More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_5248 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_0796  multi anti extrusion protein MatE  79.26 
 
 
484 aa  707    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.505075 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0908  multi anti extrusion protein MatE  83.23 
 
 
483 aa  710    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0522974  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5248  multi antimicrobial extrusion protein MatE  100 
 
 
478 aa  921    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0771  putative cation-driven multidrug efflux pump  65.13 
 
 
485 aa  566  1e-160  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00132131 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3623  MATE efflux family protein  56.44 
 
 
457 aa  441  9.999999999999999e-123  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.25462  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1888  MATE efflux family protein  57.56 
 
 
457 aa  436  1e-121  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1675  MATE efflux family protein  56 
 
 
457 aa  418  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1345  multi anti extrusion protein MatE  48.53 
 
 
459 aa  365  1e-99  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3542  MATE efflux family protein  41.3 
 
 
467 aa  288  1e-76  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.179333 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3694  MATE efflux family protein  38.22 
 
 
472 aa  264  3e-69  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0048  MATE efflux family protein  39.96 
 
 
460 aa  260  3e-68  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.782578  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2205  hypothetical protein  38.06 
 
 
480 aa  245  9.999999999999999e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.891807 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5998  MATE efflux family protein  38.22 
 
 
486 aa  241  2e-62  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.926416 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0048  MATE efflux family protein  40.8 
 
 
460 aa  238  1e-61  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0386984 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3317  MATE efflux family protein  37.41 
 
 
469 aa  237  3e-61  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4118  MATE efflux family protein  38.68 
 
 
468 aa  223  6e-57  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3795  MATE efflux family protein  38.17 
 
 
468 aa  221  1.9999999999999999e-56  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.195288  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3218  multi anti extrusion protein MatE  37.2 
 
 
455 aa  202  9.999999999999999e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3060  multi anti extrusion protein MatE  35.54 
 
 
456 aa  181  2e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.147245  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2291  MATE efflux family protein  27.48 
 
 
460 aa  158  3e-37  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013201  Hmuk_3337  MATE efflux family protein  31.11 
 
 
470 aa  130  6e-29  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0091  MATE efflux family protein  31.33 
 
 
454 aa  129  2.0000000000000002e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0643  MATE efflux family protein  27.29 
 
 
455 aa  123  8e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0666  MATE efflux family protein  27.29 
 
 
455 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0670  MATE efflux family protein  27.07 
 
 
455 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.358402  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0147  MATE efflux family protein  25.41 
 
 
462 aa  122  9.999999999999999e-27  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.0000317216  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1461  MATE efflux family protein  29.23 
 
 
500 aa  122  9.999999999999999e-27  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3710  MATE efflux family protein  27.07 
 
 
455 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.232724  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0702  MATE efflux family protein  29.33 
 
 
452 aa  120  4.9999999999999996e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2492  MATE efflux family protein  29.15 
 
 
485 aa  119  9.999999999999999e-26  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.544481  normal  0.228664 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1579  MATE efflux family protein  26.65 
 
 
445 aa  119  9.999999999999999e-26  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05190  MATE efflux family protein  27.25 
 
 
454 aa  117  3.9999999999999997e-25  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.969197  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2358  MATE efflux family protein  26.2 
 
 
467 aa  117  5e-25  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1936  MATE efflux family protein  28.94 
 
 
486 aa  116  7.999999999999999e-25  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04830  MATE efflux family protein  24.63 
 
 
468 aa  116  1.0000000000000001e-24  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000202645  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2458  MATE efflux family protein  29.09 
 
 
500 aa  115  1.0000000000000001e-24  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.672094  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3569  MATE efflux family protein  28.85 
 
 
452 aa  116  1.0000000000000001e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0796958  normal  0.0492062 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0470  MATE efflux family protein  30.09 
 
 
455 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.11231  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3399  MATE efflux family protein  29.64 
 
 
452 aa  114  3e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00107141 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0553  MATE efflux family protein  29.64 
 
 
452 aa  114  3e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.136219 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1529  MATE efflux family protein  27.56 
 
 
554 aa  112  1.0000000000000001e-23  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.130898  normal  0.344827 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0640  MATE efflux family protein  26.48 
 
 
454 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.690668  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1180  MATE efflux family protein  26.14 
 
 
455 aa  112  2.0000000000000002e-23  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0420  MATE efflux family protein  25.93 
 
 
459 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000768677  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4310  MATE efflux family protein  25.93 
 
 
451 aa  111  3e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2888  MATE efflux family protein  27.79 
 
 
462 aa  110  5e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0238453  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2295  MATE efflux family protein  28.15 
 
 
475 aa  110  7.000000000000001e-23  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00026572  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0545  MATE efflux family protein  24.35 
 
 
470 aa  109  9.000000000000001e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1338  MATE efflux family protein  28.31 
 
 
481 aa  109  1e-22  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2964  MATE efflux family protein  28.39 
 
 
453 aa  107  4e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000000632854  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0707  MATE efflux family protein  25.91 
 
