More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_2306 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009012  Cthe_2306  MATE efflux family protein  100 
 
 		 469 aa  948    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.30452  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0991  MATE efflux family protein  40.4 
 
 		 475 aa  320  1.9999999999999998e-86  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  unclonable  0.0000000000156724  normal  0.091152 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0762  MATE efflux family protein  34.67 
 
 		 458 aa  260  4e-68  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0591  MATE efflux family protein  30.96 
 
 		 438 aa  236  7e-61  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0113  MATE efflux family protein  31.75 
 
 		 464 aa  230  3e-59  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0111  MATE efflux family protein  32.1 
 
 		 464 aa  230  4e-59  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0575  MATE efflux family protein  31.21 
 
 		 459 aa  220  3.9999999999999997e-56  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.000000335028  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0427  MATE efflux family protein  29.71 
 
 		 446 aa  219  6e-56  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.744275  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09280  MATE efflux family protein  30.25 
 
 		 453 aa  212  1e-53  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.00000476954  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3565  MATE efflux family protein  33.73 
 
 		 452 aa  212  1e-53  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1094  MATE efflux family protein  29.95 
 
 		 464 aa  207  3e-52  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.000000923462  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1139  hypothetical protein  29.05 
 
 		 484 aa  207  4e-52  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.0000000023845  hitchhiker  0.0000334983 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2237  MATE efflux family protein  31.9 
 
 		 469 aa  206  9e-52  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.000615121  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2267  hypothetical protein  29.05 
 
 		 546 aa  205  1e-51  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000010697  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1669  MATE efflux family protein  28.84 
 
 		 495 aa  204  3e-51  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000135228  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2108  hypothetical protein  30.02 
 
 		 546 aa  204  4e-51  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  6.24671e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2829  hypothetical protein  28.84 
 
 		 484 aa  203  4e-51  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000399298  normal  0.437543 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01896  predicted multidrug efflux system  28.94 
 
 		 547 aa  203  5e-51  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0202846  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01885  hypothetical protein  28.94 
 
 		 547 aa  203  5e-51  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0187925  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1659  hypothetical protein  28.84 
 
 		 495 aa  202  9e-51  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.000000439345  normal  0.0451104 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1106  MATE efflux family protein  29.15 
 
 		 464 aa  202  9.999999999999999e-51  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.0000000560081  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2295  MATE efflux family protein  30.48 
 
 		 475 aa  202  9.999999999999999e-51  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00026572  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1088  efflux protein  29.15 
 
 		 464 aa  202  9.999999999999999e-51  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.00000024435  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1082  efflux protein  29.15 
 
 		 464 aa  202  9.999999999999999e-51  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000125629  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1196  MATE efflux family protein  29.15 
 
 		 464 aa  202  9.999999999999999e-51  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.0000655029  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1266  MATE efflux family protein  29.37 
 
 		 464 aa  202  9.999999999999999e-51  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1343  MATE efflux family protein  29.15 
 
 		 464 aa  202  9.999999999999999e-51  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.00000317655  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18490  MATE efflux family protein  31.26 
 
 		 442 aa  201  3e-50  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000174233  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0901  MATE efflux family protein  29.37 
 
 		 463 aa  200  3.9999999999999996e-50  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.00000627796  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3692  MATE efflux family protein  28.48 
 
 		 461 aa  200  3.9999999999999996e-50  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.0000025823  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1305  MATE efflux family protein  28.92 
 
 		 464 aa  200  5e-50  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.40401  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4103  Na+ driven multidrug efflux pump  28.99 
 
 		 463 aa  199  9e-50  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0660054  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1418  MATE efflux family protein  31.15 
 
 		 462 aa  198  2.0000000000000003e-49  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1239  MATE efflux family protein  28.99 
 
 		 464 aa  198  2.0000000000000003e-49  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.238085  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0299  MATE efflux family protein  29.69 
 
 		 456 aa  197  4.0000000000000005e-49  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.0000000180901  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4055  MATE efflux family protein  31.28 
 
 		 483 aa  197  5.000000000000001e-49  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0254154 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0691  MATE efflux family protein  29.77 
 
 		 450 aa  196  1e-48  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1199  MATE efflux family protein  29.05 
 
 		 450 aa  194  2e-48  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0538393  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1506  MATE efflux family protein  30.18 
 
 		 450 aa  193  7e-48  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2243  MATE efflux family protein  31.28 
 
 		 468 aa  189  1e-46  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1531  hypothetical protein  30.54 
 
 		 478 aa  188  2e-46  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2574  hypothetical protein  29.5 
 
 		 480 aa  187  4e-46  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0900334 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1590  hypothetical protein  30.37 
 
 		 476 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00267858  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2343  MATE efflux family protein  26.93 
 
 		 464 aa  184  2.0000000000000003e-45  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.000000000238189  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1694  hypothetical protein  28.91 
 
 		 474 aa  184  3e-45  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.832751  normal  0.156755 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2407  hypothetical protein  28.91 
 
 		 476 aa  184  3e-45  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.149109  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2872  hypothetical protein  30.09 
 
 		 474 aa  184  3e-45  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0273189  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2504  hypothetical protein  28.91 
 
 		 474 aa  184  3e-45  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0192343  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3106  hypothetical protein  29.73 
 
