.61 
 
 
445 aa  68.2  0.0000000003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1895  MATE efflux family protein  25.61 
 
 
498 aa  67  0.0000000007  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05190  MATE efflux family protein  25.71 
 
 
454 aa  66.6  0.0000000008  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.969197  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4033  MATE efflux family protein  26.46 
 
 
458 aa  66.2  0.000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000078929 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2612  MATE efflux family protein  25.35 
 
 
459 aa  66.2  0.000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1953  MATE efflux family protein  23.95 
 
 
454 aa  64.7  0.000000003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2827  MATE efflux family protein  25.35 
 
 
451 aa  63.9  0.000000005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.658448  normal  0.32606 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0707  MATE efflux family protein  23.71 
 
 
518 aa  63.9  0.000000006  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.376903  normal  0.476505 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3492  integral membrane protein  25.14 
 
 
485 aa  63.2  0.000000009  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0396785  normal  0.244149 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3948  MATE efflux family protein  25.11 
 
 
458 aa  63.2  0.00000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0111  MATE efflux family protein  26.25 
 
 
464 aa  62  0.00000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0113  MATE efflux family protein  26.25 
 
 
464 aa  61.6  0.00000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013201  Hmuk_3337  MATE efflux family protein  26.44 
 
 
470 aa  61.6  0.00000003  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2237  MATE efflux family protein  33.56 
 
 
469 aa  60.5  0.00000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.000615121  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2626  MATE efflux family protein  26.72 
 
 
467 aa  60.1  0.00000007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.287795  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1199  MATE efflux family protein  23 
 
 
450 aa  59.7  0.0000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0538393  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04830  MATE efflux family protein  24.78 
 
 
468 aa  59.3  0.0000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000202645  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1142  MATE efflux family protein  24.44 
 
 
458 aa  58.5  0.0000002  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2439  MATE efflux family protein  29.88 
 
 
485 aa  58.5  0.0000002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.739641  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1670  MATE efflux family protein  26.43 
 
 
466 aa  58.2  0.0000003  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1166  ABC transporter releated protein  24.92 
 
 
463 aa  58.5  0.0000003  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal  0.403976 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2306  MATE efflux family protein  26.09 
 
 
469 aa  58.2  0.0000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.30452  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2653  MATE efflux family protein  27.19 
 
 
484 aa  57.8  0.0000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2029  MATE efflux family protein  21.82 
 
 
455 aa  57.8  0.0000004  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.139982  normal  0.342387 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2675  multidrug efflux protein  25.41 
 
 
457 aa  57.8  0.0000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1318  MATE efflux family protein  25 
 
 
443 aa  57.4  0.0000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.0000000101978  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1166  MATE efflux family protein  25.06 
 
 
460 aa  57  0.0000006  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0906  MATE efflux family protein  18.8 
 
 
448 aa  57.4  0.0000006  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000000766798  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1086  MATE efflux family protein  26.07 
 
 
616 aa  56.2  0.000001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.000719334  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0975  multi antimicrobial extrusion protein MatE  28.57 
 
 
454 aa  56.2  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.54938 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1359  multi anti extrusion protein MatE  24.15 
 
 
408 aa  55.1  0.000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1808  MATE efflux family protein  25.39 
 
 
499 aa  55.1  0.000002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.848054  normal  0.460632 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_29306  predicted protein  25.87 
 
 
483 aa  55.1  0.000002  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0470  MATE efflux family protein  24.3 
 
 
455 aa  55.5  0.000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.11231  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1652  MATE efflux family protein  22.76 
 
 
454 aa  54.7  0.000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.000000000000778713  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1225  MATE efflux family protein  24.19 
 
 
452 aa  54.7  0.000003  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1362  MATE efflux family protein  30.47 
 
 
437 aa  54.3  0.000004  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2544  MATE efflux family protein  22.82 
 
 
455 aa  54.3  0.000004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009371  OSTLU_28350  MOP(MATE) family transporter: multidrug efflux  32.77 
 
 
428 aa  54.3  0.000004  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  decreased coverage  0.00440405  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0091  MATE efflux family protein  26.67 
 
 
454 aa  53.9  0.000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2859  MATE efflux family protein  22.82 
 
 
455 aa  53.9  0.000006  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0814  MATE efflux family protein subfamily  20.67 
 
 
451 aa  53.9  0.000006  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.0013446  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2315  MATE efflux family protein  24.2 
 
 
470 aa  53.9  0.000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.1458  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2636  integral membrane protein  29.03 
 
 
478 aa  53.5  0.000007  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.117345 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0381  MATE efflux family protein  24.43 
 
 
451 aa  53.9  0.000007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00954667  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0645  MATE efflux family protein  23.03 
 
 
462 aa  53.9  0.000007  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.00000346552  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0313  hypothetical protein  24.16 
 
 
455 aa  53.5  0.000008  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00088835  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0640  MATE efflux family protein  22.27 
 
 
454 aa  53.5  0.000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.690668  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0931  MATE efflux family protein  21.94 
 
 
448 aa  52.8  0.00001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.102954  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4310  MATE efflux family protein  22.54 
 
 
451 aa  53.1  0.00001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0255  MATE efflux family protein  25.93 
 
 
448 aa  53.1  0.00001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.392054  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2888  MATE efflux family protein  22.82 
 
 
462 aa  52  0.00002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0238453  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0358  multi anti extrusion protein MatE  30.54 
 
 
452 aa  52  0.00002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000377442  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0014  MATE efflux family protein  20.6 
 
 
453 aa  52.4  0.00002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.0029857  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3106  hypothetical protein  26.39 
 
 
484 aa  52.4  0.00002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.20256 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3677  MATE efflux family protein  25.52 
 
 
500 aa  52.4  0.00002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.380257  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1180  inner membrane transmembrane protein  28.74 
 
 
448 aa  51.6  0.00003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00000781542  normal  0.19952 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1305  MATE efflux family protein  22.38 
 
 
464 aa  51.6  0.00003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.40401  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1501  multidrug efflux protein  23.29 
 
 
454 aa  51.6  0.00003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0702  MATE efflux family protein  23.1 
 
 
452 aa  51.6  0.00003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3642  multi anti extrusion protein MatE  30.51 
 
 
496 aa  51.6  0.00003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.104533  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1842  MATE efflux family protein  24.05 
 
 
442 aa  51.6  0.00003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000407528  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3276  MATE efflux family protein  21.21 
 
 
457 aa  51.6  0.00003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.0000000381455  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3962  multi antimicrobial extrusion protein  28.89 
 
 
492 aa  51.2  0.00003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.789789  normal  0.0338284 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1106  MATE efflux family protein  22.38 
 
 
464 aa  51.2  0.00004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.0000000560081  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1088  efflux protein  22.38 
 
 
464 aa  51.2  0.00004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.00000024435  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1082  efflux protein  22.38 
 
 
464 aa  51.2  0.00004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000125629  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1196  MATE efflux family protein  22.38 
 
 
464 aa  51.2  0.00004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.0000655029  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2391  multidrug efflux protein  24.86 
 
 
457 aa  51.2  0.00004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.346064  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1662  MATE efflux family protein  20.47 
 
 
453 aa  51.2  0.00004  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.226136  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0404  MATE efflux family protein  23.58 
 
 
457 aa  50.8  0.00005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.294226 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1343  MATE efflux family protein  22.38 
 
 
464 aa  50.8  0.00005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.00000317655  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>