 
518 aa  106  9e-22  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.376903  normal  0.476505 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1895  MATE efflux family protein  28.16 
 
 
498 aa  105  2e-21  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1309  MATE efflux family protein  25.7 
 
 
538 aa  103  5e-21  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0699  MATE efflux family protein  27.51 
 
 
456 aa  103  6e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0250563  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3815  MATE efflux family protein  28.34 
 
 
467 aa  102  1e-20  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.142559  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3691  MATE efflux family protein  27.36 
 
 
453 aa  101  2e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.830643  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2626  MATE efflux family protein  26.97 
 
 
467 aa  102  2e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.287795  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1808  MATE efflux family protein  26.63 
 
 
499 aa  102  2e-20  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.848054  normal  0.460632 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3662  MATE efflux family protein  27.15 
 
 
476 aa  100  5e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.000000389251  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3126  MATE efflux family protein  26.32 
 
 
455 aa  100  7e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.113083  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3799  Fis family transcriptional regulator  26.21 
 
 
440 aa  100  7e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.732609  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2439  MATE efflux family protein  25.12 
 
 
485 aa  100  8e-20  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.739641  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6251  MATE efflux family protein  23.7 
 
 
461 aa  98.6  2e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0906  MATE efflux family protein  23.76 
 
 
448 aa  97.8  4e-19  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000000766798  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3492  integral membrane protein  28.91 
 
 
485 aa  97.1  6e-19  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0396785  normal  0.244149 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1204  MATE efflux family protein  25.45 
 
 
461 aa  97.1  7e-19  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2827  MATE efflux family protein  25.37 
 
 
451 aa  96.7  8e-19  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.658448  normal  0.32606 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1334  MATE efflux family protein  30.03 
 
 
478 aa  95.9  1e-18  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.402123  normal  0.231405 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2841  MATE efflux family protein  24.8 
 
 
468 aa  94.7  3e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000678206  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4033  MATE efflux family protein  26.1 
 
 
458 aa  94.4  4e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000078929 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2343  MATE efflux family protein  25.43 
 
 
464 aa  94.4  4e-18  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.000000000238189  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1166  ABC transporter releated protein  24.1 
 
 
463 aa  92.8  1e-17  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal  0.403976 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3948  MATE efflux family protein  26.34 
 
 
458 aa  93.2  1e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0618  MATE efflux family protein  28.33 
 
 
505 aa  92.4  2e-17  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.316241  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4055  MATE efflux family protein  27.2 
 
 
483 aa  92  2e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.0254154 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1353  MATE efflux family protein  23.65 
 
 
453 aa  91.7  3e-17  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1654  MATE efflux family protein  29.97 
 
 
473 aa  91.3  4e-17  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2508  multi anti extrusion protein MatE  26.7 
 
 
463 aa  90.9  4e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0747  MATE efflux family protein  27.25 
 
 
490 aa  91.3  4e-17  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0784  MATE efflux family protein  25.69 
 
 
460 aa  91.3  4e-17  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0404  MATE efflux family protein  25.54 
 
 
457 aa  90.5  5e-17  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.294226 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2591  MATE efflux family protein  26.57 
 
 
525 aa  90.5  6e-17  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.677976  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3207  putative transmembrane efflux protein  26.14 
 
 
467 aa  90.1  7e-17  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  hitchhiker  0.00227095 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3175  MATE efflux family protein  23.14 
 
 
468 aa  90.1  7e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.386097  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2653  MATE efflux family protein  27.72 
 
 
484 aa  90.1  8e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3677  MATE efflux family protein  26.26 
 
 
500 aa  90.1  8e-17  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.380257  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1454  MATE efflux family protein  25.78 
 
 
477 aa  90.1  8e-17  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2612  MATE efflux family protein  23.08 
 
 
459 aa  90.1  9e-17  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1972  putative multi anti extrusion protein (MatE)  27.39 
 
 
458 aa  87.8  3e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.84525  normal  0.887527 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0113  MATE efflux family protein  23.23 
 
 
464 aa  88.6  3e-16  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2237  MATE efflux family protein  24.15 
 
 
469 aa  87.4  5e-16  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.000615121  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2636  integral membrane protein  28.45 
 
 
478 aa  86.7  8e-16  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.117345 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02728  MATE efflux family protein  23.25 
 
 
460 aa  86.7  9e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0324679  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0485  hypothetical protein  23.12 
 
 
454 aa  86.7  0.000000000000001  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.0273971  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3704  hypothetical protein  25.58 
 
 
496 aa  86.3  0.000000000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.546893 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0111  MATE efflux family protein  23.02 
 
 
464 aa  86.3  0.000000000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0991  MATE efflux family protein  23.34 
 
 
475 aa  85.1  0.000000000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  unclonable  0.0000000000156724  normal  0.091152 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3395  MATE efflux family protein  22.25 
 
 
461 aa  85.5  0.000000000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1199  MATE efflux family protein  27.07 
 
 
450 aa  85.1  0.000000000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0538393  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1639  MATE efflux family protein  27.3 
 
 
466 aa  85.1  0.000000000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>