 		 484 aa  183  7e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.20256 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3993  MATE efflux family protein  30.87 
 
 		 447 aa  181  2e-44  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4087  MATE efflux family protein  31.1 
 
 		 447 aa  180  4e-44  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0055  MATE efflux family protein  30.77 
 
 		 446 aa  180  4e-44  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0358  multi anti extrusion protein MatE  32.55 
 
 		 452 aa  179  7e-44  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000377442  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4400  MATE efflux family protein  33.49 
 
 		 453 aa  178  1e-43  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0121801  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0651  MATE efflux family protein  26.27 
 
 		 446 aa  177  3e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.000388571  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1252  MATE efflux family protein  27.43 
 
 		 445 aa  176  9.999999999999999e-43  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.0000000131388  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1359  multi anti extrusion protein MatE  29.34 
 
 		 408 aa  175  1.9999999999999998e-42  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2542  MATE efflux family protein  30.75 
 
 		 459 aa  174  2.9999999999999996e-42  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0347  MATE efflux family protein  31.03 
 
 		 454 aa  173  5.999999999999999e-42  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.000816576  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1504  hypothetical protein  27.46 
 
 		 502 aa  172  2e-41  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.969676  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3815  MATE efflux family protein  28.89 
 
 		 467 aa  170  4e-41  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.142559  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3129  MATE efflux family protein  32.02 
 
 		 452 aa  169  1e-40  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3760  MATE efflux family protein  25.79 
 
 		 464 aa  169  1e-40  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06935  Na+-driven multidrug efflux pump  27.9 
 
 		 446 aa  166  5.9999999999999996e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000940  Na+ driven multidrug efflux pump  28.12 
 
 		 446 aa  166  8e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.000926882  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1541  MATE efflux family protein  28.94 
 
 		 486 aa  162  9e-39  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.127259  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05190  MATE efflux family protein  29.29 
 
 		 454 aa  161  2e-38  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.969197  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2291  MATE efflux family protein  29.81 
 
 		 460 aa  159  7e-38  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0686  MATE efflux family protein  29.01 
 
 		 498 aa  159  1e-37  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.221481  normal  0.278001 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_05890  putative efflux protein, MATE family  27.17 
 
 		 472 aa  158  2e-37  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0147  MATE efflux family protein  26.54 
 
 		 462 aa  158  2e-37  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.0000317216  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6251  MATE efflux family protein  26.16 
 
 		 461 aa  157  3e-37  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3485  MATE efflux family protein  27.06 
 
 		 453 aa  153  5.9999999999999996e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0645  DcuC protein  25.81 
 
 		 439 aa  153  5.9999999999999996e-36  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04830  MATE efflux family protein  25.23 
 
 		 468 aa  150  4e-35  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000202645  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0536  mate efflux family protein  25 
 
 		 440 aa  150  4e-35  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3315  MATE efflux family protein  27.29 
 
 		 456 aa  150  5e-35  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0638  MATE efflux family protein  27.63 
 
 		 456 aa  150  6e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0802  MATE efflux family protein  26.61 
 
 		 453 aa  150  7e-35  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3779  MATE efflux family protein  27.73 
 
 		 453 aa  149  9e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1353  MATE efflux family protein  25.95 
 
 		 453 aa  149  1.0000000000000001e-34  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0649  MATE efflux family protein  27.73 
 
 		 453 aa  147  4.0000000000000006e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0931  MATE efflux family protein  25.95 
 
 		 448 aa  145  1e-33  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.102954  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2492  MATE efflux family protein  27.19 
 
 		 485 aa  145  1e-33  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.544481  normal  0.228664 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3656  MATE efflux family protein  26.54 
 
 		 453 aa  145  1e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2828  MATE efflux family protein  23.36 
 
 		 463 aa  145  1e-33  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2514  MATE efflux family protein  23.36 
 
 		 463 aa  145  1e-33  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1724  multi anti extrusion protein MatE  29.87 
 
 		 471 aa  146  1e-33  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1851  MATE efflux family protein  27.23 
 
 		 475 aa  145  2e-33  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  hitchhiker  0.00783953  normal  0.201536 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0545  MATE efflux family protein  25.97 
 
 		 470 aa  145  2e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3589  MATE efflux family protein  26.59 
 
 		 476 aa  144  2e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0078  mate efflux family protein  25.28 
 
 		 439 aa  144  4e-33  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.129262  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1607  MATE efflux family protein  26.62 
 
 		 463 aa  142  9e-33  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000142965  unclonable  4.95515e-23 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2358  MATE efflux family protein  27.54 
 
 		 467 aa  141  3e-32  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2591  MATE efflux family protein  26.7 
 
 		 525 aa  141  3e-32  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.677976  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5035  MATE efflux family protein  27.4 
 
 		 469 aa  141  3e-32  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.88746  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1856  Na+-driven multidrug efflux pump  24.59 
 
 		 429 aa  141  3e-32  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.0920105  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1936  MATE efflux family protein  26.87 
 
 		 486 aa  140  4.999999999999999e-32  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0441  MATE efflux family protein  28.64 
 
 		 446 aa  139  7.999999999999999e-32  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000223642  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0648  mate efflux family protein  26.96 
 
 		 440 aa  139  1e-31  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.849411  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>